Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001713.3
Sequence Length
2470 nt
GC Content
0.4478
AGCUCGGGGCUGCGCAGCGGGAAGGCUCGCCUAGUCGGUCCGCAUCCGUGUCGACCACCUGUCUGGACACCACGAAGAUGCCACCCGUUGGGGGCAAAAAGGCCAAGAAGGGCAUCCUAGAACGUUUAAAUGCUGGAGAGAUUGUGAUUGGAGAUGGAGGGUUUGUCUUUGCACUGGAGAAGAGGGGCUACGUAAAGGCAGGACCCUGGACUCCUGAAGCUGCUGUGGAGCACCCAGAAGCAGUUCGCCAGCUUCAUCGAGAGUUCCUCAGAGCUGGCUCAAACGUCAUGCAGACCUUCACCUUCUAUGCGAGUGAAGACAAGCUGGAGAACAGGGGCAACUAUGUCUUAGAGAAGAUAUCUGGGCAGGAAGUCAAUGAAGCUGCUUGCGACAUCGCCCGACAAGUGGCUGAUGAAGGAGAUGCUUUGGUAGCAGGAGGAGUGAGUCAGACACCUUCAUACCUUAGCUGCAAGAGUGAAACUGAAGUCAAAAAAGUAUUUCUGCAACAGUUAGAGGUCUUUAUGAAGAAGAACGUGGACUUCUUGAUUGCAGAGUAUUUUGAACACGUUGAAGAAGCUGUGUGGGCAGUUGAAACCUUGAUAGCAUCCGGUAAACCUGUGGCAGCAACCAUGUGCAUUGGCCCAGAAGGAGAUUUGCAUGGCGUGCCCCCCGGCGAGUGUGCAGUGCGCCUGGUGAAAGCAGGAGCAUCCAUCAUUGGUGUGAACUGCCACUUUGACCCCACCAUUAGUUUAAAAACAGUGAAGCUCAUGAAGGAGGGCUUGGAGGCUGCCCGACUGAAAGCUCACCUGAUGAGCCAGCCCUUGGCUUACCACACUCCUGACUGCAACAAGCAGGGAUUCAUCGAUCUCCCAGAAUUCCCAUUUGGACUGGAACCCAGAGUUGCCACCAGAUGGGAUAUUCAAAAAUACGCCAGAGAGGCCUACAACCUGGGGGUCAGGUACAUUGGCGGGUGCUGUGGAUUUGAGCCCUACCACAUCAGGGCAAUUGCAGAGGAGCUGGCCCCAGAAAGGGGCUUUUUGCCACCAGCUUCAGAAAAACAUGGCAGCUGGGGAAGUGGUUUGGACAUGCACACCAAACCCUGGGUUAGAGCAAGGGCCAGGAAGGAAUACUGGGAGAAUCUUCGGAUAGCCUCAGGCCGGCCAUACAACCCUUCAAUGUCAAAGCCAGAUGGCUGGGGAGUGACCAAAGGAACAGCCGAGCUGAUGCAGCAGAAAGAAGCCACAACUGAGCAGCAGCUGAAAGAGCUCUUUGAAAAACAAAAAUUCAAAUCACAGUAGCCUCGAUAGAAGCUAUUUUUGAUGAAUUUCUAGGUGUUUGGGUCACAGUUCCUACAAAUACGGAAAAGGGGGUUAAAAAGCAGUGCUUUCAUGAAUGCCAUCCUACACAUAUUAUUGCUAUUACCUGAACAAAAUAGAAUUACAAAUAGCACUUGAUAAUUUUAAAGUAUGUUUUAGAAAUUUUCUUAGGAGCAAAAUAAGUACAAAGUAAAUCUUGAACAGGUUCACUAAGCACCCACCCUGUGAAAAGUAUUAUGGAAAUCACUGCUGCACAGGAAAAGUAAUUCAGAUGUUAAUGCCACUUGAAGAAGUUGGUAGGCUAGCAAAGAGGAUGAGACAUGAACUGUCAUAAAGGACUCAGCAACCAGCCAGGGACAGAUAAAGCGCUAUGGAAAGGGGCUUCCAAGUUCUUUUGAACAUGACCCUUAGUAACAAACACAAUUUAUAUAAUGACCCAGCAAAACACAUCACAUCUUACUGUCGAAAUUAAAUGUGUGAUCCAUCCUAGUAUUUUCUGUUCCAUUCCUUUUCAUUCUAUUUCAUUUAUAAAACAUGCUAGUUGAGACUUUUCAAAUGGAUUUUUAUGACCCACUACUGGGUUUGGAUCCACAGUUUGAAAAAUAUUGCUACAAGACACUUAAGGAGACCAUCCUGUUUAAGUUUAUUCUUAUAAGUAGGUCAGUCAUAUGAGACCUGAUCAAUAAAUAUCCAAUACCCAGAGUCCUGCUCUCAGAGUUCUUCUGUUUCGUGACCCACUUUUCUACCAGUAAAAGACAUAGACCAAUGGGGAGGAGGGGAGGAGAGAUGGAUAUUUCAGCCCUCUCCAUCCUAGUCAACACUGGAUCCACCUAGUGCCUCUGGGCCAUAAGGCUGAGCAGAGUGAGCUUGUAUUAGUUGGUAGCUUUUAAAAAAUAUAAUAAGAAAAAAGUAGAGAUUCUCCAAACUCUAGCCUGGUUUCCUAGAUUGAGAACUAUGAUAUUUUUCUCUGAUAAUUUAAUAUCUACUCUCCUACAAAAGCUCAAGCCUGAAGAUACAAGACUAUUAGAAGAAACAUGACUACCCUCAGUGUAUUAGAAAAGAGGUCAUGCAGCUUUCUAAACAUUAUUGAAUUGUUUGAGCUGUUUUGAAAUUGUAAUUCUUUUCAGCUAUUAAAAAGAAGAGCAAUGAGACUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-740.3 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -789.5
