Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001351411.2
Sequence Length
3818 nt
GC Content
0.4434
AGUAGGGGCCGACUGGCGGCUGACGCUCCCUGAGUGGCGACUCCGUCUCCAGCCCCGCUGCGGAGCGCGGGCCGGAUCUGGGGCGGCCAGGGCCCGGAGCCGCGGAGCCCUCCCCGCCGCCCGGCCGAGCACGGGACCCCGGCGGGGUGGGCGCAGGGGGCGGCCCCGCUCUGGGCGACUGCCGAGGGGCGGGCGGAGGGCCGGGCUCGGCUGGCGGUGGGGCGGGGGCCGCCGGGACUGGGCGCGCGGCCUGAAGCCAGCCCGGGGGCGGCAGGAGAGGGACGCGCGGCGGCAGCGAGCGCAGGGAACAGCUCCUGCCCAGGUCUGUGGGCACUCAGCAUGGAUUUCAGUCUCCCUGUGAGUGAUGGGAAAGAACUAACAGAGGUGGACGUCUGAUUUAUGAAGCUCCCCAUCCACCUAUCUGAGUACCUGACUUCUCAGGACUGACACCUACAGCAUCAGGUACACAGCUUCUCCUAGCAUGACUUCGAUCUGAUCAGCAAACAAGAAAAUUUGUCUCCCGUAGUUCUGGGGCGUGUUCACCACCUACAACCACAGAGCUGUCAUGGCUGCCAUCUCUACUUCCAUCCCUGUAAUUUCACAGCCCCAGUUCACAGCCAUGAAUGAACCACAGUGCUUCUACAACGAGUCCAUUGCCUUCUUUUAUAACCGAAGUGGAAAGCAUCUUGCCACAGAAUGGAACACAGUCAGCAAGCUGGUGAUGGGACUUGGAAUCACUGUUUGUAUCUUCAUCAUGUUGGCCAACCUAUUGGUCAUGGUGGCAAUCUAUGUCAACCGCCGCUUCCAUUUUCCUAUUUAUUACCUAAUGGCUAAUCUGGCUGCUGCAGACUUCUUUGCUGGGUUGGCCUACUUCUAUCUCAUGUUCAACACAGGACCCAAUACUCGGAGACUGACUGUUAGCACAUGGCUCCUUCGUCAGGGCCUCAUUGACACCAGCCUGACGGCAUCUGUGGCCAACUUACUGGCUAUUGCAAUCGAGAGGCACAUUACGGUUUUCCGCAUGCAGCUCCACACACGGAUGAGCAACCGGCGGGUAGUGGUGGUCAUUGUGGUCAUCUGGACUAUGGCCAUCGUUAUGGGUGCUAUACCCAGUGUGGGCUGGAACUGUAUCUGUGAUAUUGAAAAUUGUUCCAACAUGGCACCCCUCUACAGUGACUCUUACUUAGUCUUCUGGGCCAUUUUCAACUUGGUGACCUUUGUGGUAAUGGUGGUUCUCUAUGCUCACAUCUUUGGCUAUGUUCGCCAGAGGACUAUGAGAAUGUCUCGGCAUAGUUCUGGACCCCGGCGGAAUCGGGAUACCAUGAUGAGUCUUCUGAAGACUGUGGUCAUUGUGCUUGGGGCCUUUAUCAUCUGCUGGACUCCUGGAUUGGUUUUGUUACUUCUAGACGUGUGCUGUCCACAGUGCGACGUGCUGGCCUAUGAGAAAUUCUUCCUUCUCCUUGCUGAAUUCAACUCUGCCAUGAACCCCAUCAUUUACUCCUACCGCGACAAAGAAAUGAGCGCCACCUUUAGGCAGAUCCUCUGCUGCCAGCGCAGUGAGAACCCCACCGGCCCCACAGAAGGCUCAGACCGCUCGGCUUCCUCCCUCAACCACACCAUCUUGGCUGGAGUUCACAGCAAUGACCACUCUGUGGUUUAGAACGGAAACUGAGAUGAGGAACCAGCCGUCCUCUCUUGGAGGAUAAACAGCCUCCCCCUACCCAAUUGCCAGGGCAAGGUGGGGUGUGAGAGAGGAGAAAAGUCAACUCAUGUACUUAAACACUAACCAAUGACAGUAUUUGUUCCUGGACCCCACAAGACUUGAUAUAUAUUGAAAAUUAGCUUAUGUGACAACCCUCAUCUUGAUCCCCAUCCCUUCUGAAAGUAGGAAGUUGGAGCUCUUGCAAUGGAAUUCAAGAACAGACUCUGGAGUGUCCAUUUAGACUACACUAACUAGACUUUUAAAAGAUUUUGUGUGGUUUGGUGCAAGUCAGAAUAAAUUCUGGCUAGUUGAAUCCACAACUUCAUUUAUAUACAGGCUUCCCUUUUUUAUUUUUAAAGGAUACGUUUCACUUAAUAAACACGUUUAUGCCUAUCAGCAUGUUUGUGAUGGAUGAGACUAUGGACUGCUUUUAAACUACCAUAAUUCCAUUUUUUCCCUUACAUAGGAAAACUGUAAGUUGGAAUUAUCUUUUGUUUAGAAAGCAUGCAUGUAAUGUAUGUAUGCAGUAUGCCUUACUUAAAAAGAUUAAAAGGAUACUAAUGUUAAAUCUUCUAGGAAAUAGAACCUAGACUUCAAAGCCAGUAUUUGUUUAGGUCAUGAAGCAAACAAUGCUCUAAUCACAAUAUUAACUGUUUAAUUAAAAUGUUGUAACAAGUAUAAAACAGGGAAUGUAAGUUUAUUACCAAAGUGAUAUGUAUUCCAAAAAAGUCAUAGAAGAUGAAGCACUAUAAUAUUGUUCCCAUAUAUUUAAAAUACCCAAGUACAUUCUAAUUACCAGUAUAUCAGAGGAAAAUUUUCGUAGUCUUUGUAAAAUAAUAUACUCAUCAUAGAAAACUUGAAAAAUGCAGAAAUGUAUAAAAAAGCAAAAAUGAUUACUGAUAAUAUCACAACCCAGAAGUAACCACCUUUAAAAAGCAACCCCCAUGUAUGCCUAUAUGUGUAUUGUAUACUUUUUUUACAUAAUUGGAGUCAUACUGUAAACAGUUUUAUAAGUAGAUCUUUUUCAUUGCAAAAUUGCCACAUUUUCUUAUGGCAUUAAAAAUUUUACAAAAACAUAAUUUUAAUGGCUAUAUUAUAUUCCAUUUAAUGGAUGCAACUCAGUUUAUUUAACCAUUCCCAUGUUGUUAACUAUUUAGGUUGUUUCUAAUUUUCAUUAUUAUAAAGUUGCAGAAAUUUGGUGUACAUAAAACUGUCUCCAUAUAAUUGAUUAUUAGGAUAUAUUCCCAUGAAGGAUUCUUUUUUUAAAAAAAUGUGAAAUGUCAUCUUGUACUUACACCUUUCAUGAAAAGGGAUUUCCUGCUUUUGUACUGCAUGGGUGGCAGUUGUGAGGAAAAGCCAGUCAAAUGACCUUUUUACAAAAGAAAUGCAGUGGUCACUUCAGUUGAGAGUGACUUUUUAAUACAACAAGAUCAACUAGAAGAAUUCAACUGUCUCAAGAAUCAAGGUACCCCAAUAUAUCUCGCAAUUCCAAACUUUGUUUGAGGGACUCGUUAUCCAGCUCUUGGUAGCCACACCUGCAAUGUAAAAUGGAAGAAAAUGCAAAGAAACCAAAUGUGCCGAGUGAAUAAAGGAUUGUCAUAUCAAUUAGUGUGGGUCCAUCUGUAGCAAAUGGGUUGAGUGUGUCAGUAUGUGGUUGGUUACUGUGUAUUCGCCAGGAAUCACCCCGAUAGGCUGCCACCCUAUUAGGUGAUACCUGUUUAAUAUGUUGUCCAGGUAGACUAGUAGUUGCAUCAGUUUGCUGUAACAAGUAACCAGUGAGGUAACACAGUGGUGAAGCAGGUCAGGGGAGGUCAGGAGGAUGUCUGAGAGAAAGAAGUCCGGGAGAUGAAUGGCUGUCUAGGAAGGAGGAUGUCAGUGCACGGUUAGUGUUUGAGCAGAGGGCAGACUUGUAAAGUACCUGUAGUGAAAAGAAUGUGGGGACCCGAUUAGCAGAAAGGUGUUUGCACGUACUUUAUACAAAAUACAGAAUACUUUAUAUUGGAAGUGAAAGAAAUGAACGUGGACUUUUACACAUGUGCAUAUUUUUCUGGAGGCUAUAUGGAUUAUUUGAAAUGAAAAGCAUACUAAUUGGACUUUAAUAAAUCAUUUUCAAUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1147.6 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1224.23
Frequency: 0.0000
Diversity: 870.72
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......(((.((((((.(((((.(((((((.(..((((..(((((..(((.((((((((....)))).)))).)))..))))).((((.(.((((((..((((((..(((.((((((((((.((((((((.(((....)))(((((((.(.(......).).))))))).((((.(..(((((........)))))..).)))))))))))))))))))))).)))..))).)))..)))))).)..))))....))))..).)))))))((((((((((((.(.((((((((((.((((..........)))))))))(((.(((((((.((((((.((.(((........))).))))))))((((((.........((((((((((..((........)).........))))))..))))(((.(((((....))))))))........(((.(((((((.((..(((......))).)))))).))))))....(((((........))))).))))))......((((.(....).)).)).....))))))).))).....)))))).))))).))......))))).......)))))))))))....)))..((((((.(((.(..(((((((..(((((((...((((((((.........(((((((...((((.(((((((.((.((.....)).)).((((((.((((((..........)))))))))))).............(((((((....)))))))..)))))))...))))......))))))).......................((((((((((((................))))))))))))..............((((......))))......((((((.(((((((((..((((.((((((((((.((..((((.((.(((((((((((((.(((((((((((((((......))))..........(((..(((.....(((....)))..)))..)))....)))))))).....))).)))))..)))).)))).)).))))..((((((...(((((((((...(((((((((.((((...)))).((((((....((.........)).....))))))..)))))))))..(((.(((((...)))))))).(((((((((..(((((..........(((((((((...(((((((((((...(((((..((((((.......((((...((((..((((.....((..((((.((((..((.((((((((.(((.(....(((((....((((((...))))))))))))))).))).))))))).......((.((.(((.....(((..((((((.......((((((((((((((....)))))).)))).)))).......))))))..)))...)))..)).))....)))).))))..))......))))....))))...))))))))))..)))))(((.......))).........(((((....))))))))))))..))))...)))))).)))(((((((..(((.....(((((((..(((.((((.(((((((..((((.(((((...((((((((((((........))))).......(((((..........((((((((((((((........)))))(((((((...((((....)))))))))))...)))))))))..........)))))(((((...