Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001365621.2
Sequence Length
5058 nt
GC Content
0.6135
GCAGCCGCAUCUGGGGCGCCGCGCCGGCCGGAGGAGAGGCAUGGGGCGCCCGCGGGCCGGAGCCGGGGCGGGGGCCGGGGCCUAGGCGCGCGGACCUGCGAGCGGACCCGAGAGGCGGCGGCGGCGCAGCGGAACGGCAGAGCGGGCCGGAGGCGGCCGAGGCGCCCGGCGCAGGCACCCGUGCCUCCCCUCUGCCAGGAACCUUGGGGCCUUGUGUGUGACCAGGACCUGGUGGCCCCCGGGCGGUGGCAGAGCCCCUGUCCCAAGCUGCUUCCUGCCGGCACCUCUGAUCAAGUGCCUAGAGGGAUGUGUGUGCCAGCCCUCGGUCCAGUGCCCGCUCCUGAGCUGACUCCUGCUGGGCCCCGACAGCUUGCCGUGUUUCCUGUGCCUGUAGCUCCCUGGUUGGAUAGCUGCCGCCCGGGAGAGGUGACCCGGGCGCCCUGCUAGGGUGAAGGCCCCUGCCCUCGGCCCGGGAUCAUGAAAGGCCUCGGUGACAGCCGCCCCCGCCACCUCUCCGACAGCCUAGACCCACCCCACGAGCCCCUGUUUGCAGGGACCGACCGCAACCCCUACCUGCUGUCGCCCACGGAGGCCUUCGCCCGCGAGGCCCGCUUCCCCGGGCAGAACACCCUGCCAGGAGAUGGCCUCUUUCCCCUCAACAACCAGCUGCCCCCGCCCAGCAGCACCUUUCCCCGCAUCCACUACAACUCCCACUUCGAGGUGCCAGAGGAGAGCCCCUUCCCCAGCCAUGCCCAAGCCACCAAGAUCAACCGGCUGCCCGCCAACCUCCUGGACCAGUUUGAGAAGCAGCUGCCCAUCCACCGUGAUGGCUUCAGCACCCUCCAAUUUCCCCGUGGCGAGGCCAAGGCCCGUGGUGAGAGCCCUGGCCGCAUCCGCCACCUGGUCCACUCAGUCCAGCGGCUUUUCUUCACCAAGGCACCCUCACUGGAGGGCACAGCGGGCAAGGUCGGUGGCAAUGGCAGCAAGAAGGGUGGCAUGGAGGACGGCAAGGGCCGGAGGGCCAAAAGCAAGGAGCGGGCCAAGGCUGGGGAGCCCAAACGGCGCAGCCGCUCCAACAUCUCAGGCUGGUGGAGCUCCGAUGACAACUUGGACGGCGAGGCCGGCGCCUUCCGCAGCAGUGGCCCAGCCUCUGGGCUGAUGACACUAGGCCGCCAGGCAGAACGCAGCCAGCCACGCUACUUCAUGCACGCCUACAACACCAUCAGUGGGCACAUGCUCAAAACCACCAAGAACAACACUACUGAGCUGACUGCCCCACCACCCCCGCCCGCACCCCCAGCCACCUGCCCCAGCCUUGGGGUGGGCACUGACACCAACUACGUCAAACGGGGCUCCUGGUCCACUCUGACCCUCAGCCACGCCCACGAGGUCUGCCAGAAGACCUCAGCCACCUUGGAUAAGAGCCUGCUCAAGUCCAAAUCCUGCCACCAGGGUCUAGCCUACCAUUACCUGCAGGUGCCCGGCGGCGGCGGCGAGUGGAGCACCACGCUGCUGUCCCCACGCGAGACGGAUGCCGCGGCCGAGGGCCCUAUCCCGUGCCGGCGCAUGCGCAGCGGCAGCUACAUCAAGGCCAUGGGCGACGAGGACAGCGACGAGUCCGGCGGCAGCCCCAAGCCCUCACCCAAGACCGCGGCGCGGCGCCAGAGCUAUCUGAGGGCCACGCAGCAGUCGCUGGGAGAGCAGAGCAACCCCCGCAGGAGUCUGGACCGCCUGGAUUCAGUGGACAUGCUGCUGCCCUCCAAGUGUCCGAGCUGGGAAGAGGACUACACCCCCGUCAGCGACAGCCUCAACGACUCCAGCUGCAUCAGCCAGAUUUUUGGACAGGCCUCCCUGAUCCCCCAGUUGUUUGGCCAUGAGCAGCAGGUACGGGAGGCAGAGCUGAGUGACCAGUAUGAGGCGGCCUGCGAGUCAGCCUGCAGUGAAGCGGAGUCCACAGCGGCAGAGACGCUUGACUUGCCACUGCCCAGCUACUUCCGCUCCCGCAGCCACAGCUACCUGCGUGCCAUCCAGGCAGGCUGCUCGCAGGAGGAGGACAGUGUCUCCCUGCAGUCCCUCUCCCCACCGCCCAGUACCGGCAGCCUCAGCAAUAGUCGCACGCUUCCGAGUUCAUCAUGCCUAGUGGCGUAUAAGAAGACCCCGCCACCGGUCCCUCCACGCACCACUUCAAAGCCGUUCAUCUCAGUCACAGUCCAGAGCAGUACUGAGUCUGCCCAGGACACCUACCUGGACAGCCAGGACCACAAGAGCGAGGUGACUAGCCAGUCGGGCCUGAGCAACUCGUCGGACAGCCUGGACAGCAGUACCCGACCGCCCAGCGUGACACGGGGUGGAGUCGCCCCAGCCCCUGAGGCCCCAGAGCCACCCCCAAAACAUGCAGCUCUGAAAAGUGAACAAGGGACGCUGACCAGCUCUGAGUCCCACCCCGAGGCCGCCCCCAAAAGGAAACUGUCAUCGAUAGGAAUACAAGUUGACUGCAUUCAGCCAGUGCCAAAAGAGGAGCCCAGUCCCGCUACCAAAUUCCAGUCCAUCGGGGUUCAGGUAGAGGACGACUGGCGAAGCAGCGUCCCCUCUCACAGUAUGUCCUCCCGACGGGACACAGACUCGGAUACCCAGGAUGCCAAUGACUCAAGCUGUAAGUCAUCUGAGAGGAGCCUCCCGGACUGUACCCCUCACCCCAACUCCAUCAGCAUCGAUGCCGGUCCCCGGCAGGCCCCCAAGAUUGCCCAGAUCAAGCGCAACCUCUCCUAUGGAGACAACAGCGACCCUGCCCUAGAGGCGUCCUCGCUGCCCCCACCCGACCCCUGGCUCGAGACCUCCUCCAGCUCCCCAGCAGAGCCGGCACAGCCAGGGGCCUGCCGCCGAGACGGCUACUGGUUCCUAAAGCUACUGCAGGCAGAAACAGAGCGGCUGGAAGGCUGGUGCUGCCAGAUGGACAAGGAGACCAAAGAGAACAACCUCUCUGAAGAAGUCUUAGGAAAAGUCCUCAGUGCUGUGGGCAGUGCCCAGCUACUGAUGUCCCAGAAAUUCCAGCAGUUCCGGGGCCUCUGUGAGCAAAACUUGAACCCUGAUGCCAACCCACGCCCCACAGCCCAGGACCUGGCAGGGUUCUGGGACCUGCUACAGCUGUCCAUCGAGGAUAUCAGCAUGAAGUUCGAUGAACUCUACCACCUCAAGGCCAACAGCUGGCAGCUGGUGGAGACCCCCGAGAAGAGGAAGGAAGAGAAGAAACCACCCCCUCCGGUCCCAAAGAAGCCAGCCAAAUCCAAGCCGGCAGUGAGCCGCGACAAGGCCUCAGACGCCAGCGACAAGCAGCGCCAGGAGGCCCGCAAGAGACUCCUGGCGGCCAAGCGGGCAGCUUCUGUGCGGCAGAACUCAGCCACCGAGAGCGCAGACAGCAUCGAGAUUUAUGUCCCGGAGGCCCAGACCAGGCUCUGAGACCAUGCAGGAGGAAAGAAACGAUUUUAAAUCAUUAAAAACACAAAAACUAAGUGCGAACGGAACAGAGUUUUCUCAACCUUUGCUAUGGUUAUUCUGUCUAGAGACCCUGAGCCAACUUUCAAAUUGACGCAUACAAGGGCUCACAAUUUGGCUUUUUUGGGUCCCUCCCAGCUUUAGGUUAUGAAGAUUUUACUCACAAAAAAAAUCAACAAAAAUCACGAAACUAGAAAACUUUUUUUUUCCUCUUGCUGGCCGUGGUGGACUAGAUAGAUGGACGUCGGCAACUCCCGGCCCAGCCUCCAUACUGCGGUCUUUUUACUCGUUCUAUCUGAUGAGAACUCACACUAGCUUGUUUACAAGAUGACGACAGUCCAAGGGCAGCCUUGGGCACCUGCCAUGUCCCUCCUUUCCCCAGCUAUCCCCGCUCUGACCUUGAUUUUCAUUCUUAUGUUUUUCUCUUUUCCCUUCAGAGCUCACACAGUGGUCACCAUUGUGGCAAGCGGCUUUCUGGGUCUCAGCCCUCUCUGCGGUUGAGGGCCCAGAGGACAGAGAGAUGGACAUGCGUCCCCUCCCUCCCCCCGCCAAGUGCUCACACACAACCUCACGCGCACACACACACACGCAGAUGGAGGCGCCUCACUGGGAGGUGCCCCGCCAGCCCUGGGCAGUGUCAGGCAGGACUCACUCACCGCUGAGCAGAUGAGGGAAGUUUUAGUCUUGGCGGGUGGAAAUGAGACGAAGCCACAGUUAUCACACUCCAGACUCCUGCCCUUUUAUUUUCUCCAGCCCCUUCUUCCUUCAGCAAAAUCUAGGACUCCCGAGUGGCUUCCAGGGGGCCGUCAGUCCUCAGCCGCGCCUGUGUCCGGUGCCCGAGGGGCGGGCGGCGGUGUCUGUAUGUAUGUGUACAUAUGCACAUAGACCUUAGAGUGUAUAGUUAACAAACGCCCAUCUGCUCACCCAUGCCCACCCAGCGCCGCCGCCGCUGGCUCUCGGGGCACCUGGCAGGAGGCGGGUGUGUGAAUAGCAUAUAUUUUUACAUGUACUAUAUCUAGGUGUGUGUACAAGUGUGUGUAAAAAUAUAUACCUUGUGUGUAAGCAGCCCUUUUUUUUUUUGGUCUCCACCCCCCUCCCCCCGCCCCGCACUCCUAAGGGCCCAUCUGCCCAGCCUCUGAGUUUUCUGUUCUAUUUUUUUUUUAACCCCAAUUAUCCUUCUCUCUCUCCUGCCCCCGCAUCCCACUCCCAGGGUGUCACGAGCCCUGAGCUGCAAUGGCCCGGGCCUGCAGGGCGGGGUAGGGGAGGGCAGGGGCUGAGCCCCGAAGCCAGCUCAGUACCUGAGGGGCUGCUCUAUGCUGUGUAUGCGCCUCUCUGGCAUCCGAGACAUCCUCUUGGCUGGCGCUUGCUGCAGGGGGGGACCCCCCCCCGUCCCCAGGUGAACCAAGGGUCUGCUCCGGGGCCCAUUUCCAGCUUGGCCGCCGUCUGUGACCUUGGGCAAGUCACUUGACCUCUGUGUGCCUCAACUUCCUCCUCUGUAAAACGGGGACAGUCCCUGCCCCUCCCUACCUCACAGGCAUGUUGUGAGAAUAAAUGAGGUAACGUGUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-2016.45 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -2099.09
