Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_005252.4
Sequence Length
2104 nt
GC Content
0.5276
AACCGCAUCUGCAGCGAGCAUCUGAGAAGCCAAGACUGAGCCGGCGGCCGCGGCGCAGCGAACGAGCAGUGACCGUGCUCCUACCCAGCUCUGCUCCACAGCGCCCACCUGUCUCCGCCCCUCGGCCCCUCGCCCGGCUUUGCCUAACCGCCACGAUGAUGUUCUCGGGCUUCAACGCAGACUACGAGGCGUCAUCCUCCCGCUGCAGCAGCGCGUCCCCGGCCGGGGAUAGCCUCUCUUACUACCACUCACCCGCAGACUCCUUCUCCAGCAUGGGCUCGCCUGUCAACGCGCAGGACUUCUGCACGGACCUGGCCGUCUCCAGUGCCAACUUCAUUCCCACGGUCACUGCCAUCUCGACCAGUCCGGACCUGCAGUGGCUGGUGCAGCCCGCCCUCGUCUCCUCCGUGGCCCCAUCGCAGACCAGAGCCCCUCACCCUUUCGGAGUCCCCGCCCCCUCCGCUGGGGCUUACUCCAGGGCUGGCGUUGUGAAGACCAUGACAGGAGGCCGAGCGCAGAGCAUUGGCAGGAGGGGCAAGGUGGAACAGUUAUCUCCAGAAGAAGAAGAGAAAAGGAGAAUCCGAAGGGAAAGGAAUAAGAUGGCUGCAGCCAAAUGCCGCAACCGGAGGAGGGAGCUGACUGAUACACUCCAAGCGGAGACAGACCAACUAGAAGAUGAGAAGUCUGCUUUGCAGACCGAGAUUGCCAACCUGCUGAAGGAGAAGGAAAAACUAGAGUUCAUCCUGGCAGCUCACCGACCUGCCUGCAAGAUCCCUGAUGACCUGGGCUUCCCAGAAGAGAUGUCUGUGGCUUCCCUUGAUCUGACUGGGGGCCUGCCAGAGGUUGCCACCCCGGAGUCUGAGGAGGCCUUCACCCUGCCUCUCCUCAAUGACCCUGAGCCCAAGCCCUCAGUGGAACCUGUCAAGAGCAUCAGCAGCAUGGAGCUGAAGACCGAGCCCUUUGAUGACUUCCUGUUCCCAGCAUCAUCCAGGCCCAGUGGCUCUGAGACAGCCCGCUCCGUGCCAGACAUGGACCUAUCUGGGUCCUUCUAUGCAGCAGACUGGGAGCCUCUGCACAGUGGCUCCCUGGGGAUGGGGCCCAUGGCCACAGAGCUGGAGCCCCUGUGCACUCCGGUGGUCACCUGUACUCCCAGCUGCACUGCUUACACGUCUUCCUUCGUCUUCACCUACCCCGAGGCUGACUCCUUCCCCAGCUGUGCAGCUGCCCACCGCAAGGGCAGCAGCAGCAAUGAGCCUUCCUCUGACUCGCUCAGCUCACCCACGCUGCUGGCCCUGUGAGGGGGCAGGGAAGGGGAGGCAGCCGGCACCCACAAGUGCCACUGCCCGAGCUGGUGCAUUACAGAGAGGAGAAACACAUCUUCCCUAGAGGGUUCCUGUAGACCUAGGGAGGACCUUAUCUGUGCGUGAAACACACCAGGCUGUGGGCCUCAAGGACUUGAAAGCAUCCAUGUGUGGACUCAAGUCCUUACCUCUUCCGGAGAUGUAGCAAAACGCAUGGAGUGUGUAUUGUUCCCAGUGACACUUCAGAGAGCUGGUAGUUAGUAGCAUGUUGAGCCAGGCCUGGGUCUGUGUCUCUUUUCUCUUUCUCCUUAGUCUUCUCAUAGCAUUAACUAAUCUAUUGGGUUCAUUAUUGGAAUUAACCUGGUGCUGGAUAUUUUCAAAUUGUAUCUAGUGCAGCUGAUUUUAACAAUAACUACUGUGUUCCUGGCAAUAGUGUGUUCUGAUUAGAAAUGACCAAUAUUAUACUAAGAAAAGAUACGACUUUAUUUUCUGGUAGAUAGAAAUAAAUAGCUAUAUCCAUGUACUGUAGUUUUUCUUCAACAUCAAUGUUCAUUGUAAUGUUACUGAUCAUGCAUUGUUGAGGUGGUCUGAAUGUUCUGACAUUAACAGUUUUCCAUGAAAACGUUUUAUUGUGUUUUUAAUUUAUUUAUUAAGAUGGAUUCUCAGAUAUUUAUAUUUUUAUUUUAUUUUUUUCUACCUUGAGGUCUUUUGACAUGUGGAAAGUGAAUUUGAAUGAAAAAUUUAAGCAUUGUUUGCUUAUUGUUCCAAGACAUUGUCAAUAAAAGCAUUUAAGUUGAAUGCGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-722.9 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -764.1
Frequency: 0.0000
Diversity: 539.98
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((...(((((((((((((((((.((((((((((((.((.((.((((((((.((......)).))).)))))..))...)).))))((((....)))).....((((.((((((.....((((((((((..(((((((...........((((((((.((((....((......))...))))))))))))...((((((((((((.(((..((((((.(((((..(..((((................).)))..)..))))).)).))))..)))))).......((((.....)))).(((((.(((.((....(((((((..............)).)))))......)).))))))))...)))))))))..((((.....))))((((((((((.(((((.(...((((((.((((...((((.........(((((....(((((.......)))))..)))))))))))))..)))))).).)))))..)))))).)))).)))))))...)))..)))))))..))))))))))((((((((((((((((((((...((((((((.....((((((((((.......((.(((.((.....)).))).))((((.(((((((((.(((((...((((....))))((((((.................((((((...)))))).((..((((...(((.....)))...((((..(((....)))..))))(((((.((...)).))))).))))..)).........(((((...))))).......)))))).(((...((((((((.(((((((((..(((((.((((.((.....))....(((((((((.........)))..))))))..))))))).))....)))))))))))).....)))))))))))))))))