Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_005551.5
Sequence Length
2829 nt
GC Content
0.5111
AAACUCACCACCUGGCCGUGGACACCUGUGUCAGCAUGUGGGACCUGGUUCUCUCCAUCGCCUUGUCUGUGGGGUGCACUGGUGCCGUGCCCCUCAUCCAGUCUCGGAUUGUGGGAGGCUGGGAGUGUGAGAAGCAUUCCCAACCCUGGCAGGUGGCUGUGUACAGUCAUGGAUGGGCACACUGUGGGGGUGUCCUGGUGCACCCCCAGUGGGUGCUCACAGCUGCCCAUUGCCUAAAGAAGAAUAGCCAGGUCUGGCUGGGUCGGCACAACCUGUUUGAGCCUGAAGACACAGGCCAGAGGGUCCCUGUCAGCCACAGCUUCCCACACCCGCUCUACAAUAUGAGCCUUCUGAAGCAUCAAAGCCUUAGACCAGAUGAAGACUCCAGCCAUGACCUCAUGCUGCUCCGCCUGUCAGAGCCUGCCAAGAUCACAGAUGUUGUGAAGGUCCUGGGCCUGCCCACCCAGGAGCCAGCACUGGGGACCACCUGCUACGCCUCAGGCUGGGGCAGCAUCGAACCAGAGGAGUUCUUGCGCCCCAGGAGUCUUCAGUGUGUGAGCCUCCAUCUCCUGUCCAAUGACAUGUGUGCUAGAGCUUACUCUGAGAAGGUGACAGAGUUCAUGUUGUGUGCUGGGCUCUGGACAGGUGGUAAAGACACUUGUGGGGGUGAUUCUGGGGGUCCACUUGUCUGUAAUGGUGUGCUUCAAGGUAUCACAUCAUGGGGCCCUGAGCCAUGUGCCCUGCCUGAAAAGCCUGCUGUGUACACCAAGGUGGUGCAUUACCGGAAGUGGAUCAAGGACACCAUCGCAGCCAACCCCUGAGUGCCCCUGUCCCACCCCUACCUCUAGUAAAUUUAAGUCCACCUCACGUUCUGGCAUCACUUGGCCUUUCUGGAUGCUGGACACCUGAAGCUUGGAACUCACCUGGCCGAAGCUCGAGCCUCCUGAGUCCUACUGACCUGUGCUUUCUGGUGUGGAGUCCAGGGCUGCUAGGAAAAGGAAUGGGCAGACACAGGUGUAUGCCAAUGUUUCUGAAAUGGGUAUAAUUUCGUCCUCUCCUUCGGAACACUGGCUGUCUCUGAAGACUUCUCGCUCAGUUUCAGUGAGGACACACACAAAGACGUGGGUGACCAUGUUGUUUGUGGGGUGCAGAGAUGGGAGGGGUGGGGCCCACCCUGGAAGAGUGGACAGUGACACAAGGUGGACACUCUCUACAGAUCACUGAGGAUAAGCUGGAGCCACAAUGCAUGAGGCACACACACAGCAAGGAUGACGCUGUAAACAUAGCCCACGCUGUCCUGGGGGCACUGGGAAGCCUAGAUAAGGCCGUGAGCAGAAAGAAGGGGAGGAUCCUCCUAUGUUGUUGAAGGAGGGACUAGGGGGAGAAACUGAAAGCUGAUUAAUUACAGGAGGUUUGUUCAGGUCCCCCAAACCACCGUCAGAUUUGAUGAUUUCCUAGCAGGACUUACAGAAAUAAAGAGCUAUCAUGCUGUGGUUUAUUAUGGUUUGUUACAUUGAUAGGAUACAUACUGAAAUCAGCAAACAAAACAGAUGUAUAGAUUAGAGUGUGGAGAAAACAGAGGAAAACUUGCAGUUACGAAGACUGGCAACUUGGCUUUACUAAGUUUUCAGACUGGCAGGAAGUCAAACCUAUUAGGCUGAGGACCUUGUGGAGUGUAGCUGAUCCAGCUGAUAGAGGAACUAGCCAGGUGGGGGCCUUUCCCUUUGGAUGGGGGGCAUAUCUGACAGUUAUUCUCUCCAAGUGGAGACUUACGGACAGCAUAUAAUUCUCCCUGCAAGGAUGUAUGAUAAUAUGUACAAAGUAAUUCCAACUGAGGAAGCUCACCUGAUCCUUAGUGUCCAGGGUUUUUACUGGGGGUCUGUAGGACGAGUAUGGAGUACUUGAAUAAUUGACCUGAAGUCCUCAGACCUGAGGUUCCCUAGAGUUCAAACAGAUACAGCAUGGUCCAGAGUCCCAGAUGUACAAAAACAGGGAUUCAUCACAAAUCCCAUCUUUAGCAUGAAGGGUCUGGCAUGGCCCAAGGCCCCAAGUAUAUCAAGGCACUUGGGCAGAACAUGCCAAGGAAUCAAAUGUCAUCUCCCAGGAGUUAUUCAAGGGUGAGCCCUUUACUUGGGAUGUACAGGCUUUGAGCAGUGCAGGGCUGCUGAGUCAACCUUUUAUUGUACAGGGGAUGAGGGAAAGGGAGAGGAUGAGGAAGCCCCCCUGGGGAUUUGGUUUGGUCUUGUGAUCAGGUGGUCUAUGGGGCUAUCCCUACAAAGAAGAAUCCAGAAAUAGGGGCACAUUGAGGAAUGAUACUGAGCCCAAAGAGCAUUCAAUCAUUGUUUUAUUUGCCUUCUUUUCACACCAUUGGUGAGGGAGGGAUUACCACCCUGGGGUUAUGAAGAUGGUUGAACACCCCACACAUAGCACCGGAGAUAUGAGAUCAACAGUUUCUUAGCCAUAGAGAUUCACAGCCCAGAGCAGGAGGACGCUGCACACCAUGCAGGAUGACAUGGGGGAUGCGCUCGGGAUUGGUGUGAAGAAGCAAGGACUGUUAGAGGCAGGCUUUAUAGUAACAAGACGGUGGGGCAAACUCUGAUUUCCGUGGGGGAAUGUCAUGGUCUUGCUUUACUAAGUUUUGAGACUGGCAGGUAGUGAAACUCAUUAGGCUGAGAACCUUGUGGAAUGCAGCUGACCCAGCUGAUAGAGGAAGUAGCCAGGUGGGAGCCUUUCCCAGUGGGUGUGGGACAUAUCUGGCAAGAUUUUGUGGCACUCCUGGUUACAGAUACUGGGGCAGCAAAUAAAACUGAAUCUUGUUUUCAGACCUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1029 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1075.69
