Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_019592.7
Sequence Length
3938 nt
GC Content
0.4533
AAGUUCUGCCUUGUCUCCGCCGCGGGUCAGGGGUGAGAGCUGGAAUCUCUGCACGGGCCUUGGAAAACGACUGUCUUCUUCUGCCAAAAUGUCAGGAAUUGGAAAUAAAAGAGCAGCUGGAGAACCUGGCACCUCCAUGCCUCCUGAGAAGAAGGCAGCUGUUGAAGAUUCAGGGACCACAGUGGAAACAAUUAAGCUAGGAGGUGUCUCUUCAACGGAGGAACUAGACAUUAGAACACUGCAAACCAAAAAUCGCAAGCUGGCAGAAAUGUUGGAUCAGCGGCAGGCCAUUGAAGAUGAACUUCGUGAGCACAUUGAAAAACUGGAACGACGACAGGCCACUGAUGAUGCCUCACUAUUGAUUGUCAACCGAUACUGGAGUCAGUUUGAUGAAAACAUCCGUAUCAUCCUUAAACGUUAUGAUCUGGAGCAGGGCUUGGGAGACCUACUCACAGAACGAAAAGCCCUUGUUGUGCCUGAACCAGAACCAGACUCUGAUAGCAAUCAGGAGCGUAAAGAUGACCGAGAGAGAGGGGAAGGGCAAGAGCCAGCUUUCUCUUUCCUUGCUACUUUGGCCAGCAGUUCCAGUGAAGAGAUGGAGUCUCAGCUGCAGGAACGUGUGGAGUCUUCCCGCCGAGCCGUGUCCCAGAUUGUGACUGUUUAUGAUAAAUUGCAAGAAAAAGUGGAGCUCUUAUCCCGGAAGCUAAACAGUGGAGAUAAUCUGAUAGUGGAGGAAGCAGUGCAGGAGCUGAACUCUUUCCUCGCACAGGAGAAUAUGAGGCUACAGGAAUUGACAGAUCUUCUUCAGGAAAAGCAUCGCACCAUGUCUCAGGAGUUCUCCAAGUUGCAGAGUAAAGUGGAGACAGCCGAAUCACGAGUGUCUGUCCUGGAGUCCAUGAUUGAUGACCUGCAGUGGGAUAUUGACAAAAUUCGAAAGAGGGAACAGCGACUCAACCGACACUUAGCAGAAGUCCUAGAACGGGUGAAUUCCAAAGGUUAUAAGGUGUAUGGAGCGGGGAGCAGUCUGUAUGGCGGCACAAUCACUAUCAAUGCUCGGAAGUUUGAGGAAAUGAAUGCAGAGCUUGAGGAGAACAAAGAGUUGGCUCAGAACCGUCUCUGUGAGCUGGAGAAACUUCGGCAAGACUUUGAGGAGGUCACUACACAAAAUGAAAAGCUGAAGGUGGAAUUGCGGAGUGCAGUGGAGCAAGUCGUUAAGGAAACUCCAGAAUAUCGCUGCAUGCAGUCACAGUUCUCCGUCUUGUAUAAUGAGAGCCUACAGUUGAAAGCACACUUGGAUGAGGCUCGGACCCUGCUUCAUGGCACCAGAGGAACCCACCAGCACCAGGUUGAGCUUAUUGAGCGAGAUGAGGUUAGUCUUCAUAAGAAGCUGAGGACUGAAGUAAUUCAGCUAGAAGAUACAUUGGCCCAGGUCCGCAAGGAGUAUGAAAUGCUGAGGAUAGAAUUUGAGCAGACCCUUGCUGCCAAUGAACAAGCAGGCCCUAUAAACAGGGAGAUGCGCCACCUCAUCAGUAGCCUCCAGAAUCACAAUCACCAGCUGAAAGGGGAGGUCCUGAGAUAUAAGCGGAAAUUGAGAGAAGCCCAGUCUGACCUGAACAAGACACGCCUGCGUAGUGGUAGUGCCCUCCUGCAGUCCCAGUCUAGUACUGAGGACCCGAAGGAUGAGCCUGCGGAGCUAAAACCAGAUUCUGAGGACUUAUCCUCCCAGUCCUCAGCUUCAAAGGCAUCUCAGGAGGAUGCCAAUGAAAUCAAGUCUAAACGGGAUGAAGAAGAACGAGAACGAGAAAGGAGGGAGAAGGAGAGGGAACGAGAAAGAGAACGGGAGAAGGAGAAGGAGAGAGAACGAGAGAAGCAGAAGCUAAAAGAGUCAGAAAAAGAGAGAGAUUCUGCUAAGGAUAAAGAGAAAGGCAAACAUGAUGAUGGACGGAAAAAGGAAGCAGAAAUUAUCAAACAAUUGAAGAUUGAACUCAAGAAGGCACAGGAGAGCCAAAAGGAGAUGAAACUAUUGCUGGAUAUGUACCGUUCUGCCCCAAAGGAACAGAGAGACAAAGUUCAGCUGAUGGCAGCUGAGAAGAAGUCUAAGGCAGAGUUGGAAGAUCUAAGGCAAAGACUCAAGGAUCUGGAAGAUAAAGAGAAGAAAGAGAACAAGAAAAUGGCUGAUGAGGAUGCCUUGAGGAAGAUCCGGGCAGUGGAGGAGCAGAUAGAAUACCUACAGAAGAAGCUAGCCAUGGCCAAGCAGGAAGAAGAAGCACUCCUCUCUGAAAUGGAUGUCACAGGCCAGGCCUUUGAAGACAUGCAGGAGCAAAAUAUCCGUUUGAUGCAGCAAUUGCGGGAGAAGGAUGAUGCAAAUUUCAAGCUCAUGUCAGAGCGUAUCAAGUCCAAUCAGAUCCAUAAGUUGCUUAAAGAAGAGAAGGAGGAGCUGGCAGACCAGGUGUUGACUCUGAAGACUCAGGUUGAUGCCCAGCUACAGGUAGUAAGGAAACUGGAAGAGAAGGAGCAUCUGUUACAGAGCAACAUUGGCACAGGGGAGAAAGAGCUGGGUCUUAGGACCCAAGCCUUAGAGAUGAAUAAACGCAAGGCAAUGGAGGCAGCCCAGCUUGCAGAUGACCUCAAAGCACAACUGGAGUUGGCUCAGAAGAAGCUACAUGAUUUUCAGGAUGAGAUCGUGGAGAACAGUGUUACCAAAGAAAAGGACAUGUUCAAUUUCAAACGAGCCCAGGAGGACAUCUCUAGACUUCGCAGGAAGCUGGAGACCACAAAGAAACCAGACAAUGUACCCAAGUGUGAUGAGAUUCUGAUGGAAGAGAUUAAGGAUUACAAGGCACGCUUGACCUGUCCGUGCUGUAACAUGCGUAAAAAGGAUGCUGUUCUUACUAAGUGUUUUCAUGUCUUCUGCUUUGAGUGUGUGAAGACACGCUAUGACACCCGCCAGCGCAAAUGUCCCAAGUGUAAUGCUGCUUUUGGUGCCAAUGAUUUUCAUCGCAUCUACAUUGGUUGAUCUAAGUCAAGAGAAGAAGAGGAGCUGGCUAGUCAGGAACUUAUUCAUUAACCACCAAACCUCUACCUCUUCUCUCCUUGACUGUCACCUGUAGGACAGUUUAUCAGUCAACUACCUUUCCUCCAGACUUUACUUCCAGGCUCUCCUCUUCAGUAGCUGGAUGACUUUAGCAGAAAGGACUGGUAAAUACAAGCCUUGGGUUUCAGAAUGAAUUAGAAACAAAUAACUCUUACUGUCUUCCCUCCCAGCUUUGUUUAUUUUGUGCUUUUAGACUUUUCAGUGUUUUCUUUUUCCAGCCCACUGUAUAAACUUGGAUUGUCCAUUCCUCCUGAAGAAAUCAAGUUGGUAUUUUUGAUGUGGAAAAGGGAACAAAAGUGGAAACAUGGCUACUUUUGGGGAGUGAUAUUUUAAAAAAUAAGUUGUCUAUGGGCACAAAGUUUUCUUCAUUUGUGUAGCAAACUUCUUGUGAAUGUGGAUUACAAAAUGGUAUAAUUGUGCUACUCUCCCCUGGGUGGUUUGCAGCCCUAAUGAAAUUAUGUCUAGGAUGAUUCAGUCUAUUUCCCAUUUACUAGCAGAGUAACUUGUUAAGAUCAGCUGGCUUUCUUGUUAAAGUUAUUUAAGUUUUGAAUGCUCUACUACUUCAAGUCUUUAAAUUUCUUGAGACUAGAAUAAUUUUAAAUAAUAUGACCCUUUGUCUUCUAAUGAAAUAAAGAUUGAAGAGGUUGAGUCAGGACUGAGCUGGUGAAGAAAUCUUGUGGGUAUUCUGGAAAUUUGAUACGGAGAGAACUUGGUGAGCUAUGAAUUACUCUCAGUCUCCUUUUUACAGGGUUGUUGUGAUCCCUCUUUUCCAGAAAAUUCUGUGGAAUGUUUCUGUAGGACUUUGUUCUCCACAAGCUUGAAUUAAAGCAGGAUUCAGUUUGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1165.8 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1242.62
Frequency: 0.0000
Diversity: 874.78
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((.((((((((((....(((..((((((((((((......((((((..(((((((((.((((.(((((((((((..........((((((...((........(((..(((((.....)))))..)))....))))))))))))))))))).)))).....))))))).)).....((..((((((((..((((((((((((((((....))))).(((.....))).....(((............)))..((((((....))))))(((((.(((..(((((.((((.....))))))).))...........(((.........)))))).))))))))))))).)))))))))))...))(((((.(((....((((.....)))).))))))))(((..(((((((((((((((((.(((.((((((((((((((((.(.((.(((((.......))))).)).(((.........)))..((((((....)))))).((.(((((.....((((.((((((((((((((....)))..)))))))))))))))...))))))).....(((((.(((..(((((...)))))..).)).)))))).)))).)))))))