Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001135638.2
Sequence Length
3800 nt
GC Content
0.4716
GAUUUUUUGCUUGGCUACCCGGAGUGAAGCGGCCGGGUUGGGCGAUUAACAGGCCGUGGUUAGGAAGGACGGAGAAGGGGCGUUCGCUCCUUUGGGACUUUUCAUGCCUCGUUUUUUUUUCAGAUGUGGCUUGGUCUGGGCGCAAGGUCCCAGCAGCCAGCUUAAGCUUACUCUUCUGUGAAAGGGGAAAGUAUCCCCUGUGGAAAGCGGUUAAACUUGUGGAGGGGGUGCGGGACGUGAGUUCUUCCCCAUGCCAGGCGAAUGGUGUGGCCUUGAGCUGGUCCAGGAGCCGGCUCGACGUGUCUGAGGGAGGCCCCGGAGGGGGCGGGGAGGUGGCCCACAGAACGCGGGUUCUGUAAAGAGACGUUGGGAAGAUUCGAUUCCGAGAAGAGGAAGAACCGGAUUGAAAGAGAGCCAGGCCGCUGAGGGGGAGGGGGCUGCUAAGAUGGCGUCGGCCUCCUCCGGGCCGUCGUCUUCGGUCGGUUUUUCAUCCUUUGAUCCCGCGGUCCCUUCCUGUACCUUGUCCUCAGCAGCAUCUGGAAUCAAGAGACCCAUGGCAUCUGAGGUCUUGGAAGCUAGACAGGAUUCUUACAUCUCAUUGGUGCCUUAUGCCUCUGGCAUGCCCAUCAAGAAAAUAGGCCAUAGAAGUGUUGAUUCCUCAGGAGAGACAACAUAUAAAAAGACAACCUCAUCAGCCUUGAAAGGUGCCAUCCAGUUAGGCAUUACCCACACUGUGGGGAGCCUGAGUACCAAACCAGAGCGUGAUGUCCUCAUGCAAGAUUUCUACGUGGUUGAGAGUAUCUUCUUUCCCAGUGAAGGGAGCAACCUGACCCCUGCUCAUCACUACAAUGACUUUCGUUUCAAGACCUAUGCACCUGUUGCCUUCCGCUACUUCCGGGAGCUAUUUGGUAUCCGGCCCGAUGAUUACUUGUAUUCCCUCUGCAGUGAGCCGCUGAUUGAACUCUGUAGCUCUGGAGCUAGUGGUUCCCUAUUCUAUGUGUCCAGCGACGAUGAGUUCAUUAUUAAGACAGUCCAACAUAAAGAGGCGGAAUUUCUGCAGAAGCUGCUUCCAGGAUACUACAUGAACCUCAACCAGAACCCUCGGACUUUGCUGCCUAAAUUCUAUGGACUGUACUGUGUGCAGGCAGGUGGCAAGAACAUUCGGAUUGUGGUGAUGAACAAUCUUUUACCAAGAUCGGUAAAAAUGCAUAUCAAAUAUGACCUCAAAGGCUCAACCUACAAACGGCGGGCUUCCCAGAAAGAGCGAGAGAAGCCUCUUCCCACAUUUAAAGACCUAGACUUCUUACAAGACAUCCCUGAUGGUCUUUUUUUGGAUGCUGACAUGUACAACGCUCUCUGUAAGACCCUGCAGCGUGACUGUUUGGUGCUGCAGAGCUUCAAGAUAAUGGAUUACAGCCUCUUGAUGUCAAUCCAUAAUAUAGAUCAUGCACAACGAGAGCCCUUAAGCAGUGAAACACAGUACUCAGUUGAUACUCGAAGACCGGCCCCCCAAAAGGCUCUGUAUUCCACAGCCAUGGAAUCCAUCCAGGGAGAGGCUCGACGGGGUGGUACCAUGGAGACUGAUGACCAUAUGGGUGGCAUCCCUGCCCGGAAUAGUAAAGGGGAAAGGCUUCUGCUUUAUAUUGGCAUCAUUGACAUUCUACAGUCUUACAGGUUUGUUAAGAAGUUGGAGCACUCUUGGAAAGCCCUGGUACAUGACGGAGACACUGUCUCAGUGCAUCGCCCAGGCUUCUACGCUGAACGGUUCCAGCGCUUCAUGUGCAACACAGUAUUUAAGAAGAUUCCCUUGAAGCCUUCUCCUUCCAAAAAGUUUCGGUCUGGCUCAUCUUUCUCUCGGCGAGCAGGCUCCAGUGGCAACUCCUGCAUUACUUACCAGCCAUCGGUCUCUGGGGAACACAAGGCACAAGUGACAACAAAGGCAGAAGUGGAGCCAGGCGUUCACCUUGGUCGUCCUGAUGUUUUACCUCAGACUCCACCUUUGGAGGAAAUCAGUGAGGGCUCGCCUAUUCCUGACCCCAGUUUCUCACCUCUAGUUGGAGAGACUUUGCAAAUGCUAACUACAAGUACAACCUUGGAAAAGCUUGAAGUUGCAGAGUCAGAGUUCACCCAUUAAGCGCAAAGCCUCAGAAGACCUGGAACAAGAUUCUGCCAUCUCUGUGAUCCCAAGAUGUCAGCCCUUGCCCCAGCAAUGCUGAAUUUUCUUCUACUUGGUCAUCAAAAAAGGAGUGUAAUAGAAGUGAGGGGAGCUGCUCCUCCAUCUUCUUCCUGAAGAAGAACCUUCUCUCCUUCCUCUUCCUCAUGAAUGGGCCUUAGUGCCUCAGAGAGUUGAGGACCGCAGCAUCCCCUCCACUCCAGAGUUGGGUGGUAUGGAUUUUCAACUGGCCAACCCUUUGCCUCCACUAUUGAAUUUUUUUCAGACCCCCAUUCUUCAUGCUGGAAAUGGGAUUGCUGGACUUGGCAGCUUUCUUUCCCCUCGUCUUUGACUAGGAACCGGACUCUUAAUUUCCUCAGGACAGACUAGCUGGCACAUUAUCCCUACCUUAGUUCUUUCUCUCUGACUCCUGGAAGAAUACUCCUGUAAUCUCUGUAAAGGUUUUUGGGGGAUAAGGGUGUUUAACCACCUCCCAGCUUUCUUCUUCUUUUUUUUUUUCUGAAAAAAGGAAAAAGCACACAGCACACAAUUUCAAGCCAUUUUCAGAUCAGAACUCCAGAAGUGUUGACAAGAUGCCUAUUCGUAGAGUUCCCUCAGAAGAGCCAUGGUGUUUAUGAAGAGAAGAGUAGUGAUUGCUCUGCCAGAAGCAGCUCCUCUUUAAACUCCUCCUCUCUUGAUGAAUUUCUUAAGGCUGAAGGAAUGAAGAGAGUGGGACAUGGGGUAAUCUUUAUCCCUUUUGUUAAAACAGGAGGCAGCCAUGGGCUGGGAGAUCAUAGCCCUUCCUAGGCAGAAUCCUGUUCACUGCCAGGCUAUAGUAAUUAUUACUAUUUUGCAAUUUGAAAUAUAUUCUGGUUGUUUUUCUAAAUGUGAAGACUUACCAAAUGAAUUUUAGAUCAUUCUCCAGAGGAGAUUUUUUUUGCUCUUCUCAUCUUUUCCAACAGUGUUCUCCUGUUUGUGGAGCUAAGGUAAAGAGGGGACACUUCUGUCUGUUUAACAGACAGUCCAUAUCUGUGAGGCCAGCAAAUAUUUUCUUAAACUCAUGGGGAGACAGCAGAUUCUUGCCUUGGUGAGGUCAUUGCUGUGCCAUAUGUCCUACCCCCCUGUCUUCAUGCAGGGAAGUUGGAAAUGGGGGCUACAUAUGCCCUCUCCUCCCCGUCUACAAGAGUUGUGGUUUUCCAUCUGAUCCUUCCACUCUUGUCAGGGGAAGAAGGGGGCCUGGUAUCUCAGGCAGAUUGUUGAAUUCCUGUUCUAUCCCUUCUCUAUCCCACCCUGCCUUGAUAAUAUGUUAGCCCAUACCCCAAAUAACUGUCUAUAUUAGACACCCCCAGCCAGUUUCUGGCUGCCUGUCUUUGCUGCCAUGUUUUUUACAAGAAGGAAAGAAUUCUUGCUAUUUUUUUUUCAUAAUUUACUAUUUAUGAUGUAUUUAAGUGUUUUAUUAAGGACAGAGUUCUGUUAGGGGUGGGAGGGAAUAUUUGAGGGAGGGCUGGGUCUUAGGGAAAGGAAUGGGGAAGCAACAUUUUUAUUAAGUGUUACUAUUUGCCUCUACUUUGUAUUGUUCAGAAAUGGCAAAUACAAUAUAAAAGUGAUAUAUGGUUUUAAUGUAAUAAACUUUAAUGAGUUAUUUAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1235.4 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1309.4
Frequency: 0.0000
Diversity: 946.2
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((((.((((.(.(((((((..((((((..(((((....))))).)))))).(((.(((((((..((((((((.......((((((((((((((((((((((.(((((.......))))).))).((((((((((.....).)))))..))))((....))((((......)))).((((((.....))))))))))))))..(((((((((.(((((((((...(((((....))))).))))..((((.((.....)).)))).((((((((((......))))))))))...(((((((((.(((...(((((((((.(((((((((...(((((((....))))))).......((((((((.((((((.((((.......))))....))))))((((((((((((((((((((((((((((((((((((...((.((((.((((((.....)))))).)))).))((((((...........))))))..))))))))))))).........)))))))....(((.......))).((((((((((((((((((...((((.((.....)).))))...))))))..))))))..(((((...)))))(((.............))).......((((((.((((...))))...))))))..............(((((((.(((.(..((((((((((.(((((((....(((((...)))))..)))).((((((((((.(((((((((((((..(((.(((((.......((((..(((((...((((((((.(..(...(((((...((((.((..((.((((((((((((((((....)))......((.(((..(.((((((((.(((((((....(((((.(((..((((..((......))..)))).))))))))....(((((...)))))..(((((((.....(.(((((.(..((((.........))))..)))))).).....)))))))......((((((((((........((((((((..((((.((...(((.....(((............)))....)))....))))))..)).))))))........)))))))).))))).)).)).)))))))).)..)))..))))))))))))))).))...(((((((......)))))))...(((((...))))).......(((.....)))......)))))).)))))....)..).)))))))).))))).))))....(((((((..((..(((....)))..))......)))))))))))).)))..)))))...).)))))))(((((......))))).......))))))))))...(((((((.......((((.(((((.((((((.((((((((.........)))..)).))).))))))..........(((...))).((..(((((....))).))..)).((((........))))))))).))))...((.((((.....)))).)).)))))))))).)))))))))).).))).)))))))....))))))((((....)))).(((((....((((((((.(((((((((((((.....((.((.((((((..((...........))..)))))))).)))))))))....(((((.(((.(((...(((((.(((((...))))).)).)))...)))))))))))(((((........)))))