Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_017584.6
Sequence Length
1689 nt
GC Content
0.5856
AGCCUGUGCUUUGCCACCUGAGCGCCGCUCCCUCUCAGGAUGAAGGUGACGGUGGGCCCAGACCCUUCCCUGGUCUACCGACCUGAUGUGGACCCAGAGGUGGCCAAAGACAAGGCCAGCUUCCGGAACUACACGUCAGGUCCCCUCCUGGACCGUGUCUUCACCACCUACAAGCUCAUGCACACGCACCAGACAGUGGACUUCGUCAGGAGCAAGCAUGCCCAGUUUGGGGGCUUCUCCUACAAGAAAAUGACAGUCAUGGAGGCCGUGGACCUGCUGGAUGGGCUGGUGGAUGAGUCGGACCCGGACGUAGAUUUCCCCAACUCCUUCCAUGCCUUCCAGACAGCGGAGGGCAUCCGGAAGGCCCACCCAGACAAGGACUGGUUCCACCUCGUCGGGCUCCUGCACGACCUGGGGAAGGUCCUGGCCCUGUUCGGGGAGCCCCAGUGGGCUGUCGUCGGCGACACCUUCCCCGUCGGAUGCCGUCCGCAGGCCUCCGUGGUUUUCUGCGACUCCACCUUCCAGGACAACCCUGACCUCCAGGAUCCUCGAUACAGCACAGAGCUCGGGAUGUAUCAGCCCCACUGUGGGCUCGACAGGGUCCUCAUGUCCUGGGGCCAUGAUGAGUACAUGUACCAGGUGAUGAAGUUUAACAAGUUCUCACUGCCCCCUGAGGCUUUCUACAUGAUCCGGUUCCACUCCUUCUACCCCUGGCACACGGGCCGCGACUACCAGCAGCUGUGCAGCCAGCAGGACCUGGCCAUGCUGCCCUGGGUGCGGGAGUUCAACAAGUUCGACCUCUACACCAAGUGCCCGGACCUGCCGGACGUGGACAAGCUGCGGCCCUACUACCAGGGGCUCAUUGACAAGUACUGCCCUGGCAUCCUGAGCUGGUGACCCUCCUGCCACCCAAGCUGCUGCUGGACCUAGGCCUGGCCCUCCGCCUGCCUGGAGAGGCCUGGCCCUGGGCAAACAGCCGCCAUCAGGGUUCACCUCGGUGGGGGACCCCACUCACCCCCUUAGGGUCGCCACCCCUCACGGCAACUUGUGCCUGGCGUCAAUAAAGACCUGGAAGGAUGUUGUGCUUCUGAAGCCCCACUGGGUGUUACUGCAGCAGGGCGUGGCCCAGGCCGAGGGAUGGUGCCAGCAGGGUGGAGGCCAAGUCCCAGGCUUUCAGGUGUGUGUGUCCCACCACACUGGCCGUGGUAAACAUCUGCCCAUCCUCCCAGCUCCUGUGUCAGAGCCUGGGGGACGAGUCACCCAGCUCACCCCCACAUGCUCAAAACAGUCACCAAGUCCUCUGGGCUCCGUCCCCUUAAAAAAUACCCCAAUAGCUAAAAUAAUACAUUCAUAGAAAACAACAAAAAACAAAUGCAGGCUGGGCACAGCGGCUCACACCUAUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGGCGAGGUGGGCGGAUCACCUGAGGUCAGGGGUUCAAGACCAGCCUGGCCAACAUGGUGAAACCCCGUCUCUACUAAAAAUACAAAAAUUAGCCGGGCGUGGUGGUGGGCGCCUGUAAUCCCAGCUAUUCAGGAGGCUAAGGCAGGAGAAUCGCUUGAACCCGGGAGACAGGGGUUGCCGUGAGUCAAGAUUGUGCCACUGCACUCCAACCUGGGUAUCAAGAGUGAAAUUCCAUCUCAAAAAAAAUAAAUAAAAUAAAAUAAAACAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-679.8 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -705.94
Frequency: 0.0000
Diversity: 344.51
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......(((((((((.((((((.(((.(((((.....((((..(((((..((((((((.((........))))))))))(((((((((((...((.(((((((((........))))).)))).)).....)))))))))))((((.((((..(((((...............((....)))))))..))))..)).))..........((((..((.(((((((((((((((((((.......(((((((......((((((((((((((((.((((((.((((((((.(((((.(((.......))).))....))))))....((((((((((((((.......)))))))))..)))))))))).)))).))((((((..((((.((..((((.((....)).))))..))))))))))))(((.(((..((((((((((....))))(((((....)))))...)))))).)))..))))))))).)))))))))))))))))((.((..(((((((((((.......((((..(((((..................((((((((((((.(((((((......))))).))((((((...(.((((.(((((((..(((.....((((((...(((((.(((.((....)).))))))))(((......)))