Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_005346.6
Sequence Length
2517 nt
GC Content
0.5876
AAACGGCCAGCCUGAGGAGCUGCUGCGAGGGUCCGCUUCGUCUUUCGAGAGUGACUCCCGCGGUCCCAAGGCUUUCCAGAGCGAACCUGUGCGGCUGCAGGCACCGGCGUGUUGAGUUUCCGGCGUUCCGAAGGACUGAGCUCUUGUCGCGGAUCCCGUCCGCCGUUUCCAGCCCCCAGUCUCAGAGCGGAGCCCACAGAGCAGGGCACCGGCAUGGCCAAAGCCGCGGCGAUCGGCAUCGACCUGGGCACCACCUACUCCUGCGUGGGGGUGUUCCAACACGGCAAGGUGGAGAUCAUCGCCAACGACCAGGGCAACCGCACCACCCCCAGCUACGUGGCCUUCACGGACACCGAGCGGCUCAUCGGGGAUGCGGCCAAGAACCAGGUGGCGCUGAACCCGCAGAACACCGUGUUUGACGCGAAGCGGCUGAUUGGCCGCAAGUUCGGCGACCCGGUGGUGCAGUCGGACAUGAAGCACUGGCCUUUCCAGGUGAUCAACGACGGAGACAAGCCCAAGGUGCAGGUGAGCUACAAGGGGGAGACCAAGGCAUUCUACCCCGAGGAGAUCUCGUCCAUGGUGCUGACCAAGAUGAAGGAGAUCGCCGAGGCGUACCUGGGCUACCCGGUGACCAACGCGGUGAUCACCGUGCCGGCCUACUUCAACGACUCGCAGCGCCAGGCCACCAAGGAUGCGGGUGUGAUCGCGGGGCUCAACGUGCUGCGGAUCAUCAACGAGCCCACGGCCGCCGCCAUCGCCUACGGCCUGGACAGAACGGGCAAGGGGGAGCGCAACGUGCUCAUCUUUGACCUGGGCGGGGGCACCUUCGACGUGUCCAUCCUGACGAUCGACGACGGCAUCUUCGAGGUGAAGGCCACGGCCGGGGACACCCACCUGGGUGGGGAGGACUUUGACAACAGGCUGGUGAACCACUUCGUGGAGGAGUUCAAGAGAAAACACAAGAAGGACAUCAGCCAGAACAAGCGAGCCGUGAGGCGGCUGCGCACCGCCUGCGAGAGGGCCAAGAGGACCCUGUCGUCCAGCACCCAGGCCAGCCUGGAGAUCGACUCCCUGUUUGAGGGCAUCGACUUCUACACGUCCAUCACCAGGGCGAGGUUCGAGGAGCUGUGCUCCGACCUGUUCCGAAGCACCCUGGAGCCCGUGGAGAAGGCUCUGCGCGACGCCAAGCUGGACAAGGCCCAGAUUCACGACCUGGUCCUGGUCGGGGGCUCCACCCGCAUCCCCAAGGUGCAGAAGCUGCUGCAGGACUUCUUCAACGGGCGCGACCUGAACAAGAGCAUCAACCCCGACGAGGCUGUGGCCUACGGGGCGGCGGUGCAGGCGGCCAUCCUGAUGGGGGACAAGUCCGAGAACGUGCAGGACCUGCUGCUGCUGGACGUGGCUCCCCUGUCGCUGGGGCUGGAGACGGCCGGAGGCGUGAUGACUGCCCUGAUCAAGCGCAACUCCACCAUCCCCACCAAGCAGACGCAGAUCUUCACCACCUACUCCGACAACCAACCCGGGGUGCUGAUCCAGGUGUACGAGGGCGAGAGGGCCAUGACGAAAGACAACAAUCUGUUGGGGCGCUUCGAGCUGAGCGGCAUCCCUCCGGCCCCCAGGGGCGUGCCCCAGAUCGAGGUGACCUUCGACAUCGAUGCCAACGGCAUCCUGAACGUCACGGCCACGGACAAGAGCACCGGCAAGGCCAACAAGAUCACCAUCACCAACGACAAGGGCCGCCUGAGCAAGGAGGAGAUCGAGCGCAUGGUGCAGGAGGCGGAGAAGUACAAAGCGGAGGACGAGGUGCAGCGCGAGAGGGUGUCAGCCAAGAACGCCCUGGAGUCCUACGCCUUCAACAUGAAGAGCGCCGUGGAGGAUGAGGGGCUCAAGGGCAAGAUCAGCGAGGCGGACAAGAAGAAGGUUCUGGACAAGUGUCAAGAGGUCAUCUCGUGGCUGGACGCCAACACCUUGGCCGAGAAGGACGAGUUUGAGCACAAGAGGAAGGAGCUGGAGCAGGUGUGUAACCCCAUCAUCAGCGGACUGUACCAGGGUGCCGGUGGUCCCGGGCCUGGCGGCUUCGGGGCUCAGGGUCCCAAGGGAGGGUCUGGGUCAGGCCCUACCAUUGAGGAGGUGGAUUAGGGGCCUUUGUUCUUUAGUAUGUUUGUCUUUGAGGUGGACUGUUGGGACUCAAGGACUUUGCUGCUGUUUUCCUAUGUCAUUUCUGCUUCAGCUCUUUGCUGCUUCACUUCUUUGUAAAGUUGUAACCUGAUGGUAAUUAGCUGGCUUCAUUAUUUUUGUAGUACAACCGAUAUGUUCAUUAGAAUUCUUUGCAUUUAAUGUUGAUACUGUAAGGGUGUUUCGUUCCCUUUAAAUGAAUCAACACUGCCACCUUCUGUACGAGUUUGUUUGUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUGCUUGGCGAAAACACUACAAAGGCUGGGAAUGUAUGUUUUUAUAAUUUGUUUAUUUAAAUAUGAAAAAUAAAAUGUUAAACUUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-993.2 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1035.7
