Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_004065.2

Sequence Length

1299 nt

GC Content

0.4373

UUGUUGGAAGACAUGAAGAUGCUGGAAGACACAGAGAUGCUGGAAGACGUGGAGAUGUUGGAAGACGAGCAGAUGCUGGAAGCCCUGGAGAUGCUGGAAGACCUGGAGAUAUAGGAAGACAUGGAUUUGUUGGAAGACGUAGCUUAGUUGGAAGACAUAUAUUUUCUGGAAGACGUGGAUUUUCUGGAAGACAUGGCUUGGUUGGAAGACGUGGAUUUUCUGGAAGACGUACCUUUGUUGGAAGACAUACCUUUGUUGGAAGACGUACCUUUGUUGGAAGACGUACCUUUGUUGGAAGACACAAGUAGGCUGGAAGACAUUAAUUUGAUGGAAGACAUGGCUUUGUUGGAAGACGUGGAUUUGCUGGAAGACACGGAUUUCCUGGAAGACCUGGAUUUUUCGGAAGCUAUGGAUUUGAGGGAAGACAAGGAUUUUCUGGAAGACAUGGAUAGUCUGGAAGACAUGGCUUUGUUGGAAGACGUGGACUUGCUGGAAGACACGGAUUUCCUGGAAGACCCGGAUUUUUUGGAAGCUAUAGAUUUAAGGGAAGACAAGGAUUUUCUGGAAGACAUGGAUAGUCUGGAAGACCUGGAGGCCAUUGGAAGAUGUGGAUUUUCUGGAAGACAUGGCUUUUUUGGAAGACGUAGAUUUUCAGGAAGACCCAAAUUAUCCGGAAGACUUGGAUUGUUGGGAAGACGUGGAUUUUCUGGAAGACUGGGAGGUUACUGGAAGACAUGGAUUUUCUGGAAGACAUGGAUUUUCUGGAAGACGUGGAUCUUCAGGAAGACAUAUAUUGGCUGGAAGACCUGGAUUUUUUCCGGAAGAUGUGGAUUGACUGGAAGACCUGGAUUUGGUGGAAGACGUAGAUUUUUCUGGAAGACACUGACUGACUGGAAGACCUGGAUUUCUUUCUGGAAGACACUGAUUGACUGGAAGACCUGGAUUUCUUUCUGGAAGACACUGAUUGACUGGAAGAUCUAGAUUUUUCUGGAAGAACUAGAUUUACUGGAAGACUUGGAUUUGGUGGAAGACACAGAUUUUUCUGGAAGACAUGGAUUAGCUGGAAGAUCUGUAUUUGAUGGAAGACCUUGAAAUUAUUGGAAGACAUGGAUUUCCUGGAAGACGUGGAUUUUCCUGGAAGAUCUGGAUUUGGUGGAAGACCAGUAAUUGCUGGAAGACUGGAUUUGCUGGAAGACUUGAUUUACUGGAAGACUUGGAGCUUCUUGGAAGACAUGGAUUGUCCGGAAGACAUGGAUUGUCUGGAAGAUGUGGAUUUUCUGGAAGCUCAGGAUUAUCUGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-350.5 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -371.96

Frequency: 0.0000

Diversity: 550.46

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((((...((.(((....)))))....))))(((((((.(((...(((((....)))))......(.((((..(.(.((....)).).)..)))).)....((((......)))).....(((..(((....)))..)))(((((..((((((((..(((((((((((((...((((..(((((((((...((((.(((....(((((.(.(.((((((((((...((((..((((....((((......))))....)))))))).....((((....((((......))))....))))(((((...((((....(((((...)))))(((..((((.((((....)))).))))..))).(((((((.((((..((((...((((.((..(.(((((((((..(((((..(((.((((((........)))))).)))..)))))....))))))))))..))))))...))))..))))..))).))))......(((((((((.((((((((((..((((..(((((((((...(((.........(((((.(((((((..(((.((((((..(((((..((((((....(((..(((((((.((..((((((..((..((.((.((((((((..((.(((..(((((..(((((.(((..((.(((((((((((((..((.(.(((((..((((..((((((((..((((....)))).))))))))))))..))))).).))..)).)).))))))))).))..))).)))))..)))))..))).))..))))))))))))..))(((((((((((((.((((((..((((..((.(((..(((.(.((((((..(((..((((((((..((((.((.((..(.((((((........)))))).)..)).)).)).))..)))))))).)))....))))))).)))..))..).))..))))..)))))).).))))))))))))((((((((((..(.....).))))))))))))))))..)).))))))))))....)).)).))..)))))..)))))).)))..)))))))))))).........)))...)))).))))).))))..)).)).)))))).)).)))))))((((((((......(((((....)))))...))))))))..))))...))))).....)))))))).)).).))))))...))).)))).....))))))))))))).....)))))))))))))..)))))))))))))))).))).)))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

.((((...((.(((....)))))....))))(((((((.(((...(((((....)))))......(.((((..(.(.((....)).).)..)))).)....((((......))))....{({{..{{||,|.,,,..},|(((((,.{(((((({..((({(((((((({{,,{(((..((((((((({,,((((.(((....,,|||.||||,.||||||||}|||.,|||{|||.,,,||||},,...|||}....}}}}||{{,{{{{{...,),}}}})),||{,{{{,.,.,),},|||,}}|||||.....(((({...})))),,,..|{||,|||{...{|||,.((((..{({.{.(,(((.((((..(((({..((((.((..(.(((((((((..(((((..(((.((((((........)))))).)))..)))))....))))))))))..))))))...)))),.))))..))).).}}}|,.}}||,.|||||.|||||{||||..||||,.{{|||||||...{((,{{{,....({(((.(((((({,,{{{,{{{{,{..|||||,,|||||{,...(({,,(((((((.{(.,(((((({{{{..{{,(|,((((((((,.{{.{((..(((((,,(((({.(((..{{.((((({((({{{(..{{.{,{{{{{..((((..((((((((,.(({{...,||||.|||}}}|}}}}|..|||||,|,||,.}}.|}.||||||}|},|,..}|}.|||||.,}}||}..|||.||..||||||||}},|..,,||||||||,,|||.||,|||..||||}}||||||..|||.|,{|{{{{..||{.,||||||||,,||{{.{{.{{..|.{{{{{{,|......)))))).),,)).}}.}}.))..)))))))),)}},...))))))}})})}.)).,}.}}..)}}).,))))}).||}}}})}||||||{(((((((({..(,....}.}))))))))}}}}},}.,||{|||||||}||..,.}}.},.))..)))))}})))))).))).,}}}}},,))})},,.|,..|,,|,..||||}.}||||.|||||.|,|}}.||||||.}}}|||||}||,||||{|{|{...((((({,.(.{,{|...,)))),,))))))),,..}}.},})}.)))))})},)}.}.}))))).}}))}.))))..},.)))))))}}))))..,,.))))))))))}))..)))))))})))))))).))).)))).