Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_004994.3
Sequence Length
2336 nt
GC Content
0.6237
AGACACCUCUGCCCUCACCAUGAGCCUCUGGCAGCCCCUGGUCCUGGUGCUCCUGGUGCUGGGCUGCUGCUUUGCUGCCCCCAGACAGCGCCAGUCCACCCUUGUGCUCUUCCCUGGAGACCUGAGAACCAAUCUCACCGACAGGCAGCUGGCAGAGGAAUACCUGUACCGCUAUGGUUACACUCGGGUGGCAGAGAUGCGUGGAGAGUCGAAAUCUCUGGGGCCUGCGCUGCUGCUUCUCCAGAAGCAACUGUCCCUGCCCGAGACCGGUGAGCUGGAUAGCGCCACGCUGAAGGCCAUGCGAACCCCACGGUGCGGGGUCCCAGACCUGGGCAGAUUCCAAACCUUUGAGGGCGACCUCAAGUGGCACCACCACAACAUCACCUAUUGGAUCCAAAACUACUCGGAAGACUUGCCGCGGGCGGUGAUUGACGACGCCUUUGCCCGCGCCUUCGCACUGUGGAGCGCGGUGACGCCGCUCACCUUCACUCGCGUGUACAGCCGGGACGCAGACAUCGUCAUCCAGUUUGGUGUCGCGGAGCACGGAGACGGGUAUCCCUUCGACGGGAAGGACGGGCUCCUGGCACACGCCUUUCCUCCUGGCCCCGGCAUUCAGGGAGACGCCCAUUUCGACGAUGACGAGUUGUGGUCCCUGGGCAAGGGCGUCGUGGUUCCAACUCGGUUUGGAAACGCAGAUGGCGCGGCCUGCCACUUCCCCUUCAUCUUCGAGGGCCGCUCCUACUCUGCCUGCACCACCGACGGUCGCUCCGACGGCUUGCCCUGGUGCAGUACCACGGCCAACUACGACACCGACGACCGGUUUGGCUUCUGCCCCAGCGAGAGACUCUACACCCAGGACGGCAAUGCUGAUGGGAAACCCUGCCAGUUUCCAUUCAUCUUCCAAGGCCAAUCCUACUCCGCCUGCACCACGGACGGUCGCUCCGACGGCUACCGCUGGUGCGCCACCACCGCCAACUACGACCGGGACAAGCUCUUCGGCUUCUGCCCGACCCGAGCUGACUCGACGGUGAUGGGGGGCAACUCGGCGGGGGAGCUGUGCGUCUUCCCCUUCACUUUCCUGGGUAAGGAGUACUCGACCUGUACCAGCGAGGGCCGCGGAGAUGGGCGCCUCUGGUGCGCUACCACCUCGAACUUUGACAGCGACAAGAAGUGGGGCUUCUGCCCGGACCAAGGAUACAGUUUGUUCCUCGUGGCGGCGCAUGAGUUCGGCCACGCGCUGGGCUUAGAUCAUUCCUCAGUGCCGGAGGCGCUCAUGUACCCUAUGUACCGCUUCACUGAGGGGCCCCCCUUGCAUAAGGACGACGUGAAUGGCAUCCGGCACCUCUAUGGUCCUCGCCCUGAACCUGAGCCACGGCCUCCAACCACCACCACACCGCAGCCCACGGCUCCCCCGACGGUCUGCCCCACCGGACCCCCCACUGUCCACCCCUCAGAGCGCCCCACAGCUGGCCCCACAGGUCCCCCCUCAGCUGGCCCCACAGGUCCCCCCACUGCUGGCCCUUCUACGGCCACUACUGUGCCUUUGAGUCCGGUGGACGAUGCCUGCAACGUGAACAUCUUCGACGCCAUCGCGGAGAUUGGGAACCAGCUGUAUUUGUUCAAGGAUGGGAAGUACUGGCGAUUCUCUGAGGGCAGGGGGAGCCGGCCGCAGGGCCCCUUCCUUAUCGCCGACAAGUGGCCCGCGCUGCCCCGCAAGCUGGACUCGGUCUUUGAGGAGCGGCUCUCCAAGAAGCUUUUCUUCUUCUCUGGGCGCCAGGUGUGGGUGUACACAGGCGCGUCGGUGCUGGGCCCGAGGCGUCUGGACAAGCUGGGCCUGGGAGCCGACGUGGCCCAGGUGACCGGGGCCCUCCGGAGUGGCAGGGGGAAGAUGCUGCUGUUCAGCGGGCGGCGCCUCUGGAGGUUCGACGUGAAGGCGCAGAUGGUGGAUCCCCGGAGCGCCAGCGAGGUGGACCGGAUGUUCCCCGGGGUGCCUUUGGACACGCACGACGUCUUCCAGUACCGAGAGAAAGCCUAUUUCUGCCAGGACCGCUUCUACUGGCGCGUGAGUUCCCGGAGUGAGUUGAACCAGGUGGACCAAGUGGGCUACGUGACCUAUGACAUCCUGCAGUGCCCUGAGGACUAGGGCUCCCGUCCUGCUUUGGCAGUGCCAUGUAAAUCCCCACUGGGACCAACCCUGGGGAAGGAGCCAGUUUGCCGGAUACAAACUGGUAUUCUGUUCUGGAGGAAAGGGAGGAGUGGAGGUGGGCUGGGCCCUCUCUUCUCACCUUUGUUUUUUGUUGGAGUGUUUCUAAUAAACUUGGAUUCUCUAACCUUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-980.4 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1020.57