Frequency: 0.0000
Diversity: 560.69
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((((((((.((((((((((((.(((((.((((((.....))).)))))))).)))))).....)))))).).((((((((.(((((((..(..((((.((((((((((.((.((((((((((....((.((((..((((.(((((.(((((.((((((((((((((((((.(((..(((.(.(((((((((((((((((((....))..(((....)))..((((((.((..((.(((((((((((.(((((......))))))))))))..........)))).))..)))))))).........(((..(((((((.(((((.....(((((((....(((...))).(((((((.((((((.((..((.......(((((.(((((.....(((.((((..(((((...)))))..((((((....))))))..)))).))).((.((((.((((((((....(((((....((((......((((((((.((.((..(....(((...(((.((((((.(((.....(((((((.........))).))))..((.((((((.(.((((((....))))...)).).)))))).))..))).)))))).)))....)))...)..)))).)))))))).....))))..))))).))))).))).)))).)).((((..((((((((((((((((((((.((.....)).)))).))))).....((((((.((((((..(((.((((((.((((((.....(..((((((((((.((((((...)))))).)))))).))))..)..)))).((.(((.((((((......))))..)).))).))......)))))))).)))..))))))(((...))).((((((((.(((.(((..........((((((((..(..(((.(((......(((....)))..))))))..)..)))))))).......(((((((((...)))))).)))..((....))..((((((....)).))))))).)))..)))))))).((((.((((((((((..((((.....))))..))))..)))...(((((.......))))).(((((.(((....(((((.((........)).)))))))).)))))((((.(((....))).))))...))).))))(((.(((.((((.........)))).))).)))..)))))))))))))))))....)))).(((((((......)).)))))......))))).))))).......))..)).)))))).)).))))))))).)))))).)).))))).))..))).((((((((..(((....))).....))).))))))))))).))).)).....))))))))))..))))))))))))))))).)))).).).)))..(((((((..((...(((..((((.((.(((.(((((.((....((.(((((((.((...(((((((..........)))))))........(((((.(..(..((....((((.(((((..((.........((((((((((((((((.(((.(.(((((.((((.((...)).)))).))))))))).)))))))).)).))))))..((((((...))))))))...))))).)))).))..)..).)))))(((..((((...........................))))))).......)).)))))))..)))).)))))..))))).)))).........)))...))..))).))))))))).))))..))))))..))))(((((.(((((((.((((((((...((.....))...)))))).)).))))))).))))).......((((((..(((..........((((.(((....))).))))))).)))))).)))))).))))))))....))))(((((...((((...........((.((((((((((((((((.(((............((((((.........(((.(((...(((((((((((....))).))))))))...))))))..((.((((((((...)))))))).))(((((((((..((........))....)))))))))......(((((((((..............)))))))))....))))))...........))).)))))))))))))))).))))))..))))).(((((((..((...(((((((....((..(((....(((((....)))))....))).))...))))))).)).))))))).....(((((((.(...(((((.........))))).....).))))))).))))..)..))))))).))))))))....................(((((((...)))))))........))))))).....(((((((..((((.....))))..))))))).....................
