Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_ABCA1_0011200
Sequence Length
1602 nt
GC Content
0.4588
UGUCAGCUGCUGCUGGAAGUGGCCUGGCCUCUAUUUAUCUUCCUGAUCCUGAUCUCUGUUCGGCUGAGCUACCCACCCUAUGAACAACAUGAAUGCCAUUUUCCAAAUAAAGCCAUGCCCUCUGCAGGAACACUUCCUUGGGUUCAGGGGAUUAUCUGUAAUGCCAACAACCCCUGUUUCCGUUACCCGACUCCUGGGGAGGCUCCCGGAGUUGUUGGAAACUUUAACAAAUCCAUUGUGGCUCGCCUGUUCUCAGAUGCUCGGAGGCUUCUUUUAUACAGCCAGAAAGACACCAGCAUGAAGGACAUGCGCAAAGUUCUGAGAACAUUACAGCAGAUCAAGAAAUCCAGCUCAAACUUGAAGCUUCAAGAUUUCCUGGUGGACAAUGAAACCUUCUCUGGGUUCCUGUAUCACAACCUCUCUCUCCCAAAGUCUACUGUGGACAAGAUGCUGAGGGCUGAUGUCAUUCUCCACAAGGUAUUUUUGCAAGGCUACCAGUUACAUUUGACAAGUCUGUGCAAUGGAUCAAAAUCAGAAGAGAUGAUUCAACUUGGUGACCAAGAAGUUUCUGAGCUUUGUGGCCUACCAAGGGAGAAACUGGCUGCAGCAGAGCGAGUACUUCGUUCCAACAUGGACAUCCUGAAGCCAAUCCUGAUGGAUGUGACAUGUGAUGACAUUGCACAUGGGCAGUUAACUGUGCCAAGAAGUGCAGCAGUAGCAGCAACCGGAGAUGCAAAGCCCAACAUGAUGGGGAGAGAAACUCUUCUUUCAAUAUGUGCUUCUGUACCAAAAGUGGAAUUUCACGAGAGACAUAUUUUGAAACAUUUCUCCUUUUGUGUGUGCGUGAGUGUUUCCCUGUUUCCAGCCAAGGGUAUUGUGAGUUUCUCCUGGGCCUCCUUCAGAAUCUGGGUGCUCUGGAAAGCAGUGUUUUGGCAACAUGGGGAAAGUAUGGCAGUGUGGGAGGGUCAGCUGGGUCUGGGUUUGAAUAUUGCAUUUGAAUAUUUUACCAGCAUUGAUGUCGGAUAAAUUAUUUAGUCCCUGUAAGCCUCAGUUUUCUCUUCUUCUACAUACACAUAAUAUAUUUGACUCUUUGUUGUGAUUAUUGGUUACACAUAUGAAGAGCCUGGUGUGGGGCCUGGCACACAAUAGGUGCUCAAUAAAUAGAAGUUGAUAAUUUAAUUGACAUGAGUAGUAGAAAUUAUGUCCUUGAAAACAAUUGCGUCAAGAUAGAAGUUUUCAGCCAGGCACAGUGGCUCACAUCUGUUGUAAUCCCAGCAUAUUGUGGGGGCCGAGGCGGAUGAAUCACUUGAGGCCAGGAGUUCAAGACCAGCCUGGCCAACGUGGUGAAAUCCCCUCUCUACUAAAAAUACACAUAUUUGCCAGGCAGGCGUGGUGGCGCACACCUGUAAUCCCAGCUACUGAAGAGGCUGAGGCACAAGAAUCGCUUGAACCCAGGAGGUGGAAGUUGCAGUGAGCUGAGAUCACUCCACUGCAUUCCAGCCAGCGUGACAGAGUGAGACUCUGUCUCAGAAAAAGAAAAAAAAGAUAGAAGUUUUCUUCUGUAGAUCAGUGUUAGAACUCAUACCAAGCGAAGUGGUCCUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-492.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -526.71
Frequency: 0.0000
Diversity: 441.45
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((..(((((((((((..(((.........(((.....)))..(((((((.(((((((((.(((.........(((..............)))...........))))).)))..((((((...((((((((.(((((((((.((((....((((((..((((.....))))..)))))).(((((((.((((....)))))))))))..((((((((..((((..((....(((((....(((((((((((((.....((..((((((.........))))))..)).(((((.....))))))))....))))))))))....(((((..((.((((((.((((((....)).))))....)))))).))(((((((..((..((......))..)).))).))))......((((((......((((((.((((((.((.((...(((((..((.(((.((((....(((.....(((...(((((..(((.(((((........((((((((((((((...((....))..))))))..(((((((.(((.((((((....)))))).)))..)))))))((((..(((.(((.......))).))).))))(((...(((((.((((((...((......))...))))))..)))))