Frequency: 0.0000
Diversity: 777.64
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((((((((((((..((((((((((((.((((((((..((((((((.((((....((((.((......)).))))))))..)))))))).))..((((.((((.((((..((((...(((((.....))))).......((.((((.(((((((((((((((((((....(((.....(((.(((((......((((((((((.......))))(.(((....))).)((((((....)))))).((((((((..(((....)))..))..))))))..)))))).....))))).))))))...)))))))))((((..(..((((((((((((((((((.((((((....))))))((((((..............((....)).(((..........))).....))))))(((..(.((.(.((((((((((((((((((....))).(((((..(((((((((.(........).)))).))))).)))))..(((((...(((.((((((((..((((.((...)).))))...((((.((((.(((((....((((.((((.(((.....(((....)))..)))))))...))))......)))))...)))).))))...)))))))))))...))))).))))))))))))))).).)))..))))))))))))..(((((.((.(((((((......................))))))).))...)))))..((((((..(.((.((((((((.((((((.(.(((((((((......((((((.......((((.....)))))))))).(((...)))((((..(((((..((((((((.((......(((..((((((.......))))))..))).......((((............))))(((((((((..(((((......))))).))).))))))(((......(((..(((..((((.((..(((((.(((((....).))))...)))))...))..))))..)))..))).....)))((((((((.....).)))))))....)).))))))))..))))).))))..))))))))).).))))))))))).))).)).)..))))))(((.((((.((..................)).))))))).)))))))))..)..))))......)))))))).)).)))))).((((((((((.....))))))))))((((((......(((((((((.((.((((((.((.(((((...........(((((....)))))))))).))...)))))).)).).))))))))....))))))...((((((.(((((.((((((..((((.....((((((((((...(((((((((((((((...((((((......)))))).............(((((((((((((......(((......))).((((.((((((((((.(((((((((....((((((..(((...((...(((.((....)))))...))))))))))).....)))))..........(((((((.((....)))))))))))))..)))))))..........)))..))))......))))...)))))))))..))))))))))...((.(((((.(((.............))).)))))))(((((.((.(((((((....))))..))).)).))))).....((((((.....))))))...)))))....))))))).(((.(.(((((((.((((.((...)))))).)))))))))))...))).....))))....)))))).)))))...)))))).)))))))).)))).)))).....((((.....))))))).))))))...)))))))))..))).))).))))).))))..(((((((((((((((.(((((((.((((.......))))(((((...((((.(((.....)))..)))))))))(..(((((.....)))))..)....)))))))..))))))).((.((((((.(.((.......))).)).)))))).((((((.....).))))).((((...(((.((((..((((.(.(((((....)))))))))))))).))).))))...((((((..(((.....)))))))))(((((((((((((.......))))))))).))))..))))).)))(((((..(((.(((((.