Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_002089.4
Sequence Length
1115 nt
GC Content
0.4466
ACAGAGCCCGGGCCACAGGCAGCUCCUUGCCAGCUCUCCUCCUCGCACAGCCGCUCGAACCGCCUGCUGAGCCCCAUGGCCCGCGCCACGCUCUCCGCCGCCCCCAGCAAUCCCCGGCUCCUGCGGGUGGCGCUGCUGCUCCUGCUCCUGGUGGCCGCCAGCCGGCGCGCAGCAGGAGCGCCCCUGGCCACUGAACUGCGCUGCCAGUGCUUGCAGACCCUGCAGGGAAUUCACCUCAAGAACAUCCAAAGUGUGAAGGUGAAGUCCCCCGGACCCCACUGCGCCCAAACCGAAGUCAUAGCCACACUCAAGAAUGGGCAGAAAGCUUGUCUCAACCCCGCAUCGCCCAUGGUUAAGAAAAUCAUCGAAAAGAUGCUGAAAAAUGGCAAAUCCAACUGACCAGAAGGAAGGAGGAAGCUUAUUGGUGGCUGUUCCUGAAGGAGGCCCUGCCCUUACAGGAACAGAAGAGGAAAGAGAGACACAGCUGCAGAGGCCACCUGGAUUGCGCCUAAUGUGUUUGAGCAUCACUUAGGAGAAGUCUUCUAUUUAUUUAUUUAUUUAUUUAUUUGUUUGUUUUAGAAGAUUCUAUGUUAAUAUUUUAUGUGUAAAAUAAGGUUAUGAUUGAAUCUACUUGCACACUCUCCCAUUAUAUUUAUUGUUUAUUUUAGGUCAAACCCAAGUUAGUUCAAUCCUGAUUCAUAUUUAAUUUGAAGAUAGAAGGUUUGCAGAUAUUCUCUAGUCAUUUGUUAAUAUUUCUUCGUGAUGACAUAUCACAUGUCAGCCACUGUGAUAGAGGCUGAGGAAUCCAAGAAAAUGGCCAGUGAGAUCAAUGUGACGGCAGGGAAAUGUAUGUGUGUCUAUUUUGUAACUGUAAAGAUGAAUGUCAGUUGUUAUUUAUUGAAAUGAUUUCACAGUGUGUGGUCAACAUUUCUCAUGUUGAAGCUUUAAGAACUAAAAUGUUCUAAAUAUCCCUUGGACAUUUUAUGUCUUUCUUGUAAGGCAUACUGCCUUGUUUAAUGUUAAUUAUGCAGUGUUUCCCUCUGUGUUAGAGCAGAGAGGUUUCGAUAUUUAUUGAUGUUUUCACAAAGAACAGGAAAAUAAAAUAUUUAAAAAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-322.5 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -343.63
Frequency: 0.0000
Diversity: 262.8
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((...((((((((.(((..((((((((..(((((.((((((((((((........((((((((.(((((...((((....)))).((.....)).((.....)).......)))))..)))))))).)))).)))....(((((((.((..((((....))))..)).)))))))((..(((((..(........)..))))).)).(((((...)))))((((.(((((((.....((((.....))))..))))))).)))).......(((((..(((((......(((.........)))......)))))...((((((.((((...((.(((((..(.((((((.....)))))).)....))))).......(((((........)).)))...))...))))))))))...)))))(((((((((.(((.(((...)))))).)))))))))..)))))..))))).((((....((..((((((.((((((.(.....(((((......((((((...((((((((((((((......((..((......))..)).......))))))))(((((.((...(((..(((((........(((((.((((((((..(((((........((.(..(((.........)))..).)).......)))))..)))))))).))))))))))..)))...)).)))))..(((.(((((((((....))).)))))).)))..))))))))))))......))))).((((((.(((...))).))))))).)))))).)....)))))..)).......))))..))))))))..))).)))).)))).)))))).(((((..((((.....(((((........)))))....)))).))))).(((((..((((((....((((((((((((.......((((((((((............)))))))))).(((((......)))))(((((((...(((.......)))...)))))))....((((((......)))))))))))))))))).....)))))).)))))..............................
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((...((((((((.(((..((((((((..(((((.(((((((,((((.((.....,{{{{{||.(((({...((((....)))}.||....,|{{((,,.,{||.......}))),..)}))))))))},),})},,,,(((((((.((,,((((....))))..)).)))))))|{,.,,|||{,{,,....{{|,,}}}))})).(((((...)))))((((.(((((((,....((({.....)))),.))))))).))))..||...{{{{{,.(((((......{((.........}))......)))))...((((((.((((...,{.(((((..,.((((((.....)))))).}....))))).......{(({{...,,..,|}.|}}...))..,))))))))))..})))))(((((((((.(((.(((...)))))).)))))))))..)))))..))))).((((..,.((..((((({.((((((.(.{{{{({(((......{{{|||,}}||((((((((((((......{{..{(......})..}}.......))))))))|||{{.{,..,(((,,({{{{..,,,,,.(((((.((((((((..(((((........((.{..(((.........)))..}.)).......)))))..)))))))).)))))}}}}}..}}}..,}},|}}|||.(((.(((((({{,....,)}.)))))).))}.}))))))||||||...,}}))),,.((((((.(({...})).))))))).)))))).)....)))))..)).......))))..))))))))..))).)))).)))).))))))..((({...,,{((((((({{{.,.{{,,{||{{||||,,,.{((({...})))|(((((((.....})))))}.(((({((((((((((((((((.,..........)))))))))).}),,,}}},.,}))))(((((((.,,(,{,,.....})},}.)))))))...(((((,({{....))),)))))}}}}))))},})}}}}|||||||,,.....}}}}..,,}},...............
Back