Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ABCC1_0011500

Sequence Length

567 nt

GC Content

0.5379

CCGGUGAAGGUUGUGUACUCCUCCAAGGAUCCUGCCCAGCCGAAAGAGAGUUCCAAGGUGGAUGCGAAUGAGGAGGUGGAGGCUUUGAUCGUCAAGUCCCCACAGAAGGAGUGGAACCCCUCUCUGUUUAAGGUGUUAUACAAGACCUUUGGGCCCUACUUCCUCAUGAGCUUCUUCUUCAAGGCCAUCCACGACCUGAUGAUGUUUUCCGGGCCGCAGAUCUUAAAGUUGCUCAUCAAGUUCGUGAAUGACACGAAGGCCCCAGACUGGCAGGGCUACUUCUACACCGUGCUGCUGUUUGUCACUGCCUGCCUGCAGACCCUCGUGCUGCACCAGUACUUCCACAUCUGCUUCGUCAGUGGCAUGAGGAUCAAGACCGCUGUCAUUGGGGCUGUCUAUCGGAAGGCCCUGGUGAUCACCAAUUCAGCCAGAAAAUCCUCCACGGUCGGGGAGAUUGUCAACCUCAUGUCUGUGGACGCUCAGAGGUUCAUGGACUUGGCCACGUACAUUAACAUGAUCUGGUCAGCCCCCCUGCAAGUCAUCCUUGCUCUCUACCUCCUGUGGCUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-184.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -193.66

Frequency: 0.0000

Diversity: 90.68

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((.....(((((((((((((...))))....(((...((((.(((.(((((((((((((..((..((((((((((((.((((((((...))))......(((((..(((.((...))))))))))..(((((.((....)).)))))..))))))))))))))))..)).(((((((((..(((((..((((...((((.((......(((((((((.........))))........((((((.....)))))))))))(((((.(((((.((............)).))))))))))...((((......))))......((((((...))))))...))))))....))))..))))).))))))...))))))))....)))))))).))).))))..))).(((((((........))).))))..((((((((......)))).)))).......(((.((((((((((........)))))))))).)))....))))).)))).....)))).(((((.....(((((.....)))))..............)))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((.....(((((((((((((...))))....(((...((((.(((.(((((((((((((..((..((((((((((((.((((({((...}},,,,....(((((,(({(.{{...,)))})))))..{((((.({....}).))))).}))))))))))))))))..)).{|,((((((..(((((..((((...({{(,{(,.....(((((((({.........})))........((((((.....)))))))))))(((((.(((((.((............)).))))))))))...((((......))))......((((((...))))))....})))).,..))))..))))).))))))...}},)))))....)))))))).))).))))..))).(((((((........))},))))..((((((((......)))).)))).,......{,.((((((((((........)))))))))).)))....)))))},))).....)))).(((((.....(((((.....)))))............}.)))))