Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_004797.4
Sequence Length
4542 nt
GC Content
0.4392
AUUCUGACUGCAGUCUGUGGUUCUGAUUCCAUACCAGAGGGGCUCAGGAUGCUGUUGCUGGGAGCUGUUCUACUGCUAUUAGCUCUGCCCGGUCAUGACCAGGAAACCACGACUCAAGGGCCCGGAGUCCUGCUUCCCCUGCCCAAGGGGGCCUGCACAGGUUGGAUGGCGGGCAUCCCAGGGCAUCCGGGCCAUAAUGGGGCCCCAGGCCGUGAUGGCAGAGAUGGCACCCCUGGUGAGAAGGGUGAGAAAGGAGAUCCAGGUCUUAUUGGUCCUAAGGGAGACAUCGGUGAAACCGGAGUACCCGGGGCUGAAGGUCCCCGAGGCUUUCCGGGAAUCCAAGGCAGGAAAGGAGAACCUGGAGAAGGUGCCUAUGUAUACCGCUCAGCAUUCAGUGUGGGAUUGGAGACUUACGUUACUAUCCCCAACAUGCCCAUUCGCUUUACCAAGAUCUUCUACAAUCAGCAAAACCACUAUGAUGGCUCCACUGGUAAAUUCCACUGCAACAUUCCUGGGCUGUACUACUUUGCCUACCACAUCACAGUCUAUAUGAAGGAUGUGAAGGUCAGCCUCUUCAAGAAGGACAAGGCUAUGCUCUUCACCUAUGAUCAGUACCAGGAAAAUAAUGUGGACCAGGCCUCCGGCUCUGUGCUCCUGCAUCUGGAGGUGGGCGACCAAGUCUGGCUCCAGGUGUAUGGGGAAGGAGAGCGUAAUGGACUCUAUGCUGAUAAUGACAAUGACUCCACCUUCACAGGCUUUCUUCUCUACCAUGACACCAACUGAUCACCACUAACUCAGAGCCUCCUCCAGGCCAAACAGCCCCAAAGUCAAUUAAAGGCUUUCAGUACGGUUAGGAAGUUGAUUAUUAUUUAGUUGGAGGCCUUUAGAUAUUAUUCAUUCAUUUACUCAUUCAUUUAUUCAUUCAUUCAUCGAGUAACUUUAAAAAAAUCAUAUGCUAUGUUCCCAGUCCUGGGGAGCUUCACAAACAUGACCAGAUAACUGACUAGAAAGAAGUAGUUGACAGUGCUAUUUUGUGCCCACUGUCUCUCCUGAUGCUCAUAUCAAUCCUAUAAGGCACAGGGAACAAGCAUUCUCCUGUUUUUACAGAUUGUAUCCUGAGGCUGAGAGAGUUAAGUGAAUGUCUAAGGUCACACAGUAUUAAGUGACAGUGCUAGAAAUCAAACCCAGAGCUGUGGACUUUGUUCACUAGACUGUGCCCUUUUAUAGAGGUACAUGUUCUCUUUGGAGUGUUGGUAGGUGUCUGUUUCCCACCUCACCUGAGAGCCAUUGAAUUUGCCUUCCUCAUGAAUUAAAACCUCCCCCAAGCAGAGCUUCCUCAGAGAAAGUGGUUCUAUGAUGACGUCCUGUCUUGGAAGGACUACUACUCAAUGGCCCCUGCACUACUCUACUUCCUCUUACCUAUGUCCCUUCUCAUGCCUUUCCCUCCAACGGGGAAAGCCAACUCCAUCUCUAAGUGCCGAACUCAUCCCUGUUCCUCAAGGCCACCUGGCCAGGAGCUUCUCUGAUGUGAUAUCCACUUUUUUUUUUUUUGAGAUGGAGUCUCACUCUGUCACCCAGGCUGGAGUACAGUGACACGACCUCGGCUCACUGCAGCCUCCUUCUCCUGGGUCCAAGCAAUUAUUGUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGAGACUUCAGGUGCAUUCCACCACACAUGGCUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAAAUGGGGUUUCGUCAUGUUGGCCAGGCUGGUCUCGAACUCCUGGCCUAGGUGAUCCACCCGCCUCGACCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCAUGAGCCACCAUGCCCAGUCGAUAUCUCACUUUUUAUUUUGCCAUGGAUGAGAGUCCUGGGUGUGAGGAACACCUCCCACCAGGCUAGAGGCAACUGCCCAGGAAGGACUGUGCUUCCGUCACCUCUAAAUCCCUUGCAGAUCCUUGAUAAAUGCCUCAUGAAGACCAAUCUCUUGAAUCCCAUAUCUACCCAGAAUUAACUCCAUUCCAGUCUCUGCAUGUAAUCAGUUUUAUCCACAGAAACAUUUUCAUUUUAGGAAAUCCCUGGUUUUAAGUAUCAAUCCUUGUUCAGCUGGACAAUAUGAAUCUUUUCCACUGAAGUUAGGGAUGACUGUGAUUUUCAGAACACGUCCAGAAUUUUUCAUCAAGAAGGUAGCUUGAGCCUGAAAUGCAAAACCCAUGGAGGAAUUCUGAAGCCAUUGUCUCCUUGAGUACCAACAGGGUCAGGGAAGACUGGGCCUCCUGAAUUUAUUAUUGUUCUUUAAGAAUUACAGGUUGAGGUAGUUGAUGGUGGUAAACAUUCUCUCAGGAGACAAUAACUCCAGUGAUGUUCUUCAAAGAUUUUAGCAAAAACAGAGUAAAUAGCAUUCUCUAUCAAUAUAUAAAUUUAAAAAACUAUCUUUUUGCUUACAGUUUUAAAUUCUGAACAAUUCUCUCUUAUAUGUGUAUUGCUAAUCAUUAAGGUAUUAUUUUUUCCACAUAUAAAGCUUUGUCUUUUUGUUGUUGUUGUUGUUUUUAAGAUGGAGUUUCCCUCUGUUGCCAGGCUAGAGUGCAGUGGCAUGAUCUCGGCUUACUGCAACCUUUGCCUCCCAGGUUCAAGCGAUUCUUCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGACCACAGGUGCCUACCACCAUGCCAGGCUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAAAGACAGGGUUUCACCAUAUUGGCCAGGCUGGUCUCGAACUCCUGACCUUGUGAUCUGCCCGCCUCCAUUUUUGUUGUUAUUUUUUGAGAAAGAUAGAUAUGAGGUUUAGAGAGGGAUGAAGAGGUGAGAGUAAGCCUUGUGUUAGUCAGAACUCUGUGUUGUGAAUGUCAUUCACAACAGAAAACCCAAAAUAUUAUGCAAACUACUGUAAGCAAGAAAAAUAAAGGAAAAAUGGAAACAUUUAUUCCUUUGCAUAAUAGAAAUUACCAGAGUUGUUCUGUCUUUAGAUAAGGUUUGAACCAAAGCUCAAAACAAUCAAGACCCUUUUCUGUAUGUCCUUCUGUUCUGCCUUCCGCAGUGUAGGCUUUACCCUCAGGUGCUACACAGUAUAGUUCUAGGGUUUCCCUCCCGAUAUCAAAAAGACUGUGGCCUGCCCAGCUCUCGUAUCCCCAAGCCACACCAUCUGGCUAAAUGGACAUCAUGUUUUCUGGUGAUGCCCAAAGAGGAGAGAGGAAGCUCUCUUUCCCAGAUGCCCCAGCAAGUGUAACCUUGCAUCUCAUUGCUCUGGCUGAGUUGUGUGCCUGUUUCUGACCAAUCACUGAGUCAGGAGGAUGAAAUAUUCAUAUUGACUUAAUUGCAGCUUAAGUUAGGGGUAUGUAGAGGUAUUUUCCCUAAAGCAAAAUUGGGACACUGUUAUCAGAAAUAGGAGAGUGGAUGAUAGAUGCAAAAUAAUACCUGUCCACAACAAACUCUUAAUGCUGUGUUUGAGCUUUCAUGAGUUUCCCAGAGAGACAUAGCUGGAAAAUUCCUAUUGAUUUUCUCUAAAAUUUCAACAAGUAGCUAAAGUCUGGCUAUGCUCACAGUCUCACAUCUGGUUGGGGUGGGCUCCUUACAGAACACGCUUUCACAGUUACCCUAAACUCUCUGGGGCAGGGUUAUUCCUUUGUGGAACCAGAGGCACAGAGAGAGUCAACUGAGGCCAAAAGAGGCCUGAGAGAAACUGAGGUCAAGAUUUCAGGAUUAAUGGUCCUGUGAUGCUUUGAAGUACAAUUGUGGAUUUGUCCAAUUCUCUUUAGUUCUGUCAGCUUUUGCUUCAUAUAUUUUAGCGCUCUAUUAUUAGAUAUAUACAUGUUUAGUAUUAUGUCUUAUUGGUGCAUUUACUCUCUUAUCAUUAUGUAAUGUCCUUCUUUAUCUGUGAUAAUUUUCUGUGUUCUGAAGUCUACUUUGUCUAAAAAUAACAUACGCACUCAACUUCCUUUUCUUUCUUCCUUCCUUUCUUUCUUCCUUCCUUUCUUUCUCUCUCUCUCUCUUUCCUUCCUUCCUUCCUCCUUUUCUUUCUCUCUCUCUCUCUCUCUCUUUUUUUGACAGACUCUCGUUCUGUGGCCCUGGCUGGAGUUCAGUGGUGUGAUCUUGGCUCACUGCUACCUCUACCAUGAGCAAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCAAGUAGCUGGAACUACAGGCUCAUGCCACUGCGCCCAGCUAAUUUUUGUAUUUUUCGUAGAGACGGGGUUUCACCACAUUCGUCAGGUUGGUUUCAAACUCCUGACUUUGUGAUCCACCCGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCAUGAGCCAUCACACCUGGUCAACUUUCUUUUGAUUAGUGUUUUUGUGGUAUAUCUUUUUCCAUCAUGUUACUUUAAAUAUAUCUAUAUUAUUGUAUUUAAAAUGUGUUUCUUACAGACUGCAUGUAGUUGGGUAUAAUUUUUAUCCAGUCUAAAAAUAUCUGUCUUUUAAUUGGUGUUUAGACAAUUUAUAUUUAAUAAAAUUGUUGAAUUUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1350.48 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1435.52
Frequency: 0.0000
Diversity: 892.32
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((((((((((((((.((((.........))))((((((((((((((....)).((((((((((....((((((...(((((((..((((((.((.((...((.((.......((((((((((((((...(((((.....)))))((((((.((.......))))))))....)))))).))))))))....))))...)).)).))))))))))))))))))).....((.((((((((.(((((((((((...(((.......((....((((((((....((.((((((((((..(((((((((...)).))))).))..))))))(((...((((.(((((.(((((((((((((((((((..............(((((((..(((.((((..(((.(((....))).)))..))))......(((((((((((.((.(((...)))...(((((.....(((......))).....)))))....(((((.......(((((((.............((((..((((((....((.....))..)))))).)))).(((((..((......))..))))).((((..(((....)))