Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ABCC1_0005200

Sequence Length

2109 nt

GC Content

0.5486

CUGCUUGCUACCUUUUUAAUUCAGCUGGAGAGGAGGAAGGGAGUUCAGUCUUCAGGGAUCAUGCUCACUUUCUGGCUGGUAGCCCUAGUGUGUGCCCUAGCCAUCCUGAGAUCCAAAAUUAUGACAGCCUUAAAAGAGGAUGCCCAGGUGGACCUGUUUCGUGACAUCACUUUCUACGUCUACUUUUCCCUCUUACUCAUUCAGCUCGUCUUGUCCUGUUUCUCAGAUCGCUCACCCCUGUUCUCGGAAACCAUCCACGACCCUAAUCCCUGCCCAGAGUCCAGCGCUUCCUUCCUGUCGAGGAUCACCUUCUGGUGGAUCACAGGGUUGAUUGUCCGGGGCUACCGCCAGCCCCUGGAGGGCAGUGACCUCUGGUCCUUAAACAAGGAGGACACGUCGGAACAAGUCGUGCCUGUUUUGGUAAAGAACUGGAAGAAGGAAUGCGCCAAGACUAGGAAGCAGCCGGUGAAGGUUGUGUACUCCUCCAAGGAUCCUGCCCAGCCGAAAGAGAGUUCCAAGGUGGAUGCGAAUGAGGAGGUGGAGGCUUUGAUCGUCAAGUCCCCACAGAAGGAGUGGAACCCCUCUCUGUUUAAGGUGUUAUACAAGACCUUUGGGCCCUACUUCCUCAUGAGCUUCUUCUUCAAGGCCAUCCACGACCUGAUGAUGUUUUCCGGGCCGCAGAUCUUAAAGUUGCUCAUCAAGUUCGUGAAUGACACGAAGGCCCCAGACUGGCAGGGCUACUUCUACACCGUGCUGCUGUUUGUCACUGCCUGCCUGCAGACCCUCGUGCUGCACCAGUACUUCCACAUCUGCUUCGUCAGUGGCAUGAGGAUCAAGACCGCUGUCAUUGGGGCUGUCUAUCGGAAGGCCCUGGUGAUCACCAAUUCAGCCAGAAAAUCCUCCACGGUCGGGGAGAUUGUCAACCUCAUGUCUGUGGACGCUCAGAGGUUCAUGGACUUGGCCACGUACAUUAACAUGAUCUGGUCAGCCCCCCUGCAAGUCAUCCUUGCUCUCUACCUCCUGUGGCUGAAUCUGGGCCCUUCCGUCCUGGCUGGAGUGGCGGUGAUGGUCCUCAUGGUGCCCGUCAAUGCUGUGAUGGCGAUGAAGACCAAGACGUAUCAGGUGGCCCACAUGAAGAGCAAAGACAAUCGGAUCAAGCUGAUGAACGAAAUUCUCAAUGGGAUCAAAGUGCUAAAGCUUUAUGCCUGGGAGCUGGCAUUCAAGGACAAGGUGCUGGCCAUCAGGCAGGAGGAGCUGAAGGUGCUGAAGAAGUCUGCCUACCUGUCAGCCGUGGGCACCUUCACCUGGGUCUGCACGCCCUUUCUGGUGGCCUUGUGCACAUUUGCCGUCUACGUGACCAUUGACGAGAACAACAUCCUGGAUGCCCAGACAGCCUUCGUGUCUUUGGCCUUGUUCAACAUCCUCCGGUUUCCCCUGAACAUUCUCCCCAUGGUCAUCAGCAGCAUCGUGCAGGCGAGUGUCUCCCUCAAACGCCUGAGGAUCUUUCUCUCCCAUGAGGAGCUGGAACCUGACAGCAUCGAGCGACGGCCUGUCAAAGACGGCGGGGGCACGAACAGCAUCACCGUGAGGAAUGCCACAUUCACCUGGGCCAGGAGCGACCCUCCCACACUGAAUGGCAUCACCUUCUCCAUCCCCGAAGGUGCUUUGGUGGCCGUGGUGGGCCAGGUGGGCUGCGGAAAGUCGUCCCUGCUCUCAGCCCUCUUGGCUGAGAUGGACAAAGUGGAGGGGCACGUGGCUAUCAAGGGCUCCGUGGCCUAUGUGCCACAGCAGGCCUGGAUUCAGAAUGAUUCUCUCCGAGAAAACAUCCUUUUUGGAUGUCAGCUGGAGGAACCAUAUUACAGGUCCGUGAUACAGGCCUGUGCCCUCCUCCCAGACCUGGAAAUCCUGCCCAGUGGGGAUCGGACAGAGAUUGGCGAGAAGGGCGUGAACCUGUCUGGGGGCCAGAAGCAGCGCGUGAGCCUGGCCCGGGCCGUGUACUCCAACGCUGACAUUUACCUCUUCGAUGAUCCCCUCUCAGCAGUGGAUGCCCAUGUGGGAAAACACAUCUUUGAAAAUGUGAUUGGCCCCAAGGGGAUGCUGAAGAACAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-777.00 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -811.93

