Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_016836.4
Sequence Length
4286 nt
GC Content
0.4148
AGAUGCCGCCUGGCACCAAGCGCAGCCGCCGCUGCCGCACUUUCCACUUGUAUUGAUCACCUCUCAGCCCCGCGCAGCCGGCUCGCCCGAGCGGACCGCGGCCAGCGCGCCAGCCCUUGGCAGCCCCGGAGCAGUCGGGCUCCGGGAGGAAACUCCUUGGGAGCGCCCUGUCCGGGGUGCCCUCUGCGCUCUGCAGUGUCUUUCUUUCUGCCUGGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAAGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAAGAGGAGGAGGAGGAGGAGGACGUCUGGUCCCGGCUGGGAGGUGGAGCAGCGGCAGCAGCAGCAGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCUGCCGCCGCCGCCGGAAAGGGAGAGGCAGGAGAGCCCGAGACUUGGAAACCCCAAAGUGUCCGCGACCCUGCACGGCAGGCUCCCUUCCAGCUUCAUGGGCAAAGUGUGGAAACAGCAGAUGUACCCUCAGUACGCCACCUACUAUUACCCCCAGUAUCUGCAAGCCAAGCAGUCUCUGGUCCCAGCCCACCCCAUGGCCCCUCCCAGUCCCAGCACCACCAGCAGUAAUAACAACAGUAGCAGCAGUAGCAACUCAGGAUGGGAUCAGCUCAGCAAAACGAACCUCUAUAUCCGAGGACUGCCUCCCCACACCACCGACCAGGACCUGGUGAAGCUCUGUCAACCAUAUGGGAAAAUAGUCUCCACAAAGGCAAUUUUGGAUAAGACAACGAACAAAUGCAAAGGUUAUGGUUUUGUCGACUUUGACAGCCCUGCAGCAGCUCAAAAAGCUGUGUCUGCCCUGAAGGCCAGUGGGGUUCAAGCUCAAAUGGCAAAGCAACAGGAACAAGAUCCUACCAACCUCUACAUUUCUAAUUUGCCACUCUCCAUGGAUGAGCAAGAACUAGAAAAUAUGCUCAAACCAUUUGGACAAGUUAUUUCUACAAGGAUACUACGUGAUUCCAGUGGUACAAGUCGUGGUGUUGGCUUUGCUAGGAUGGAAUCAACAGAAAAAUGUGAAGCUGUUAUUGGUCAUUUUAAUGGAAAAUUUAUUAAGACACCACCAGGAGUUUCUGCCCCCACAGAACCUUUAUUGUGUAAGUUUGCUGAUGGAGGACAGAAAAAGAGACAGAACCCAAACAAAUACAUCCCUAAUGGAAGACCAUGGCAUAGAGAAGGAGAGGUGAGACUUGCUGGAAUGACACUUACUUACGACCCAACUACAGCUGCUAUACAGAACGGAUUUUAUCCUUCACCAUACAGUAUUGCUACAAACCGAAUGAUCACUCAAACUUCUAUUACACCCUAUAUUGCAUCUCCUGUAUCUGCCUACCAGGUGCAAAGUCCUUCGUGGAUGCAACCUCAACCAUAUAUUCUACAGCACCCUGGUGCCGUGUUAACUCCCUCAAUGGAGCACACCAUGUCACUACAGCCCGCAUCAAUGAUCAGCCCUCUGGCCCAGCAGAUGAGUCAUCUGUCACUAGGCAGCACCGGAACAUACAUGCCUGCAACGUCAGCUAUGCAAGGAGCCUACUUGCCACAGUAUGCACAUAUGCAGACGACAGCGGUUCCUGUUGAGGAGGCAAGUGGUCAACAGCAGGUGGCUGUCGAGACGUCUAAUGACCAUUCUCCAUAUACCUUUCAACCUAAUAAGUAACUGUGAGAUGUACAGAAAGGUGUUCUUACAUGAAGAAGGGUGUGAAGGCUGAACAAUCAUGGAUUUUUCUGAUCAAUUGUGCUUUAGGAAAUUAUUGACAGUUUUGCACAGGUUCUUGAAAACGUUAUUUAUAAUGAAAUCAACUAAAACUAUUUUUGCUAUAAGUUCUAUAAGGUGCAUAAAACCCUUAAAUUCAUCUAGUAGCUGUUCCCCCGAACAGGUUUAUUUUAGUAAAAAAAAAAAAACAAAAAACAAAAACAAAAGAUUUUUAUCAAAUGUUAUGAUGCAAAAAAAGAAAAAGAAAAAAAAAAAGAAAAGAAAACUUCAAUUUUCUGGGUAUGCACAAAGACCAUGAAGACUUAUCCAAGUGCAUGACCGGAUUUUUGUGGUUUUGUUCAUUUUGUGUUUAAUUUGUGUUUUUUUUUUCCAGCUGUAUGAAAUGGGCUUUCUGAAGUUUAAAUAGUCCGACUUCACCCAUGGUGUUCUGUGCUUGCAGUGCGAGUGUUGCUGUAAUUCAGUGUUGCCGUCAGUGUCUCUUUUCUUAGCUUUCUGUCUUUCUUUCAACGUAGUGUGAAGUGUCUUAUCCUUUUCUAUGAAUUCCAAUUUGCCUUAACUCUUUUGAUGCUGUAGCUGUUUCAGUAAAAGUUAGUUCAAACUAAUGAUGUAGAAUGCUUUGACCAAAUGAGCUGGUCUAUUAUGCCUUGUAAAACAGCAGCAUAGGGCUUUUAAAAGGUAGUCAAUAAAAGUUGCUGAAAUUUUGGCUUUUUUAAAUAUGUAGUAGGUGUUUUUAAUGAUUUUUCACAUAAUGUGUAAGGUAGUGAAAUGCAAGAAGGGAAAAAUGUUUUGUGUGAAACACAUUUUCUGACUGGGGAACUUUUAUUAGGGUAAAUUGUUUGUAAGGCUGUACGCCAACAGUUUCCUCUGAUAGUUUGACUGAUUUAGGAUAUCUGCUGUAUGAUGCAAUGUAAAGUCUUUUUUGCCUUUUUUCAGGAAAAAAAAAAAGCUAACUUGAUGUACUAGAUUUAGUGUAGGUAGUGUUGGGGUUGGGGAUGGGGGUGGGGGAGGGGAGUCACUGAAUGUUUUGUCCUUCCUUUAUACUAAUGAUAGUGCUUUAGAAUGAGAAUUAUGCCUGAAAUCUGGCAAACCGAAAAAUGUUGCUAUUGCAACAAAGUGGCAAAAGCUAAAAGUAAGGAUUUAUCUUCAAACAUAAGCUGAGAUAACGAAUAGAAGCAAAACGAUUGGCUACUAGCUCUCUCUCUCUCUCUCUAUUAGGUAAAUUUGAAAAAUAAAAAUGACUUGGCACUUUUAAAGGUAACUUCACCAAAGACCGAAGAGCCAGUAACCAGUAGCUCCAACUUGUCUCAGCAUCACAUCUUCUGUGCUCUUUAUUUUUGCCGGACCAGUUUGCGGUUAGGAGAAUGUGCCUUUUUUGUACCUUUGCAUUUAGGUUUUAUAAUUUUAAUUGAUGUAUGGACACACACAAACAAAAAAGCAUGAAGGAAGAUUUGGAUCCAAGCAGUGCCACACUUUACAUCAUCACUACAAGUGUUCAAGUGUAAAGAAAACCAAUUUUGAAACUAUGAAAUUCCUGAUUCAUAAAUACACAGUUAUUUCUACUUUAGUACAUAUAAGAUAAUUCACUGUUAUUAAAGCUCUUUUAUUAAGGCAAUUGCAUAUGUUUUAAAAGCAAUGGUAAAUUAAGUUGUCUUCCAAAACUGUGUACUUGUCUGGUCAGCUGUGUAUGAUCAGUUAUCUACCUCAGAGUCUAUUUUCUUUUGUGCUGGGACAGGUUGCUGGCCCUCCCUGUUUCCACAGACCAAAUCCUCCUAGCUCAGGAGCUAGGGCUAAGCAGUUAUUUCUUUCAAGUAUUUUUUAGUUCUUAAAUUUUAUGCUUGUAUUUGAUGAUAGAUGUCAGUGACAUUUCAUAGUUUCAAAAGUCCUUGCUGCUCUGAGAAGUGUAGAUUCUAGUGAAAAUUACAUAGUCAUAAGAGAAAUGUGUUUUUGUUUUUGUUUUUGUUUCAUUUUUUUAAAGUUGUGGUAUUAUUGGUUCUAUGCUCCCUGGAAUAUUACUGCUUUGUGAAAGUCCAGACUGAACGCAGCACCCUCUGUGUACCUAGUACAGUUAUAAACCUGGGUCUCUCACUACUUGAUAUUUUUGCAUUAGUUAAGACAGAAAUUUGAUAGCUCGGUUAGAGGGGAGGGGAAAUCUGCUGCUAGAAAUGUCUGAACUAAGUGCCAUACUCGUCUGGGUAAGAUUUGGGAAACAUAACCUCUGUACAUAAAAAAAAAAAAAUCAGUUAAACAUCACAUAGUAGACAGCCAUUAAAUUAUAAAAAAAUUAAUUUAUGAAGAAAGACCUUUUGUACAGAUUGAAAAAAAAAGAUUUUCAUAGAGAUAUCUAUAUGAUCAAGAGAGUUAAUUUUUUAUUUUUGUUUUACUAGUGCCACAGACUUGCCAGUGGUAACUUAUUUGUCCGGUUCAAGAUAACUCUGUAGUUUUCUUUCCUAGGACUUGUUGUUAAACGCCAAAAGACAUUUUUGAACUGUACAUUUGAUCAGAUUGUUAGCUUUUCUGUUUUAUUUCUUUUGAGAACCUUUGAAUAAAAAACAUCUGAAAUUUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1159.6 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1248.63
Frequency: 0.0000
Diversity: 1176.15
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((((..((..(((((((....)))).)))....(((.(((.(.((..((.((((((..((((((((.((.(((.(((((....))...)))))).))))))..(((...))).((((((((.(((..((((((((((((....)))))..))))).)))))))))))))..(((((...((((.(..(.((((((((((.....)))))))))).)..).))))..))))).)).))..)).)))).)).)).).))).)))((((..(((((.(((.(((((.(.(((((.((..((((((((.(((((.((.((.((....)).)).)).))))).))).))))).)))))))..........(((((...((..((.((((((.....)).)))).)).))...)))))..).)))))))))))))..))))...(((((((...(((.((((.((((((....(((((((.((.(((..........((((...((((.......))))...))))..........((((((..(((((((((((((((((((.(((.(((.(((.......((((.((.(((((((((((.......(((((((((((......((((.