(((((((((........(((((((((.(((((((((((((.((..................)))))(((((((((.(((..((((((...(((...(((((.......))))).))).((....))((((((((((.(((......))).)))).))))))..((((.(((((((((.((..............)).))).))))))..)))).((((((((.((((((..(((((((((....(((((((((.(((((((...(((((.........)))))....((((........))))......((((......))))))))))))))))))))....))))....((((((((....(((((((((..((((((........))))))........))))))))).....)))))))).(((((((((.....)))))))))(((((.((((..((((.....)))))))))))))............((((((........)))))).))))))))))).))))))))(((((((..((((.....))))......((((((((..............))))))))....(((((((((((((((((((((((.......(((.(((((((...................(((((.((...(((((((.((((((..((...............(((((...(((((......(((((((((((((.............)))))).......))))))).....))))).)))))....(((((....))))).............((.(((((...................))))).)).....................(((((((((..((((((..............))))))..))).).)))))))..)))))).)))).)))...)).)))))...(((....)))((((((((..(((((((((((((.................))))))).))))))......(((((...))))).((((((.....((.(((((.((......)).))))).))....))))))(((((((..(((..((((((..(..((((.....((.....)).....))))..)..)))))))))..))))))).....(((......))).............))))))))..))))))).))).)))))).(((((.....))))).)))))))).)))))))))...(((.((((..((......))..)))).))).)))))))...............(((((((...((((((((((...((..............))...)))))).))))...)).))))).)))))).(((.(((((.........(((.(((.(((((...((((.(((.(((....((((.(((.....)))))))....))).)))..)))).))))).....)))..)))........)))))...)))....))).)))))))))......))).)))))))...).)))))))))))).)))))...))))))))))))....))))).)))))))))))((((((..((((((.......)))))).))))))(((((..(((....)))..)))))..(((.((.(((((.(((.((((((......)))))..).))).)))))))))))))).....)))..)))))))....)))...))))))).)))))..)))))))))))).)))))))))))))).)))))).))))))))))))))))).)))))).)))))))))))))))((((((.((((((((.((((.(((((.((((((............)).)))).))))).)))).)))....)))))..))))))...........((((((.(((.(((((..........))))).))).)))))))))))))..).))).))))))((((((((((((..........).))))......)))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
,(((((((({((((((.(((((.(((((((.(..((((,.(((((..(((.((((((((....)))).)))).)))..)))))}((((.(.((((((..((((((..(((.(((((((((({((((((((.({(,.((((((((((((.(.(......).).))))))}|{{.{{(..{{|||....)))}),))}.)).))},)))))))))))))))))).)))..)))}}))..)))))).)..))))....))))..).)))))))(((((.(({(((.,.(.((.((((((.{,.((((({......)))))),(((.(((((((.((((({.((.(((........))).)))))))),{((((.........((((((((((.,.,.,......,,,,.....,.)))))),.,))),(({(((((....},|||,,,....}}}..,|.,||||||}}.,,(((......))).||||,,.,}}}}),},,||,,(,,{.....})))).}}}}|}.,...|({{{.{,...,.}),}),,,..))))))).)))...,.)))))).)).)..,}))).))))))).......))))))))))}...,..{((({,{(({{.((((((.(((|,...,{(((((((((((,,({{...........((((.,((...))}.)))).({.((.....)}.}}...}}),.))))))}}}}))))))).))))))..)}...,))))}})),|||||,.}}}}))|||,,.(((((((.....)))),,)))))(({((({.....................((((((((((((................)))))))))))).