Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_016084.5
Sequence Length
1748 nt
GC Content
0.6161
AGAGCAAGCGGCCUGUGCCCAGAUCCUGGGAGAACCCCAGCCGAGCCCAGCCUAGCCCGAGCCCAGCCCGAGCGGAGCCGGAGCCCCAAGCCCGAGCCGCGCCCAGCCCGAGCAGAGCCCUCCAGCCGCUCACCCCGCGUGCCACCCCAGCGACCCUCAGCCGCUCUCUGCCCUUCUCUCGGCCCCGCGCCCGCCCUCGCGGCCCCUCUGCCCAAUGAAACUGGCCGCGAUGAUCAAGAAGAUGUGCCCGAGCGACUCGGAGCUGAGUAUCCCGGCCAAGAACUGCUAUCGCAUGGUCAUCCUCGGCUCGUCCAAGGUGGGCAAGACGGCCAUCGUGUCGCGCUUCCUCACCGGCCGCUUCGAGGACGCCUACACGCCUACCAUCGAGGACUUCCACCGCAAGUUCUACUCCAUCCGCGGCGAGGUCUACCAGCUCGACAUCCUCGACACGUCCGGCAACCACCCGUUCCCCGCCAUGCGGCGCCUCUCCAUCCUCACAGGAGACGUUUUCAUCCUGGUGUUCAGUCUGGACAACCGCGACUCCUUCGAGGAGGUGCAGCGGCUCAGGCAGCAGAUCCUCGACACCAAGUCUUGCCUCAAGAACAAAACCAAGGAGAACGUGGACGUGCCCCUGGUCAUCUGCGGCAACAAGGGUGACCGCGACUUCUACCGCGAGGUGGACCAGCGCGAGAUCGAGCAGCUGGUGGGCGACGACCCCCAGCGCUGCGCCUACUUCGAGAUCUCGGCCAAGAAGAACAGCAGCCUGGACCAGAUGUUCCGCGCGCUCUUCGCCAUGGCCAAGCUGCCCAGCGAGAUGAGCCCAGACCUGCACCGCAAGGUCUCGGUGCAGUACUGCGACGUGCUGCACAAGAAGGCGCUGCGGAACAAGAAGCUGCUGCGGGCCGGCAGCGGCGGCGGCGGCGGCGACCCGGGCGACGCCUUUGGCAUCGUGGCACCCUUCGCGCGCCGGCCCAGCGUACACAGCGACCUCAUGUACAUCCGCGAGAAGGCCAGCGCCGGCAGCCAGGCCAAGGACAAGGAGCGCUGCGUCAUCAGCUAGGAGCCCCGCCGCGCUGGCGACACAACCUAAGGAGGACCUUUUUGUUAAGUCAAAUCCAACGGCCCGGUGCGCCCCAGGCCGGGAGCGCGCGCGGACUGGCGUCUCCCCUCCCGGCGAUCCGCCCCCAGCACUGGGGAGGCGCCACUGAACCGAGAAGGGACGGUCAUCUGCUCCGGAAGGAAAGAGAACGGGCCAAGACUGGGACUAUUCCCCACCCCCGGUCCCCCAUUGAGGCCCGCCACCCCCAUAACUUUGGGAGCGAGGGCCCAGCCGAGGGUGGAUUUAUCUUCUCAAAGACCUAAGAGUGAGCGCGGGGUGGGGGAGGGAUGUGAAGUUAUCCAGCCUCUGCUAGGCUUCAAGAAACCGUCAUGCCCGCUUGAGGGUCAGGACCCACGGGGCAUUAUCUUGUCUGUGAUUCCGGGUUGCUGUGACAGCCGGUAGAGCCUCUGCCCUCCCAAAACUAAGCGGGGGGGCGUGGGUCAAAUCAUAGCCAAGUGACUUGUUUACAUGUGAGUGAAACUGCACAAAGGAACACAAAACAAAACUUGCACUUUAACGGUAGUUCCGGUGUCAACAUGGACACGAACAAAACCUUACCCAGGUGUUUAUACUGUGUGUGUCUGAGGUCUUUAAAGUUAUUGCUUUAUUUGGUUUUUUAAUAUACAAUAAAAUAAUUUAAAAUGGAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-690.1 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -720.37
Frequency: 0.0000
Diversity: 499.91
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((.((((.(((.(.(((....((((.....))))((((.((........)).)).)).(((((((.(((..(((((.((.....))))).))..)))..((((..(((((((((((((.....((((((((((((..(((((((((.........(((.(((((.((((((((..((((.(..(((((((.((((((((..((........))....))))))))..(((.....))).....((((...))))((((((((.((...(((((.....(((....)))))))))).))))))))......)))))))..)..))))..((((.(((((((((...((((.((..(((((((.((......))......(((((((((((..((((................)))).))))))......)))))..)))))))..)).))))................(((((((((((...((((.......(((((((.....)).))))).((((((...)))))).(((((.((((((((((((..(((.((.......)).)))..))))))).......(((((...))))).........)))))..))))).(((((((.(((((((((..(....)..)))))))))......(((((....)))))((((((((........)).)))))))))).)))....((((.(((((.....((((..(........)