....))))).))).)))))))))))).))))).)))....))).)))........))))))))))))....))).....)))))))))).......((((((((((.(((.(((...))).))).))))))).))).((((((((.(((.(((((((((((.(((((((((.((((((........(((...(((((((((((.((((((.(((((..((.....(((.(((((..((.....))..)))))...((((((..(((.....)))(((((...((((((.(((.......(((...(((..........)))...))).......)))..))))))...)))))..........((((....((((((((((((((((.((.(((.....))).))..........((((.((((....((((........))))...))))))))(((((((..((((.(((.......))).))))....(((((((...)))))))...(((((.((....(((..........)))....)).)))))(..(((((...(((((((((((....((......))..))))........))))))))))))..).)))))))..............((((((.((.....(((....)))...))))))))...))))))))))).))))).....))))...((((.....)))).((((...))))..((((((((..((((((......(((((((.((....))..))))))).)))))).(((((((........((((((.((......((((.((........)).)))).)))))))).))))))).....(((..((((......))))...)))...))))))))......))))))...)))..))..)))))....)))))).)))))))))))..))).....(.(((.........))).))))))).))))((((((........))).)))(((((((...(((((.((.(((..((((((((..(.(((((((((((.(((((((......)).)))))))).)))))))).)..)))))))).((((..(((((((.....)))))))..)))).......))).))))))).....................))))))).(.((((((((((((((.((.........((((((((((..(((((.....(((((.((((.((((((..((((((.............)))))).(((((..((.(.((...(((...(((....)))...(((((((((((((...((((.((((....)))).))))...(((.....(((........))).....)))......((((((((((((.(((....(((((..((...))..)))))..)))..))))))).)))))..(((((...((((((((((((((((((((.((((((.((.......))...))))))(((((((((((((.....................(((((.(((((.((((...(((((....((....(((((((((.((((((...(((((((.....((((....))))...((...........)).(((((((((.((((((((((((.((((...)))).))......(((....)))..)))))))))).....(((((((...(((((.(((((((((.........((((......))))))))))..)))..))...)))...)))))))......)))).)))))(.((((((...((((.(((((.(((((..(((....)))(((((((..((.....((((......))))....))..)).))))).....))))))))))))))..(((((.((((((.((((((((....))))).))))))(((.(((((..(((((..(((....(((.((((((((..(((.............)))...)))).)))).))).......))).(((((((((......)))))))))((((((((((((.((........))....((((..........)))).(((.(((((((((((((.((((....))))))))))).........................((((((((.((.(((((((((.......))).)))))).))...))))))))...))))).).)))................)))))))))))).....)))))))))).)))))).)))))(((((((....))))))).........)))))).).......(((((.(((....))).))))).(((((((................)))))))((((...((((((((((.(((((((((.(((........