Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_003019.5
Sequence Length
1283 nt
GC Content
0.5838
AGUUUGCUUGGAGCUCCUGGGGCCUAACAAAAAGAAACCUGCCAUGCUGCUCUUCCUCCUCUCUGCACUGGUCCUGCUCACACAGCCCCUGGGCUACCUGGAAGCAGAAAUGAAGACCUACUCCCACAGAACAAUGCCCAGUGCUUGCACCCUGGUCAUGUGUAGCUCAGUGGAGAGUGGCCUGCCUGGUCGCGAUGGACGGGAUGGGAGAGAGGGCCCUCGGGGCGAGAAGGGGGACCCAGGUUUGCCAGGAGCUGCAGGGCAAGCAGGGAUGCCUGGACAAGCUGGCCCAGUUGGGCCCAAAGGGGACAAUGGCUCUGUUGGAGAACCUGGACCAAAGGGAGACACUGGGCCAAGUGGACCUCCAGGACCUCCCGGUGUGCCUGGUCCAGCUGGAAGAGAAGGUCCCCUGGGGAAGCAGGGGAACAUAGGACCUCAGGGCAAGCCAGGCCCAAAAGGAGAAGCUGGGCCCAAAGGAGAAGUAGGUGCCCCAGGCAUGCAGGGCUCGGCAGGGGCAAGAGGCCUCGCAGGCCCUAAGGGAGAGCGAGGUGUCCCUGGUGAGCGUGGAGUCCCUGGAAACACAGGGGCAGCAGGGUCUGCUGGAGCCAUGGGUCCCCAGGGAAGUCCAGGUGCCAGGGGACCCCCGGGAUUGAAGGGGGACAAAGGCAUUCCUGGAGACAAAGGAGCAAAGGGAGAAAGUGGGCUUCCAGAUGUUGCUUCUCUGAGGCAGCAGGUUGAGGCCUUACAGGGACAAGUACAGCACCUCCAGGCUGCUUUCUCUCAGUAUAAGAAAGUUGAGCUCUUCCCAAAUGGCCAAAGUGUCGGGGAGAAGAUUUUCAAGACAGCAGGCUUUGUAAAACCAUUUACGGAGGCACAGCUGCUGUGCACACAGGCUGGUGGACAGUUGGCCUCUCCACGCUCUGCCGCUGAGAAUGCCGCCUUGCAACAGCUGGUCGUAGCUAAGAACGAGGCUGCUUUCCUGAGCAUGACUGAUUCCAAGACAGAGGGCAAGUUCACCUACCCCACAGGAGAGUCCCUGGUCUAUUCCAACUGGGCCCCAGGGGAGCCCAACGAUGAUGGCGGGUCAGAGGACUGUGUGGAGAUCUUCACCAAUGGCAAGUGGAAUGACAGGGCUUGUGGAGAAAAGCGUCUUGUGGUCUGCGAGUUCUGAGCCAACUGGGGUGGGUGGGGCAGUGCUUGGCCCAGGAGUUUGGCCAGAAGUCAAGGCUUAGACCCUCAUGCUGCCAAUAUCCUAAUAAAAAGGUGACCAUCUGUGCCGGGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-526.8 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -547.2
Frequency: 0.0000
Diversity: 436.66
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((((((((((((.((((((..............((((.(((.((((((...(((((((...((.((((((.((.((..((..((((((...(((....)))..........((((((((((.((((((((.((((.(......).)))).))).)))...)).)))).))))))...))))))..))..)))))))))).)))))))))((((...)))).....((.((((....)))).)))))))).))).))))....((((.(((((((...(((((((((((....(((....((..((..((.(((.....))).))))..))...)))....)))))))).))).....)))))).).))))(((.((((((((((..((........)).(((((((......))))))).....)))))...))))).)))))))))...)))))..(((((((((.............(((((...)))))...)))))))))((((((.....(((((((...(((...)))...)))))))))))))(((((((((((((((((((......))))))).((((((((((((((..((.(..(((.((((((........(((((...(..(((((.........))))).)...))))))))))).)))..)))..)...(((((((((.(((((((....(((((((((...)))))))))....)))))))(((........)))((((........))))))))))))).......(((((((....(((((((....(((......)))))))))).)))))))....))))))))))))).............(((((.((...(((((.(((........))).))))))))))))))))))))).)))(((.((((.((.((((((....(((((....))))).....)))))).)).)).)).)))........))))))).))))(((........))).(((((((((.(.((((((((......))...(((((((....)).)))))..((((.((((((....((((.((......)).(((((((....(((...((......))..))).))))))).....((((...(((((..((.(((((.(((((((....(((((.((((...)))).)))))..)).)))))))))).)).))))).))))))))...)))))).)))).........))).)))).))))))..)))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,{{{,((((.{(((((((((((({...........(((({,{(((({({{{{{(((((((((.,.((((((((,((,.,...((({(.(((({..(((....))).........,((((((((((.(((({(((.((((,(....,,}.)))).))).)))...)).)))).)))))){{{|||{}||{,}...,)))))),)}))}}}},})||||..}))))..,.,},}}}}|},}|{{{{{{{,,|||,,,}.{||||,||.((((.(((((((...(((((((((((.,..(((....((..((..((,(((....,))}.))))..))...)))...,))))))))},)).....)))))).).)))){||.|||||{{{{(,,|{.....,,..|,(((((((......))))))).}...)}})),,.})))),))).((((({...,......|)))))),...}},,..}.}))||||,,.)))))))}))(((((.(((((((,....{((((((...(((...)))...)))))))))))))).))))),((,.(((((((......))))))).,||((((((,((((.(((.(((((((,,..}}}..}}}}}}|,||}}.}}}|||,,{{{{,.{,.,||||{|...|||{{({||||.{.,...{{{{{...,(((((,,(((((((((.,..(((((((((...)))))))))..,.))))))},}).{{{{..{{{.((((...,....||||}}}}}},,),,,....||{{|||,.}}|,,||||....((({,...,|||,,|||||.,,)))))..}})|||,|}||||||{{,....,}}}}}|||{|.{,|},{((((.(((.{....,}))).))))))))))))))),,))))},,},}},,}}}}}}}((((((....(((((....))))).....)))))),||{{|,|||))),.{{{{...{{{....,,,,|||..}},,{,{||.,|{|.||||,,,}}|))|,,}|.}}}}}...|||||}|},,,)).))))),.|,,{.{{{({(||||((((,{{,.{{{,|,.|||||||},.,{{{..{(|,..,.|||{|{|||||||,,..,,|}{{||,,.{{|||,,((.(((((.(((((((....(((((.((((...)))).)))))..))}}})))))))).)).}}))}.}))))})}.,,)))))).,,}|{{.......}|||}}}}.}}}}}})}}}},.
Back