....))))))))).))))))).........(((((((.....((((((((.((.((((((((.(((..(((((......))))))))))))).((.((((..((((.((.........)).)))).)))).))...((((.....))))...)))...)).)))))))).....)))))))......)))).)....))))))))))))))))))(((((((((......((((.....((.((((..((((((((.(((((((((......))))).)))).)).))))))....)))).)).....)))).(((....)))((((...........))))..)))))))))......((((......))))))))).)))).......))))))))).))..))))....))))))))...(((((((.....((..(((((.(((((((.....(((((((((..(((.(((.((((((...((.(((((((....((((((.(((...))))))))))))).)))...))....)))..))).))).))).((((....((((.((((((..((((......)))).))))))...))))...)))).)))))..))))))))))).))))).)).....)))))))..............................................)))))))))))..)).)))).)))))...)))).........))))))))((((((((.(..(((((((.(((((((((((...))))..)))))))..)).)))))..)))))))))..................((((.(((...((((.....))))......))).)))))))))).))).))))))((((..(((((((((((((((.....(((((.((.(((.((((....)).))))).)))))))..))))))).)))..)))))..))))...................................
Thermodynamic Ensemble Prediction
..{{{,((((({(((.(((((({(((,{({({,{,,.|{{{{,{{|||.,(((((((({((........))))))))))(((((((((((...((.(((((((((........))))).)))).)).....))))))))))),{({.((((..{((((,..,,,,,,,.....{{,...||}}}}),.}}}}..,},)).||||}}}.,||((..{{.(((((((((((((((((((.......(((((({.....,((((((((((((((((.((((((.((((((((.(((,{.(((.......})).},....))))))....((((((((((((((.......)))))))))..)))))))))).)))).))((((((..((((.((..((((.((....)).))))..))))))))))))(((.(((..((((((((((....)))){((((....))))}...)))))).)))..))))))))).)))))))))))))))))(({((..{{(((((((((.......((({..((((|......|,,...{({{{{((((((((((((.{((((((......))))).}}((((((...{.((((.{((((((..{{{..,..({((({...(((((.(((.({....}).))))))))(((......)))....}))))))}}.)))}}}}.........(((((((.....((((((({.{{.{{,(((((,(({,,((({(,,,,..|}||}}}}}}}}}.{{.((((..((((.((.........)).)))).)))).}),|,|{||.,,,,)})).}.))},,.)),)))))))).....)))))))......)))).)....))))))))))))))))))(((((((((...,..{{{{..{{.((,({{{,.((((((((.(((((((({......})))).)))).))))})))),...)))).))....,)))}.,||,..|||(((((...,..,,..})}},..)))))))))..,......))....}))))))))).)))}.....,.))))))))).}),,)))}....))))))))..,(((((({..,..{{..(((((.(((((((....,((({(((((..(((.(((.((((((...((.(((((((....((((((.(((...))))))))))))).)))...))....)))..))).))).))).((((....((((.((((((..((((......)))).}))))},,.))))...)))).))))}..))))))))))).))))).},.....}))))))....................,....,....................))))))))))).,)}.))}}.|,|||....{((({,....,)))))})},{{|||(((.(..(((((((.(((((((((((...))))..)))))))..)).)))))..)))))))))..,,..............||||,|||}|}}}}}}}}}))))|||....,})})},.,))))).))).}))))}((((..(((((((((((((((.....((((,{((.(((.({((....}).))))).)))))))..))))))).))}.,)))))..})))...................................
Back