((((..((((......))))....))))........)))))))))))))).......))))))))))))))).)))))))))))))).(((((....(((....))))))))........(((((..((.(((.((((((((............((((.(((...(((((.(((((.((..(((.(((((..((((....((((.((...)).)))).(((((....)))))...))))))))).))).))))))).))).))...)))..))))((((....)))).((((((((((..(((.....((((......))))....)))......))))))))))(((((((..((.....((.....)).(((((.(((..((...((((..((((((..(((((((((((((((..(((((..((((....)))).)))))..))).((((((.(((...........((((((..........((((((((((((.......(((((((....)))))))............(((((..((((.(((...(((......))))))))).)..)))))..))))).)))))))))))))(((((.(((.(((.((((..(((((.(((.(((....)))...)))...))))).....)))).)))))))))))))).).))))).))))))))).)))..))))))...))))...))..))))))))...))....)))))))....))))))))))).))...)))))(((.(((((((((((((.((((((((............))))))))((....))..........))))).....))))))))..))).....))))))))).)))))))))(((((((((((.....)))))))))))...((.....))............))).))))))))).....))))).)))).)))))...((((((((((.....(((((.(((.....(((..((.((((((.((((((.(((.((((((((((((...)).))))).))........))).))).)))))).)))))).))....)))))).))))).....))))))).)))(((((((...))))))).........(((((((..(.(((.((((..(((.........)))..))))))).)..))))))).........((.(((((((...)))))))...)).(((((((((.((((.((((.((((((........))))))..)))))))).)))))))))...)).)))))))))..........)))))))).))))))).)))(((((((.(((.((((...........)))).)))))))))).((((((((...))))))))..))).)))).).))))))))))..........(((((((..(((((((((((..((((((....))))))...)))))))((((((((((((.(((((((((......)))))).....(((...((((((.......)))))))))(((((....((((((((.(.((((........))))...).))))))))..)))))....))).((((((....))))))(((.(((((..((((((((((.(((((.......((((((((.((((((..((((.....(((..(((((.((((..((((((...))))))....(((((((...))))))).(((((((((...............((((((........))))))...........((((((........))))))..................))))))))).....)))).)))))))).....)))))))))).)))).))))....)))))..))))))))))..))))).)))......(((((..((((((((.....((((.......))))...)))))))).)))))...)).))))))))))..............)))).))))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....((((({{((((.{.(((((((..((((((..(((((....))))).)))))).(((.(((((((..(((((((({((....((((((((((,(((((((((((.(((((.......))))).))).((((((((((.....).)))))..)))){{....}}{(((......)))).((((((.....))))))))))))))..((({,((((.(((((((((...(((((....))))).))))..((((.((.....)).)))).((((((((((......))))))))))...(((((((((.(((...(((((((((.(((((((((,,,(((((((....)))))))..,((((((,{((((,{{,{,{,{{((({(.{((((({({,({{({..((((((((((((((((((((((((((((((((((((...((.((((.((((((.....)))))).)))).))((((((........,,.,}))))..))))))))))))).........)))))))....{{{(({{(({{,{.,,{,(((((,,,((((((,{,({{,.{{....,)),}}))...}}}|},,{|||||,.,(((((...)))))|,,}}},,,.......,))}}}....,|{|||}||||...}},|{|{|,,,,,..............(((((((.(((.{..((((((((((.(((,(((.,,.(((,,..,|||||{{||||(((((((((({.(((((((((((((..(((.(((({.......((((..(((((...((((((((,,..,...((({{,..{{{{.{{..{(.(((((((((((((,,...,,{{{....,..,,.