..)))))))))))......))))).((((((...))).)))..(((((((((((((((.(((((......))))).))))))))))).))))..)))))))).))))))))..)))))))...............)))))))..(((((((...........(((((.....)).)))..........)))))))..))))))......((((..((((((.......))))))......))))((((((((((............(((((((...(((((.(((..(((((((((((((.((((.((((((...........))))))...............(((((.(((((((.((((((((((((.(((..........(((....)))((((........)))).((((((((........))..)))))).....))).))))........)))...))).)).))))))))))))...(((.....((((...)))).....))).)))).))).))))))))))..))).(((((..........)))))..((((((((((((((.....((((((((((...))))))..(((((((((((.....)).)))))).))).....(((.(((.((((((((((((((.(((((.(((....))).((((((((....(((((((((((((((((....(((....((((...)))).....)))....)))))).)))).(((.....)))..)))))).)......)))))))).......((((((...((((((.((((((.(.(...(((((((.((((((((.....)))))))).).((((((((((.(((((.......((((...((((((...((((....))))))))))......)))).......)))))...........))))))))))...........(((((((..((((..((((((..((....))..))))))....))))....)))))))....(((.......)))((((((..(....)..))))))......((((.....))))...((((((................((((((((((((((.(((.(.....(((((((..(((.....)))))))))).(((((.......))))).....(((((......))))).....((((((......))))))..).))).)))))).))))))))..)))))).))))))).).)))))).))))))...........(((((.((((((.((((...(((.(((..((((....).))).)))...)))...)))).....(((........))).(((((...(((.((((((((...........((((...((((((((((((((((.(((.((.((((((.....(((...((((........)))).))).....)))))).)).)))...((((((((((((.((((.((........)).)))))))))..)))))))(((.(((..((((((((..(.((((....(((((((.....((((.......))))...))).))))....)))).)..)))))))).))).)))(((((((...((....)).))))))))))))))(((((((((((((.(((........)))))))).))))...))))....((.((((.....)))).))...((((((((((((.....(((......))).......(((((((((((((((....((((.....................................))))....((((........)))).........(((((((((((.((((.........)))).)).......))))))))).)))))))..))))))))..))))))))))))..)))))))))....)))).((..((((.(((((((((((((.((....)))).)))))))..))))))))..)))))))))).)))))))))))))))))))...)))))).)))))..)))))))))))))).))).)))))))....)))).))))))))))...((((((((..........(((((...)))))..........)))))))).)))))...)))))))....(((((((((((((.((.((((.(((((...((((..(.(((((((((((((((((((..((((((((((.(.((.((((((((((((((((((((...))))))))))............((((((((((((....))...............((((((((((....))))).)))))))))))))))........))))))...)))).))..).))))))))))........)))).............))))))).....)))))))).)...))))((((((((((((....((((....))))))))))......(((((((((...((((((((((.......((((((((((..((.((((((...........(((((.......)))))...(((.((((((........)))))).)))....(((((((((....))))))))).....(((..((((((((((....)))))....)))))..))).)))))).)))))...(((((((((.....)).)))))))((..(((((..(((((..(.(((((.((((((....(((((((((.((((.(((((((.((((............))))((((((((((...............)))))))).))