Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001110213.1
Sequence Length
3177 nt
GC Content
0.3680
AGCAUAAAGUUGGGAGUGACACCAGAGCCUUCUGCAAGAUGCUUCUGAUUCUGCUGUCAGUGGCCCUGCUGGCCUUCAGCUCAGCUCAGGACUUAGAUGAAGAUGUCAGCCAAGAAGACGUUCCCUUGGUAAUAUCAGAUGGAGGAGACUCUGAGCAGUUCAUAGAUGAGGAGCGUCAGGGACCACCUUUGGGAGGACAGCAAUCUCAACCCUCUGCUGGUGAUGGGAACCAGAAUGAUGGCCCUCAGCAGGGACCACCCCAACAAGGAGGCCAGCAGCAACAAGGUCCACCACCUCCUCAGGGAAAGCCACAAGGACCACCCCAACAGGGAGGCCAUCCCCCUCCUCCUCAAGGAAGGCCACAAGGACCACCCCAACAGGGAGGCCAUCCCCGUCCUCCUCGAGGAAGGCCACAAGGACCACCCCAACAGGGAGGCCAUCAGCAAGGUCCUCCCCCACCUCCUCCUGGAAAGCCCCAGGGACCACCUCCCCAAGGGGGCCGCCCACAAGGACCUCCACAGGGGCAGUCUCCUCAGUAAUCUAGGAUUCAAUGAUAGGAAGUGAAUAAGAAGAUGACAGUGUUUCAAAUGCCUUGAAACAUAAUGUGAUCAUGCUCUAACUUCAAUAUACCAAUAAAAUAAUCAGCUUGCAAUUUCUGAUUAUAGCAUCUCCUUCUGAGUGUUUGGGACUCUGGAAUCUGAGACCCAUGUUCACAUUGUAAGAACAUCCAGGACCCCUUCUCCUUGAUGUUUCCAGCAAGCUUCUUUCCUCCUUAUCCUUAUUAAGUCAUCUGCCUGGGGAAGGAGUUCCACUGUUUCUUUCCUUCUCUGUCUUCUUAGCUCGAAUUUAAAUUGCACAAUUAUUUUCAGGUCAUUUCCUGAUAGUCUAGUCAGCUUAUGAAUGUAAGCAAAACAGGACCAAUGAAAGAAAGUCCCAGAAGCUGAGAGAAACUUUAACAAGUUUGAGAGUAACUUAUUUUGUUUUCUAGGAAAGUGAGUAUGGUUCUAUGCCUGUAUUCCCCAGAAGCCACUAGACCUAUUUUCCCCUAUUUUAUCACUGAUCAGUUCUGUCCCUGCCUAUGAUUCUUACCAUUCUUAAGAAAACCUGAAUGGAUUUCAUCAAGGCGGCAGCAUAAUUUGAAGGGCAAUUGCGUGUGAAAAUUGAUGUGACUUGAUUUACACAAUAGUCAGAAAACAUUUUAGAAAUUGAUGACUUUAUAAUGCAACCAGGAGUAUUGAAAAAAAAGUAAGCAAUGAGCUCAAAUAAUUAAAAAAGAGAGACAAAAUACACUUGGGAGAACAGAAAUAAGAAUUAAUGAAAAUUUAAAAGAUUAAAUGAAUGAGAAGAAAUGAUUCAUAAAUUUUGAACUAACAGUAAUAACUUCUUGAAAAUCCAAUAAAAUUGGCAAAAGAUUGUGAAAAUUCUGGAAGAAUAAGGGAAACAGAUAAUCUUCAGAGUAAUCAGGUAAAGCUUAAACAAGUGUUUUAAAAGAUGAGUUUUUCCUACAUUCUGAAAAGCAAACAUGAAAAACUGAACACAGUUUUUACAGAUAUACAAUAUGGAGUGACUUAUAUACAAAAUGACCUUAAAAAUAUAUUAAACUCAUUAUAGUAGUUAAUAUCUAAGUAAAAUAUGAUGAAAUUUAAUAGAGAAUUCACUCCUCCCAAAAGCACCUUCAUGGAAGAUUCCUCAUUAACAGGCAGUCCUUUAGUAUGCUGAUUUAUACAAAAUGCUGAAAAGAAGAGAAAUACCCCAAGUUCUUGAAAAAAAAUUUUUUGAUAUGACUACUCUAACAGUAAUAACUAUAAAUCUCACUUUAAAUAAUUUAAAACAAAUUAAAGUGAUAUAUGAGUUAAAUGACCAAGCAGACUUGAUUCCAGGAAUGUUAAGGAAUGUUCAUUAUUUGUUUUGGAUAAUGAAGUCAGCAGAGGAAAAAAAAAUAUGACCAUCUCAAAAGAUGCCAACGUUGUCUUUGAUAAUAUUUAAUAUAUUUUUUAAAAAACAAUUCUUGUAAAAUACUUUUUUGAUUAGCCUUCUGACCAUGAUUAAAAUGGUGUACCUCAAAGUAGCUGCUAACCUUAUGUGUAUCUGCAACACCCUGAAAAAUUAUCUAAUAAAAAGGCACAAAGAAAAAGCUUGUCAAUGUUGUGGAUAAUUAGAAAGUGAAUAAUUUUAUUUAAUAUUAGAUAAACAAGCACAUAACAGAGAUACAUAUAUUCAAAUGGAAGGAGUAAAAUUACCACCACAUGCAGAUCUGUUUUUCUGUCCAGAAAAUAACAAGAGAUUCUACUCAGGUAAAAAAGGAAAGGAAGGAAAACCAUUGUAAUUAAAAUAAAAUUUAAUACAAUAGCCGUUUAUUAAUUCAACUUCUAAAGAAUCUUUGUGAUUACACAAUGACCAGCUAGUAAAUAUAAUAAGAAAAUGAUUAUUCACAAAGGAACCAAAAGGCCUAGUCUUCGAAUUUUUAAUGCCAUUGUGAUAGCAAGCAUCUGAUUAUUUUACUCUAAGUUAUUUCCACUUCUGAUUUUAAGAACAGCUUCUUUCCCAGGGAUGGGUUCCCCCUAGUGAUGUAUUCUCUUCACCACAAGAGUUUGCAGCUCUGGCUUUCUUUCUGCUCAUCUGUAAAGAUAACUACAGCUCCUCUAUAAACCAUCUCACCAUUAUUACCGAAAUCAGACAAAUUCUGGAGAUAGUCAAAGCUGUGAGGAUUCGAAGAUCUCUUUCACAUCUUGACCCAGUCAAUUCCGUUCACCAGUGUUAUGAAUCCAUUCCCCAAAAUUCCAAUUAGGAAUUAUAUAUUUAUUAUUAUAAUGAGGAUACUAUACAAGGCAUUUAGCAUGGCUGCAAAGAGAGAGCUCCAAUGUCUAAAUGCAACGCUGACAAUUUCUUCAUCUAUCACAUGUACCUGUUAUACAUACUUAUUAAUUGGAUGUGCAGUUAAUUUCUUCCUUUAAAAAAAAAACUAUAGGCUCAAUAUGAAAGUAGAAAGCACUAAGGUGUACUAAUGAAUGGGCACAUAGCUUUUUUCACAAAAAGAUUAUUUUGCCCCAGACAGCUAUCUGCAUUCUGAUCCAGAUACUGUAUGUUCUUAACAUAAAGUGAAAUUUCUCAUACUUCAUGAUGAAAGAAAAAACUGAAUUCUCAUUGUUAAUAAACAAAUAAAGACAAUUCUCUGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-737.1 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -803.61
Frequency: 0.0000
Diversity: 920.11
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((....((((((((((.((((((.((.((((((.....(((.(((((......))))).)))(((((((((.....)).))))..)))...(((((((((((((((((..((((...(((...(((((((((..(((((((((((....(((((((........(((((((.((...(((((......(((..((........))..))).((((((((((.(((..(((......))))))))....(((.....))).........))))))))......)))))...)))))))))((((((((((...((......))....(((((.(((((((..((((.....)))).((((....)).))..(((....))).((((.(((.((.......)).))).))))....((((..((((....((((((((........)).)))))).....((((..(((...(((((.(((........)))...)))))...)))..))))........))))..))))(((.((....)))))...........((((((((...(((.(((.((((((((((((.....)))))))))..))).))).......................(((((((((((((((((..(((((.((((((....((....(((.(((..((((.(((........))).))))....))).((((..(((((((.((((.......)))).)))))))...)))).....((((((((((.(((((.((........((((((((.((((((((..((((((((.((.((((((..((...((((((.((((((..((((.....(((((((((((......)))))..(((((((..((((..(((((((.(((....(((((((...........((.(((...))).)).((((((....)))))).......(((((((((.((....)).))))))))).))))))).))).))))))).....)))).)))))))((.(((((((.((((((.((.((..((((((.(((..((((((.((((.....((((((............)))))).....))))))))))..))).)).)))).((((.(((((.((((.(((((((......))))))).))))..(((((....................)))))...((((((........))))))............)))))..))))...............)).)).)))))).....))))))).))))))))....))))..))))))...)).))))..))..)))))).)).))((((.......))))..))))))...))))))))......(((((...))))).......((((.....(((((((......((((((((((((....((((((((....