((((((((((((,..((((((.{((({((((((((..((((((((((.......(((({,(((.......))))))))))))..)}}.,,))}..)))))))))))}.)))))).......,,|.,,.,{{{....)))},,}}}}.,,,,....{(((((((((........(((((({{..{{{(,((...|||,.{,.(((.,.{.....|,.}}).}..}))...,))})))..}}.))))))........)))))))).))..}.)))}})))))}})),),.,...,,,))))))))))))).}}...(((((((......)))))))...(((({...})))).{{,...|||,}}..}},......))}))),}}}}}.....,.}.)))))))).))))).))))....{((((((.,(,..{{{....}}}..,,.,,,..))))))}))))).)))..)))))...}.,))))))(((((.,...,}))}|,......)))))))))),))},}}|||......{(((((((((..,,,,,|.})},}})))}}.,,,,,},},.||,,,,.||||||,.,,,..}}.{{{...}}}.||,,||||{.,..})),},.....|({{..,,....)))}}||},.,})),}}||.((((.....))))))).)},))),))).)))))))))).}.))).))))))).....,||||((,,...}))))}{{{......{((((({{{((((((((((,......}||}{{.((((((..((...,,....,.))..)))))))}.||||||||...,.((({((((({(((...(((((.(((((...))))).)).))).,.))))))))))}{{{{|....,}}}))))}((((..((((......))))....))))........)))))))))))))),,.....})))))))))))))).)))))),,))}},|,(((((....(((....}}}}})))........{{{{{,.{,,{{{,(({((((,{,{,.{{,....{{|,..||...{({{{,{,||{.|(|{((,.{{{,,..,||||,|||{{{,||...,},})}}.(((((....|||||{.....,,||}|{|,|{|,....,.,)))))))},},..|,.)|}}},}.})))).((((((((({..(({.....((((......))))....})).,....)))))))))),{{{{{{...,.....{{,....)),{{,|||{{|,,||...{{{{.,|||||(..{{|({{{{{{|{||{..(((((..((((....)))).))))).,}})}}}||.,||||..,}}......(((({(,,,..,.,{,((((((((((((.......((((({,...}))))|||......,.....{((((..((((.(({..{(((......))))))))).)..)))))..))))).)))))))))))}}{(,((((({,(((.(((,..,||||}||,}||}}.,,}))}}})),...}||||.....)))).}}}||||||||,,....,))),.))))}}})},)))..})))))...)))),}}),.,))))))},..,||,...}}}}})}....,}))}}})}}|,||...})))|,,,.{{{{{{{,,,,,,.||||||||,,,.........))))))}|{{.||,},,,|||,,...|}}}}....,))))))})||)}}}....))))))))).)))))))))(((((((((((.....))))))))))}...((.....))............))).))))))))}.....))))).)))).||}}}..,((((((((((.....(((((.(({....{(((..((.((((((.((((((.(((.((({{{{(((((,,..,.,)))).,,........))).))).)))))).)))))).}),...)))))).))))).....))))))).)))(((((({...}))))))...,|,...(((((((..(.(((.((((..(((......,..)))..))))))).)..)))))))...{||.{|{,.(((((({...})))))).,,)),(((((((((.((((.((((.({(((((.......))))))..)))))))).)))))))))...,,,)))))))))........}))))))))).))))))),)))((((((({(((.((((,.........,)))).)))))))))).((((((((...))))))))..))).)))).).)))))))))).....,{,..(((((((..(({{(((((((,.{(((((....))))))},.,))))))((((((((((((.({{((((((......)))))).....{{{...((((((.......))))))||}(((((....((((((((.(.((,{........)).)}..}.))))))))..))))).,..}))}((((({....}))))),((.(((((..((((((((((.(((((.......((((((((.((((({.,((((.,,..(((,.{((((.(((({{((((((...)))))}....(((((((...))))))).(((((((((.,,.,,{.,....,{(({{{{{,{,,,..}}}}},.,,,,,.....((((((........)))))).,,,.....)})...,,.))))))))),},..}))).)))))))).....)))))))))).)))).))))....)))))..))))))))))..))))).}},......((({{..{(((((((|,|,,{{((.,..|,.|}}}...)))))))),)))))...)).))))))))))..............)))).)))))))....,,.
Back