Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ABCC1_0004700

Sequence Length

2225 nt

GC Content

0.5043

GAGAAUUGCUUGAACCCGGGAAGUGGAGGCUGCAGUAAGCCGAGAUCGCACCACUGUGCUCCAGUCUGGGGGACAGAGCGAGACCUCAUCUCAAAAAAGAAAAAGAAAAAAAAAAGGAGAGAACAAGUUUAAGGCAGGACAUUCUGAGCAGGGUGAACAGUGUGUCCAGGGAGGGGUGGAAGGUUAAGGGGAGGAUGCAGGCAGGGAGGACAAGGUGUUCGGUGAAGGAACACGGUGUGAAGGUUGGGGGGAUAGAGUGGAUGUGACAGAGGGGUCAGGAAAGACAACGUGGAGCCAGGUUGCCAAGGACCAUGAAUCUUUAUUUUUCUAAAUUAAUUUUUCAUUUUUUAAAUUUUAGAGUCAGAGUCAUACUCUGUUGCCCAGGCUGGACUUCACUGGCGUGAGAUCACAGCUCACUGCAGGCUUGAACUCCUGGGCUCAAAUGAUCCUUCUGCCUCAGCCUCCCAAGUAGCUGGGAGUGUAGGCAUGCACCAACAUGCCCAUCUACAUUUAUUUUUUAUUUAUUUAUUUUUUUAUUUUUCCCCCCGAGAUGGAGUUUCGCUUUGUUGCCCAGGCUGAAAUGUAAUGGUGUGAUCUUGAGUUGCCGCAACCUCUGCCUCCUGGAUUCAAGCGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGAGGCUGGGAUUACAGGCAUGCGCCACCACGCCCGGCUGAUUUUGUAUUUUUAGUAGAGAUGGGAUUUCACCAUGUUGGCCAGGCUGGUCUCGAACUCCGGACCUCAGGUGAUCCACCCACCUAGGCCCCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCAUGAGCCACCACCCCCGGCCAGUUUGUUAUUUUUGUAGAGACAGGGUCUCCCUAUGUUGCCCAGGCUGGCCUCAAACUCCUUGUCUCAAGUGAUCCUCCUGUCUGGGCCUCCUAAAGUGCUAGGAUUAUAGGUGUGAGCCACCAUGCCCUGCCCAGACCAUGAUUCUAUAUAGCACACAUAUGUGCUGUCCACUCUCUGCCAAGAACUGUCCUAAUCCCUUUAUUAACCCUUUUACGUUGUAAAUAAGGUAAGCAAAGUGUGGUACAGAGAGGAGAAGGACUGGCCCAAGGUCACCUGGUCAGUAAGUGGUAGAGCCAGCUUCCAGUCUAGGCCCCAGCGUGUAGCCUGGCACCUGCUUUACGCCUGGCUCUCCUGCUGGGUUUGAUUCCCCUUUGUGUCCUCAGAGCCUGGCCCUGUGCCUGGCAUGCAGUAAGCGUUCCAUAAAUGCAUGGAGGGAAUGAGAGAGUAAAGGGCUUUGCUUUGUCCUGAAUUCGGGUCUUGGGCUCUGUGUUCUGGCAGUGGGGUAUUAGAGUGGAUUUUUUUUUUUUUUUUUCAAUUUCACUAUAAUAGAGACAGGGUCUUUCCAUGUUGCCCAGGCUAGUCUUAAACUCCCGAGCCCAAGUGAUCCCUCUGCCUUGGCCUCCUAAAGUGGUGGGAUUACAGGCAUGAGCCACCAUACGUGGUCAGCUGUUUUUGACUUGAGUAGGUCAUCCUCCCUUAACAUUCCUUGUUCCUGGUCUUUUUUUUUUUUCCUUUGAGGCAGAGUUUCGCUCUUUUUUCCCAGGCGCAAUGGCAUGAUCUUGGCUCACUGCAACCUCUGCCUCCCGGGUUCAAGUGAUUCUCCUGCCUCAGCUUCCCCAAUAACUGGGAUUACAGGCACGCGCCACCACACCUGGCUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGAUGGGGUUUCACCAUGUUGGCCAGGCUGGUCUCAAACUCCUGGCCUCAGGUGAUCCACGUGCCUUGGCCUCCCAAAGUGCUGGUAUUACAGGCGUGAGCAACUGUGCCUGGCCGUUCCUGGUCUUUUGAUCGUUCAUUUAUGCCUCUGUCACCCUGGGGGAAACAGGGGUGAUAGUCUGAGGGUUGGGGCUUUUGACUCCUCAGGGGACUCUGAGCUGGGCUGGCCAAGAGGUGAACUGGCCUGUGAGAUCCUCAGCCUCUCUUUAUCUACCUGAGAUCUCUGGGAUGGAAUGGAGGACCACCAGCUCAGCUGUGAAUGUGUCAGAAACAUUCUGACUAUAUCCCAGGGAACCAGGAUAUGCAGGCACUGGUAAUAUGGGACAGGAUGCAGCCAGCACAUGUUUUUUUUUUUUUUCUUUGAGAUAGCGUCUCACUCUGUCGCCCAGGCUGGAAUGCAGUGGCAUGAUCUCAGCUCAGUGUAGCCUCCGCCUCCCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-848.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -886.68

