Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001257118.3
Sequence Length
1996 nt
GC Content
0.4108
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Secondary Structure

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Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-536.9 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -579.52
Frequency: 0.0000
Diversity: 442.36
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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