(((((((((.((((....))))....(((((((.....))...))))).(((...(((((.....(((((........))).))(((((((....((((((((((......(((((...(((((...(((((((((..((((((((((((((.((((((.....))))))....(((.....)))..))))))))...).))))))))))))))...((((......))))...)))))...))))).((((((((((......((((.((((((..............))))))..)))).))).)))))))...........((((((((((((((((.(((((.((((((......)))))))))))...))))))).(((......)))((((((.((..((((..((((((((((...)))))))))).))))..)).))))))((((.((((((((.(((........))).)).))).))).)).))((((.((((((((((................((..((((....))))))...((..(((((((((.((.(((.((.((...((((((...(((((.(...(((...(((((..((((((((((((...)))).....((((((((.((((((.(((((..(((((...(((..((((....(((((((...((((((((...(((......))).))))))))....(((((((...(((.(((......((((((.(((((....(((((((.((((...((((......)))).))))..........(((...((...........))...)))(((..(((((((...))))))).....))).)))))))...........(((((..(((((((..(((((.......)))))...))).)).))...)))))..((((((....(((((((..((.........))..)))))))..))))))((((.(((....)))...))))..........................))))).)))))).....)))))).....))))))).)))))))))))..)))...))))).((((.....))))...(((((.....((((((......)))))))))))((((.((((...(((((....)))))...))))....))))......(((((.((.....(((((.(.......)))))).......)).)))))(((((....))))))))))....)))))).((((((((((((..........(((((((((....)))...(((......)))...........................((.((((((.(((...(((((..((((((.......................))))))..)))))...))).)))))).))..))))))..........))))))))))))...))))))))..(((((.....(((((((..........))))))))))))...))))))))...)))))...)))...).)))))...)))))).)))).))).)))))))))))..)))))))))))).)))).)))))))))....))))))))))..................))))))).......))))))))...((((...))))....((((((....))))))))))))))..).))))......)))))))))))....((((((.((((..(((........))))))).)))))).........)))))))).....(((((((((((...(((((((((((((((((.(((.(..((((((...............))))))....((..((((((..((((((....))))))..))))))..))(..(((((...(((((((.((((((((.....(((.....))))))))))).))))))))))))..)).))).)))))))))))))))))................(((((.(((......))))))))))))))))))).))).))))))....))).))).))).)))))))))))))))..)))))))))).))))).)).)))))((((((.((((((.((((.(((((....)))))(((......))).....((((........))))..........((((((....))))))...((((....)))))))).))))))........))))))..((((((((((.(....((.((......(((((.((((.(((((.((..(((.......((((((..((((.........)))).))))))..........(((......)))..)))..))))))).)))).))))).))))...)))))))))))...)))))).))))..)))....))))))))).))))...)))).(((((((..((((.((((((((((((........)))).................(((.((....)).))).))))))))))))...(((.....((((.((((..((((((((.((((((((...((((...)))).....))))))))......((((((((((..(((((((....(((..(((((.(((((....(((((.((((((((.(((...