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,,.(((((((,.((((((((((((.(((({{((((((.....)))}}))))))).)))))).....))))}}.|.((((((((.(((((((..(..((((,((((((((((.((.((((((,,,,{{..((.,(((.((((({,(((,.,((((.((((((((((((((((((((((..(((.(.(((((((,{{{((((({||.|||({.,({{....)))|,((((((.{{,.((.(((((((((((.(((((......))))))))))))},........}))).)),.))))))))........,(((..(((((((.(((((.....(((((((....(((...))).(((((((.((((((.((..((.......(((((.(((((.....(((.((((..(((((...)))))..((((((....))))))..)))).))).((.((((.((((((((....(((((....((((......((((((((.((.((..{....(((...(((.((((((.(((....{(((,(((.........))).))))..((.((((((.(.((((((....))))...)).).)))))).))..))).)))))).)))....)))...,..)))).))))))))..,..))))..))))).))))).))).)))).)).{(((..((((((((((((((((((((.((.....)).))))}})))).....((((((.((((((..(((.((((((.{(((((.....{..((((((((({.((((((...)))))).}))))).))))..),,}))).{{.{{(.((((((.,,,..}}}},,}),)}},)}.....,)))))))).)))..)))))|((,...))).((((((((.(((.(((..........((((((((..,,.((({{((......(((....))}..),)},)}}),.)))))))).......(((((((((...)))))).)))..,,,,,|||,.((((((....)).))))})),)))..)))))))),{{({.(((((,((((..((((.....))))..)))).,))}...(((((.......))))),(((((.{((,,,.{{{((,((......,,}).}))))}}),))))}((((,(({...,))).))))...}}}.))))|,{.{((.((((......,,.)))).)))})))},)))))))))))))))))....)))},((((({{....,.)).))))).,....))))).))))).......))..)).)))))).))}})))))))).)))))).)).))))).))..))).{{{{{,{{||(({,..,|||.....}}}|||}},}})))),))}})),....))))))))))..)))))))))))))))))}|))),|{|.,,|,,({(((((,.((..((((..((((.((.(((.(((((.((...,((.(((((((.((...,{(((((..........)))))||,{.,,,,.(((((.{..{..({....((((.(((((..{(.........{(((((((((((((((.(((.(.(((((.((((.((...)).)))).))))))))).)))))))).))},))))}..((((((...)))))),,...))))).)))).)}..}..}.)))))(((..((({.....|,,,.....,...........,))))})),..},..)).)))))))..)))).)))))..))))).))))..{{{{...,||...,,)).,)})).))))}}.))))},))))))..}}}}(((((.(((((((.((((((((...{|,,,.,}}.|.}}}})).}}.))))))).)))))..,.,|,|{{,||},|{|.,{{{.....||||}||{..}}),)})))),))}))))),.)))))).))))))))....)))}{{((({,.,{{{..{(((,....{(.((((((((((((((((.(((............((((((,{{,,.,{.{{|}||{,,,(((((((((((....)))}}))))))}..{|||{||{{,({{(((((((...)))))))}.||{((|,{{{||,||{,{{{{{{|,...}}}}}}}|||......{|||||{{|,,,}.},.,,},,})))}}))))...}))))))...........))).)))))))))))))))).)))))).,))))),{((((((..,{...(((((((..,,{,..{((.,..(((((....)))))....))).}}...))))))).,,.))))))}.....(((((((.{...(((((.........))))).....}.))))))).))))..)..))))))).))))))))....................(((((((...)))))))........)))))))...,,|.,{((({{(({{((((.,,.,.}))))}))))))}}}...,,,........
Back