......))))))).).....))).))))))))))))))).))))))..).)))))))))))...(((.((((((((((......(((((((..((......))..)))....))))......))))))))))))))))))))........))))))).)))..))))..)))))...............(((((.......))))).((((....)))).))))))..(((((.((((((((((((....((((((....((((((.(((.((((.((((((((((((((.(((((((...))))))).))).).))))..........((((....)))).....)))))))))).))))))))))))))).........(((((........((((((((((.......))).)))))))....)))))....))))))(((((((...((((.(.....).))))..)))))))...)))))))))))..))))))))).)).)))))))))).)))...)))))))))).)))))).))))).))))...)))............)))).))...)))))))).....))......)))..))))))))))).)))).)))).))..........))))).))))))))))).))))))(((.((((((((.(((((.((...((((.....))))..)))))))))))).....))).)))(((((..(....)..))))).((((((((((((((((......((((((....(((((........((.(((.(((((..((((.......((((((..((((...))))))))))...))))..).)))).))).))....))))).))))))......))))))))))...((((.(((((((.......)))))))))))...))))))..............((((((...(((((((((..........)))))))))))))))....)))))))))))).))...((((((.......))))))((((((..(((((............)))))))))))...(((.((((((((....)))))))).)))
Thermodynamic Ensemble Prediction
...{{,{((((((((((((((((((({(((........}))}.)))))}},,.{{{{{(((((((((......{(((((...(((((((..((((((.((.((...((.{,.......((((((((((((((...(((((.....)))))((((((.((.......))))))))....)))))).))))))))....}}))...)).)).))))))))))))))))))}.....{{.((((((((.(((((((((((...(((.......((....((((((((....((.((({((((((..(((((((((...}).))))).))..))))))(((...((((.((((({((((({((((..(((((((....{{{.......(((((((..((({((((,.(((.(((....))).))),,))),.,....(((((((((((.((.,{,...,}}...(((((.....(((......))).....)))))....(((((.......((((((({{{{.........((((..((((((....((.....))..)))))).)))).(((((..((......))..))))).,{,,..{{{....,)).}))).)))))))......))))),((((((...))).)))..(((((((((((((((.(((((......))))).))))))))))).))))..)))))))).))))))))..))))))).....}},.,,....))))))).)))).,|}}}},,......,||,,.,.,{{|,,.,........,.|||({{{..,..}|||......|||...{{{{{......,)))))),})}..))}.((((((((((.........,,.(((((((...(((((.,{{..(((((((((((((.((((.{(((((...........)))))}...............(((((.(((((((.((((((((((((.(({......,,..{((....}}}((((........)))).((((((((........)}.,)))))).....|||,}}}}..,,,..,)))...))).)).))))))))))))...,{{{{,,.,}||}...,,.....}})}.)))).)))},)))))))))..))).(((((..........)))))..((((((((((((((.....((({((((((...)))))).,(((((((((((.....)).)))))).)}),....(((.(((.(((((((({(((((.(((((.(((....))).((((((((....{(((((({(({((((({....(((....((((...)))}.....)))....)))))).}))).(((|...})))..)))))).}......)))))))).......((((((...{(((((.((((((.(....,(((((((.((((((((.....)))))))).,.((((((((((.(((((.....{.((((...((((((...((((....))))))))))......)))).}.....))))}...........)))))))))).......,,..(((((((..((((..((((((..((....))..))))))....))))....)))))))....(((......,)}}((((((..(....)..))))))......((((.....))))...((((((..,..,,,.,,.....