((....))..)))))))))))...........((((((.((((((.(((((..(((((((..........)))).)))..))))))))))).)))))).....((((((((...(((.(.((((((((((((((.......((((((.((((.((...(((((((((.....((((....))))..........(((((((....)))))))((...)).((((((.....(((((((..((((.....))))....))))))).....))))))....)))))))))...)).))))..))))))........))))))))....))))))...).)))....))))))))....)))))..))))).)))))....)))...)))))))..)))))))))))))))))).)))).))))...)))(((((...((((......))))...))))).....((((((......))))))((((((.............)))))).)))).)))....................((((((((((((((((((((..((((....((((((((((....(((((.(((..(((((((((((((((((((.(..(((((((((....((((((((((.....((((((((.................(((..((........)).)))......(((((((.........))))))).((((......))))))))))))....((((((..((((((((((((....)))))........)))))))..)))))).....)))))).)))))))).)))))..)...))))).))))........))))).)))))..))))))))))))))))))..)))).)))))))))........((((..(((((.(.........).))))).))))....)))))))))))((((....))))................))))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{.(((({,,{||||....(((((((....))))}})).,,{(((.(((.{.,{..({.((((((..((((((((.(((((,{(((....))))..,,))))..))))((({,...,)))).((((((((.(((..({((((((((((....)))))..))))).)})))))))))))..(((((.{.((((.,..(.((((((((((,.,,,}}}))))))),).,},))))}.))))).)).)).}),})})).})}}},}}}}}}}}||{{({{((({({(((((({(({((((((((((({(((((,(({(((((.((.((.((....,,.)).)).)).))}))))),,)))))((.((,{{(((((.,(((((...((..((.((((((.....))}}))).)).))...)))))...,,,,,))))))))).)).....{((,.,({(({((..,{{,....{||,{,,.|,}}},})),}.,,}}....,,,((((...((((.......))))...))))}))))))),.(((({{..(((((((((((((((((((.(((.(((.(((.......((({{({.(({((((((({...{{{,(((((((((((......((((.,((((((((.((((,,,.}}}},,,,(((((((.....))...)))))..,...,,,,.......||||{...,,}}}}}}...(((((((....((((((((({.,....{((((...(((({..,(((((((((..{((((||(((((((.((((((.....))))))..,|{{{.....)))..)))))))}...}.))},,}))))))})...((((......))))..,))))).,.))))).((((((({{{...,,,((((.((((((..............))))))..)))}.))),)))))))..,{,....},((((((((((((((((.(((((.((((((......)))))))))))...))))))).(((......)))((((((.((..((((..((((((((((...}))))))))).))))..)).))))))(({(,((((((,,.(((........))).,,.))).))).)).)}((((.((((((((((................{{..((((....))))}}...{{..{((((((((.((.(((.({{((...((((((.,.(((((.,...(((...(((((..((((((((((((...)))).....((((((((.{(((((.{((((..(((((...(((..((((....(((((((...,{(((({(,{,(({.{{{,,||||||||||}.....,...{{||,|||,.,,,|,.|..|......,...||,,,{{{|{({.((((...((((......)))).))))..{{,.....,,,...{{,,...,|,,..({{..,,)}}...(((((((...)))))))...}})))}),}}.)),......,}|,(((({..{{{{{{{.|{{{((..,,...}}}}|...}||.||{|,...))))}.}{{{{{{.|.,{|{||||,,|{,||..,,,|}}..}}}))))..)))))}((((.(((....)))