Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ABCC1_0006100

Sequence Length

1626 nt

GC Content

0.5529

GAUGCCCAGGUGGACCUGUUUCGUGACAUCACUUUCUACGUCUACUUUUCCCUCUUACUCAUUCAGCUCGUCUUGUCCUGUUUCUCAGAUCGCUCACCCCUGUUCUCGGAAACCAUCCACGACCCUAAUCCCUGCCCAGAGUCCAGCGCUUCCUUCCUGUCGAGGAUCACCUUCUGGUGGAUCACAGGGUUGAUUGUCCGGGGCUACCGCCAGCCCCUGGAGGGCAGUGACCUCUGGUCCUUAAACAAGGAGGACACGUCGGAACAAGUCGUGCCUGUUUUGGUAAAGAACUGGAAGAAGGAAUGCGCCAAGACUAGGAAGCAGCCGGUGAAGGUUGUGUACUCCUCCAAGGAUCCUGCCCAGCCGAAAGAGAGUUCCAAGGUGGAUGCGAAUGAGGAGGUGGAGGCUUUGAUCGUCAAGUCCCCACAGAAGGAGUGGAACCCCUCUCUGUUUAAGGUGUUAUACAAGACCUUUGGGCCCUACUUCCUCAUGAGCUUCUUCUUCAAGGCCAUCCACGACCUGAUGAUGUUUUCCGGGCCGCAGAUCUUAAAGUUGCUCAUCAAGUUCGUGAAUGACACGAAGGCCCCAGACUGGCAGGGCUACUUCUACACCGUGCUGCUGUUUGUCACUGCCUGCCUGCAGACCCUCGUGCUGCACCAGUACUUCCACAUCUGCUUCGUCAGUGGCAUGAGGAUCAAGACCGCUGUCAUUGGGGCUGUCUAUCGGAAGGCCCUGGUGAUCACCAAUUCAGCCAGAAAAUCCUCCACGGUCGGGGAGAUUGUCAACCUCAUGUCUGUGGACGCUCAGAGGUUCAUGGACUUGGCCACGUACAUUAACAUGAUCUGGUCAGCCCCCCUGCAAGUCAUCCUUGCUCUCUACCUCCUGUGGCUGAAUCUGGGCCCUUCCGUCCUGGCUGGAGUGGCGGUGAUGGUCCUCAUGGUGCCCGUCAAUGCUGUGAUGGCGAUGAAGACCAAGACGUAUCAGGUGGCCCACAUGAAGAGCAAAGACAAUCGGAUCAAGCUGAUGAACGAAAUUCUCAAUGGGAUCAAAGUGCUAAAGCUUUAUGCCUGGGAGCUGGCAUUCAAGGACAAGGUGCUGGCCAUCAGGCAGGAGGAGCUGAAGGUGCUGAAGAAGUCUGCCUACCUGUCAGCCGUGGGCACCUUCACCUGGGUCUGCACGCCCUUUCUGGUGGCCUUGUGCACAUUUGCCGUCUACGUGACCAUUGACGAGAACAACAUCCUGGAUGCCCAGACAGCCUUCGUGUCUUUGGCCUUGUUCAACAUCCUCCGGUUUCCCCUGAACAUUCUCCCCAUGGUCAUCAGCAGCAUCGUGCAGGCGAGUGUCUCCCUCAAACGCCUGAGGAUCUUUCUCUCCCAUGAGGAGCUGGAACCUGACAGCAUCGAGCGACGGCCUGUCAAAGACGGCGGGGGCACGAACAGCAUCACCGUGAGGAAUGCCACAUUCACCUGGGCCAGGAGCGACCCUCCCACACUGAAUGGCAUCACCUUCUCCAUCCCCGAAGGUGCUUUGGUGGCCGUGGUGGGCCAGGUGGGCUGCGGAAAGUCGUCCCUGCUCUCAGCCCUCUUGGCUGAGAUGGACAAAGUGGAGGGGCACGUGGCUAUCAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-587.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -615.38

