Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001198956.2
Sequence Length
3486 nt
GC Content
0.4426
GGAUGUUCUGGUUAGUCUAAGAAGGAGAGUAUGAGGCGAGCUCCGGCCCGGGUGCGGCCGGGCUUCAGGGGCCCAGGCGCCGCUGCUGCCACCGCCAUCUAACGCUGCGCCCUGGAGGCCCGGCGCGCGGAUGGUGCCGGUGCGGCUCGGGUGUUGAAACGGGUGUCCCCUCCCCCUCCUCCCCUCCCCCACGCGGUGGUCUCCCCUCCCACCCGGCUCAGGCAGAGCCAUGUCUCGGGGUGGCUCCUACCCACACCUGUUGUGGGACGUGAGGAAAAGGUCCCUCGGGCUGGAGGACCCGUCCCGGCUGCGGAGUCGCUACCUGGGAAGAAGAGAAUUUAUCCAAAGAUUAAAACUUGAAGCAACCCUUAAUGUGCAUGAUGGUUGUGUUAAUACAAUCUGUUGGAAUGACACUGGAGAAUAUAUUUUAUCUGGCUCAGAUGACACCAAAUUAGUAAUUAGUAAUCCUUACAGCAGAAAGGUUUUGACAACAAUUCGUUCAGGGCACCGAGCAAACAUAUUUAGUGCAAAGUUCUUACCUUGUACAAAUGAUAAACAGAUUGUAUCCUGCUCUGGAGAUGGAGUAAUAUUUUAUACCAACGUUGAGCAAGAUGCAGAAACCAACAGACAAUGCCAAUUUACGUGUCAUUAUGGAACUACUUAUGAGAUUAUGACUGUACCCAAUGACCCUUACACUUUUCUCUCUUGUGGUGAAGAUGGAACUGUUAGGUGGUUUGAUACACGCAUCAAAACUAGCUGCACAAAAGAAGAUUGUAAAGAUGAUAUUUUAAUUAACUGUCGACGUGCUGCCACGUCUGUUGCUAUUUGCCCACCAAUACCAUAUUACCUUGCUGUUGGUUGUUCUGACAGCUCAGUACGAAUAUAUGAUCGGCGAAUGCUGGGCACAAGAGCUACAGGGAAUUAUGCAGGUCGAGGGACUACUGGAAUGGUUGCCCGUUUUAUUCCUUCCCAUCUUAAUAAUAAGUCCUGCAGAGUGACAUCUCUGUGUUACAGUGAAGAUGGUCAAGAGAUUCUCGUUAGUUACUCUUCAGAUUACAUAUAUCUUUUUGACCCGAAAGAUGAUACAGCACGAGAACUUAAAACUCCUUCUGCGGAAGAGAGAAGAGAAGAGUUGCGACAACCACCAGUUAAGCGUUUGAGACUUCGUGGUGAUUGGUCAGAUACUGGACCCAGAGCAAGGCCGGAGAGUGAACGAGAACGAGAUGGAGAGCAGAGUCCCAAUGUGUCAUUGAUGCAGAGAAUGUCUGAUAUGUUAUCAAGAUGGUUUGAAGAAGCAAGUGAGGUUGCACAAAGCAAUAGAGGACGAGGAAGAUCUCGACCCAGAGGUGGAACAAGUCAAUCAGAUAUUUCAACUCUUCCUACGGUCCCAUCAAGUCCUGAUUUGGAAGUGAGUGAAACUGCAAUGGAAGUAGAUACUCCAGCUGAACAAUUUCUUCAGCCUUCUACAUCCUCUACAAUGUCAGCUCAGGCUCAUUCGACAUCAUCUCCCACAGAAAGCCCUCAUUCUACUCCUUUGCUAUCUUCUCCAGACAGUGAACAAAGGCAGUCUGUUGAGGCAUCUGGACACCACACACAUCAUCAGUCUGAAUUUUUAAGGGGCCCUGAGAUAGCUUUGCUUCGUAAGCGCCUGCAACAACUGAGGCUUAAGAAGGCUGAGCAGCAGAGGCAGCAAGAGCUAGCUGCACAUACCCAGCAACAGCCUUCCACUUCUGAUCAGUCUUCUCAUGAGGGCUCUUCACAGGACCCUCAUGCUUCAGAUUCUCCUUCUUCUGUGGUUAACAAACAGCUCGGAUCCAUGUCACUUGACGAGCAACAGGAUAACAAUAAUGAAAAGCUGAGCCCCAAACCAGGGACAGGUGAACCAGUUUUAAGUUUGCACUACAGCACAGAAGGAACAACUACAAGCACAAUAAAACUGAACUUUACAGAUGAAUGGAGCAGUAUAGCAUCAAGUUCUAGAGGAAUUGGGAGCCAUUGCAAAUCUGAGGGUCAGGAGGAAUCUUUCGUCCCACAGAGCUCAGUGCAACCACCAGAAGGAGACAGUGAAACAAAAGCUCCUGAAGAAUCAUCAGAGGAUGUGACAAAAUAUCAGGAAGGAGUAUCUGCAGAAAACCCAGUUGAGAACCAUAUCAAUAUAACACAAUCAGAUAAGUUCACAGCCAAGCCAUUGGAUUCCAACUCAGGAGAAAGAAAUGACCUCAAUCUUGAUCGCUCUUGUGGGGUUCCAGAAGAAUCUGCUUCAUCUGAAAAAGCCAAGGAACCAGAAACUUCAGAUCAGACUAGCACUGAGAGUGCUACCAAUGAAAAUAACACCAAUCCUGAGCCUCAGUUCCAAACAGAAGCCACUGGGCCUUCAGCUCAUGAAGAAACAUCCACCAGGGACUCUGCUCUUCAGGACACAGAUGACAGUGAUGAUGACCCAGUCCUGAUCCCAGGUGCAAGGUAUCGAGCAGGACCUGGUGAUAGAUUUAAUAUCAGAGGAACAACAAUAGGUGAUAGAAUAAUGAGACGCUCUGCUGUUGCCCGUAUUCAGGAGUUCUUCAGACGGAGAAAAGAAAGGAAAGAAAUGGAAGAAUUGGAUACUUUGAACAUUAGAAGGCCGCUAGUAAAAAUGGUUUAUAAAGGCCAUCGCAACUCCAGGACAAUGAUAAAAGAAGCCAAUUUCUGGGGUGCUAACUUUGUAAUGAGUGGUUCUGACUGUGGCCACAUUUUCAUCUGGGAUCGGCACACUGCUGAGCAUUUGAUGCUUCUGGAAGCUGAUAAUCAUGUGGUAAACUGCCUGCAGCCACAUCCGUUUGACCCAAUUUUAGCCUCAUCUGGCAUAGAUUAUGACAUAAAGAUCUGGUCACCAUUAGAAGAGUCAAGGAUUUUUAACCGAAAACUUGCUGAUGAAGUUAUAACUCGAAACGAACUCAUGCUGGAAGAAACUAGAAACACCAUUACAGUUCCAGCCUCUUUCAUGUUGAGGAUGUUGGCUUCACUUAAUCAUAUCCGAGCUGACCGGUUGGAGGGUGACAGAUCAGAAGGCUCUGGUCAAGAGAAUGAAAAUGAGGAUGAGGAAUAAUAAACUCUUUUUGGCAAGCACUUAAAUGUUCUGAAAUUUGUAUAAGACAUUUAUUAUAUUUUUUUCUUUACAGAGCUUUAGUGCAAUUUUAAGGUUAUGGUUUUUGGAGUUUUUCCCUUUUUUUGGGAUAACCUAACAUUGGUUUGGAAUGAUUGUGUGCAUGAAUUUGGGAGAUUGUAUAAAACAAAACUAGCAGAAUGUUUUUAAAACUUUUUGCCGUGUAUGAGGAGUGCUAGAAAAUGCAAAGUGCAAUAUUUUCCCUAACCUUCAAAUGUGGGAGCUUGGAUCAAUGUUGAAGAAUAAUUUUCAUCAUAGUGAAAAUGUUGGUUCAAAUAAAUUUCUACACUUGCCAUUUGCAUGUUUGUUGCUUUCUAAUUAAAGAAACUGGUUGUUUUAAGAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-995.7 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1061.71
Frequency: 0.0000
Diversity: 1034.6
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((...((.(((.......))).))...((.(..((((((((((((.(.(((((((....((((((((.((((((...(((((.((((.((((...(((.(((((..((....))))))))))...)))).)))))))))...)))))).....)))...)))))..)))(((((.(.(((((.(((.((((..........(((((((((((.....)))))........))))))..........))))))).).)))).).)))))...)))))))))))))))))..))).((((((..(((....)))..)).)))).....)))))..))))...........((((((((((((...((((((((.(((((..((((((...(((....)))...)))))).(((((((((...(((((((...)))))))...............(((((.((((((((((((((((.((((((.((((.((((((((((((............(((((.((((((.((....)).)))))))))))..........((((((.(((((....(.(((.((((....)))).))).)...))))).)))))).....((((((((..((((..(((((.((((....((((...((.(((.((((.....(((((..(((((((..(((((.((((((...(((((................(((.(((((((((......))).)))))).)))))))).)))))).)))))((.((((......)))).)).(((((.(((.......(((((.(((...(((((........((((((((...((((((((.....))))))))...))).....)))))...(((....))))))))....))).))))).......))).)))))((((((.(((((((((....)))))).....(((.(((((((........(((((....)).)))((((((.((...((.......))..))))))))((((((...(((((((((((((.......)))).(((((((........(((.((.((((((..((((((.(((((((....)))).))).........(((..(((........))).))).))))))..)))))).))))))))))))....((.((........)))))))))))))))))))..))))))).)))))))))))).....))))))).))))).....)))).))).))....((((((((..((((.((..(((((((((((.....))))(((((((.(.((((((((((......)))))((((...(((.....))).))))..(((((((..((((..(((((..(((......)))..))).))..))))....))))).))........((((((.......))))))))))).).)))))))..((((((((....))).....)))))..(((.....)))....)))))))...)).)))))))))))).)))))))))))))....))))))))))))..)).)))))))((((((((((((.....(((((((((((.