...))))...{((((((((.,,.......,...,|||,.,..})},.))))))))){{{,..,,,))),)))))))))))..)))...))))),(({{..||,||}}..,(((((.....{{{{{{......}))))})))))|,,|.{{((...(((((....}))))...)))}....,,........(((((.((.....(((((,,.......}))))).......)).)))))(((((....)))))))))}....)))))}.((((((((((((.,{{..,,,.((((({{,{{{,({{{{.......}}}}).},,.........................,{.((((((.(((...(((((.,((((((...{,....,......,.},...)))))),.)))))...))).)))))).))}.)))))).})}..})}.))))))))))))...))))))))..(((((.....(((((((..........))))))))))))...))))))))...)))))...)))...}.)))))...)))))).)))}}))).)))))))))))..)})))))))))).)))).)))))))))...,))))))))))........,,.....,,.)))))))...,,..,,}}{(({{..,..,...))))}...{(((((....)))))}))))))))..).))))......))))))))))),,}.{(({{{,{{{{..{((,,,....,|||}}},.})))}),,}......}))))))).....{((((((((({...{((((((((((((((((.{((.{,,((,(((,...}}}}.,}}}|,||,,,,,,|.((..((((((..((((((....))))))..))))))..)){,.{{{{,..{(((((((.((((((((.....(((.....))))))))))).))))))))))))..}}.))).))))))))))))))))}.,.....,.,,,},,,{{{{|.{((......))),})))))))))))))},}}).))))))....))).))).))).)))))))))))))))..))))))))))}.,)))}.}}},.},,}}}}}}.)})}}))}}|.{{(((....}}}}}{{{......}}}.....((((........))))..........((((((....))))))..{(((((,,,({,{{{{(({{(((,{{{{{{{,........((((((((((.,....(.{((......(((((.((((.(((((.{{,.{,{.......,{((((..,(((........,)},}.))))},...,,.....(((......)))..)))..))))))).)))).))))).))),...,))))))))))..,{{{.,,,{||||,|||||,,||||||{||{{||,..,,|||||{||||,,,({({{((((((((({({..,,,...))))..,,...,,,,,,,||.{{{.||,...},,}}},)}))))}))))),.,{||||,,.{(((.((((..{(((((({.((((((((...((({...)))).....))))))))......,(((((((((..(((((((..,,(({..({{{(,(((((,,,.,,,{,.(((((((({(.....{{....},..))}}))))))).......,,..((((((.((((((.(((((..(((((((..........)))).)))..))))))))))).)))))).,..,|||||||||..{{{.,.((((((((((((((.......((((((.(((({({,,,{{{({{{{{,,,..((({....)))).........,(((((((....)))))))||...}}.((((((.....(((((((..((((,....))))....))))))).....)))))).||,|||}},)))}}})).))))..)))))).....,,.))))))))....)))))}.,.|,}}}..,,}}}}}}}}..,,}}}}},,})))}.}}))}....,,,...)))))))..)))))))))))))))))).)))).)))).,))})(((((...{(((......)))}...))))).,,,.{{((((,,,,,,||}}}}{({{{(|,,,{,,.....,||||||{{,{,{{{,.,{{{.,,,,,|{|}||}}},||||||}}}}},|||,|||,.}}||}}}}|||||||{,,..,}|||||,(((..{{|||{{{||||{|||{{{.|..|{{{{|{{|,,,.{{|||{{{{{.,...((((((((.................{{{..,{........}}.},,...{{.{((((((.........)))))))}}{{{......,)},))))))))..,,,{{,,...((({|{|(((((....)))))..,,,,..}}}}},},,,))))),,}},)))))).},,,)))),)}}}}.,),,,)))))}.)}||..,{{.{|||||{{||,|.,|||,,}))},}}}},,,,,}))},,{{{,,..))},.,,,,|}}..,)))))},})}.))).,))}{((((,|(({.....{{{.,,,,..{(((....))))......))}.....))))))))}.......
Back