Frequency: 0.0000
Diversity: 1103.08
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((.....(((((((.((...(((........))).)).)))))))))))((((..(((((((.((((((.(((((..(((((((((((((((.((((((((((.(((((.(.((((((.(((((.....(((((....(((((....)))))(((((((...((....))....)))))))..((((((((....(((.((((((.........(((((...))))))))))).)))...))))))))...)))))....)))))...)))))).).)))))......(((((.((((((..((((((((((((....(((.(((((((((((((...((((.((((((((.((((((.....((((((((.(((((.(((((....((((((((((((..((((.(.((((((((........)))))))).)..))))(((((((((((.(((..((((....(((........((((.((((.((.....((....))....)).))))..)))).......)))..)))).(((((....)))))..((((.(((.........))).))))....))).)))))))))))..((((((..((.((...(((((......))))).))))..))))))...........))))).((((........)))).(((((((............................)))))))...))).))))((((((....((((((((................(((((((((((((...(((((((((((((.(((.((.(..((((.(((((......)))))...))))..).))))).......((((((.(((((.(((.(.......).))).))))).....))))))))))))))...(((...(..(((((........)))))..)...)))))))).....))))))..)))))))))).))))).....)))))).)))))))))))))))))).....).)))))...))).))))).((((...((((((((.((.....((((...)))).............(((((((((.(((((((.......))))).((((.(((.(((((.(((.((....(((((((((((....))))).........))))))...)).))).)).))).))).))))...........((((((..........)))))).((.(((((......................)))))))...)).)))))).....))).))..))))))))....))))))))...)))))))))))))..)))......((((....(((((...)))))....))))..(((..(((((((..(((((((......))))))).......((((((..(((....)))..))))))((((((....))))))...((((.......((((((((((((((((((((((((((..((((((.....)))(((((.....(((..(.((.((((..((((((.(((.....))))).))))..)))).))).))))))))........((.((((((.((...(((((.(...(((...(((((((((.....((((((.((((.(((.((.(((.(((.(((((....)))).).))).))).)).)))..)))).)))..).)).....((((..((((((((.....)))))))).))))....))))))))))))...))))))(((((.(((((.((((.........))).(((((.(((((..((...((.(((((.((((((((((....(((((((....)))).))).......)))))))..)))))))).))..)).)))))...((((((((.((.((((..(((((((((((((.((((((((((((..(((.((((...((((.......)))).)))))))))))))..(((.......)))..(((((..........))))).(((.....))))))))))))))))).(((((((.((........)).)).))))).....)))))..)))).))))..))))))....))))).).))))).)))))...(((((....)))))......((((.(((((.((.(((((((...(((((.............((..((((((...(((((...((....((((..(((((((((.......(((((....)))))(((.(......).)))((((....))))((((..(((...)))(((((.....(((.....)))...))))).)))).((((((..(((((.((((..(((.(((...))).)))..((((((.................))))))