((((...))))))))).))).))))).......(((((((....(((((.....)))))..))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,.({.(((((((..,(((.((((((((((.((((.(((({((((((((((.((((....((((.((......)).))))))))..))))))))..{{{....||}((((.....))))...(((((.....)))))..}}))))..)))).))))))......((((((,...,))}}))})))))))))))))).|||{(({(({(((,({,{{((((((((((((((((,(((({{..,,|}}|||.(({((((({{({{...,|||,,||{,||}|||(((...(({,,.,|}{{,|||..,,,{,|||}}}||||||}}})},{{(((((((,{(((((((.((((((....))))))((((.....)))).......{{...,||.,{{........,{||,....,,{|||,,||||||{,.,.((((((((((((((((((..,,|||.{{|||}}||||(((((.{....,,,,}.}}}}.}}})),}}}}),.(((((,{,{((.((((((((..{,,,{((((({,({,{|.,(({{{.(({..,}}}|}},.{((({((({,((((,...|}}.,.,)))),))))))}}}}||}}}},,.,,|||.,,.}))}....,,..))))))))))).}}))))).)))))))))))))))|},||||,,,.}}})))))}..(((((.((.(((((((.,..................|.))))))).))...))))),{((((((.,(.(({((({{{||.|||{{{.,.{||||||||.....,{{{{,,...,,..{{{{.....})))))))},,}})}},,}}{(((,.(((((..((((((((,((....{.(((..((((((.......))))))..))).|.,,,.((((............))))(((((((((.,{((((....,,)})}}.))).)))))){({......(((..(((..{(((,((..(((((.(((((....)|||))...))))),..}}..))))..))),,))).....))){|||||||,..,,|,|})}))|.,,,|,.})))))))..))))).))),..))))))))),|,|||||}}}}}},|||,||,|,,||||||(((.((((.{{,..,,{{,....,,....)}.))}||||..,,))))||{.|,{(|,.,,..,}))})))}})))).)))))}||,|||||||...},)))))))))}((((((......((((((((||(|.((((((.{({((((({..........{{(((,...)))))))))}.))...)))))).}}|).))))))))....})))))...||((((.(((((.(((((((({(((,..{,((,(((((((,,.(((((((((((((((,,,((((((......)))))).......}}}...(((((((((((((..,,,{((({.{,,.||}|{{((,{(((((((((.(((((((({....{{{{{(.,(((,..{,...||||{{....)))))...))),}))))))..,..)))))..........(((((((.((....)))))))))))))..)))))))..........}})..))),,,,...))))...)))))))))..))))))))))...(.{(((((.((((((({..{((({..,,{|||,,(|(,,,,..|}},,))}|...})))},..))))))).)))}}}..{(((((.....))))))...))))),,..))))))),{|{.,.(((((((.((((.((...)))))).))))))),,},.,,))),..}})),))),.,))))).)))))...)))))),},}}))}}})),)))))}})),)))|,|||,,,,)}))))))))}}}||}||||}|||,|{{((((((((...(((.(((.,.((((..((((.....))))..))))..,.))))))..)))))))}...}))),,}},,.||||||||.||,||,{{{{({{{{,|||||(((.({.,|{{{{{,.||||}|{....)),,))))}),})))})..}},))))),...}|||)|}},{{{|....,,.{{{{...(((.((((..((((.{,(((((....))))))))),)))).))).))))...((((({..(((.....)))))))))|||,(((((((((.......))))))))).})))))}))))}}}|(((((,,(((.(((((.((((...))))))))).))).))))).}}.,,,(((((({...,|||||.....)),))}}))))),}.....
Back