..((.(((........))))).........))))).))))..((((.(((((((((...((((((...((((((..(((...((((((....((((((....)))))).(((((((.((((.(((((((....(((((((.((((((..((...((.((((...)))).))...)))))))).)))))))....(((....)))....)))))))))))..((((...((((((((..(((.............)))(((((.((((((((((((((....)))))(((..((((.(((((((((((((..(((((.............)))))))).......)))))).))))))))..)))...)))))))))...)))))(((((......)))))...((((((((((((((((((((((((((.........((((((((...(((((......))))))))))))))))).)))))).))).....))))).))).)))))...((((((((((..((((....))))....)))))))))).........))))))))))))....)))))))((((.(((((....))))))))).........))))))...))).)).)))))))))))))))))))..)))).))))))))))))))))))..))))))..(((......)))...((((((..(((((...((......))..(((((((((((.........)))))))))))..((((((..((((...((((.(((.......))).)))).))))..)))))).)))))))))))...........((((......)))).)))))))).))))))........(((((((.........)))))))...((((((((...(((.(((..(((....)))))).)))....)))))))).))))).(((((....)))))(((.((((((...))))))))).........(((((((......)))))))))).))))))))).......(((((((((.((((((((((((......(((....)))..)))))))).))))..)))))))))...((((((.....))))))..))))...(((...)))...............)))).))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
...(((((...({({{{{|(((((((({.(((,{,{,((((.((.((.((((((((.((......)).))).)))))..))...)).)))),(({....}))}.,...((((((((((...((((((((((..((((..((((...........(((((((,,((((,,,.,,......),,..)))))))))))).....((((((((|{,{{((((((....)))))).))|,.(((((.{.((,{{...((((...(((((((((((((..(((((((((.((({,(..(((((...,,....(((({,(((.((....(((((((..............)).)))))......)).))))))))}.))))).))))).)))).)))))((.((((((((((.(((((.,.,.((((((.((({.,,{{,,..,,,,...(((((....(((((.......)))))..)))))))))))))..)))))).).)))))..))))))}}))).))...))..))).)))))))),...))))...,,,..(((((.................))))).(((....)))..)),.))))).,))))))))........))))))))..))))).)))))..{........,..))))))))))..,.(((((((((((({..((((((...))))))....(((((({....((({(((((((((((.{({..((((..{{{{{.((({(,((,..|}.|||||{{{.,{.{{.((({,{.{((((({,,|||||{{{,{{,,{{{{.{({,{|,{{,{,{||.,{{{||(((,.{{{||,|||{|||.,,,,||.{{{(((((((({,........)}}}}}))))}..)))))|||}}....},})))))})),..,|||}}||,{{,{{{|{,(({{({,((||,..,{,{{{{{|,,|(({{,,...{{{....}})},}}}||{{|||{..,{|||||,..||{|||,,||||||{({{(({...((((((....)))))).,}|.,((,((((.(((((((....(((((((.((((((..((...((.((((...)))).))...)))))))).)))))))...,{{{,...})),,..)))))))))))..|||{...{((((,,{,..{{,.............|}||{{||(((((((((,{(((....))))|(((.,({({{(((((((((({({..(((((...,....,,...)})))))),......))))))}}))))})).}))))),))))))))).{{|||}}(((((......))))).,,|||{,((((((((((((((((({(((.........(((((((({,.{((({......})))))))))))))))}.)))))).))).....)))))}})),))))),,,((((((((((..{{{(,,...,})},,.))))))))))..,,,,...)))))})}}|||..,,}|||||||||{}|{{||,...)))})}))),)))}.},,))}))},..})),)}.))})))))}}})))})))),,)}},))))})).))))))))))))))...{{{{(((.{{,....}}}))}},))|,,.{{{.(((((((((..((,{((((((((((.........))))))))))))).))))))))},}}}||{....||,,...}))))))|{((({{{,{..((((..{{({......})}}.))))....}}))))..,))))))))))))).,..,,{,,...{,(({((((.....,,,,)))}))),}}{(((((((...(((.(((..({{....))}))).)))....))))))))}))})},{,,,{,,..|||,|{{{.((((((...))))))},..,,.,}}..(((((((......)))))))))).})))))))).......(((((((((.((((((((((((......(((....)))..)))))))}.)))}..)))))))))...{(((((.....)))))}.{{{|.,,.|||..,}|},,,,...}},..,..)))),))))).
Back