Frequency: 0.0000
Diversity: 803.03
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((.(((((((((........(((.(((((((...((((.(((.(((((((((...((..((((((((((....((((.....((((((((((((((((((..((((.(((.(((((((((((((.....))))))))....((((((((((((.(((..((((..((..(((((((.((.(((((((((......)))))))))..)))))))))))))))..))).))).......((.((((.(((((((((((((((..((....(((((((.(((((......)))))))))(((...((((.....))))...)))......((((........))))..(((((.((......)).))))).))).))..))).))))))).)))))...)))).)).)))))))))))))).))).))))..))))...(((..(((((((((........))))))).))..))).(((((((((((((((..((((...(((((((.(((..(((((....).)))).)))))))))).(((((((.(((((((.(((((.......((((....))))((((.(((..((((((.(((.((..((((.(((((((((.((.....))))))))))).(((((((.......)))))))((((((.((((.((((((.....((.((((.(((((((.(((...(((.((((.((.((((((.....)))..((((.((((((.....(((....).))......)))))).))))..))))).)))))))))).))))))).)))).))))))))))))))))))(((((((((((.(((.............((((((((....((((((((.......(((...((((((.((..(((((.(((((..(((.((((...((((((...))).)))...)))))))...........)))))..))))))).)))))))))))))))))..)))..)))))..(((....)))..((((.((((.(((((..(((...........)))....))))))))).)))).(((((((.....((((((((.......))))))))(((.(((((((((((((....))))))).))))))..)))))))))))))))))))))))).))))(((..((((((..((.(.......).))..))))))...)))....)).))).))))))..)))))))......))))).))))))).(((((..(..(.((((....(((((....)))))..((((((..(((((((((((........((((((......((....((....((((((((.(((.((.....)).)))))))))))....)).....))......)))).)))))))).)))))..))))))......(((((....)))))...(((((.(((.....(((((.((((.(((((((......))))))).))))..)))))....))).)))))..((((((..((((.(((...........)))...))))..))))))......)))).)..)..)))))......))))))).........(((((((...((((((((.((((.(((........))).)))).))))))))...))))))).((((((...))))))...))))...))).))))))).......))))).))))))))))))))......)))).....(((((....))))))))))))))))).........(((((.......((((((((((..((((((......((((((.(((((..(((((((((((((((.((((..(((((.....((((((.((((......((.((((..((((((((((....(((((.(.(((....))).).))))).......)))))...)).)))..)))).)))))).)))))).(((......)))((((((.......)))))))))))..)))).)))))))(((((((((((((((((.............))).)))))))....)))))))................(((....)))........)))))))).))))).))))))))))))(((((..((((((.....)))))))))))......)))))))))).......)))))...))))))))).)))...((((...)))).......(((((((((((.((.((((..((((((((....)))................((((..((((((.((.(((.((((((..(((((.......))..))))))))).))).)).))))))..)))).((((...))))((((.((.....)).))))(((((..(.((.....)).)..)))))...))))))))).))..)))))))))))(((((((((((((...(((.(((((.(((...(((((...(...((.(((((((..(..((((.(((.....))))).))..)..))))))).))...).....)))))...)))..((((..((((..(((((((((((((((((((.((((((((.....)))).)))).))).))))))))))..))))))..))))..)))).))))).)))....)))))))))((....))......)))).))))))))))).))).....)))))))))))).((.(((((((((((((.(.....((((....))))....).))))))(((....)))..))))))).)).........(((((.......)))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