Frequency: 0.0000

Diversity: 437.39

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((.(((.(((..(((.....(((....))).........((((((((((.(((((.......((((((((..(((..((((((.(((.((........)).))).))))))....(((((((...(((.((((((..((((..(((((((((((((((.((...(((((....))))).))))))((((.(((((((((((((......))))))....)))))))))))((((((.(((...((((((((.((((.(.......).))))))).)))))...))).)))))).))))))).))))...)))).))..))))..)))...)))))))..((((((...(.((((.(((.((((......).)))....))))))).)....))))))(((((((((((((.....((((...((..((.(((((((..(((..........(((((.((....)).))))).)))..))))))).)).)).)))).....)))))))).))))))))..))))).)))....(((((((((.........))))........((((((.....)))))))))))....(((.((.((((((((((.(((.(((.(((((((((((((((.......(((((.....((((((...)))))).......))))).....))))).(((((((((((..((((((((((((((((((.(((...))).))))))))))))..((((((((((((((.((((((((......)))).)))).))........((((((((((........))))))))))(((((((.((.(((....))))).))))))).......(((((.....))))).............))))))))).)))((((..((.....))..)).))))))))..)))))))))))((.(.((((((((((((((((((((((.(((((.........((((((((((((....(((((..((.((....((((..(.(((.(((.....)))))).)..))))....))))...))))).(((((((..(((((((((.........)))))))))..)))))))....(.(((((((((((.((.....)).))..)))).)))))))))))).....)))))))))))(((((((((....)).)))...)))).)).)))))))).))).)..)))))))).).))......((((....))))...((((((((((((((((((((((((...((((((.(((.......((((((((.((.(((((((.......).))))))..)).)))))).))........))).))))))..(((((......)))))((((........))))...)))))).))))....)))))).)))))))))))))))))).))).))).)))((((((..((((..((((..(((......)))))))...))))))))))(((((((.........)))))))....))))))).)).)))((((((.((((((.(((.((......))..))))))))).))))))))))).))).))))))))))..))).))).))))...

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((({((((((((((.,,....(((....))).....,.)))}))}|.{((((({{(((......,,,....((((((.{,,{({|{{,..{,.......{(({(,.((((({(...(((((((...{{(,((((((..((((..(((((((((((,{,(,.{{(((((((....)))}}})),|||((((.(((((((((((((......))))))....)))))))})))||||(({(((...,{{{}|||,((((.(.......).)))))}).}}}})...,}}.})),)).))))))).))))...)))).))..))))..))}...)))))))..,((({,..,|||,,{,,,,..,|,,...},},}}}|,..||.|||,((..((((((((((((.((((({((...,}},|,....(((({,((((,((..,}))}})))}}..{((((.({....}).))))).}))))))))))))))))..)).,,,...,((((((({..(((((,,((((({.{{,,,..{{{,.{{,,..,,...,,,,)))))))}.),|))))...(((((((((((..(((((.(((((,((............}},}}}}}))}}}{(((((.,.,...(((((.....((((((...)))))).......)))))...}.))))),(((((((((((..((((({((((((((((((.(((...))).)))))))))))),.{{{.(((((((((,..,((,,(({{{{..||||{||,,...........((((((((((........)))))))))){((((((.((.(((....))))).))))))}.......(((((.....))))),}}},.}}..}}}))),,)).,.|||{{....||},.))))))))),)))))))..))))))))))){{.,.((((((((,(((((((((((((.{((((.,{..,...{((((({(((((.,,.{((({..,{.{,.,,,({{{..,,|||,{{,.....)))))).},,))))...,}}}}...}||||.(((((((..(((((((({,........)))))))))..)))))))...,|.(((((((((({.{{.....}),}}..)))).))))),))))))}}}}.}))))})))))(((((((((....)).)))...)))).)),}))))))).))).,..)))))))).}.}}......((((....))))...))))))))))).,})))))))......,,,|,,.||}}}}}...))))|.,,.(((((((((((((({.(({{{{,||{((((|.|{|,,{{{{{{|...,}}})))),,..{((((......)))))((((........)))).,,)))|,}|.))},|||,..}}},,||||||||||,.,.,},.,.,}))){||,((((({..((((..((((..(((......)))))))...)))))))))),,|||{{.....,,,,)}}))))))))))))))))))).))|(((((.((((((.((,.{{......))..})|)))))).))))))))))).)))})))))))))))},,,,,))}.)))...