(((.(((((((((((....)))........)))))))).)))..)))))))).........((((((((((....)))))))).)).........((((..(((............................(((((((.((((((((.((.(((.....))).))...))))))))..)))))))........((((((.(((..((((.((((...)))).((((((.......((((..(.....)..))))((((((((.....(((((...(((..((..(((...((((.................)))).)))..))..)))..))))).....))))))))(((((((((...............)))))))))....((.(((....))))).((.(((((.(((((((((....(((.((....)).)))....)))))))..)).))))).)).)))))).............(((((....))))).....((((.((((((.....(((((........)))))..((((...))))...(((((.(((((((((............))))))))).)))))...)))))))))))))).....(((((((((((..............(((((((((.......((((...((......)))))).......))))))))).....(((......((((((((....))))))))....))).......)))))))))))......))).))))))........)))..))))...)))))))))))).)))))))....)))).........)))))))))).))))))))).))))))...((((((.(((((......))))))))))).............................((.(((((....))))).)).)))..))....)))))).)))))........((((((.((....(((((..(........)..)))))....)).))))))..))))))...))))))))))).)))...))))))))..((((.......))))..............))))))).)))))...(((..((((..(((((......)))))..))))))).)))))))))).))))))).(((((........)))))))))).......))))))......))))))))).....)))...))))((((((.(((((.(.((((((((((....)))))...))))).))))))...)))...))).........(((...(.((((.........((((((.....))))))......((((((...)))))))))).)...)))..(((((((((((((..((.........)).)).))).))))))))...)))))))...))))))))))....(((((.......)))))....((((((((......)))))))).....(((................)))............)))))).)).))..)))))))).......(((((.((((((((((....)))))).))))..)))))((.((((.((((((.((....)).)))))))))).))..))))))....(((....((((((((.....)))).))))......)))(((((.((.(((((........))))).)).)))))..))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((....((((({(((,{(({(((,((.{(((((.....(((.(((((......))))).}))(({((((((.....)).))))..}))...(((((((((((((((((...(({....||}..(((((((((..{((((((((((....(((((((........{((((((.((...(((((......(((,.({......,,))..})).((((((((,.{(((..|||......|||{{||,...}}||.}},,)}}.....,,.,))))))))......)))))...))))))))}((((((((({...((.....,)}....(((((.(((((((,,{{{({{{{.||||.(((,....||.||.,((,....))).||||.|||.,|}}.}}}}.)}))).))||....||.,....|,....((((((((........)).)))))).....{{{{,,{||,..(({{{.(((,.....,})),..{|||{{{..,,....)).}}}))...))))}.|,}{{{(.((....)))))}..,...{{,.((((((({...{{{.(((.((((((((((((.....)))))))))..})).))).,.....................{((((((((((((((((..{{(({.{((((({{{.(({.....|}|||}.((((.(((........))).)))).,..