Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_020866.3
Sequence Length
4105 nt
GC Content
0.4580
GUACUGUGAGGACCUUGACAGCUUCACAGGCGGGCUUUUUCUUUUGCCUCCCUAUAUGCGCUAGAAUAUCUAUUUUUCUCUUUUACAAACUGACUAUAUAAAACCACCUCUUCUGGCAUUGCAGAAAGCAAUUGACUUUCUCAGAGCCACCCGGCAGGCUAUCGGGGCAUCCUCGAAAAGGCCAGGGACAGGGGCGCAGGUGCACCAAGAGAUCUGGCGAGGGGUACGCUUCCUCGAGACUUGGGGCUCUUUCUCUCUGCGCUCUCCAGACACUGAACUCUGAGCUGCAAGGACAAGAACGCCACCACCUUCCCUACUAAGGCUCUGCCACAAGCGCAUCCCAGUGAGGUGUAUCCAGCUGCAGCCGCCUCCGGAGCUUCGGAGCGCUCAGACCUCCCUCCCUCGCGCAUCUCCAGCCUAAGGGUUGUCCCACCUCGCCAUAACACGGGGCUCUCGCGCGGGCAUCGAGGAUUCUCAGCUUUUGGCGUCCCAGUCCUGCCUCUGCUCCUGCCUGGUGGUGUCCCCACGCCCAGGUCCUGCGGACCCGACCACGGCUGAAACGCGCGGCUUUGCCGUCUGCGCUCCAGCCUUCGCCUGGCAGAGCGCGCAGCCCACCUAGCGUCUUCUGGCUCUAGGGGUGCAGAGGGCGCAUCCCGCCUCUUCCUCCGCCCCCGGGCCCCGCUGUCCUCCCCCACCUGCUGACCAGCCUACUCCUGCGUGAGCUGCCAGCCUUUUGCCUUCUGUGCGUAAAGCAUGUCAGGCUCUGGGCGAAAAGACUUCGAUGUGAAGCACAUUCUGCGACUCCGCUGGAAACUCUUCAGCCACCCGUCUCCUUCCACCGGCGGCCCGGCGGGGGGAGGCUGCCUGCAACAGGACGGCAGUGGCAGCUUUGAGCACUGGGGACCCAGCCAGAGUCGCCUGCUCAAAAGCCAAGAGAGAAGCGGUGUGAGCACUUUCUGGAAGAAGCCUUCCUCCUCUUCCUCUUCAUCGUCCUCCCCGUCCUCUUCCUCCUCUUCCUUCAAUCCGCUGAAUGGCACCCUGCUUCCAGUUGCCACGAGGCUGCAGCAAGGGGCUCCUGGGCAGGGCACUCAGCAGCCAGCCAGGACUCUCUUCUACGUGGAGUCACUAGAGGAGGAGGUGGUGCCAGGCAUGGACUUUCCUGGACCACACGAAAAAGGGCUGGUUCUGCAAGAGCUCAAAGUGGAGCCAGACAACUCUAGCCAGGCAACAGGUGAAGGAUGUGGACACAGGCUGUCAUCAACCGGCCAUUCAAUGACACCUCAAAGUGAUUUGGACUCCAGUAGCUCUGAAGAAUUCUAUCAAGCUGUUCAUCAUGCUGAGCAAACCUUCAGAAAGAUGGAAAGUUAUUUGAAGCAGCAGCAACUUUGUGAUGUUAUCCUGAUUGUUGGGAACCGAAAGAUACCUGCACAUAGGCUUGUUCUGAGUUCAGUCUCCGACUAUUUUGCGGCCAUGUUUACAAGUGAUGUUUGUGAAGCCAAGCAAGAGGAGAUCAAAAUGGAAGGCAUAGACCCCAAUGCUCUCUGGGACCUUGUCCAAUUUGCAUAUACAGGCUGCUUGGAAUUAAAAGAGGACACCAUUGAGAACCUUCUUGCUGCAGCGUGCCUUCUUCAGCUUCCACAGGUGGUGGAAGUGUGCUGCCACUUCCUCAUGAAGCUUUUGCAUCCAUCUAACUGUUUAGGAAUUCGAGCCUUCGCAGAUGCUCAAGGAUGCAUUGAGUUAAUGAAGGUGGCCCACAGCUACACAAUGGAAAACAUAAUGGAAGUUAUCAGAAAUCAAGAGUUUUUACUCCUUCCAGCUGAGGAGCUCCAUAAACUACUGGCCAGUGAUGAUGUCAAUGUUCCUGAUGAAGAAACCAUCUUCCAUGCAUUGAUGAUGUGGGUCAAGUAUGACAUGCAGAGUAGAUGCAAUGACCUGAGCAUGCUUCUUGCCUUUAUAAGACUGCCACUGCUUCCACCACAGAUAUUGGCUGACCUAGAAAAUCAUGCAUUAUUUAAGAAUGAUCUGGAAUGUCAAAAGCUGAUUCUAGAAGCAAUGAAAUACCAUCUAUUGCCAGAAAGAAGAACUUUAAUGCAAAGUCCGAGAACUAAACCCAGAAAAUCUACAGUCGGAACUUUGUAUGCUGUAGGAGGAAUGGAUAACAACAAAGGAGCUACAACUAUAGAGAAAUAUGAUCUGAGAACAAAUCUGUGGAUCCAGGCAGGGAUGAUGAAUGGCAGAAGGCUGCAGUUUGGUGUGGCUGUUAUUGAUGACAAACUCUUUGUAAUUGGAGGUCGAGAUGGCUUAAAGACAUUGAACACUGUUGAAUGUUACAAUCCCAAAACCAAGACAUGGACUGUCUUACCACCAAUGUCAACACACAGACAUGGUCUAGGUGUAACAGUACUUGAAGGCCCUAUUUAUGCUGUGGGAGGCCAUGAUGGCUGGAGCUAUCUGAAUACAGUGGAAAGGUGGGAUCCACAGAGUCAACAAUGGACAUUUGUAGCCAGUAUGUCAAUUGCUCGGAGCACAGUUGGUGUAGCAGCAUUGAAUGGCAAGUUGUAUUCAGUUGGAGGUCGUGAUGGAAGUUCCUGUUUGAGUUCAAUGGAAUAUUAUGAUCCUCAUACAAAUAAGUGGAACAUGUGUGCUCCCAUGUGUAAGAGGAGAGGGGGUGUCGGAGUGGCCACAUGUGACGGUUUUCUUUAUGCAGUAGGAGGUCAUGAUGCUCCUGCUUCAAAUCACUGUUCCCGGCUACUGGAUUAUGUAGAAAGAUAUGAUCCCAAAACAGACACUUGGACCAUGGUGGCUCCUUUGAGUAUGCCCAGAGAUGCUGUUGGGGUCUGUCUCCUUGGUGACAGAUUAUAUGCUGUUGGUGGCUAUGAUGGACAGACAUACCUCAACACUAUGGAAUCCUAUGACCCACAAACUAAUGAGUGGACACAGAUGGCUUCCUUGAAUAUUGGGAGAGCAGGUGCCUGUGUGGUAGUCAUCAAGCAACCUUGACUUAUUGAUAUUUUACUUGGAAAGAUUUUACUUGCUGGAGUGGUUAUUUUUAUAUUGAAUGGCAAGAAUGAGAACUUCCAGAGAUGAAAACUCUUCAAGAACAAGGAUCUCUGUAGCGUUACCUACUGAUGUUGAAAGAGUUAGUAGAUCAAACAGAAUAGUAGGAAACAAGAAAACAUUAAACUUAUACAGGAAAAAUGUCUGGCCAUAUGUUAGUUAGUUCGGGAAUGGUUAUUGGUAAUUUGUUUUGUAUUAUAGCAUACAAUAACUAGAGUUACCAAAGGCUUGUUUUUUCUUGAGCAGUUGAAAGGAGAGACCAAUAUUUGUGACAUGGAUAGUUUCAUGACCACAACUCAUUCAAUCAUUUUAUAGUCUAUGGCAAUAUCCAAGAGAUUGCCAAGAGUAGAAGACAGAAUAUUUCAUCUGACAGUAUCUGAUUGGUUUACUGUUUUUCUAAUCAUAUGUGGUCAUAACGGGAAGCAGAAUUAUGCUUUAUUCAAACAAACCUGCUUCUGCCUCAUUUUCCUAAGCUAUGAGAACAAUUAGAGAAACAGAUUCAUGCUUGUAUCUUGCAUUCAGAAAACAAACUGUCCUACUAAUCAAAGCUGCAUAUCUCAUCAGAGAUAAUGGUUGAAUUUUAUUGCAACCAUAUUGGCAAUCUGAAACUGGCAAACACAAAGGAUUGUUUUCACUAGGCUUACCAUUUUGCUUUGCUUUUUUAACACACUGAGCCAAAGAUGCAGUGUAAUUAUUGGGCUUUUGCCUUAUGUUGAGUUCAGUGUAAGCAUGGAAGCUAGUGAUUCUGAAUGAUAUAUAUAUCCAUUGCAUGUUGAACUCCUUUAGAAUUUUGUUCUUAAACAAACUUAGAAUUUCAAAAGAAAAACAUAUGAUCCAUUAAGUUGGAGUGUUUAUGAUUAUUGCUAGAAAGAAGGCAGACUUCAUAUUCUCAUCGCCCAUUUUUCAAACUUGUUACAUUGAUCUGUACAUUAUUUUAAGCCACAUGUUUGUAAUUGUUUAAAACAAAGUGGAAACAUUACACAAUGUCCUUAAUAAAUAGGCCCAUGUAAAUUUUAAUUACAAUUAAUAAAUGAUCAAAAAAUUUGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1280.5 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1357.11
Frequency: 0.0000
Diversity: 877.61
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((.((((((((..........))))))))))((((((........(((.........).))(((((((((....................((((((((((....(((((.(((((((.(((.(((((((....).))))))))).))).((((((((....((.((((((.((((((..(((((((..(((((((((((.((.......(.((((.((..(((((.(((((.....(((..((((((((((..(((.(((((((...(((........))))))).))).))).))))..))).)))((((.......)))).))).....))))).))))).)).)))).)...)).)))).)))((((((((....)))))).))...((((((((((((((((((((...(((((....)))))((((((((..((((.(((((((((.(.((.(.((((...(((((...((((((.((((.(((((((....((....))....((((((..(((....)))..)))))).))).))))))))....))))))...(((((.((((((((...(((..........))).))))))))))))).((((.(((((.(((....))).))))))).))(((((.