............(((((((((.(((.((((..((((.......(((((((..((....))...(((((...)))))((((.((.......)).))))((((((((((....((((.(..((((((..(((((.((((((........))))))..))))).(((((.(((......))))))))(((((((.....((((((......))))))((..((.((....))))..))...((((((.........)))))).)))))))........))))))..).))))..........((((......)))).(((....(((((((((((...((((.....))))..........(((((...)))))...((((((...((((.....))))...))))))................((((((((.....)))..(((....))).)))))(((...))).))))))))))))))....))).))))))).....((((.(((.(((.((((.((((((((..(((.(((((((((((((.((((((((..(((((...(((((......)))))......)))))((((....))))....(((((((.(((..(((((((((.((.(((((.(((..........))).))))).)).)).))).......(((((((...((((.((...((......))...))...)))))))))))))))..))))))))))))))))))..))....)))))...(((((...)))))((((((((....(((((...((((((..((..(((.((((...(((..(.((..((...........))..)))))).))))))).))..)))))).........((.(((.....))))).....((.((((((.(((.((........))((((((((.(.(....).).))))))))((((...(((((((((((((((((((........))).......))))))).)))...........)).))))..)))).......))))))))).))..(((((((((((((((.((((...))))........(((.........)))......((..(((((((((..(((((..(((..((...........((.(((((.(((((((.......((((..((........))...)))))))))))....))))).)))).)))...)))))..)))))))))..)).......................................))))))))))))))))))))..)))))..)))...((.((((((.((((......(((((((........))).))))......((((((......))))))............((((....)))).........((((((((....))))))))...)))))))))).))......)))))).))))))))))).....((....(((....)))....))..)))).))).)))))))..((((((((...))))))))....)))))))(((((((((((((((.....).)))))).))))))))))))..)))).))).)).)))))))....)))))))))....(((......)))....))))))..............((.(.(((.((((((((.....))))))))))).).)))))))))))..)))))).)))))........))))))..))(((((((((..........(((.((.((((((((((....((...((((...........))))...))..)))))))))).)).)))....)))))))))..........((((......((((((....((((((.....))))))))))))......)))))))))..))))))).)).))))).))))....((.(((..((.(((((((............)))))))))..))).))((......)))).)))))).))..))).)))))))))))))........)))))))).)))))))))))))))))))...((((((((((.((((((((((.......)))))))))).)))))))))).....(((((((...)))))))((((((((((.........(((....))).((((((((..(((((((...(((..((((((....(((((((....(((......................................))).......(((....))).........((((((.......)))))).))))....)))..))))))..)))))))))).))))))))((((.(((((((..........))))))).))))))))))))))....)))).)))))))))))))))))))((((((.....)))))).(((((((((.....(((((((...))))))).....))))))..))).))))))))))))))(((((..(((((..(((...))).))).))...)))))..(((....))).)))))))))))........(((((........)))))..))))).))))))))))..(((((((.....))))))).........)))..)).)).
