Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_002046.7
Sequence Length
1285 nt
GC Content
0.5611
GCUCUCUGCUCCUCCUGUUCGACAGUCAGCCGCAUCUUCUUUUGCGUCGCCAGCCGAGCCACAUCGCUCAGACACCAUGGGGAAGGUGAAGGUCGGAGUCAACGGAUUUGGUCGUAUUGGGCGCCUGGUCACCAGGGCUGCUUUUAACUCUGGUAAAGUGGAUAUUGUUGCCAUCAAUGACCCCUUCAUUGACCUCAACUACAUGGUUUACAUGUUCCAAUAUGAUUCCACCCAUGGCAAAUUCCAUGGCACCGUCAAGGCUGAGAACGGGAAGCUUGUCAUCAAUGGAAAUCCCAUCACCAUCUUCCAGGAGCGAGAUCCCUCCAAAAUCAAGUGGGGCGAUGCUGGCGCUGAGUACGUCGUGGAGUCCACUGGCGUCUUCACCACCAUGGAGAAGGCUGGGGCUCAUUUGCAGGGGGGAGCCAAAAGGGUCAUCAUCUCUGCCCCCUCUGCUGAUGCCCCCAUGUUCGUCAUGGGUGUGAACCAUGAGAAGUAUGACAACAGCCUCAAGAUCAUCAGCAAUGCCUCCUGCACCACCAACUGCUUAGCACCCCUGGCCAAGGUCAUCCAUGACAACUUUGGUAUCGUGGAAGGACUCAUGACCACAGUCCAUGCCAUCACUGCCACCCAGAAGACUGUGGAUGGCCCCUCCGGGAAACUGUGGCGUGAUGGCCGCGGGGCUCUCCAGAACAUCAUCCCUGCCUCUACUGGCGCUGCCAAGGCUGUGGGCAAGGUCAUCCCUGAGCUGAACGGGAAGCUCACUGGCAUGGCCUUCCGUGUCCCCACUGCCAACGUGUCAGUGGUGGACCUGACCUGCCGUCUAGAAAAACCUGCCAAAUAUGAUGACAUCAAGAAGGUGGUGAAGCAGGCGUCGGAGGGCCCCCUCAAGGGCAUCCUGGGCUACACUGAGCACCAGGUGGUCUCCUCUGACUUCAACAGCGACACCCACUCCUCCACCUUUGACGCUGGGGCUGGCAUUGCCCUCAACGACCACUUUGUCAAGCUCAUUUCCUGGUAUGACAACGAAUUUGGCUACAGCAACAGGGUGGUGGACCUCAUGGCCCACAUGGCCUCCAAGGAGUAAGACCCCUGGACCACCAGCCCCAGCAAGAGCACAAGAGGAAGAGAGAGACCCUCACUGCUGGGGAGUCCCUGCCACACUCAGUCCCCCACCACACUGAAUCUCCCCUCCUCACAGUUGCCAUGUAGACCCCUUGAAGAGGGGAGGGGCCUAGGGAGCCGCACCUUGUCAUGUACCAUCAAUAAAGUACCCUGUGCUCAACCA

Secondary Structure

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Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-468.4 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -490.41
Frequency: 0.0000
Diversity: 318.46
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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