Frequency: 0.0000
Diversity: 540.33
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((.(((((((...(((((....)))))...).))))))(((((((((..(.(((......))).)..))))..)))))..(((...)))(((......)))....(((....)))......(((((..((((((((((...(((((((.((((((((((((((((((..(((((((((((((((.((((.(((((((((((.((((..(((((.(((((((.(((.....)))..))))))).((((((((....(((.....))).))))))))....((((((((((((...((.((((((..((.((((.......((((((...(((((.((((((((((((....)))))))(((.((((....((((((.(((((((((((........)).)))))))))(((...((...((((((.(((((..((((.(((((.........))))).)))).))))).))))))...))...)))...((((((((.((((((((...((((((((..(((........))))))))))))).)))))))))))))).....)))))).....)))).)))..)))))...)))))......))))))......((((......))))...)))).))..)))))).))))))))))))))((((((....(((((.(((((((((((((((...((....))...)))))..)))))..))))))))))...((((((((((.((((....(((.(((((........((..((((((.((((((.(((((((...(((((.....))))))))((((((.((.(((...(((((..((((((((((((((((.((...))..)))).((((((((((((((..((((((.....))).))))))))))))).)))).......((((((.(..((((...(((....))).)))).).))))))..)))).)).......(((((........)))))..)))))))))))..((((((.....)))))).....((.(((((((((........))).)))))))).((.(((((((.........))))))))).))).))..))))))((((.........))))........)))).))))))))))))..))........))))).)))..))))..))))).))))).((((((....(((((.(((((((....((((.(.....((......))......).))))....)))))............(((((((..(((.((((((.((....)).))))))..))))))))))...))))))).))))))..((((.........))))..)))))).....(((((((.((((...(((((.......(((((((((.(((((((......................)))))))..))))).(((((((......))))))).....(((((((((....((((............)))).....)))).))))).........))))....)))))...)))).)))))))...)))))...........((((((..((((((((....))).)))))((((((((...(((((((((((.....))))..((((((....((.....))..((((((((.((.((...(((((.(((((....((.((((....)))).)).)))))........(((((.((((.....((((.........................))))....)))))))))..)))))....)).)).))))))))..))))))))))))).................)))))))).....(((((((((((((((....((((((....)))))).)))))))...))))))))....((((..((((.(((((((.((......)).)))))))....))))...))))((((((((......)).))))))....))))))......)))).))))))))..((((.....))))))))))).))).))))))).))))).)))))))..))))...........((((..((((........))))..)))))))))))))))))).((((((......)))))).(((((((((....))))...)))))..((((((((((....((((((((((.............(((((((.((..((.(((((.((..(((((.........))))))))))))))...)).)))))))..((((......))))...........)))))))...)))....)))))))).))...........(((((....((((..............)))))))))((((((...