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{,{,,.((((((((({((.((((((((((((((({{(((.{{(((((,,.,.(((((((((.((((((((((({{(((({...,{{,{{{|,.{((((.((.,{.(((((((((((((((((((((.(,((...(((((((((((((((.,(({.{...,})}})))))(((((((((,.(((((((((((..(((((...)))))(((((((,(((({.,,,({{(((((((((....(((({{((((.(((({{(,,.....,|,.||.....)).(((((..........)))))..(((((.{(.{,,.,|}|,)))))(((.(((((((((((((.{.((((.((((((((,({(((({.,..((((((((.(((((.(((((.,,,(((,(({{{{{|,.{{||,|,((((((((........))))))))....||}}((((((((((({(,(..{{{(,...(((.,,.....((((.((((.((..,..({....))....)).))))..)))).,,,,,.,}}..})}}.(((((....)))))..((((.(((.........))).))))....,)).)))))))))))..((((((..{{{((...(((((......))))).))))..))))))...........}}}}},(((({.......,,))}||,,((({{{..{{{{{,.................),)))))..},))}))),((((((....(({{((((...,,,,,,.......{((((((((((((...(((({((((((((.{((.((.{..((((.(((((......)))))...))))..}.))))}.......((((((.((({{.(((|,,.,,,..}.))),)))))...,.))))))))))))))...{((...{.,(((((........))))).,},,.})}))))).....))))))}.})))))))))..}))),},..)))))).)))))))))})))))))).,.})).))}))...))),,)))).((((...((((((((.(({.....||||{,{{{{,{{,,.,,.....|||||{{{{,||{((((.,.....))))).((((.(((.(((((.(((.((....(((((((((((....))))).........))))))...)).))).)).))).))).}))}.......}}..|||{{{..........||||||,{{.(((((......................))))),}..})),)))),......}}},},..))))))))....)))))))).,.)))))))))))))..}))......,....,}))))))}..|||{,.,...)}))..,.)))))))))..(((((((......))))))).......((((((..(((....)))..)))))).....)))))))))}))).{{,,.,,.....,,|,|}|}|{{,{{|((((((((({.((((....))))))))))))),},.,{{,.|,{(,{{(||||(({|{.{||,,,...}}}},)))|,.||}}.})).}}))},}}}))),)))))))..((((,.{..(((({(((.,({(,|,((((((..((((((((((((......(((.((.(((.(((.(((((....)))).).))).))).)).)))((((((((((.{(({........(((((((((((((.(((((((.....((((.,.((((((((...((((.{(((((((,,,{((,,{.{(......,})}}||..(((((.(((((..((,,,{{.(((((.((((((((((....(((((((....)))).)))...,,..)))))))..)))))))).)),.)).)))))...(((((((,.((.((((..(((((((((((((.((((((((.(((.((((((((....((((((((....((.......)),.)))))..)))}},})))))..|||{(,..,.{,...}}))),},.......)))))))))))))))).(({((((.{({.......)).)))),))),,...)))))..)))).)),,,.))))))....)))))..,},,,|(((((..(((.(((((((((,({....,..((((........))))..,....}}.}}}}}.....{{.{.(((((((..((...((((.(.((((........)))).).)))).....(((((....))))).......))..)))))))...)).....)))).)))..))))))))))))}.}.)))))))))))).,,}.)})})))),)))....((((((....)))))).({(.,,,.)))..((((((..............}..))))))....{{{,....(((((((((.(((.((((..((((......,(((((((.,,,....}}...(((((...