Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ABCA1_0007200

Sequence Length

2649 nt

GC Content

0.5251

CUGUUCAGCAUGAGAAGCUGGAGUGACAUGCGACAGGAGGUGAUGUUUCUGACCAAUGUGAACAGCUCCAGCUCCUCCACCCAAAUCUACCAGGCUGUGUCUCGUAUUGUCUGCGGGCAUCCCGAGGGAGGGGGGCUGAAGAUCAAGUCUCUCAACUGGUAUGAGGACAACAACUACAAAGCCCUCUUUGGAGGCAAUGGCACUGAGGAAGAUGCUGAAACCUUCUAUGACAACUCUACAACUCCUUACUGCAAUGAUUUGAUGAAGAAUUUGGAGUCUAGUCCUCUUUCCCGCAUUAUCUGGAAAGCUCUGAAGCCGCUGCUCGUUGGGAAGAUCCUGUAUACACCUGACACUCCAGCCACAAGGCAGGUCAUGGCUGAGGUGAACAAGACCUUCCAGGAACUGGCUGUGUUCCAUGAUCUGGAAGGCAUGUGGGAGGAACUCAGCCCCAAGAUCUGGACCUUCAUGGAGAACAGCCAAGAAAUGGACCUUGUCCGGAUGCUGUUGGACAGCAGGGACAAUGACCACUUUUGGGAACAGCAGUUGGAUGGCUUAGAUUGGACAGCCCAAGACAUCGUGGCGUUUUUGGCCAAGCACCCAGAGGAUGUCCAGUCCAGUAAUGGUUCUGUGUACACCUGGAGAGAAGCUUUCAACGAGACUAACCAGGCAAUCCGGACCAUAUCUCGCUUCAUGGAGUGUGUCAACCUGAACAAGCUAGAACCCAUAGCAACAGAAGUCUGGCUCAUCAACAAGUCCAUGGAGCUGCUGGAUGAGAGGAAGUUCUGGGCUGGUAUUGUGUUCACUGGAAUUACUCCAGGCAGCAUUGAGCUGCCCCAUCAUGUCAAGUACAAGAUCCGAAUGGACAUUGACAAUGUGGAGAGGACAAAUAAAAUCAAGGAUGGGUACUGGGACCCUGGUCCUCGAGCUGACCCCUUUGAGGACAUGCGGUACGUCUGGGGGGGCUUCGCCUACUUGCAGGAUGUGGUGGAGCAGGCAAUCAUCAGGGUGCUGACGGGCACCGAGAAGAAAACUGGUGUCUAUAUGCAACAGAUGCCCUAUCCCUGUUACGUUGAUGACAUCUUUCUGCGGGUGAUGAGCCGGUCAAUGCCCCUCUUCAUGACGCUGGCCUGGAUUUACUCAGUGGCUGUGAUCAUCAAGGGCAUCGUGUAUGAGAAGGAGGCACGGCUGAAAGAGACCAUGCGGAUCAUGGGCCUGGACAACAGCAUCCUCUGGUUUAGCUGGUUCAUUAGUAGCCUCAUUCCUCUUCUUGUGAGCGCUGGCCUGCUAGUGGUCAUCCUGAAGUUAGGAAACCUGCUGCCCUACAGUGAUCCCAGCGUGGUGUUUGUCUUCCUGUCCGUGUUUGCUGUGGUGACAAUCCUGCAGUGCUUCCUGAUUAGCACACUCUUCUCCAGAGCCAACCUGGCAGCAGCCUGUGGGGGCAUCAUCUACUUCACGCUGUACCUGCCCUACGUCCUGUGUGUGGCAUGGCAGGACUACGUGGGCUUCACACUCAAGAUCUUCGCUAGCCUGCUGUCUCCUGUGGCUUUUGGGUUUGGCUGUGAGUACUUUGCCCUUUUUGAGGAGCAGGGCAUUGGAGUGCAGUGGGACAACCUGUUUGAGAGUCCUGUGGAGGAAGAUGGCUUCAAUCUCACCACUUCGGUCUCCAUGAUGCUGUUUGACACCUUCCUCUAUGGGGUGAUGACCUGGUACAUUGAGGCUGUCUUUCCAGGCCAGUACGGAAUUCCCAGGCCCUGGUAUUUUCCUUGCACCAAGUCCUACUGGUUUGGCGAGGAAAGUGAUGAGAAGAGCCACCCUGGUUCCAACCAGAAGAGAAUAUCAGAAAUCUGCAUGGAGGAGGAACCCACCCACUUGAAGCUGGGCGUGUCCAUUCAGAACCUGGUAAAAGUCUACCGAGAUGGGAUGAAGGUGGCUGUCGAUGGCCUGGCACUGAAUUUUUAUGAGGGCCAGAUCACCUCCUUCCUGGGCCACAAUGGAGCGGGGAAGACGACCACCAUGUCAAUCCUGACCGGGUUGUUCCCCCCGACCUCGGGCACCGCCUACAUCCUGGGAAAAGACAUUCGCUCUGAGAUGAGCACCAUCCGGCAGAACCUGGGGGUCUGUCCCCAGCAUAACGUGCUGUUUGACAUGCUGACUGUCGAAGAACACAUCUGGUUCUAUGCCCGCUUGAAAGGGCUCUCUGAGAAGCACGUGAAGGCGGAGAUGGAGCAGAUGGCCCUGGAUGUUGGUUUGCCAUCAAGCAAGCUGAAAAGCAAAACAAGCCAGCUGUCAGGUGGAAUGCAGAGAAAGCUAUCUGUGGCCUUGGCCUUUGUCGGGGGAUCUAAGGUUGUCAUUCUGGAUGAACCCACAGCUGGUGUGGACCCUUACUCCCGCAGGGGAAUAUGGGAGCUGCUGCUGAAAUACCGACAAGGCCGCACCAUUAUUCUCUCUACACACCACAUGGAUGAAGCGGACGUCCUGGGGGACAGGAUUGCCAUCAUCUCCCAUGGGAAGCUGUGCUGUGUGGGCUCCUCCCUGUUUCUGAAGAACCAGCUGGGAACAGGCUACUACCUGACCUUGGUCAAGAAAGAUGUGGAAUCCUCCCUCAGUUCCUGCAGAAACAGUAGUAGCACUGUGUCAUACCUGAAAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-949.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -998.29

