Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_005554.4
Sequence Length
2308 nt
GC Content
0.5585
AGUCCUGCUUCUCUUCCCUCUCUCCUCCAGCCUCUCACACUCUCCUCAGCUCUCUCAUCUCCUGGAACCAUGGCCAGCACAUCCACCACCAUCAGGAGCCACAGCAGCAGCCGCCGGGGUUUCAGUGCCAACUCAGCCAGGCUCCCUGGGGUCAGCCGCUCUGGCUUCAGCAGCGUCUCCGUGUCCCGCUCCAGGGGCAGUGGUGGCCUGGGUGGUGCAUGUGGAGGAGCUGGCUUUGGCAGCCGCAGUCUGUAUGGCCUGGGGGGCUCCAAGAGGAUCUCCAUUGGAGGGGGCAGCUGUGCCAUCAGUGGCGGCUAUGGCAGCAGAGCCGGAGGCAGCUAUGGCUUUGGUGGCGCCGGGAGUGGAUUUGGUUUCGGUGGUGGAGCCGGCAUUGGCUUUGGUCUGGGUGGUGGAGCCGGCCUUGCUGGUGGCUUUGGGGGCCCUGGCUUCCCUGUGUGCCCCCCUGGAGGCAUCCAAGAGGUCACCGUCAACCAGAGUCUCCUGACUCCCCUCAACCUGCAAAUCGAUCCCACCAUCCAGCGGGUGCGGGCUGAGGAGCGUGAACAGAUCAAGACCCUCAACAACAAGUUUGCCUCCUUCAUCGACAAGGUGCGGUUCCUGGAGCAGCAGAACAAGGUUCUGGAAACAAAGUGGACCCUGCUGCAGGAGCAGGGCACCAAGACUGUGAGGCAGAACCUGGAGCCGUUGUUCGAGCAGUACAUCAACAACCUCAGGAGGCAGCUGGACAGCAUUGUCGGGGAACGGGGCCGCCUGGACUCAGAGCUCAGAGGCAUGCAGGACCUGGUGGAGGACUUCAAGAACAAAUAUGAGGAUGAAAUCAACAAGCGCACAGCAGCAGAGAAUGAAUUUGUGACUCUGAAGAAGGAUGUGGAUGCUGCCUACAUGAACAAGGUUGAACUGCAAGCCAAGGCAGACACUCUCACAGACGAGAUCAACUUCCUGAGAGCCUUGUAUGAUGCAGAGCUGUCCCAGAUGCAGACCCACAUCUCAGACACAUCUGUGGUGCUGUCCAUGGACAACAACCGCAACCUGGACCUGGACAGCAUCAUCGCUGAGGUCAAGGCCCAAUAUGAGGAGAUUGCUCAGAGAAGCCGGGCUGAGGCUGAGUCCUGGUACCAGACCAAGUACGAGGAGCUGCAGGUCACAGCAGGCAGACAUGGGGACGACCUGCGCAACACCAAGCAGGAGAUUGCUGAGAUCAACCGCAUGAUCCAGAGGCUGAGAUCUGAGAUCGACCACGUCAAGAAGCAGUGCGCCAACCUGCAGGCCGCCAUUGCUGAUGCUGAGCAGCGUGGGGAGAUGGCCCUCAAGGAUGCCAAGAACAAGCUGGAAGGGCUGGAGGAUGCCCUGCAGAAGGCCAAGCAGGACCUGGCCCGGCUGCUGAAGGAGUACCAGGAGCUGAUGAAUGUCAAGCUGGCCCUGGACGUGGAGAUCGCCACCUACCGCAAGCUGCUGGAGGGUGAGGAGUGCAGGCUGAAUGGCGAAGGCGUUGGACAAGUCAACAUCUCUGUGGUGCAGUCCACCGUCUCCAGUGGCUAUGGCGGUGCCAGUGGUGUCGGCAGUGGCUUAGGCCUGGGUGGAGGAAGCAGCUACUCCUAUGGCAGUGGUCUUGGCGUUGGAGGUGGCUUCAGUUCCAGCAGUGGCAGAGCCAUUGGGGGUGGCCUCAGCUCUGUUGGAGGCGGCAGUUCCACCAUCAAGUACACCACCACCUCCUCCUCCAGCAGGAAGAGCUAUAAGCACUAAAGUGCGUCUGCUAGCUCUCGGUCCCACAGUCCUCAGGCCCCUCUCUGGCUGCAGAGCCCUCUCCUCAGGUUGCCUUUCCUCUCCUGGCCUCCAGUCUCCCCUGCUGUCCCAGGUAGAGCUGGGUAUGGAUGCUUAGUGCCCUCACUUCUUCUCUCUCUCUCUAUACCAUCUGAGCACCCAUUGCUCACCAUCAGAUCAACCUCUGAUUUUACAUCAUGAUGUAAUCACCACUGGAGCUUCACUGUUACUAAAUUAUUAAUUUCUUGCCUCCAGUGUUCUAUCUCUGAGGCUGAGCAUUAUAAGAAAAUGACCUCUGCUCCUUUUCAUUGCAGAAAAUUGCCAGGGGCUUAUUUCAGAACAACUUCCACUUACUUUCCACUGGCUCUCAAACUCUCUAACUUAUAAGUGUUGUGAACCCCCACCCAGGCAGUAUCCAUGAAAGCACAAGUGACUAGUCCUAUGAUGUACAAAGCCUGUAUCUCUGUGAUGAUUUCUGUGCUCUUCGCUGUUUGCAAUUGCUAAAUAAAGCAGAUUUAUAAUACAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-880.7 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -920.83