(((....)))........))).....)).)))))))))).))))))))))).)))))))....)))))).))..........)))))))..))...)))))))))..))))).))))).((((((....))))))...((((..((.......))..))))..(((((...........)))))......)))))..))))))))...))))))))))............)))))))))))))))))))))))))))).)))..)).).))..)))))......((((((((((......((((((........)))))).......)))...(((((((((........))))))))))))))))................((.(((((((..((((((((((.((.((....)).)).)))))..)))))..))))))).))....))))....)).)))).)))))....((((........))))..((.(((((...((((((((.(((((....(((((...(((((((((.(((((((((..(((((...........)))))...))))))))).(((((((...((((.(((.((((((.((((((..((((..(((((.............................))))).....)))))))))))))))).))).)))))))))))..))))))))))))))....)))))))))))))))))).))((.(((....))).)).............)))))..))))))))))......)).))))..)))))))))).).......))))).)...))))))))))..)))))))))))................)))))))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,,{{,,,.((((((((((.{.,({({.((((((((((((....,.((((({.{({(((((((.((((.(((((((((((,.........{(((((...((........(((..(((((.....)})))..))),,..))))))))))))))))))).)))).....))))))).))...,,{{..((((((((..((((((((((((((((....))))).(({,...,}}}....,(((............))}..{{{{{{....))))))(((((.(((.,((((,{((((.....))))))).)).,.........(((.........)))))).))))))))))))).)))))))))))...}}(((((.(((,,,,.{,,..,,,,,,}.)))))))){({..(((((((((((((((((.(((.((((((((((((((((.{.((.(((((.......))))).)){(((,..{{{....,,..||||{{....,))))}.((.(((((.,,..((((.((((((((((((((....)))..))))))))))))))).}.)))))))..,,.(((((.(({..(((((...)))))..),)).)))))}.)))).))))))),..,))))).))).)))))))))))).))))).))}....})),,)}........)))))))))))).},.,))...}.)))))))))).......((((((((((.(((.(((...))).))).))))))).))).((((((((.(((.(((((((((({.(((((..,,((((((((..,({,,.({{{{.((..((.((...((((((..((((...))))..))))))...))))..)),).})))}}.)))))))}.,{{{..,,{||}.,|,.,,,,})},},|||,......}}{(((((((((((((((((((..,{{,,.,{,.,.....}}|,,.....,((((..,{{,...{{{{.,..((((((((((((((((.((.(((.....))).))..........((((.((((....((((,......}))}}.,.)))))))}(((((((...,,,.{(({{{{.{.,,..,}}).}}}||||{,,...|||||||..{(((((...}}}}}}.,,.,.,,...,,....}))}))){{(,.(((((...{((((((((((....({.....,||..}))).......,))))))))))))},),))))))).||..,,.......((((((.((.{{.,{{{....})).},))))))))...))))))))))),}))))...}})),}}}}|..,,|{.,|||}.{(((...}}}}..}|||||||{((.((((....}}}))))}(((((((((((((((((((........(((((((........((((((.({......((((.((,......,)).)))).}))))))).))))))).....(((..((((......))))