Frequency: 0.0000

Diversity: 481.19

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(.............)(.((((.((((((((((((.(.(((.(((((((..((((((((.(((((((((((.(((((((.(((((((.(((((((...((((((((((((((((((((((((((.(((...(((((.((((((.(((..((...))..))).)))))).(((((.((.((((.((((((((.((((((..((((((((((((...((((((.......))))))((((((....((((((((((((((((((((((((((((((((((..(((((...(((((..(..((...))..)..)))))..)))))....(((((((.....................))))))).((((((...))))))..(((((((..(..(....(((..(((((.......)))))..)))....)..).))))))).....)))))))))))..)))((((((((......)))))).)).((((((......))))))))))))).))))...........................)))))))))...((((..((((((.(....(((((..(....(((..((((((............))).)))..)))).)))))...)))))))..))))...(((((((((....)))))))))......(((....)))..)))))).((.(((..((.(((((((...))))))).))..))))).....((((((.((((((((..((...((.(((.(((((.......))))))))))...((((.(((((((......(((....)))......))))).)).))))........)).)))))((((...))))........))).))))))........((((((((.((.((((.....((((((((.(((((......))))).....((((((......))))))..))))))))...))))))..((((((((....))))))))...(((.((((((.((((.(((((..(((((((....((.(((((((.(((....))).)))...)))).)).....)))).)))..))))).((((((((...((((((((((.....(((((((((.((((.......))))(((((((.(.((((.(((...........))).))))..).)))))))(((.((((((.((((......))))(((.(((.....))).)))((((.....))))(((((......))))))))))).)))........))))))))).....))))..))))))))))))))....)))))))))).))).(((((.((((((.....................)))))).)))))))))))))))))))))....))))..(((((((.....)))....))))...((((((((.((((.((((....)))).)))).)))))))).(((....)))(((.(((..((((((......))))))...)))))))))))))))))))).)))))).))))).)))))))).))))))))))((((((((((..(((((.......((((((((.....((((((.......))).)))......)))))...)))....)))))..)).))))))))....(((((...(((((((.((((((.....((((.......)))).....)))))).))))))).....))))).((((((.(.((((((((.((((.((((..(((((((((((((((((((((.((((.((((....)))).))))))).)))))(((((((((.(((.((....((((......)))).....)).)))..)))))))))((((((((((.(......).)))))))))).))))))...(((((....).)))))))))))....)))))))).)))))))).)))))))(((((.(((...(((((...((((((...........))))(((((((((((...(((....))).((((...)))).......(((((((...)))))))..)))))))))))(((((............))))).....))...)))))))))))))......))))))))))))))))))))))))).))))).))))))).))))))))))).))))))))..))))))).))).).)))))))))))).)))).)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(.............)(.((((.((((((((((((.(.(((.(((((((..((((((({.(((((((((((.(((((((.(((((((.(((((({..{((((((((((((((((((((((((((.(((...(((((.((((((.(((..({...})..))).)))))).(((((.((.((({.(((((((((((((((..(((,((((({{,,,,((((((.......))))))((((((....(((((((((,(((((((((({(,(((((((((((..(((((...(((((..({.((...}}..)}.)))))..)))))....{((((((,,{{...........,,}}..))))))}.((((((...))))))..(((((((..(..,....(((..(((((.......)))))..)))....)..).))))))).....)))))))))))..,},((((((((......)))))).)).((((((......))))))))))))).}}}}.......................,,,.)))))))))...((((..(((((({(....(((((..{....(((..((((((..........,.))),}))..)))},)))))...)))))))..))))...(((((((((....)))))))))......(((....)))..)))))).((.(((..((.(((((({...})))))).))..))))).,,..((((((.((((,,,{.......((.(((.(((((.......))))))))}),..((((.(((((((......(((....)))......)))))}}).))))........|,,|||||{(({,..)}}}..,,,,.)))).))))))..,,,..(((((((((.,{.(({{.....((((((((.(((((......))))).....((((((......))))))..))))))))...)}}},...((((((((....))))))))..,(((,(((((,,((((.(((((..(((((((,,,.((,(((((((.(((....})).)))},.,})).}}})),.,))).)))..))))).((((((((,..{((((({({(.,,,,(((((((({.{|||.,.,.,,})),(((((((.(.((((.(((...........))).))))..}.))))))){((.((((((.((((......))}}(((.(((.....))).)))((((.....))))(((((......))))))))))).))){|{{..,,|||}}}}}}..,},))}},,))))))))))))))....)))))))))).))),{((((.((((((.....................)))))).))))}))))))))),}}}}}}...,}}},..||||,||,,....))}}}.,)))...((((((((.((((.((((....)))).)))).)))))))).(((....)))(((.(((..((((({......})))))...)))))))))))))))))))).)))))).))))).))))),}).))))))))))((((((((((..(((((.......(((,((,{....((((,((..,,,,,,,,.,)),,..}}))))},},)))....)))))..))},)))))))....{(({{...,,{((((.,,(((({,{,.((({.......}))}..,..,}}}}}.}}))))),,,,.))))}..(((((.(,,,(((((({,,((.,,,,..||||||}||,|||||||{{|{,||||,{(((....)))}.|||||||,}}}}}{{(({{{{{,,,{,{{||,{((({,.,{{{||||...,||,.||}|,,,}}}}}}|((((((((((.,......),)))))))))).||||||{{{(({,,..,})}),)))))))}}..,,}}||||||{||||}|}}.||||,,.,{{||||{|,.,,(((({..((((({...{(({..,,||}}|.,|,}))||}),..|}))}.,},}||||}}})))},),,{{.(((((({...})))))).,},|||||,},,{||||,.......,,,.)})))....}))},,))))})),)))))}}}...})))))))))))))))))))))))).))))).))))))).))))))))))).})))))))..))))))).))).).)))))))))))).)))).)