Frequency: 0.0000
Diversity: 546.52
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((((.((((((((...((((.((((((((.................((.((.(((((((..(((.(((((((...((((((((((((.(((((((.(((.((.(((.((((((..((.(.((.......))).))..)))))))))..)).))).)))))))..(((.(((.(((((((((......)))))).))).)))))))))))))...)))))...))))))).))).((((((...(((.((((((((.....((((((..((....)).))))))....)))....))))))))..))))))..(.((.((((((((.((....)).)))))))).)).).))))))))))).(((((((((....)))))))))....((((((((((((((((((...((((((...))))))((((((((.(((..(((((((..((.(((((((...)).))))).)).)))))))..)))..)))))))).((((..(((((....((((((.......(((.(......).))))))))).(((((..(.(((.....))).)..)))))......((((.(((((((...........((((.((((...(((((((.(....((((((((...(((...(((.(((((((.....)))))))..)))....)))....))))))))....).))))))))))).))))............))))))))))).((((....))))))))).))))))))))))))).))))))).)))))).)).))))...)).))))))(((((..........))))).............(((.(((((..(((((.((......))..))))).........(((((((((((((.........(((((((.((((........))))....((((......)))))))))))..((((((((((((.(((.(((((..((((..(((((........)))))..))))..)))))(((((((((((.(..((............))..).)))))))))))......((((..(((((..(((.((((((((..((((.....((((((((((((((((..((((.((((........)))).)))).((((..((....))..)))).....(((((..(((((..........))))).....((((((.(((.((.((.((((((((........)))).))))((((((((((((.((.(((((..(..(((.(((((((((((((((((((((.((((((.((((....((((((....))..))))........(((..(((((........))))).))).(((((.....)).)))..))))))))))......((.((((((((((((....))).))))...)))))))((((......)))).((((((.(((((((((((((((.........(((((.((.(((.(((.(((((.....))))).))).))).)).)))))))))..)))))))))))...)))))).....)))))))))))))))...)))))).).))..)..))).)).)).)).)))).)))))).....(((((((.((....)).))))))).(((((...))))))).)).))).))))))(((((((((((.((.((........................)))).))))))))))).(((((((...((((....))))......)))))))..))))).))).))))).))))......))))...))))..)))))))).)))))))).))))(((((((.(((((.(((.((((......))))..))))))))....(((((((((...(((((..........................((((((.....))))))..((((((......)))))).((((((....))))))....((((((((.......((((.........)))).......)))))))).........))))))))))))))..............(((((...........))))).....))))))).......)))..))))...................))))))))........(((........)))(((......)))..)))))))))))))(((((((((.(.((...(((.((.((.(((((.....))))).)))).)))..)).))))))).)))))))).)))............)))))).............