...))){{{{{{{{|((,{|{...((((((((((((((((((((((...,,{,...,||||{,......,{{......{(((((((({((((.((((.((.{(((((..((..((((.((((({..{{.(((((((....((((..(((.,..((((((((..(.(((((((((((.(((((((......)).)))))))).)))))))).}..)))))))).((((..(((((((.....)))))))..)))).((..(({{..,}.}))).........,.....}..,..,}}.))))...)),)}))}.}}............((((((.(((..{((.(((((.{({{{,,.(((,,,.}||...,(((((.............)}))))|{{,.,.,,,,,,{{,,,{{{...(((....)))...(((((((((((((,..{{{{.((({....}))).}}}|,,.,({..,{{((({{{{,,..|||....,}}}......||{|||||({,,.,,,.,|.(((((..({...))..))))}{{||,..,||||||{|,,,,}}}||||}....,||||,((((((((((((.((((((.{(,......))...))))))(((((((({((((...........,.........(((((.(((((.((((...(((((....((....(((((((((.((((((...(((((((..,,.((((,,..|}}},,,{{,{,..,..,.,{{.(((((((((.,{{(({((((({.((((...)))).))..,,,,|{|,,,,}},...}})))}}}}...,.(((((((...((({{.(((((((((.........((((......)))))))))}.,)))..))...)))...)))))))......)))),,))))..{(((({.,.{{{{((((((,({(((,.,,,,,,,}}}{{||{((..((.,...((((......})))...,}}..)}.))))),,},.}}}}|||}}}}||||,({(((.(({{((.((((((((....)))))}}))))}{((.((((,..(((((..(({....(((.((((((((.,(((.,.,,...,}...))}...)))).)))).))).......})}.(((((((((,.....)))))))))((((((((((({.{{........||,{{{({{,....,,....},},,{{{.,(({{{(((((((.((((....)))))))))))...................,},...((((((((.((.(((((((((.......))),}))))).))...))))))))...))))).},))}.,,},,}},,.....,)))))))))))).....)))))))))).)))))),)))})(((((((....)))))))..,......|}}})}|}...,,}}||,,|,||,.,},)))})))||{((,,(((,...}}}}.}}}}}..}}}})}}||{{...((((((((({{(((((((((.{((.,.{{..{({.....,}}..,,.},,}},..,}.)).))))))))))}}))))))})),.)))))))....)))))).))..........)))))))..))...)))))))))..))))).))))).((((((....))))))...((((.,({.......)},,))))..(((((...........)))))......)))))..))))))))...)))))))))))}.,}}}}))))))),)}}}})))}})))))))))))))).(((((..{.,{,{{(((({{.((({{(((((((((......((((((........)))))).......})),..(((((((((........)))))))))}))))))))).}},......}}))))||},,)))))....,|||}}}}}|,}}},},}})},.,}}}}})}}}..||||.,}}))}...{(((((....)))))}))))),)}}((((,.....,.))))...{({{{((((.....,.)))))))}.))).))))))..}))))))))).))..)))))}.)).))))))))))))))),,,...}}},|||,{{{{{|||..{(((.(((.(((({{{((((({.,((((.,(((((.{{......................,,..))))),..,.)))))))))))))))).))).))))))))))).))))))))).......)))))}..,)))))))...,,},}}},|||,,...,}}))}})),.,)))))))).)))))))||,.......))))))))))..)))))))))),,,}},...))))).),..})))))))))..))))))))))).{{{((,,{{{{{...,,,,))))}}}}}}}..
Back