Frequency: 0.0000

Diversity: 437.44

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((.(((.((.((((((((.......)))))))).)).))).))((...((((((((((((((((.((((....((((...))))..)))).))((((..((((..((((((..((....((.((((((.....((((((......((((((((.......(((....))).......))))))))...)))))).........))).))).))...))..))))))...((((((..((((.((((((((.(((((((((((...(((.((((((..((((..(((((((((((((((.((...(((((....))))).))))))((((.(((((((((((((......))))))....)))))))))))((((((.(((...((((((((.((((.(.......).))))))).)))))...))).)))))).))))))).))))...)))).))..))))..)))...)))))))..((((((...(.((((.(((.((((......).)))....))))))).)....))))))(((((((((((((.....((((...((..((.(((((((..(((..........(((((.((....)).))))).)))..))))))).)).)).)))).....)))))))).)))))........)))).))))))))..))))........((((((.......((((((.....))))))((((((.....((((((..(((((((.(((.(((.(((((((((((((((.......(((((.....((((((...)))))).......))))).....))))).(((((((((((..((((((((((((((((((.(((...))).))))))))))))..((((((((((((((.((((((((......)))).)))).))........((((((((((........))))))))))(((((((.((.(((....))))).))))))).......(((((.....))))).............))))))))).)))((((..((.....))..)).))))))))..)))))))))))((.(.((((((((((((((((((((((.(((((.........((((((((((((....(((((..((.((....((((..(.(((.(((.....)))))).)..))))....))))...))))).(((((((..(((((((((.........)))))))))..)))))))....(.(((((((((((.((.....)).))..)))).)))))))))))).....)))))))))))(((((((((....)).)))...)))).)).)))))))).))).)..)))))))).).))......((((....))))...((((((((((((((((((((((((...((((((.(((.......((((((((.((.(((((((.......).))))))..)).)))))).))........))).))))))..(((((......)))))((((........))))...)))))).))))....)))))).)))))))))))))))))).))).)))))))((((((..((((..((((..(((......)))))))...))))))))))(((((((.........))))))).....(((((....((((((((.(.(((((...((.((((((((((.(((((((((.....))))))))..........).))))))....)))).))...)))))).))))))))..))))).(((((((((........(((.(((.((((.((...((((((.....))))))...))))))))).)))(((((......))))).)))))))))(((((.(((((((.((((...(((((........)))))....))).).)))).))).))))))))..))))))..))))))...))))))..)))))).))))..)))).((((......)))).................)))))))((.((....)).))((.(((.((.(((..(((((((........))))).))..))))).))).)).)))))))...))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((.(((.((.((((((((.......))))))))}),,))).))((...((((((({((,,..((((.(((((.(((((((((.,,,{(.(.(((....(((.((,{(((((..((..,.,,.((((((.....((((((......((((((((.,,....(((....))).....,.))))))))...)))))).........))).))).,),..))..)))))))).)))))),,}}|,,{{.(({.......(((((((...{{(,((((((..((((..(((((((((((,{,(,.{{(((((((....))))}})),|||((((.(((((((((((((......))))))....)))))))})))||||(({(((...,{{{}|||,{(((.(.......).)))))}).}}}})...,}}.})),)).))))))).))))...)))).))..))))..))}...)))))))......}}}.)))}..)))}))))))))))).))))|||.{{{,{{{.((..((((((((((((.((((({((...,}},|,....(((((,((((.({...})))})))))..{((((.({....}).))))).}))))))))))))))))..)).|||{|||...(((((..((({..,.(({(.{({{{(((((((({..,.,(,,,..((((((,......((((((.....))))))((((((((((.((((.((((((((((.(((.(((.(((((((((((((((.,.,...(((((.....((((((...)))))).......)))))...}.))))).(((((((((((..((((({((((((((((((.(((...))).)))))))))))),.{{{.(((((((((,..,((,,(({{{{..||||{||,,...........((((((((((........)))))))))){((((((.((.(((....))))).))))))}.......(((((.....))))),}}},.}}..}}}))),,)).,.|||{{....||},.))))))))),)))))))..))))))))))){{.,.((((((((,(((((((((((((.{((((.,{..,...{(((((((((((.,,.{((({..,{.{,.,,,({{{..,,|||,{{,.....)))))).}.,))))...,)}}}...}||||.(((((((..(((((((({,........)))))))))..)))))))...,|.(((((((((({.{{.....}),}}.,)))).))))),))))))}}}}.}))))})))))(((((((((....)).)))...)))).)),)))))))).))).,..)))))))).}.}}......((((....))))...((((((((((((((((((((((((...((((((.(((.......((((((((.((.(((((({.......}.))))))..)).)))))).}}........))).))))))..{((((......)))))((((........))))...)))))).))))....))))))}}))))))))))))))))).))).))),)))((((({..((((..((((..(((......)))))))...))))))))))(((((((.........)))))))....})))))).}}(((({{((.({((((({{{((.,((,((((((.(((((((((.....))))))))..........).)))))),,..||||.,,...))))))})))))))).}))))).(((((((((...{,,..,{|.{{{.((((.((...((((((.....))))))...)))))))}}.},|{{{{{......))))},)))))))))(((((.(((((((.((((...,((({.{,,....)))}).,,,))).).)))).))).))))),....)).))))))))))).),))))))...,))}..))))))||{,,((,(,,{...,,||{({,,,,....{{....,,)).......))))},})),)})|||.,,.,||}}|||||||}.......,)))).,)}}))||}.)))}},.)))))))...))