((((((.........((((........))))((((.((.....))))))...((((((((((....((((((..(.(((.(((.((((........))))...)))))))..)))))).))))))))))((((((((.((((...)))))))))))).((((...(((((((((...((((((........(((((................)))))......................((((((((((......)))....(((((.((((((((....(((...........................)))...))))))))...)))))...........(((((...((.((.((((((...)))))).)).)).)))))...((((.(((.(.(((((...)))))).))).)))))))))))..)))))).)))))))))...))))......)))))).))))))..))))).))))))......((((((..((((((((((((......(((((((.((((((((.(((.(((((.............(((((.((((((.(((((...((((...((((((...((.......))...))))))..(((((((((((((((..((((..((((.(((..((.....)).....))).))))..))))...(((...(((((((...)))))))....)))................))))))))(((((........(((....)))(((((.....))))).......(((((((...(((((((.(((((((....((.(......).))......))))))).....(((((...)))))))))))).)))))))...(((.....)))...))))).......((((((((......(((...)))..))))))))......)))))))(((((....))))).......))))...))))).....))))...)).)))))....((.((((....(((((.....)))))...)))).))(((.((((((((....................))))))))))).....))))).)))))))))))))))).))((.((........)))).((((((...)))))))))...))))))))).....))))))....))))))...((.((..((((((((..(((((.(.(((((.((((((((((((..((((((((.(......).))))).(((((((((((..((((...((........))....)))).)))))(((((((...(((((...(((.....(((((((......................)))))))....)))...))))).....)))))))...........(((((.(.....).))))).)))))).(((((((....)))))))............))).))))))))......(((((((....(.(((((.(((((((((.(((((.((((((.((((.................))))))))))..))))).)))..))))))))).)).)....))))))).((((.......))))....)))).)))))..).)))))..)))).)).)).....)).)).((((.....))))........))))))).))))))))))))))..)))..))))).))))).....((((...)))))))))))))........(((.((((((((.((((((((((...........((((((((....)))))))))))))))))).....)))))))).))))))))))))))))......(((((......)))))..))))))))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((((...{{.(((.....,,}}}.},...((.(..((((((((((((.(.((((((({{,..{{|||||.((((((...(((({,((((,((((...{{(,(((({,,((...,))))))))))...)))).)))))))))...))))),.....{||...,,}},}})}}{(({{.{.{{{({{(((.(((({.........{{{{{{(((((.....)))))..,,..,,)))})),......,,,)})),},}),)))}.}.))))}...))))))))))))))))),.))).((((((..(((....)))..}),)))).....))))}.,))))...........((((((((((((...{(((((((.((((({.((((((...((,....}))...)))))).(((((((((...(((((((...)))))))..............,(((({.((((((({(((((((((((((((.((({,((((((((,.(({(,|,|{{,.,,{{{({.((((((.((....)).))))))}}}},.........,((((((.(((((..,.(.(((.((((....)))).))).).,.))))).)))))){{(((((,..{{{..((((({.....,.(((((,.,((.,,,{,(((({....}}}}}.,}},,}|}}}}}}(((((..,((((((((((({.(({.{{(((({{.{(({{(({(((((({,({{.,{{|||,...}||{||,,|||..,{{,,{{{{{.,,,||{,,.,,,,..,,..