Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ABCC1_0014700

Sequence Length

2789 nt

GC Content

0.5174

GCUGGUCUCGAACUCCUGACAUCAGGUGAUCUGCCCGCCUCGGUCUCCCGAAGUGUUGGGAUUACAGGCAUGAGCCCCUGCGACUGGCCUGCUUUUGUUUUAAGUGAGAGACAUGAAGUAAAAGGAAAAUAACAGGAAGAAGAGUAAAAGAAGACAGAGGUGCUAGGAGCUUUAGAAGUGUGGAGCUGGCCGGGCAUGGUGUCUCAUGCCUGUAAUCCCGGCACUUUGGAAGGCCGAGGCAAGCAGAUCACUUGAGGCCAAGAGUUCGAGACCAGGCUGAGCAACAUGUCAAGACCCCACCUCUACAAAAAAUACAAAAAAAAAAUUAGCUGGGUGUGAUGGUGCACAUCCUGUAGUCCCAGUUGCUCAGGAGGCUGAAGUGGGAGAAUCGCCUGCGCCUGGGAGAUGGAGGUUGCAGUAGGCCGAGAUCGCACCACUGCGCUCCAGCCUGGGUGCAGAAGCCAGAUCCUGUCUCAGGAGAAGACAGAAACAUGGAACCAGUUAACGUGGGCUUUGUCUCCGACACUCUCCCCUUCCCUGUGCCCUCGUACCACACUUCCUGUUCCGUAUCCUCUUUUUUUGAGUUUAUCGUGAUGGAUGUUUUAGAAAGAUCCACCUGCUGUGAUGUGCUGUGUGUAGAGUGGUGUGGCUGGGGGAGGAAGACAGAGGACCUGGGGAGAAGGGUGAACGACCUCCCUUUGCACCUCAAGGAGGGCCCAGCGGUCUGAUGCUGGCCACCCCAGUGGAGAGAGGUUUGCAUGUGGACGCCAGCUGUUUCCCACUGACCUUGGCCACUGCUCGGCCCUCCCAGCUGGAGCUGCCCCGAACCUGCCUGAGAAGGGCCAGGGCAUCGAGAGCAUUGAGUAAUUCUCAUGCGGCCCCCGCCUCUGCAGUCAUCUCCCAAGAUGAUCGUCCAGAUGGCGCAACCCCAUCUUACAAGGACAAAGCUGCUUGCAGUUUCCUUCUGCUUUCUGGGUCUGGGGCUGCCUCCAGAACUGCAGGUUGAGUUUCUUCUUUCAGAACCCGUGGCUGAUGUCACCAGAUAAUAAUGCCUAGCGCCAUUCGUGCCAAGCGUCUGGGGUUGAACCAUUCAAGCAGAGAAAGAGAGUGUUCUGUGCAUGUGGAGUCGCACAGCUCAGCCUGUCCCUGACAUGUCUCUGUGCUUUGUAGGCGGGGGCACGAACAGCAUCACCGUGAGGAAUGCCACAUUCACCUGGGCCAGGAGCGACCCUCCCACACUGAAUGGGUAAGCCGGGACGUGGACACACGUGAUGGUGUGGAGAGAGCCACAGGGCUUUUGUUAAACGUGGAUUCGAAUUCCCACCGUGCUCCCUCUCUGUGACCUUGAACAACUCACUUUGCCUUUCUAAGACUUAGCUUACCCAUCUGGACAAUGGGUGCAGAUACACCUGCUUAGGCUGUCGUGAGAAGCAGACACACAUGCCUAGCACAGAGGGUUCCCUGGGAUUGUAAGUUACAGCAGCCUUGGACAGCUAGACUUAGACAAUACAGGAGAUUCUUGGCUUGCGUAACUGGGAAGUUCUACUUUCAGGUGCGGUGUGAUCCAGGGACUCUGCCGUCAGAACUUUCUUCAUAUUUUCUGUGUUUCACUUUCUCCUGGUCUGCUUUAUCCUCACGCAUCCUCUCCCCUUGUGAUGGUAAAUGGUCCCAACAGCUCCCACUGUGUAUCCCACUGUUAGGAGAACUGCCUGCUUCUUAUUGACCCAGAUUGGGUCCUGUGCCCUCUGUGAGGCAAUCGCUAUGCCUUCAGACACUGAGUGUGCUGAUUGGCCAGUCUCAGUCAGGGGCUGUGAUGCUGCUGAACUCCAGUGCCCCUCAGCUGCCCAGCUCACCCUUUCUUGCCAGCUUUCUAUCUGGCACCCCACACCCUACAGUCCUUACCUUUCCAAAGCACAUGAUGUCUAGGAAAUUGACCUUAUCCCCAGGCAACUUGUCAAGCACCUCUCAUUUUGUUCUGACCAGAGGCCUUGAUCAACAGCUUUUUAGGCCCCCUUAAGGAAUCCGCAAAACACAGGGGUGAUGGGACCCUUUUAGAGGUUUAGCUCAUGCCUGGGUAGCCAAAUCACUGCUGUAUUUUAUGAUGAAGGAGAGAAACUCUCCAGAGAAAACAAUCUGUAGAAGGCCUGCAUUGAAAAUUCAUGGGGGUACUGCAUGCUUAGGAAGUUCUUCCUUAUGUCUAACUUAAAUCCUGCCUGCUUCAAUUGUAGCUGUUCUGUCUUGUUGAGCUGCACAACUAAUCUGUAUCUGUGUCCCUUUCCUGACCCAGUGGUUUUCCUGUUCAGUUACCUUCCCCCCAUGAGCCCCCAGAACCUUUCUCUAACCCUUUUCUCUCAUCAGCCUGUAAGAAUAUUUCAGUCUCACGUGGACAGUGGCAGGUACUGUCUCACGUGGACAGUGGCAGGUAUUGUCUCACUGGGCUUCCUGCCCACUCAGGCCCCAUAAUCCUUUCCCCUCCCAGCACAGGAACAAAAAGCCUGAUGAGUGUCACCAUGCAGCAGUGUCAUAAGAAUGAAACAAUCAGUGACAGCAACGACUAUCAGCAUUUCCACUAAUACUCUGAAAUCAGAAAGGUGGCAGUUAAAAAGCACAGAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCAAGGUGGGCACAUCACCUGAAGUCCGAAGUCUGAGACCAGCUUGGCCAACAUGGUGAAACCCUGUCACUACUAAAAAUAAAAAAACUAGCUGGGCAUGGUGGUGCAUGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCUGAGGCGGGCAGAUCACUGGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-1003.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -1049.76