}}}}}({{{.{,,{,,..,}}.}}}){(((((((((....((((.(..((((((..(((((.((((((........))))))..))))).(((((.(((......))))))))(((((((.....((((((......))))))((..((.((....))))..))...((((((.........)))))).)))))))........))))))..).))))..........((((......)))).{|({{..(((((((((((...{.((((,,.......).)))}.,(((((...)))))...((((((...((((.....))))...))))))..............,,(((({({(.....}}}..(((....))).))))}|||...))).))))))))))),,).},}))).))))))}.....((((.(((.(((.{(((.((((((((..(((.(((((((((((((.((((((((..(((((...(((((......)))))......)))))((((....))))....((((((({(((.,((({((({(.((.(((((.(((.,,.....,,})).))))).)).)},})).......((((((,..,((((.{(...((......))...))...))))))))))))))).,))))))))))))))))))..))....)))))...{((((...))))){{{(((((....(((((...((((((..((..(((.((((...{{{..(.((..((...........)}..)}}))).))))))).))..)))))).........{{{(((.....)))),,....((.((((((.(((.((.....}}.,|((((((((.,.{....}.}.))))))))|(((...{(((({(((((((((((((........))).......))))))).)))...,.,,,...}),)}))..)))).......))))))))).))..(((((((((((((({.{,(({{{|....,}}}},.{,....,,{{,.|,|{,,,.{(...,((({..,|}.,{||},,}}..,)))).,}||}},.{{.(((((.((((((,.......,{((,.((........))}},,}}}))))))}....)))}).,,}},}},,,,}}}||.,|..((((((..........}}}}}}......,,,,.......,,}}....,.)))))))))))))))))))),.)))))....|{..((.((((((.((((......(((((((........))).))))......,(((((,.,,,,,,||}|||{.........,{{|||..},)),,))))}..((((((((....))))))))...)))))))))).))...,..)))))).))))))))))).....((....(((....)))....}}..}))).))).)))))))..((((((((...))))))))....))))))){((((((((((((({.....}.))))))))))))))}))))..)))).))).)).)))))))(((..(((.(((((((((.(((...{{....(((((.(((............)))....((.((((((((.....))))))))))((((((..((({.,{,({{.,....)}).,,))}}..)))).)).,.)))))...))...)))))))))))).)))...))).....,,....}},.}}}}..))))))))))))).,,},..}}))),))))).......((((..,.........)))).....))).)))))...)))))))))).),,))).},)))}}...))))),}))))))))))).))))),,))))))))).{((.(((..((.(((((((.|,.........)))))))))..))).))}.....)))))).....))))..,)).))))))))))))),,.)))))))).).,)).))))|{{{,((({({(,{,...((((((((((.((((({((((.......))))}))))).)))))))))).....|||||||,.,))}}}},.,,,|,{,...........|}},,})))))}))},)))))))))))..))))....))))).,.}))))|))}}}|{{{........................................(((((((((((((({((..........((((((.......)))))).,(((({..(((....)))))))).))))))))))))))))|||||{({{{||,,,...,,,.))})}|,.||}|||||||,||,,,|||},|,}}},))}))}}||.}},..,,}}},..,))))}})))))))))..))....(((((((...)))))))}.)))))))))..(({((((((.,,..(((((((.{..........)))).)))...,,))))))))|{{,({{.,,,)})..,}}|,(((((((............{,.....((((.(((...)))))))....,..(((((((.....)))))))......))))))},)}.},.
Back