Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ABCA1_0002300

Sequence Length

476 nt

GC Content

0.4895

GUGGUCAAUCACACCUCUCAUGUACCCAGCCUCCUUUGUGUUCAAGAUCCCCAGCACAGCCUAUGUGGUGCUCACCAGCGUGAACCUCUUCAUUGGCAUUAAUGGCAGCGUGGCCACCUUUGUGCUGGAGCUGUUCACCGACAAUAAGCUGAAUAAUAUCAAUGAUAUCCUGAAGUCCGUGUUCUUGAUCUUCCCACAUUUUUGCCUGGGACGAGGGCUCAUCGACAUGGUGAAAAACCAGGCAAUGGCUGAUGCCCUGGAAAGGUUUGGGGAGAAUCGCUUUGUGUCACCAUUAUCUUGGGACUUGGUGGGACGAAACCUCUUCGCCAUGGCCGUGGAAGGGGUGGUGUUCUUCCUCAUUACUGUUCUGAUCCAGUACAGAUUCUUCAUCAGGCCCAGACCUGUAAAUGCAAAGCUAUCUCCUCUGAAUGAUGAAGAUGAAGAUGUGAGGCGGGAAAGACAGAGAAUUCUUGAUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-145.60 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -153.57

Frequency: 0.0000

Diversity: 76.10

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((........)))(((((.(((.(((.(((((((((((.(((((((((.(((((((((((..((((((..((((((((((((.((((.((...((((..(((((((((.((((((....)).))))..)))))(((..((((....(((..(..(((((...)))))..)..)))...))))..)))........))))..))))...)).))))..))).)).).))))))...)))..)))..))))).)))..)))...)))))(((((((...((((((((((.(((......))))))..((.((((((..((((((((..(......)..))))))))..)))))).))......((((.(((...))).)))).........((((......)))).....)))))))..))))))).......)))).))))))....))))))))....))))))).........)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((........)))(((((.(((.(((.(((((((((((.((((.,{((.{{{((((((((..(,((((..((((((((((((.((((.((...((((..(((((((((.{(({((,...,),))),..)))))(((..{(({....{((..,..(((((...)))))..,..))}...))))..))}........))))..))))...)).))))..))).)).).))))))...)))}.},,..))))).)))..}))...}}|||(((((((.,.(((((((((,.,((...{{,||||,|{{(({((((((..((((((((.{{,,....)}}))))))))..))))),.,,......((({.(((...))).))))......}}}||||}}}}}},,))...}}))))))).,))))))).,,,,..)))).))))))....))))))))....))))))).........)