}}}.|(((..(((((((.((((.......)))).))))))),..))}},,,..((((((((((.(((((.{{..,.....((((((((,(((((({{..{{{{{{|||||||(({({,,(({(((((((({........,{{,.....,,{{{,(((((......))))).,||{{,{{..(((({{,,,,|||}||,....,((((,...........}}|},,|.,})))})}}{(((({....}))))).,||,,.{((((((((,((,,,,}|,}}}}}|}}}.|||||||.}|}{||}}}}}..,}}}})).}})))))|}}}||||{{,{,,,,,.,,.,,..{{{({{.(((..((((((.((((.....((((((............)))))).....))))))))))..))).}},}}}},|||{.{(((({(((({,,((((,{{{,,.,}}}}))})))},,{((((..,,.,.,,.......}}..)))))||,|{||||,..,,,,,)}}))}.,,....,,,..})))),,)))|..............|}},}},,,,,,,..,|,|}}}}}}}}},,,,,,|||{|,,,,...||||{,,,,,||,,|{||{{,|,,,,...,.)||||}.,.}}})}}}..,}})}}...,}}}}}||......(((({...}))))....,,.{{{{.....(((((((......{(((((((((((....{{((((({....(((.,((({((({(,,,,,|||{,,.,,,,}}}|||||,|}}..}}}}}))}..,,.....{{((((((((....)))))))).}}..,.......,.(((((((.{{........................(((((((.((((((((.((.(((.....))).))...))))))))..))))))),,,...))))))),.{,,..,,...{||,.,|}},,.{(((({,,,,,.{((,|..}}}}}}}|.||||(((({{{{.....{((((...{{{.,((..,{,....,{{||,|{..,,|,..,,})}}}}.}}}..}}.,}}}..})))).{{{{|}||,||,(((((((((...............))))))))).,,.|,}}}}}.....||,{({,,,||||{{,,||||,.}}}|,,}}|,,.,|{{{{{{{{...,,)))}))))))}))})),}))))}.......,,{{..(((((....))))).....{((({{|||||,|||.{....,)))))}})),,,..|||,.,,))}),,,|||||,{|||||||{,,,,,,,}{{{{|}},,,,,)})))}|.,.,,..,}},,||||,.....(((((((((((........,{,...{((((((((,{{,...{(((...{{......))))))....}}}))))))))).....(((......((((((((....))))))))....)))......,)))))))))))......{||.,||,|{,....},)}.},.,.,)}}})))))))))))).)))))))....}}}}|,,..,},.)))))))},,.}))))))))}}))))}.,.((((({,(((((......))))))))))).,..,||,,...,,,,...,,|....},,{(.(((((....))))).)}..,},,||,,,.}})))}.})}},.....,,.((((((.((....{((((,,...,,,,..,..}}))}....)).)))))),,)))))}..,))))))))))).},,.,,)))}},})},||||,.....{((({....})))}.....))))))).)))))...,{,|.((((..(((({......)))))..)))),},})))))))))).))))))).(((((........))))))))))},,....,}}}}}......)))))))))...{(({.....)))||,(({.((({{{(.((((((((((....)))))...))))).))))))...)))...,,,,.......,{{{..,|,|{{{.........((((((.....)))))).,,,..{{{{{,..,)))))})))}.,...,,...(((((((((((((,,{(........,)).}}.})).))))))))...)))))))...))))))))))....{({{,,,|{,..,},,,....{(((((((......)))))))}.....,,{.,............,.))).,|,.,.}}}..)))))}.)}.}}..))))),},.......(((((.((((((((((....}))))).))))..))))){{,({{(,{{{{{|,,,,,,,,,.))))}|||}|{{{{{...}))}},.|||,...{{{{{{{{.,...}))},))}},,....,}}(({{{.({.(((((........)}}}}.)).)))))..))).
Back