Frequency: 0.0000

Diversity: 745.63

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

...(((((.((((...(((((((((((((....((((((......))))))....))))...)).)))))))((((((((.....(((..((((.(((.(((((...((((....))))...)))))((((((((((..((.....(((.((((.......))))))).....))....))))))))))(((((...(((((((.....)).)))))...)))))...................(((((((((..(((((......))))).(((......))).((((((.(......).))))))((((((.(((.((((((.((((((((.....((((.(((((((.((((.(((((((.(((((.(((..((((((((.......))))((((.....(((((((.((((((((((((((...(.((.(((..(....)..))))).).))))))...)))))))).))))))).....))))..((((((...((((((...)))))).))))))(((.((((((((((.....(((((..........))))).....))))))).....((((.......))))(.(((((((((....((..(((((((((((((.(((.(....(((((..((...(((.....))).))..)))))....))))))))).....(((((((((((((.((((..((......((((.......))))......))..)))).))).......))))))))))))))))))..)).....))))))).)).)...))).)))(((((.....))))).))))..))).)))))((((..((((((........(((....)))..))))))..)))).((((((................((((......))))..))))))(((((..(((((..((.(((.....)).).)).)))))))))).(((.((..((((((((((..((.(((((..........((((((....))))))(((((((....((.(((......))).))((((((((.............(((((((((....((((((((((....(((((((..((...((.....)).))))))).))..)))))).))))..))).))))))))))))))((((.(((..(((((((((.((.((..(..((((((((((.(((((((..(((..(((((((((.((((....((((........(((((....(((((((((..((((.((((((....)))))).))))...))))..)))))....)))))....))))....)))).).)))).))))..))).)))))))))))).)))))..)..))..)).)))))))))..)))..)))))))))))....((((...)))).(((((..((((((..........))))))))))).)))))))))))))))))..)))))((((((((.(((.(((((..((........))..))))))))))))))))....)))))))...))))))))..))).))))......)))))))).))))))))).)))))))))))))))))).))))....))).....))))))))...((((((...(((((.((((((((((((.(((.(((((((...((((..((.....))))))..)))..))))))).)))))))((((((((((((((((.(((....((((...)))).......((((...)))))))))))))))))).)))))))))).))))).))))))..(((((....)))))..((.....)).....((((((.(((((((((..((((((((((((((((((.(.(((.(((((((....(((((......)))))....((((((.((((((.((((...((.(((((.((..((....))..))))))).....((((....((.....))..))))(((((..(((((((.(...((((....)))).))))))))..))))).))...)))))))))).))))))((((..((((....((((......)))).((..((((......)))))))))).))))((((((...))))))(((((((.......))))))).....((((((.((((((..((((((...(.((((((...)).))).).)..))))))..))))))))))))...)))))))(((((((((......)))))))))........))).))))))).))))))))...(((((........)))))...(((((((...((((((........(((((((......))).))))((((((((((((((.(((.((.((((....)))).)).)))(((....)))......((.....))))))))).................((.(((((((((...((..((((((.....))))))..)).))))...))))))).)))))))....((((.((..((((.....(((......)))..))))..)).))))..))))))...)))))))......))))..))))))......))))))))).(((((......))))).))))..)))))....