(((((((,{{..(((...,,),,})}(((..{.((((((.(((((((((..((((.((((((((((.((..((((.((.(((((((((((((.(((((((((((((((......))))..,{{{{..{(,({{((,.....,{|}}}}}))..)))},,,,....)))))))).....))).)))))..)))),}))).)).))))..((((((...(((((({{{...(((((((((.((({...}))).((((((.,{.((.........},.....))))))..)))))))))..,,|.(((({...})))),,|((((((((((..(((((..........(((((((((...(((((((((((..((({{,..{(((((((.......)))))))}....}}},...(((.(((((.,{,...((.((((((((.(((.{,...{((((....((((({...))))))))))))))).)))}})))))).......,.))))))))..(((((..(((......))))))))((((((((((....)))))),})))((((((....((({(........}}}}}...{,.||.,.....|{{{{{,(((......||||,,..,......|{,.,...,},,)}}}}}.........||||||...)),}},)))))))))..)))))},,}))))...))))))))))(((((((..(((.....(((((((..(((.((((,{{{((((,{({{(,(((({...,((((((...)))))}....,|||...|||...,,||...})))))}((((((((((((((........)))))(((((((...((((....)))))))))))...)))))))))......{((((.((((((((...(((((((((........(((((((({.(((((((((({....(((((,,.................,,{((((((.(((..((((({..{((({.,,,,,{{{{{{{{||{{{{{||.((..,,||((((((((((.(((......})}.)))).))))}},{((((((((.,,.,,..,.......,,.....)))))))))}|||{.((((((({....})))))))(((((......))))},,,,,,.,,,..{{(((((.(((((,,((((((...((((((((.(((((((((((((..,,,({(((......}||}|.,((({((.,..{((,{..{{...(({((((((((....(((((((((,{((((((........)))))}....,}).))))))))).....))))))),.(((((((((.....)))))))))(((((.((((..{{{,.....}}}})))))))))............((((((........)))))},.,,,..||{,,,....}}}),))),.}}}})))..),.,)))}..}}}}}}(((((..((((((.,{.....{{{....}}}...,,.))))))..)))))..)))))))}...,))))).))))))))...)))))}.,.)))))..))))).}).,,,,,{{{{,...,,|||,,.........(((((...(((((......(((((((((((((.............}))))).......))))))).....))))).)))))....{((((....)))))......,,,....|||{,,,({,,....|||,,.....|,||}...,,.,||,...,,{{,.....((,((((({{{{..{(((((..,...........))))))..})),|.}}}||||,,.{{{{{|||||..|||,{|{,,{{||,||(({|...{||{{,,......{{(((({{({(((,{{............}}))))})}||)}}}}......{(({{...}}))|.((((((.,,..,{.(((((.((......)).))))).}}.,,.)))))),||||{{..{{{..,{{{{{..{,,||||,,,..{|},.,,))}}}},))))..},.}}}}},}}}..))}}|||.....|||{{{{,{||{.,{{{{{{{,,..,|,,,{{{|...||||...}},,,,,,)}|||||..}},)))))))}}))))}}}}}}}....},)))))|||{||||||||{{||,,|,}.(((....))){|{{|,...,,}}....{{{||||,,,((((((((((...({..............)}...)))))).))))...})}))))).)))))}.,{,.(((((.........{{{.(({.(((((...,{{{,{{{{(({....((((.(((,...,)))))))....))).))).,},,,.))))).....)))..}}}........)))))...}}}....))).)))))))))))).,.,))})))))))...).)))))))))))),}))))...))))))))))))}}},|||||,}|||||||||,((((((..((((((.......)))))).)))))),||||...,.....|||,.}}|||{,(((.((.{{{{{.|{|}||||||...,},))))}..,,))),}}}))))))))))).....)))..)))))))....)))...))))))).))))}..)))))))))))),}))))))))))))).)))))).))))))))))))))))).)))))).}..)))......(((((((((.((((((((.((((.(((((.((((((..,,.....,..)).)))).))))).)))).)))....)))))..))))))))).)))))))((((((.(((.(((((..........))))).))).))))))}))))))...,,,}},,..{((((((((((((,........,,,.))))......)))))))))}...
Back