Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_170678.3
Sequence Length
1160 nt
GC Content
0.6284
CUUGUGAUUCACUGCUAAGGAUCUUAAGCCCACCUUGGCCCUGACCUCGUUGGAAAACGAAGCUCCCCGCAGGGUCCCGGCCUCUAGGGCUGCUGUGCGGGCGGGGGUGGCCUGGAGCUAUUUCCAUUCGGCGGCGGGAACAGGUGCCGGCGCCUCCGCCCCAUCCCCAGGGGCCGCCUCCCCCGGGGCGGCCUCCAGGCUGCCGAGACCUAUAAAGGCGCCAGGUUUUCUCAAUGAAGCCGGGACGCACUCCGGAGCGCACUGCGUGGUCGCACCCUACCCGGGCUGCCUUGGAAGUCGUCCCCGCCGCCCCUCCGCACCGGCAUGAAGCUCAUCGUGGGCAUCGGAGGCAUGACCAACGGCGGCAAGACCACGCUGACCAACAGCCUGCUCAGAGCCCUGCCCAACUGCUGCGUGAUCCAUCAGGAUGACUUCUUCAAGCCCCAAGACCAAAUAGCAGUUGGGGAAGACGGCUUCAAACAGUGGGACGUGCUGGAGUCUCUGGACAUGGAGGCCAUGCUGGACACCGUGCAGGCCUGGCUGAGCAGCCCGCAGAAGUUUGCCCGUGCCCACGGGGUCAGCGUCCAGCCAGAGGCCUCGGACACCCACAUCCUCCUCCUGGAAGGCUUCCUGCUCUACAGCUACAAGCCCCUGGUGGACUUGUACAGCCGCCGGUACUUCCUGACCGUCCCGUAUGAAGAGUGCAAGUGGAGGAGAAGUACCCGCAACUACACAGUCCCUGAUCCCCCCGGCCUCUUCGAUGGCCACGUGUGGCCCAUGUACCAGAAGUAUAGGCAGGAGAUGGAGGCCAACGGUGUGGAAGUGGUCUACCUGGACGGCAUGAAGUCCCGAGAGGAGCUCUUCCGUGAAGUCCUGGAAGACAUUCAGAACUCGCUGCUGAACCGCUCCCAGGAAUCAGCCCCCUCCCCGGCUCGCCCAGCCAGGACACAGGGACCCGGACGCGGAUGCGGCCACAGAACGGCCAGGCCUGCAGCGUCCCAGCAGGACAGCAUGUGAGCGUUUCCCUAUGGGGGUGUCUGUACGUAGGAGAGUGGAGGCCCCACUCCCAGUUGGGCGUCCCGGAGCUCAGGGACUGAGCCCCAAGACGCCUCUGUAACCUCGCUGCAGCUUCAGUAGUAAACUGGGUCCUGUUUUUUUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-485.8 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -503.13
Frequency: 0.0000
Diversity: 374.41
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((..(((..(((((((............)))))))..)))..(((((....))))).......))))(((((((..(((((.((((.((((...(((.((((((..(((((((((((((((((.(((((.(((.(.....).))).))))...(((((.......))))).(((((....)))))((((((((..(((((...((........(((((.((((((......)))))).)).)))(((((((.(((....((((((((((((((.....))).)))...(((.....)))..((((((((((((..((.((((((...)))).)).))...))))))..........))))))..))))))))..........((((((..(((((((.(((((((((((.((.((((....)))).)).((((........)))).....)))))))))))..))..))))).....)))))).))).))))))).((((((((((((((((.((((((...))).))))))))((((....)))).((((....))))....((((((((((((((..(((((...((((....((....))....))))...))))).(((((...(((....)))...)))))......(((((((((.....((.((((((((((..(((.(..((((.....))))..)))).)).)))))))).))...)))).)))))))))))))...((((........))))..))).))))))))).))))).))...)))))....))))))))....).)))))))))((((.((.((((..(((((((.(((....)).)..))).))))..)))).)).)))).(((((.........)))))..))).))))).....)))))).)))))))..))))))..))).....)))))))((((((...(((((((............)))).))))))))).((((((((.(((.(((((.((.....(((((((((((((.......((.((((((.....))))))))....(((((((((........)))))...))))..)))))))))))))))))))))))....(((((.....))))))))))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
..{{{(..(((..(((((((............)))))))..))}..(((((....))))).{,....})),(((((((,{((({{.((((.((((.,.(((.((((((,,(((((((({{{{{{{{(,((((((((((,...{((({{{{||}|{.,{{|,,.,{{{{,(((((((((((....)))))||||||{,{{({(((....,.......}|||||.((((((,.....)))))){||{||,(((((((.((((.{(({(((({,{,,,{|.,,.,))),})).}}|||,}}}})))}.((((((((((((..((.((((((...)))).)).))...))))))..........))))))..||,||,((((.....}}}},||,|}.((((({(.(((((((((((.((.((((....)))).)).((((........)))).....))))))))))).,,}..))))).....,|||||.,||,||||,||{(((((,({((({{{{{.((((((.,.|||.|}}||||}((({,,,{}}}}.{{{{..,,})))|,|,||||}}||||||||}||||||||,||||}.},||}}.,}}}}..|,{{{....))).(((((...(((....)))...))))),}}||.|||{{,||..||.,||,|||(((((||..{{|,|..(({(,,,,,|}||..|}||.||,}}||}}}}.}}..,},,},}))}})),,)))},,.{|||}},,,..,}|||.{||},}|||}}|||,|}}},.)),,,))),),,.})))}))))..,)).)))))})))((((.((.((((..(((((((,{((....)).}..)))}})))..)))).)).)))).{{{{{..,,,,,,,)))))..)))}}})))...,.)))))).)))))))..))))))..})).,.,.)))))))((((((,.,{((((((.......}}}}.}))},})})))))).{(((((((.(((.(((((.((.....{((((((((((((.......((.((((((.....)))))))).,..((({{{||{,{.,,,{,|}}}),,,))})}.)))))))))))))))))))))))....{((((.....))))))))))))}.......
Back