...)))))))))))..((((........))))...))))).))).))))).))))))))))))))).))))).(((((.(((((((((...)))))))..)).))))))).))))).)))..)))))).......))))))........((((((((((.((........).).).))))))))).)))))...)))))..))..))))))))))))(((.((((((.(((((...(((((....(((((((...((((..(.((((((.(((..(((((((...(((((((((((..((((((((..(((.(((((((.(..((((((.((((...........))))))))))..).))))))).))).....))).)))))..))))))).......))))....)))))))..)))..)))))).)......((((((((.(((..(((((.(.(((...(((((((.(((.....))).(((((........)))))..........(((((((..........)))))))..(((((((..(..(.....)..)...))))))))))))))))).)))))).))).)).))))))((((........))))....((((.((((..(((((....(((((((.(((...)))...)))))))...)))))...))))))))............))))...))).))))(((((.(((......))).)))))...)))))...))))))))))).)))......)))).)))))))))))))))))....)))))).)))).)))))))..))))))).))))))))))).))))).((((((((...))))))................(((((((....))))))).....(((......)))...((((.......)))).)).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{(((((,{,,}}}},.||,||{,},))|.,,.......,,.(((((.(((((((...,((((((((.((.(((((.,{(((.....)))}..(((((((((((.......,(((((..,.,(((((({,...{||||{(,,..}}}))}|,,.,}}})}.{(((((.{{{..(((((((((.(((((({.{.((((((((((,({.(((..,,,,{(({{{||,,||||.|||....{{(((....((((((((((,(({..,.((..((((((.........))))))..)).(((((.....))))),),.}}}))))))))))....|||{{,,{{.((((((.((((((....)),,)))....)))))},}}((((({(,,(({{(({.....))}}}}.|||.||||....,,{((({,..,,{,{{{{{|.|||||,|||.|{..,||{{{,.{{|||||{|||,,..||,....{((({(((((..{{(,,....})),,.))))).))))}(((((((...((....))..))))))).(((((((.(((.((((({....}))))).))).,,)))))){{{{{,{((.((({{.{{.{|(({||,.,|))}}}|{.{((((.((((((...((......))...))))))..))))),....,.,|{|||,||((((.....,,,))))...,,))))})}.}),)),)},,}}}}}}}|}}}.}}|}|.(((((.,((((((((,..}}})))}||}|.}}}}|}},}}}}}.}|}..}})))}.,}}.,.}))))},,,,....|{{{{{{|||,||,..,},,,,.),}.))))))))),}}}},..,)))}}.,))..}}))}))))))))).))))))))}}))),.,},)))))...)))))))))).))}}))))}.}))})))))),.})))))}.))))).)).)))))))),{((((((({{{...{{(({.(((((((.((((((.(({....))).)).)))).)))))))....})}},((((((((...((((((.....,,,...............{.((((((((((((({,....}})})),,.)))))))).,,{||}|||{(((((((,.(({{(({(({.(({{{........|||||....,},,,,(((((((..........)))))))..(((((((..,,.{.....}..,...))))))|||||,,,..,.}||||,,||}}|||||}...{{|||||...})))})}|..((((.((((..(((((.,..(((((((.(({...}))...))))))).,.)))))...)))))))).........,,,,....,,}}))))))}|{((.(((......)}).))))}...)))}}})},,)))))))))))))).{{,{.....}))))))))))}.(((((((..(((((((((.((....))))}}))))))))))).))...,.((((((((...)))))))).}.................(((((((....)))))))))))))).))))).,.....{{{,.......})))...,
Back