..))))....)))))))))....((((...(((((((((((.(((.(((((..((((((..((.......))(.((((((((...)).)))))).)(((((((((......))))))))).....((((((((((((((((..((((.(((((((((((.(((.(((.((..((.((((((.((((...))))..))..)))).))..)).)))))))))))))).)))....))))...))..)))...))))).........))))))))))))..))))).)).).)))))))).))).)))).....))))...))))))).))))(((..(((..((((....))))...)))..))).........((((.((......)).)))))))))))))))))...((((((((((((....((((...)))).........)))))))))))).......)))))))).(((....))).(((....))).))))).))).....).)))))........((((((.((((.......((.(((((..(.(.((((......)))).).).))))))))))).)))))).....((((....)))).......))).)))))))))))))))))).................))))))).))))..........(((.(((((......))).)).))).((((((.((......))))))))....)))))))))).)))))))).(((((((((.((((((((..........))))))))(((((.(((.((((......)))).)))))))).(((((((...))).))))..(((.((((..(((......(((((((((.(((.((((..(((((......)))))))))...))))))...))))))......))).))))))))))).)))))......))))))).(((.(((((..(.(((........))).)..))))).)))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
{((((({,{(({,{(.{(,{{{...(((((.....))))){{{.((,{{|{...||{||.||.,,{{,{{.(((..(((((.((.....))))).))..))).,((((..(((((((((((((.....((((((((((((..(((((((({..,,{{,.{({(.(((((.,((((((({{(({{,({{(({((((,((((((((..((........))....)))))))).,{{{.....}}|,.,,,((((...))))|(((((((.,{...(((((.....(((....)))))))),}.)))))))},.,...||}))))..|..||}}.,{(((.{({(({(((.{{{{{{{{{,.{{{(((|.{|......)),,.}}.}}}||{(((({...,|,}}})}}}...,,,..{((({{{,((|{{.,,,{{{{({..,,.))),(((((((((.{((.....))},}}((((....)))}...((((.........)))){((((({{.,{{(((((({{{{{{{((....}}}.||||...(((((((..(((.((.......)).)))..)))))))......|{{{{{...}}})),}...,}},.})))))))})))))))..,.,((((((((..(....)..))))))))|{|.,,{(((((....)))))|{{{{|||,.....,,)).|||||}(((......)))|||{,(((((...,.((((..{........}..))))....)))))})))....((((...(((((((((((.(((.(((((..((((((..((....,,.||{.((((((((...)),}))))).}(((((((((......))))))))).....((((((((((((((.(,.({((,(((((((((((.(({{(((.((..((.(((({(,((((...))))..))..)))).))..)).)))))))))))))).))}....)))),.,,)}.)))...)))))......,,.})))))))))))..))))).)).).)))))))).))).)))).}}}.))})}}.))))))).)))||,{,,{{{..{{((..,.}}}}.,,}}...)))....,,..|||||.||}}.{{|,,.)))})))))))}))))))..((((((((((((....((((...))))....,....)))))))))))).....}})))),}||,|{{....}}}.|||.}}}))..))))).}||||,..|,}}|||........{{{{{{.{|||,......{{.{||||..,.{.((((......)))).).).)))))}}))}).)))))).....((((....,))}....,,.))).)))))))))))))))))},,{......,,}}}.,.))))))).))))....,..,,,,({,,{{{{...,,.}))}..,||}.((({{{{({......}})))}))..||)))))}}}}}.},}}))))}|{(({((({,((((((((..........))))))))|{|||}|{{.{{{{...,..)}}}.}}||||}}.(((((((...))).)))}..{{,{((((..{((......(((((({{{.(((.((((..(((((......)))))))))...)))}}}...))))))......))).))))))))})),)}}}|..||..})))))).{((.(((((..,.{{{........}}}.,..))))).))}..
Back