|{|||||||{((((.,,({({(.,.(((((((..({,.....,),))))))).|,|||}}..}}}),,,{{{{{.(((((......))))).....((((((......))))))..)}))).,,,,,,.,,,,,,,,..)))))).))))))).}.)))))).)))))}...........(((((.((((((.((((...(((.(((..((((....).))).)))...)))...)))).....{{{........}}}.(((((...(((.((((((((...........((((...(((((((({((((((({((...({((,,,,..}}}|,,.}}}|.,..,{{{{.,,,,.})),,,,,||||},..,.},,...((((((((((((.((((.{{........}}.)))))))))..}))))))(((.(((..((((((((..(.((((...,(((,(((...,.{(({..,,,..}))),..))).)))}....)))).)..)))))))}.))}.)))(((((({.,.{{....}),)))))))})))))){{({(((((((((.(((........)))))))).))))..,}))),|..{{|{|{{.....}}}},,|},.{(((((((((((..{{.,{{....,.}}|,,|,,..{((((((((((((((..,,{{......,},,.........,,,,{{,{{,,.,...,,,,}}.....,||||},,,,...||||.........(((((((((,{.{{{(.,.......}))).)).......))))))))).))))))}..})))))))..)))))))))))}..)))))))))....)))).{{..((((.(({((((((((((.{(....)}))},))))))..))}}))))..}})))))))).)))))))))))))))))))...)))))).)))))..)))))})))))))).))).)))))))....)))).))))))))))...((((((((..........(((((...}))))..........)))))))).)))))...)))))))....{((((((((((({.((.((((.(((((..{((((..{.(((((((((((((((((((.,((((((((((.{.((.((((((((((((((((((((...))))))))))............(((((((((,,,....,,..............{((((((((((....))))).)))))))))))))))........)))))}..,)))).))..}.)))))))))}........)))}.......,.....))))))).....)))))))).}...))))|{{(({((((((,,..,(((....)))})))))).||...(((((((((...(({(((((((.......((((((((((..,,{{{,((((({((({{(,.(((((.......)))))...{((.((((((........)))))).))}..,.((((((((,....)))))))))},,|{(({..,(((((,,,...}}))),,,.{{|,|||{.|}|,}|||,}}},}|,{.,(((((((((.....)).)))))))}}{{({,...})))}..{(((((((.......)))))))))))))))},}}}|{,....{{((...........,)))}..(((,,..))).,}||||||,||||{{{{{{{,{........,}..})))),,,...,,{|||,,,..((({{{{||||||{{....)))))}...,{,,||}}}|||},(((...,|}}..,|||,}||},.....,..,,.....{{{{{{{....,))))))))).))))))))........))))))).)))..)))}..}))))..,,|,,,,,{|,.,(((({..,,,..})))).||||,...,}}},)))))),.(((({{((((((((((((....((((((....(({({,{(((.(({{{((((((((((((((.(((((({...})))))).))).}}}}))..........{(({....)))).....)))))))))).))))))))))))))).........(((({,.,..,..((((((((((.......))),})))))).}..)))))....)))))){((((((...((((.{.....}.))))..))))))}...)))))))))))..))))))))).)).}))))))))).}}}...))))))))))..,,.,..}))}).))))...}}}..,.........}))).)}...)))))))).....))......)))..))))))))))).)))),)))).,............(((((|....),))))),},...(((.((((((({,(((((.((...((((.....))))..)))))))))))}....,))).))).}})|,)))),,)}}))|{{{({{(({((((((((((..,,..((((((...,{({{{........{,.(((.(((({..{{{{,{,{...((((((..({{,...}})}))))))..})))}..,.)))).))),},....))))},))))))......))))))))))...((({{(((((((.......)))))))))))...}||||}.........,))).{{,{,,..{(((((((((..........)))))))))),}))).....))))))))))).})}}.((((((.......))))))(((((,,,(((((.,,......,,.)))))))))))...,((.((((((((....)))))))).)),
Back