Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ABCC1_0011900

Sequence Length

2039 nt

GC Content

0.5660

GUUGCUCAUCAAGUUCGUGAAUGACACGAAGGCCCCAGACUGGCAGGGCUACUUCUACACCGUGCUGCUGUUUGUCACUGCCUGCCUGCAGACCCUCGUGCUGCACCAGUACUUCCACAUCUGCUUCGUCAGUGGCAUGAGGAUCAAGACCGCUGUCAUUGGGGCUGUCUAUCGGAAGGCCCUGGUGAUCACCAAUUCAGCCAGAAAAUCCUCCACGGUCGGGGAGAUUGUCAACCUCAUGUCUGUGGACGCUCAGAGGUUCAUGGACUUGGCCACGUACAUUAACAUGAUCUGGUCAGCCCCCCUGCAAGUCAUCCUUGCUCUCUACCUCCUGUGGCUGAAUCUGGGCCCUUCCGUCCUGGCUGGAGUGGCGGUGAUGGUCCUCAUGGUGCCCGUCAAUGCUGUGAUGGCGAUGAAGACCAAGACGUAUCAGGUGGCCCACAUGAAGAGCAAAGACAAUCGGAUCAAGCUGAUGAACGAAAUUCUCAAUGGGAUCAAAGUGCUAAAGCUUUAUGCCUGGGAGCUGGCAUUCAAGGACAAGGUGCUGGCCAUCAGGCAGGAGGAGCUGAAGGUGCUGAAGAAGUCUGCCUACCUGUCAGCCGUGGGCACCUUCACCUGGGUCUGCACGCCCUUUCUGGUGGCCUUGUGCACAUUUGCCGUCUACGUGACCAUUGACGAGAACAACAUCCUGGAUGCCCAGACAGCCUUCGUGUCUUUGGCCUUGUUCAACAUCCUCCGGUUUCCCCUGAACAUUCUCCCCAUGGUCAUCAGCAGCAUCGUGCAGGCGAGUGUCUCCCUCAAACGCCUGAGGAUCUUUCUCUCCCAUGAGGAGCUGGAACCUGACAGCAUCGAGCGACGGCCUGUCAAAGACGGCGGGGGCACGAACAGCAUCACCGUGAGGAAUGCCACAUUCACCUGGGCCAGGAGCGACCCUCCCACACUGAAUGGCAUCACCUUCUCCAUCCCCGAAGGUGCUUUGGUGGCCGUGGUGGGCCAGGUGGGCUGCGGAAAGUCGUCCCUGCUCUCAGCCCUCUUGGCUGAGAUGGACAAAGUGGAGGGGCACGUGGCUAUCAAGGGCUCCGUGGCCUAUGUGCCACAGCAGGCCUGGAUUCAGAAUGAUUCUCUCCGAGAAAACAUCCUUUUUGGAUGUCAGCUGGAGGAACCAUAUUACAGGUCCGUGAUACAGGCCUGUGCCCUCCUCCCAGACCUGGAAAUCCUGCCCAGUGGGGAUCGGACAGAGAUUGGCGAGAAGGGCGUGAACCUGUCUGGGGGCCAGAAGCAGCGCGUGAGCCUGGCCCGGGCCGUGUACUCCAACGCUGACAUUUACCUCUUCGAUGAUCCCCUCUCAGCAGUGGAUGCCCAUGUGGGAAAACACAUCUUUGAAAAUGUGAUUGGCCCCAAGGGGAUGCUGAAGAACAAGACGCGGAUCUUGGUCACGCACAGCAUGAGCUACUUGCCGCAGGUGGACGUCAUCAUCGUCAUGAGUGGCGGCAAGAUCUCUGAGAUGGGCUCCUACCAGGAGCUGCUGGCUCGAGACGGCGCCUUCGCUGAGUUCCUGCGUACCUAUGCCAGCACAGAGCAGGAGCAGGAUGCAGAGGAGAACGGGGUCACGGGCGUCAGCGGUCCAGGGAAGGAAGCAAAGCAAAUGGAGAAUGGCAUGCUGGUGACGGACAGUGCAGGGAAGCAACUGCAGAGACAGCUCAGCAGCUCCUCCUCCUAUAGUGGGGACAUCAGCAGGCACCACAACAGCACCGCAGAACUGCAGAAAGCUGAGGCCAAGAAGGAGGAGACCUGGAAGCUGAUGGAGGCUGACAAGGCGCAGACAGGGCAGGUCAAGCUUUCCGUGUACUGGGACUACAUGAAGGCCAUCGGACUCUUCAUCUCCUUCCUCAGCAUCUUCCUUUUCAUGUGUAACCAUGUGUCCGCGCUGGCUUCCAACUAUUGGCUCAGCCUCUGGACUGAUGACCCCAUCGUCAACGGGACUCAGGAGCACACGAAAGUCCGGCUGAGCGUCUAUGGAGCCCUGGGCAUUUCACAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-787.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -821.24

