Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ABCA1_0003200

Sequence Length

1334 nt

GC Content

0.5000

AUGGUACCUUGCCAGCAAGACGAAACAGGCGGGCCUUCGGGGACAAGCAGAGCUGUCUUCGCCCGUUCACUGAAGAUGAUGCUGCUGAUCCAAAUGAUUCUGACAUAGACCCAGAAUCCAGAGAGACAGACUUGCUCAGUGGGAUGGAUGGCAAAGGGUCCUACCAGGUGAAAGGCUGGAAACUUACACAGCAACAGUUUGUGGCCCUUUUGUGGAAGAGACUGCUAAUUGCCAGACGGAGUCGGAAAGGAUUUUUUGCUCAGAUUGUCUUGCCAGCUGUGUUUGUCUGCAUUGCCCUUGUGUUCAGCCUGAUCGUGCCACCCUUUGGCAAGUACCCCAGCCUGGAACUUCAGCCCUGGAUGUACAACGAACAGUACACAUUUGUCAGCAAUGAUGCUCCUGAGGACACGGGAACCCUGGAACUCUUAAACGCCCUCACCAAAGACCCUGGCUUCGGGACCCGCUGUAUGGAAGGAAACCCAAUCCCAGACACGCCCUGCCAGGCAGGGGAGGAAGAGUGGACCACUGCCCCAGUUCCCCAGACCAUCAUGGACCUCUUCCAGAAUGGGAACUGGACAAUGCAGAACCCUUCACCUGCAUGCCAGUGUAGCAGCGACAAAAUCAAGAAGAUGCUGCCUGUGUGUCCCCCAGGGGCAGGGGGGCUGCCUCCUCCACAAAGAAAACAAAACACUGCAGAUAUCCUUCAGGACCUGACAGGAAGAAACAUUUCGGAUUAUCUGGUGAAGACGUAUGUGCAGAUCAUAGCCAAAAGCUUAAAGAACAAGAUCUGGGUGAAUGAGUUUAGGUAUGGCGGCUUUUCCCUGGGUGUCAGUAAUACUCAAGCACUUCCUCCGAGUCAAGAAGUUAAUGAUGCCAUCAAACAAAUGAAGAAACACCUAAAGCUGGCCAAGGACAGUUCUGCAGAUCGAUUUCUCAACAGCUUGGGAAGAUUUAUGACAGGACUGGACACCAAAAAUAAUGUCAAGGUGUGGUUCAAUAACAAGGGCUGGCAUGCAAUCAGCUCUUUCCUGAAUGUCAUCAACAAUGCCAUUCUCCGGGCCAACCUGCAAAAGGGAGAGAACCCUAGCCAUUAUGGAAUUACUGCUUUCAAUCAUCCCCUGAAUCUCACCAAGCAGCAGCUCUCAGAGGUGGCUCUGAUGACCACAUCAGUGGAUGUCCUUGUGUCCAUCUGUGUCAUCUUUGCAAUGUCCUUCGUCCCAGCCAGCUUUGUCGUAUUCCUGAUCCAGGAGCGGGUCAGCAAAGCAAAACACCUGCAGUUCAUCAGUGGAGUGAAGCCUGUCAUCUACUGGCUCUCUAAUUUUGUCUGGGAUAUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-415.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -441.62

Frequency: 0.0000

Diversity: 276.00

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(.((.((.((((....((((.((.(((((.((((...(((((((((((...)))(((((((.........)))))))((.(((((((........(((((((.........)))))))....((((.........((((.((((((((((((..(((((.((.((((........)))).......((((((....).))))).((((((((((((((((.((((((..((((((((.(((((......)))))(((((((((((((((((((..((((((...((((((((......(((.((((.(.(((((.(((((.....)))))......((((.((((....))))..)))).(((((........))))).....((((....))))(((((((.((((((((((((..(((.((((((......((((.((......((((((...(((.....(((...(((.((....))..)))))).....))).))))))...))))))))))))((.......)))))))))))....((((..((((.....))))..))))..(((((.((.(((((..........))))))))))))((((((.(..(........)..).))))))....))))))..)))))))((((((....)))))).......((((........((((((...(((....))).))).))).........)))).)))))...).)))).)))...)))))))))))))).....))...))).)))..)))))))))))...)))).)))))))))))))))))...(((((((.((((..((..(.((((.....)))))..)).)))).))))))).(((......)))...............(((((..(((((((((((((((((...(((((((....)))))))))))..)).)))))))).(((((..............)))))...........(((((((((.......)))))))))....(((((.(((.....))).)))))))).)))))....)))))))))..)).))))).))))))...(((........)))...)))))))))).))))......)))))))))((((((....))))))...((((....)))).)))))))).)))).))))).)).)))).)))).)))).)((((((((.((((((((........(((((((......)))))))))))))....(((((((.........)))).))).((((.((.....)).)))).........)).)))))))..)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(.((.((.((((.,..((((.((.(((((.((((...(((((((({((.,.}}}(((((({........,|)))))},..(((((((........(((((((.........)))))))..,,(({,,,.....,.((((.((((((((((((..(((((,((.((((.{....,.)))).......((((((....)}))))).((((((((((((((((.((((((..((((((((.(((((......)))))|((((((((((((((((,,.,((({((,,.((((((((,,,...{((.((((.({(((((.(((((.....))))).,,,,.((((.((({....})))..)))).,||||........))}}}....,((({,...}},|(((((((.(((((((((((,.,(((.((((((......((((.((......((((((...(((...,,{((,.,(({.((....))..)})))},},,}))).))))))...))))))))))))({.......}})))))))))....((((..((((.....))))..))))..(((((.(,{(((((..........)))))))))))){{{(((,(..,........,..).)))))),,,.))))))..)))))))|(((((....)))))),..................{||{{{,,.(((,,,,|}}.))),}))||.,,.....))).))}}),,.)})))).))),,.)))))))))),)))....,)),..)))},)}..)))))))))),...)))).)))))))))))))))))...(((((((.{{{{{{((..{.((((.....)))),..}}.))},.))))))).{({......})}.,......,,...,.(((((..(((((((((((((,{{,..,(((((({....})))))))})}..)).)))))))).(((((..............))))).{{,.....,,(((((((((.......)))))))))....(((((.(((.....))).)))))))).)))))....))))))))).,,).))))).)))))).{{(((.......}))),..)))))))))).}}}}....,})))))))}}{(((((....)))))}.,,((((....)))).)))))))).)))).))))).)).)))),)))).)))).)((((((((.({(((((({,.,..{{(((,,,|}}}},.)})}}})))))))....,,.,,,,,,....,|{|{{({|{{{,,,,.,|},}}}))}))},..,......)).))))))}.,)