(((((.........)))))))))))...............))))))))))..))))).....))))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((.(((((((.,.(((((....)))))...),)))))){{{{{{(((,,{,({{....,,}}),},,}}}}..}}|||,.(((...}))||{......|||.....,|}},.},,......{{{{{..(((((((((({({{(((((((({((((((((((((((((..(((((((((((((((.((((.{{,((((((((.((((..(((((.(((((((.(((.....)))..))))))).((((((((,...(((.....))).))))))))....((((((((((((.,,{{.((((((..((.((((.......((((((...(((((.(((((,((((((....}))))))(((.((((....((((((.(((((((((((........)).)))))))))(((..,(,...{(((({.(((((..((((.(((({........,))))).)))).))))).})))),...))...)))...(((((({{((((((({{...((((((((..(((........))))))))))))).)))))))))))))).....)))))).....)))).)))..)))))...)))))....,.))))))...,,|{(((......})}),,.)))).))..)))))),),))))))))))))((((((....(((((.(((((((((((((((...((....)).,.)))))..)))))..)))))))))).,.((((((((((.((((....(((.(((((.....,..((..(((((,{((((((.((((,,(...(((((.....)))))},|((((({,(({(((.{,(((((..((((({,.,{{,((((.{,...}}..)))}.((((((((((((((..((((((.....))).))))))))))))).)))).......{(((({.{..((({...{((,,,.}}},)))).}.})))})..}})),)}.......(((((........)))))..}))))))))))..{(((((.....)))))}.....((.(((((((((........))).)))))))).{(.(((((((.........))))))))),)))..)}}))))))|(((.........)))).....,,.)))).))))))))))))..)).,......))))).)))..))))..))))).))))).((((((....{((({.(((((((....((((.,......({{,...,)}.}}..).))))....))))),{{{.....,,,{((((({..(((.((((((.((....)).))))))..)))))))))}...))))))).))))))..((((.........))))..)))))).....(((((((.(((({{,(((((.....,.{{,,,{{{,.(((({{{.,,{{..,.....,{,.,{,,,|}}}}}}.,))})},|||||{{,..,,|||}|||}....,||{{|||||....,,,{,.,...|,....}))}..},}))}}.}},)),}.......})))....)))))}}}))),.)))))))...)))))...,,,.,...{{{{{{..((((((((....)))}})))){((((((({{.(((((((((((.....})))..{(((({....((.....))..((((((((.{(,,,{{{({(((,(((({..,.{{.((((....)))).}),)))))........{(((,,((({.....{({,..,,...................,,))}}....))))))))),.}}}}),,}})).)),))))))))..))))))))))))).,},.............)))))))}.....(((((((((((((({....((((((....)))))).})))))}..,))))))))....((((,.((((.(((((((.((......)).)))))))....)))).,.})))((((((((......))}})))))....}}}}}}......)))).))))))))..((((,...,)))),},)))).))).))))))).))))).))))))}..|||}..{((((.(((((((.,{{((,,,....,))))..)))})))).))))))))..((((((......)))))).(((({((((....)))).,.}))}),|{(((,.,,..,}}}||,}||||{{.............,{{,{{|,|{,.{|,|||||}|,.,||||{.,,...,,,))))}|||||}},,....|,}}}}}}}|,(({{.,,,..|||}|,,}}},}..,,,.{{{{{{{{{....,|||,,{|,..,.||||{{|...(((((,...,{{{..|......,.,..})))))))),,,|||,}}||,,,...}},.,,))))))))))}},,)}.,|||||,,||)))))))))..})})),.,..}}))..,,,,....
Back