Thermodynamic Ensemble Prediction

{{.,,,||{..(((.(((((((((,((((..,.((((((......)))))).,..))))...,.})))))))).))).............{{(({.(((.((..(((((((((((((.{,...(((((((({((((((..(((((((((,{{((((((.,..((((((.....,..{{.,{{{{((....)))))..,,(((.(((((,{(.((..({.....,,...,.....})..}}.})))))).)))...{{{{{.,....,..,})}}))),..)))))).((((({......{{{{{,,{,{{{{,,{(,.,,||||,{{{((({{.{{.{((...(((((.{{,,.{(,(((....}}}.}},..,)},},})))).}}}.)).)))))},,...(((((((.{(((((((((((((...{.((.(((..(....)..))))).}.))))))...)))))))}.))))))),(({.(((.(.((((((...((((((...)))))).)))))).).))).))))))))}.}.))))))),.))))).))))...))))))...{((((.{{{{.{{{{{{||||{{,,(((((((..,.((..(((((((((((((((((.(....(((((..((...(((.....))).))..)))))....})))))))).....((((((((((.(,(((,....(({...{((((({.....,.......,..,))))))}..)}}))}}.))))))))))))))))))..)).}...))))))),||||.{(((.(((.{((((.....))))|(((((.....)))))}((({,,(((((({,.,,...,{{...,)})}.)))))).,)))).)}).))},.....,{{..,|.,((((.{((({{{((..{((((((((.....,,,|}}}}}}}}..}.})}.|{||,{||{{((({{.((({(({((((((((((,({,({(((((...,{.{{..((((((....|||}||,,||,||....,{|{({||....|,,.|||}}}}}.....})))),...}}.)},)))))...})})})))}.....,,}}}.,,.)))}}}}|.,},}}}|((((((((((....{{(((({{{{{,|.{{{{{{||||,,,.((((.(((..(((((((((.((.((..{..((((((((((.(((((((..(((..(((((((((.((((....((((........(((((....(((((((((..((((.((((((....)))))).)))}...))))..)))))....)))))....)))).,..)))).).)))))))))..))).)))))))))))).)))))..}..))..)).)))))))))..)))})))||||||,,(((((((((....(((((((({,,((((((,.........,||{{{{..|{.{{{(((|{{{{,|,,,,,,)))),..))))))))..})))||..,,........)}})))))).)),)))))))).....)))))}}}))((((.((((({..,,(..((((((,{{,...))).))))))..),,,)))))).)))}...,,....,))})}((((((((((((((((((.(((.....(((.....))}.....))}.)))}}.......}})))))))))))}})))))},}))).))))))),,,,....))))))))))}..,,....)))})}}}}{,{((((((((((((.{((((.{{...,)))}}})))))))))))}...,,..|{||||..{||||}}..,||}|.........((((((,,..{{{.(({((((,,.((((((((((((((((((({(,(((.(((((((,..,{((((......))))}.}..((((((.((((((.(((({,,((.(((((.((..{{....})..))))))).....{{{{....,|},||,,...))}}(((((..(((((((.{...((((....)))).})))))))..))))).})}),)))))))))).))))))(,((,..,,,.,}}{|||,,...,)})),}{{{(((({,,...|||||||,,,.})))||((({...})))}}(((((((.......))))))).....((((({,((((((..((((((...,.{((({{...}),})).).}..))))))..)))))))))))),,,}}))))){((((((((......))))))))}........,,,.))))))).))))))))...{.(((((,.......{(((({{{((((((({((((({{{,{{{||{{,..{{,,|,,,)))}}.}||{((,{.,{||}|}.(((.{{.((((....)))).}}.))){{|..,.))),.....}},,))))))))}},,....}}}))},,.{{{,((.((((({{((...((..((((((.....))))))..)).})}))..))))))).,,,)}}),,,.)))))})))))),)))))))))...,|}}}}}})},.{(((......)))).}))))))}},},,.)))))....,)))))))).)}.)))))))}.,)))))..))))).},,,,...,))),....}