Frequency: 0.0000

Diversity: 385.94

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((.(((....((((((.....))))))((((.(((....((((..((...........(((.(((((((.((...(((((((.(((((((....)).)))))(((((((((((.((((((...((((.(((.(((((((((((..((((((((((((((((((.(((...))).))))))))))))..((((((((((((((.((((((((......)))).)))).))........((((((((((........))))))))))(((((((.((.(((....))))).))))))).......(((((.....))))).............))))))))).)))((((..((.....))..)).))))))))..))))))))))).)))((((((......)))))).............))))...)))))).((((..(((.(((........(((((......)))))........)))))).)))).....((((((..((((((.......))))))))))))...)))...))))))))((((.(((.(((((((((((..((.((((.....(((((..((((.((..(((((..((.(((((.((((((.((((((((((......((((((((((.....(((((.((((.((((((((((((.(((.........((((.(.(((((((((..(((((((((((...(((((.(((..((.((((((((((.(((..((...((((((((((((((((.((((((..((((((..((..((((((((......)))))....(((((......)))))((((........))))...)))..)).)))))).........((((((((((...........))))(((.((((((..((((..((((..(((......)))))))...))))))))))..)))......))))))..))))))))))))))))))).)))((((((...(((.(((.....((((....((((((((.....)))))))).)))).....((((((....(((((...((.(((((....))))).)).))))).(((((((((........(((.(((.((((.((...((((((.....))))))...))))))))).)))(((((......))))).))))))))).))))))))))))))))))......))..))).))))))))))..))..))))))))))))))))))).))))))))).)))))...(((((...(((..((((....))))....)))...)))))........))).)))))((((((.((((((((.....(.(((.((.(((..(((((((........))))).))..))))).))).))))))).......)).).)))))..)))))))...(((....))).((((((((.....((((.......)))).......)))))))).((((.(((...(((((((...))))))).....)))))))(((((....))))).((((((((...................)))))))).))))))))).....))))))))))))))))..)))))))))))))))..))..............)))))..)).)))).)))))..(((((........)))))....))))))..))))))))))))))...))))........)))))))..))))))))).)))))..))))......))).)))).((((((((((.....(((((..((((((((((((...(((.((((((.((.((((...)))).)).))).)))...((......))))).)))).).)))))))..)))))......)))))))))).))).)))))(.((((...((.(.((((.(((.......((((((((....(((.((((....)))))))....(((((..(.......)...))))))))))))).....)))))))..).))....)))).)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((.(((....((((((.....))))))((((.(((.,,.((((..((...........(((.(((((({{((...(((((({,((..{.(((,.((((((...)))))).....((((((...((((.,((,(((((((((((..((((({((((((((((((.(((...))).)))))))))))),.{{{.(((((((((,..,((,,(({{{{..||||{||,,...........((((((((((........)))))))))){((((((.((.(((....))))).))))))}.......(((((.....))))),}}},.}}..}}}))),,)).,.|||{{....||},.))))))))),)))))))..))))))))))).|||((((((......)))))),,.,.....}},.))))...)))))).((((..((,{(((....,...(((((......)))))...,....)))))).))))...{((((......))))).,((((((..(((((((({,........)))))))))..))))))|((((((((((..({.((((.....((((({{{(((.{,..{{{||,,||.(((((.((((((.((((((((((......((((((((((.....,,((((((((.((((((((((((.(((.........((((.(.(((((((((..(((((((((((...(((({{(((..((.((((((((((,(((..,,...{(((((((((((((((.((((((.,{(((((,.,({.{{{(((({......)))))....{((((......))))}((((........)))).,,|}||.,|.}||}|||...,,,,,|{|{{||{||...........}))}{{{.((((({.,((((..((((..(((......)))))))...))))))))))..||||,.....}}}}),.))))))))))))))))))).))}((((((.(((({.,,,.,}},((((....((((((((.....)))))))).)))).....((((((((({(((((,{,((.(((((,.,.})))}.}),))))).,{(((((((,,.,,...{{{.{((.((((.((...((((((.....))))))...))))))))}.}}|,{{,{..,,,,})))),))))))))))))))))}))),,))))))......}}..))).))))))))))..))..))))))))))))))))))).))))))))).)))))..,(((((...((({,((((....)))).}..)))...))))).,......))).))))}(((((,,(((({{((.,..,(.(((.((.(((..(((((((........))))).))..))))).))).)))))),.},...,}}.).))))).,)))))))...{{{..,,|||.((((((((...,.((((.......)))).,.....)))))))),{{{|.{{{...(((((((...)))))))..,,,)))})))|||||.{{{|,|||.({((((((...{{,.,{{,......}.)))))}))})))},))),})}}.))))))))))))))))..)))))))))))))))..||...||...,,....}}})).}))|}}}}.)))})..{((((........))))}..,.))))))..))))))))))),,,...,.)))}.,..)))))))))..))))))))).)))))..))))......))).)))).{(((((((((.....(((((..((((((((((((...(((.((((((.((.((((...)))).)).))).)))...{|......,}))).)))).}.)))))))..)))))......)))))))))).))).)))))(.((((...((.(.((({{(((.......((((((((....(((,((((....)))))))....(((((..{,......)...))))))))))))).....)))))))..).))....)))).)