...(((.(((((((((..,,....(((.(((((((...((((.(((.(((((((((....({{((((((((((({(,{({{,.|,.(((((((((((((((((({.{,,,.{{{}||||(((((((((.....)))))))),..{((((({((({{(({((,.{{{{,.{{{,({(((((,({.(((((((((......))))))))){{|{|||||,,.))),)}}))),}||.......,..{((({({{{{{(((((((({{{{{..,{({.((((.(((((......))))))))}||||...|||},|||.,})}|{|||,,,,,,((((........)))),,((({{.((.,,,..||,|||}}.,||.||,,|||{|||||||.|||||{{{||||{{|{|||||||||}||||.|||.},||{{{|.,.,}|}}}.({(((((((........))))))).))||||||||||,{{,{{{{||..,|{||}}}|((((((.(((..(((({....).)))).))))))))))}|||||||,(((((((.(((((.,.....{({{..,,|}||((((.(((..((((((.(((.{{..((((,(((((((((.((.....))))))))))).(((((((.......)))))))((((((.((((.((((((.....((.((((.(((((((.(((..,(((,,{{(,{{,{(((((.,...,}}},)|)|}})||||},...,{(,,..{,{{{{{{,..,))))))))}..}}}}..))))}}}})).))))))).)))).))))))))))))))))))(((((((((((.(({.............((((((((....((((((({......,(((...((((((.{{..(((((.(((((..((,{((((...((((((...))).)))...))))))).,.......,.))))),.)))))}}.)))))))))))))))))..)))..))))),.{{,...,}},..((((.((((((((((..(((.,,......,,})},...))))))))).)))).(((((((.....((((((((.......))))))))(((.((((({(((((((....))))))).))))))..))))))))))))}))))))))))).}}}}(((,.((((((..((.(.......}.))..))))))...)}}..,,)).})),))))))..))))))}.,},,}))))).))))))),((,,(,.,..,{((((....}||||||,.|}|||{|||||||,.|||||,,||||...,,}}}}.,|||||....,},,|{{{{{,.{(((((({.{{{.{{..,}}))|}}}},||||||....(({{{{{((..{,......})..))))}.})))).}))))),..,,..(((((....)))))...(((({.(((.....{({{{.{({{.{(((({{....,,))))))).})))..)))))....}}}.})}}|.,(((,((,.,{{{.{,,..,....,,,,))),,.)))}..)))))),.,,..,|,|,|..,..}||||{{{{..,,,)))),,},,,,},|||{{{|...||{{{{{(.(({{.{{{........))).)))),))))))))|}}})))))),|{|||{,,,)))))),,,}))}.,})}))))))}||{{{....})))}.))))))))))))))..,...)}}},,,..(((((....)))))})))))))))}|,,.....{{((({{.......((((({{{{{..{{{{{{.....,((((((.{((((..((((((({((((((|,(({(,,(({{{.....(({{((,((({..{{{{,{.((({..{|||{(({{{..,.{{(((.{.{{(,,,,))).).))))}....,,.)))))...}},))),.)})}}}))}||,||||}}.{({......))}||||||,......}}}|||,||}}..}}}},}})))}}(((((((((((((((((.............))).)))))))....))))))).,|,......,|,.,,||{.,,,}}}...,,,,.))))))))})))}}.)))))))})))}(((((..((((((.....)))))))))))..,,,.}}})))))))})))},})))),...))))))))).))),,.((((...)))).,,,.,.{((((((((((.((.((((.,((((((((....)))......,.........((((..((((((.{{.(((.((((((..{({((,....,.))..})})))))).))).)}.))))))..)))).((((...))))((((.((.....)).))))(((((..{.({.....)).}..)))))...))))))))).))..))))))))))}|{(.(((((((((...(((.(((((.(((...(((((......,({.(((((((..(..((((.(((.....))))).))..)..))))))).,}.,|}.....)))))...)))..(((|..((((..(((((((((((((((((((.((((((((.....)))).)))).))).))))))))))..))))))..))))..,))).))))).)))....))))))))),|,,,{},....,,},,,.))))))))))).)))...}.)))))))))))).{{.(((((({({((((.{.{...{(((....}}}},,|||.|}}}}}(((,...)))..))))))).,).........(((((.......)))))......
Back