Frequency: 0.0000

Diversity: 577.46

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((((((((((((((.((.(.(((((((((((((..((((((((((.((((((((((((((((((((((((((((((.(((..((((((((((((((((((......)))))).))))))...............................((.((....))))...(((((((......)))))))))))))))).)).).))))))))))))))))))))))))))).))))))))))..))))))))))))).).)).)))))))))))))).(((((((((.(((..((.......))..))).....................((.(((((((......))))))).)).......))))))).(((.((...((((((((.((((((((((((((((((.((((((((((.(((((((((((..(((....)))((((((((..(((((((((((((.....(((((((....).))))))...((((...........)))))))))((((...)))).(((((((.(((((((.(((((.(((((((((.((((.((((((..(((.......)))..)).)).))(((((.(((...))).)))))...((........))......))).).))))))).)).))).))...)))).)))...)))))))((((.(......).))))))))))))...((((((((.((((((........(((((...((((((.((((((((.((........)).)))).))))))))))....))))))))))).))))))))..))))))))(((((.(..(((........)))..).)))))......((((.(((.....)))))))(((....)))......(((((((....))))))).((((((((((.......)))))).....)))).((((((....)))))).((((((...(((((((((..(((((..(((((..(((((((((((((.......((((..(((((((((....)))))(((((......((...((((.....))))...)))))))))))))))........(((.((((........)))).))).((((......)))))))))))))(((((.......((((((((((....(((((((((((((.(((.((((((.((..((..((((.((((((..((((..(((......)))))))...))))))))))..))...))(((....))))))))).)))...(((((((....))))))).......((((..........))))))))))))).....((((...........))))(((((.((((...(((..(((((((((((.......))))))((((......))))..))))))))..)))).))))).......)))))))))))))).......)))))((((...))))))))..))))))))))))))))))).....))))))..))))))))))))))))).......))))))))))))))))).)))))...((((((.((((((((.((.................(((...)))........((..(((...........))).)).......)).))))))))...)))))).....))))))))..)).))).....((((..((.(((((((((((.....((((((...))))))...(((((.....).))))((((((((((((((((.(((.....)))))))((((((((((((((.(..(((((((((((.((((........((((.....(((((((........(((((((((((((........)))))).((((((((((....(((((((((....(((((...(((((((.........))).......(.((((..((.((((((((..........)))).)))).))..)))).)))))...)))))..)))......))))))..............)))))).))))....((((((((..((((...((((.(((....)))...(((((((((((....((((((.((((((...))))))(((((((....((((.....(((.............(((((((((....(((.((..((((((((.............))))....)))))).)))......(((((((...(......)...)))))))..((......))..(((.(((........))).))).(((..............)))...))))))))))))..))))...)))))))............))))))((((((..(((...))).(((.(((((((((((((.....))))))).)))))))))....))))))...((..((((((((.....))))..((((((.......((((...............)))).......))))))..))))..)).)))))))))))((((....)))).........(((.((......)).))))))).....))))..))))))))..))))))).))))))).....))))..........((((((((....))))))))))))))))))....)))))...).))))))).....)))))))..((((((.......)))))).....................))))))))))))....(((.....((((((....))))))))).))))))))))).)).))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