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,,((((((.((((((((,..((((.((((((((..(((.(((((((((((...(((((.(((({.(((.(((((((.,.((((((((((((.(((((((.(((.((.(((.((((((..{{.(.((.......))}.))..)))))))))..)).))).)))))))..(((.(((.(((((((((......)))))).))).)))))))))))))...)))))...))))))).))).((((((...(((.(((((,{{{,..{((((,,..{{..,,||.}}))))}}}})..)},.))))))))..)))))).,(.((.((((((((.((....)).)))))))).)).)}}}{{(|,{,({{(((,,,,.{{,((.((((.(((....(((((((((.,{({((((({.{{{{{{{{{,.,|||{|((({((((((,,.((,...,,.}.}.)))))).,|||}.}})))).)})))))))}}),)))))))))..)}).)))))).,.,}}.,)))))).})))).,..))))).))))).))))))))))).)))............,{{{,.......,{{{((((((((...........((((.((((...(((((((.(..,.((((((((...(((...(((.(((((((.....)))))))..)))....)))....)))))))).,..).))))))))))).))))............))))))))))}.((((....))))})}}..,||||,.,||||..,.)}).)}..)))))).)).))))...)).)))))}(((((..........}))))..,....,...,,({(,(((((.,(((((.,,,....,||..}}}}}.....,,..(((((((((((((.........{((((((.((((........))))....((((......))))))))))}..((((((((.,{{,,{{,(((((..((((..(((((........)))))..))))..)))||(((((((((((.(,.({............))..),))))))))))),..{,,((((..(((((..{({.((((((((..((((...,.(((((((,,((((((({{((((.((((........)))).)))){((((..,,....)),,}),|,{.{{(((((..(((((..........))))).....((((((.(({.((.(..((((((((........)))).)))){{(((((((({(.(({(((((.((,.(((.(((((((((((((((((((((,.(((|{.{(((,...,|||||,,..}}.,})},........(((,.(((((........))))).)}}..((((..||.}|.|.},,},|||)}))|......,,.{((((|((({{{....))),.))),,,)))))}}((((.....,)}}|.((((((.(((((((((((({,{.(((.((({.,,,..,{.(((.(((.(((((.....))))).))).))).})))).))),)}.})))))))))))...)))))),,,)})))))))))))))))...)))))),},}|,||..}},|}}.}),}}.}})),}))})),}}.,||(((((.{{.,,.)).)))))}}{(((((...)))))))},)}))).)))))){((((((((((.((.{(......................,,}})).))))))))))|.(((((((...((((....))))......)))))))}.))))).)))})))))),))}},,})))))).}.))))..)))))))).))}))))).))))..,{|||{{((((.(((.((((......))))..))))))||{((((({({{{((,,..,,||,..............,,,,,,,,...{(((({.....)))))}..((((((......)))))).((((((....))))))....(((((((({......((((.,.......)))).....).)))))))).........})))))))})))))}},.{,,{{{{{{{(((({...{{{{{...,,,))}}}..}})))))).}}}}}}}.{{,....,,,...........,,..)))))))).....,,,{{{........)))|{|,.....))}..))))))))))))){{{((((({,{.{,...(((.{,.((.(((((.....))))).))}).)))..,,.))))))),)))))))),)))..,||,......}))))).............
Back