((.....)))))))))))).)))))))))))))).)))((((((.((((((..((((((((.((.((.....(((((((.(((((((((((....((((.....))))....((((.((((((((.....)))((((((...))))))..(((((((.(((((....(((((((((((....((((((((.((((....)))).))))))))((((((((...)))).)))).))))).(((...)))..)))))).)))))..)))))))..)))))..)))).((((.((((.((.(.(((..((((......))))..)))).)).))))))))((((((((((..((((((((((..(((.(.(((((((..((..((..((((.(((((((....((.(((....))).))))).))))..((((((....(((........)))..))))))((((((((((.(((....)))))))))).)))(((((.(((((.(......).)))))))))).......((((((((((((((...........))))))))))....)))).))))..))...))))))))).).)))....(((((........))))).(((((...(((......)))..))))).(((((((((.(((..((((((...((((((.((((((...(((((......)))))...))))))..(((......))).((((...((((.....(((.(((........))))))..))))....)))).....))))))....)))))).((((((.....(((((((((....((((((((.....)))))))))))..))))))))))))......(((.(((((........))))).))).((((...))))............)))))))).)))).....))))))))...........(((((((.(((((((((..(((((((((((.......((((((((.((((((((((((((..((((..(((((.(((((((......((((..(((........)))..))))........)))))))..))))).)))))))))))....))).))))...(((..((((..(((..(((((((....(((..(((((...((((((......))))))......)))))..)))....))))))).))))))))))....(((((.....)))))((((((((.((..(((..((((....))))..)))..)).))))).))).....((((.((.(((((......)))))..))...)))))))))))).......)))))).(((((..((((.((..(((((.(((....))).)))))......)))))))))))..((((((..........)))))).....))))).))....(((((((((((((........................)))).)))))))))))))))).))))).))...........(((.(((((.((.((((.........))))))........))))).))).))..))))))))))..)))))))))))))))))))).))))))((((((..((((...((((........)))))))).)))))).....((((((.(((...))).))))))..............((((((.....)))))).......(((((........)))))))))))))))..((((((..((((.......)))))))))))))))).((.((((((....))))))))......))))..))))))))......(((....((((.((((((((....))).))))).)))))))((((((((((((......))))..((((((........))))))((..(((((((((((....(((((...(((....))).)))))))))))).))))..))................)))))))).))))))..)))).))))))).)))..((((((((((.((((............((.((((((((.........)))))))).))..)))))))....)))))))(((((((((......)))))))))...........))))..))....)))))..)))))).)))))).))....))))))))(((((((........)))))))..(((((((((.((.......)).))))).)))).(((((......((((.((..((..((((..........))))...))...)).)))).......))))))))).)))))....))).)))))))(((((....)))))......)))))))))((((((.((.(((((.((.(((((((..((((((((............))))))))..)).))))).))))))).)).))))))...((((((...(((((.(((..((((((((.........)))))))).....(((((.((((.(..((((((....................