{{,(((((.(((.......(((((.(((.,,((((((,{{,,..(({,,,,,..,((((||((,,,,.}}}))))),,})}),|,..,,,,,.,.|{{....)})))))).,..))).))))).......))).)))||{||{....((((((((....)))))))).}}}}}}{|||{{|.,|..|,,{,,,{((((((......))))))}}}},.,}.}})}))},|....,,,(((((({..(((((((((.,........,(((((((,.....})))))}|{|.((.((((((..((((((.(((((((....)))).))).......,.||{({,,{,,,.....))}..)).})))))..)))))).)),,,((((,,...{{(,.,,}}}.....)))))))))))))}},,,))))))}{(((((((((((((((...((((({{{({||{{{{....,||||{|,,{,.|||{{{{({(((({{,,,|||{,,(((((((((.....))}...{.((((((((((((,{((..,,..}}))|{|{{...(((.....))).,}))...))))))).},})))|.{{...((((((.((((((.,.,,,...,,|.{{{(((..(((((((((((.((((((.......))))))..,,{(((((((((...((((((((....))).....))}}}...,,....{{({..{,(((({....((({((((({{,{((,{,,,|}}.}),,,.}}}})),))).,|.))}))}.}))}{,,................}}}||{,{{{{{.{(({((.,||,|...(({{.{{,,...))))((((.{{.....}}))))...((((((((((.{{{,(((((..{.(((.(((.((((........))))...))))))},.))}))).))))))))))((((((((.(((,...}))))))))))).{{((,..{((((((((...((((({..,.....(((((,,{{{.{{{..,,,..,)))}.,}}}}}}..............{||||||(((......))).,.,({{{{,{{((({{{.||||{,.,,.,,},...,.||,.....,,....}}....})}}))))...)))})...,,..,,,.(({{{...||.{{.|{{(({...)))))},)).)).}}}}}...((((.(((.(.(((({...))))}).))).))))}}))))),.}))))).)))))))))...))},......))))))}}})},}}},.))))))))))...............)))))))))))..........((((.((((..((((...............)))).)))).))))....})))))..}))))).))))))....,,...})))))},}))))}}.||{(({.({(,.,,}}},|}|}.{{{(,{||.,{({..........,}}}.)}},..}})))})))},,.(((((((...))))))).}}}}}}...............||.(((.((((,,{.....,..|..}))))))(((((.....))))).......}}}..)))))))))))))))),,,|.{,,,.|}}|}}|.}|,|..,,,{((|((({(({{{(((({,,{|||||,||||||||{|,,{((((.......))))).,||..{,,{{.{{((((,{{,......|,,.}})})}}})))))}),{{{{{{,,..|((((((....,,,,,..................}}}}}}))})))))|||,.......||.(((({{.{((,,..,{{{|||,,..,))))}).((,{((((((((...{{...........,,..)))))))))))..{{{{......))))}}}}}},})))})))).,,,},,)))))))}}||||{,.,,})}}||{|||,.,}))))}}}),.}}))),,....}))))|)}}}}))))})))),,,}}))}}}}}.}})}},.....(((......))).{(((((.{......,.}))))}((((((,{{{{..((({...({.,......}}....}))).))}}|(((((((,..(((((...(((.....(((((((.....,.,..............)))))))....)))...)))))..,,.))))))),..........(((((.(.....).))))).)))))).(((((((....))))))),))))}..)}}}}})})}.,|||,.........}}}...}))))}.(((((,(((.(((((((((...((((((........))))))...}})}.,,.))))))))))))))....,,,,}))}.}))))}}|||.|||..((((.......)))).}}}}}},.,,,}))}}},.,)).}))})))).))}}}.{{|.,,.{(((.....)))}..}}.,,,))))))).))))))))))))))..))}..})))).)))))}....((({...}))))))))))))........,,,.((((((((.(((((((((({{{,,..,...,{{(((({....}))))))))))))))))).....}))))))).}})))))))))))))).{{,.,((({,....,,)),})}.))))))))))))...
Back