.((((((((((((((.((.{.(((((((((((((..((((((((((.((((((((((((((((((((((((((((((,(((..((((((((((((((((((......}))))}.))))))...,........,..........,,......,,.{,....)})}...(((((((......)))))))))))))))).)).).))))))))))))))))))))))))))).))))))))))..))))))))))))).,.)).)))))))))))))).(((((((((.(({..((,......,),,}}}.....................{(.(((((((......))))))).)),,,....)))))))}|((,((,,.((((((((.((((((((((((((((((.((((((((((.(((((((((((..(({....}))((((((((.{((((((((({(((.....(((((({....},})))))...((((...........)))))}})}|(((...))),.(((((((.(((((((.(((((.(((((((((.{({,.{{((((..(((.......)))..}},}}.}}{((((.(({...})).))))|,{.((........)).}.,.,})),).))))))).)).))).))...)))).)))...))))))){(((.{......).)))))))))))....((((((((.((((({.......,(((((...((((((.((((((((.((........)).)))).))))))))))....))))))))))).)))))))),,))))))))(((((.(..(((........)))..).)))))......(((,{(((.....)))))))(((....)))...,,.(((((((....))))))).((((((((((.{....,)))))).....)))).{(((((....)))))}.((((((..,(((((((((,.{((((..(((((..((((((((((((({,,,......}}}|((((((((....)))))((((,.....,((.,.((((.....))))...))))))))))}|{{,...,}},.(((.((((........)))).))).{(((......)))))))))))))(((((.,.....((((((((({...,(((((((((((((.(((.((((((,{{..((..((((.((((((..((((..(((......)))))))...))))))))))..))...||(((....))))))))).)))...(((((((....))))))).,.....((((,.......,.))))))))))))).....((({...........})}}(((((.((((...(((..(((((((((((.......)))))}((((......))))..))))))))..)))).))))).......)))))))))))))).......)))))((({...})))))))..)))))))))))))))))))..,..))))))..))))))))))))))))).......))))))))))))))))).)))))...((((((.((((((((,({.......,,,,.....,|||...,,,........((..(((...........))).)).......,}.))))))))...)))))).....)))))))),,},.})),.,..,{((,.({.(((((((((((.....((((({...})))))...{((({,,...}})))}{{{{{{{{((({((((.(((.....))))))),{({{{{{{{{|{{.{,,(((({{{{{{(,{(({,,.,,,,.((((...,.(((((((,,....,.(((((((((((((........)))))).((((((((((....((((({,,{,,{{{{(((,...,.{{{{{.{{|,,..,.,.,..,.,,.}))}}.,{,((((((..{{{{{......,,..}))..))}}),))))),,,...)})}}..}))......))))))..............)))))).))))....{(((((((..((((...((((.{{({(((,,....{((((((((((....(((((,.((((((...)))))){((((((,.....,(.{(,,((.|||,...{....{(((((((((....(((.((..(((((({{...,,....}...}}}}....}))})).)))......{((((((...(......}...))))))},,{{......}}..(((.(((........))).))).({,...,}.,..,}}..}},...))))))))))....)))...})))))),.....}))))))))}))},,{{{,..{,....,,}.(((.(((((((((((((.....))))))).))))))))),{{((((((....((({....||||..}}}))))}}{(((((.......((((...........,...)))).......)))))),}}},},,}..))))))))))|((((....,|||.....}}.||}}}......,.))))),)))).....))))..)))))))}..)))))))}))))))}.....)))).,..{{{{{.,,,,||||},,,|||||}|||}}}}}}}}}....}))))...}.))))))),,.,,)))))},..{(((((.......)))))}..................,..})))))))}))}....|||,....{((((|....,)))))))).))))))))))).)).))))))