((((((((...(((((((((((.....(((((((((.((((.(((((((((((((((((((......)))))).)))..)))))))))).))))......))))))))).....(((((((((((((((..(((((.((((((....))))))..)))))............((((.((.(((.(((((((.((...)).)))))))))).)).))))((((.((((((....)).)))))))))))))))).(((((((((((((....(((..(((((.((((((((((((....((.................))))))))......)))))..).)))))..))))))))))))))))...(((((.(((((.(..(((((((((.............................((((((....))))))(((((((..........)))))))...((((((((.....((.....))....)))))))).(((((((.(((.(((...(((((............(((((((((..((.((((((((....)))))(((....))).))).))..))))))))))))))))))))))))))))))))))))..).)))))......))))).....))))))).....((((((....)))))).......((((....)))))))))))).((((......))))(.(..(((((...(((((........)))))...)))))..).)...)))))))))))...)))))).))))).))))).............((((.(((((...........)))))..)))).))).)))))....)))))).......)))))).((((((((((.((((...........))))...))))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{.((((((((.,.......}))))))))}}((((({.{({(..{((..........)}}..||||.{(({{{,...{{{{{{{{{,..,{({(((((({....({{({.{{,((((.(((.(((((({....}.))))))))).)))}((((((((....((.((((((.((((((..(((((((..(((((((((((.((,,,,...,.{(((.((..(((((.(((({...,|{{,..((((((((((,.(((.(((((((..,(({........)}})))).))).))).))))..))).))},{{|........,|||,,,},,..})))).))))).)).)))),)...)).)))).)))((((((({....}))))).)),{.((((((((((((((((((((...(((((....)))))((((((((..((((.((((((((({{.{(.(.((((...(((((...((((((.{(((.(((((((.{,{({....||....||{{{{.{(((,...})),})))))}.))).)))))))}....))))))...{{((((({{{||||,..((({,,..{{,..,}}.,)))})))))))}.((((.(((((.(((....))).))))))).))((((((((.....)))))))))))).)))))))))))))).)))((((((.((((({..((((((((.((.((.....(((((({{(((((((((((...,((((.....)))),...((((.((((((,......}}|{{{{({..,))))}}..(((((((.(((((....((({{{(((((..,,((((((((.((((....)))).))))))))||((((((...)))).)))).))))).(((...}))..})))}}.)))))..))))))).,)))))..)))).((((.((((.((.{.{{{,.|{{{|,,,,||}}}.}))}).)).)))))))|((((((((((..((((((((((..(((.(.(((((((.,({{.((..((((.(((((({.,{{(,.(((.,..}||.},}))..}))}},{||||||,}||{.....,.,|||,|||,}},{(((((((((.(((....)))))))))))}}}(((((.(((((.(......}.))))))))))........{|||||||{||||..,.,,,,...}}})))))||....,))}.))))..)).}.))))))))).).)))....(((((........))))).{((((,.,({{......))},,))))}.(((((((((.(((..({{{{{...{{((((.((((((...(((({......}))))...)))))).}}}}...|||||{{({(({{,{{{({{{.,{{{.(((,,....||}}}},}},},}},...}}}),,,,}))})))}},,)})))).((((((.....(((((((((....((((((({.....)))))))))))..)))))))))))),....{(((.(((({.{..,,|,}}}},.}})}||{{...))))...,,,......))))))))}}))).....))))))))....,{{....(((((((.((((((({{,.,((((((((((,,,,,..{{{||||||((((((((((((((..((((..(((((.(((((((...,,.((((..(((........)))..)))).},.....)))))))..))))).)))))))))))...,))).)))}.{((.....}}}.,((({,(({.((({.......((((,...}}}}|||....))))}})),}}}},....,.,{{{,.{,|||||,|,{{{{{{{|,..{,.(((((.....)))))||{||||||||..((({{((((.,,,|}}|.,|||..|}.,}))),.}}...,,,|||}{{.{(((|......)))))..))||.|}}))}}}}}}).,....,)))))}.{{|||..,{{{|||.,,,,,...,,,}},|||{|{|,|||,...,,)))))))))}.|||{||,.....,,)}.))))),,,,|||,,,..},,,.(((((((((((((........................)))),,))))))))))))))).))))).)).,..},.....(({.(((({.,,.{{{{.......,,|}||||......}}))))).))).))..)))))))))),.)))))))))))))))))))).))))))((((((..((((...((((........)))))))).)))))).....((((((.(((...))).))))))..............((((((.....))))))....,,.(((((........)))))))))})))))..((((((..{(((.......)))})))))))))))).{{.((((((....))))))}}......))))..))))))))......(((....{(({.((((((((....))).))))).}))))))(((((((({{((......}})),{((((({.{,...,}))))))||..(((((((((((,...{((((...{{{....))}.)))))))))))).))))..}|......,},...},..)))))))).))))))..)))).))))))).))).}(((((((....{.(({{({........((.((((((((.........)))))))).)),,..)))))}.,.)))))))(((((((((......)))))))))...........))))..))....)))))..)))))).)))))).))....))))))))(((((((........)))))))..{{{{{{{{{.({.|.,,,.}},))))),)}},.{,{((,.,{{,((((,((,.{{..((((..........)))).,,||...}|,||||,......,,))))))),}}))}.,}})))}}}}||||{((((....})))}.....,||}.,,,,.((((((.((.(((((.({.(((((((..((((((((.{,,...,,,..))))))))..))}})))),},))))).)).))))))...,}}|||,|||||||.|||.,||||{|,||||||}}}}}..,}}}}}),..|||{,.||||}}}.|||{{{...................,((((((((...(((((((((((.....(((((((((.((((.(((((((((((((((((((......)))))).)))..)))))))))).))))......}))))))))..,,.(((((((((((((((..(((((.((((((....))))))..)))))............{(({.((.(((.(((((((.((...)).)))))))))).)).}))}((({,{{{{{{....)}.}}}})))))))))))).(((((((((((((....(((..(((((.{(((((((((((....({.................)}))))))......))))}..}.)))))..))))))))))))))))...(((((.(((((.,..(((((((((...,..,.|{.,,..........,.....((((((....))))))(((((((,{.....,}.)))))))...{(((((((.....{(.....}}....)))))))).(((((({{(((.(((...{((((............((((((((({{(,.{{{((({{....}}}}}(((....))),,}}.))}.))))))))))))))))))))))))))))))))))))..}.))))}...,..))))).....))))))).,|,.{(((((....}))))}.......{(((....)))})))))))).((((......)))){.(..(((((...(((((........)))))...)))))..).}...)))))))))))...}}}))),}},}).)))))....,,,.,{{{{,,(({(,,,({(({,,{{{{..,||,..}),,}}}}|}}}}}..)))).)}}},..,,.)))))).{(((((((((........,,....,.)}.....)))))))))}
Back