Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ABCC1_0017400

Sequence Length

1359 nt

GC Content

0.5813

ACGCGGAUCUUGGUCACGCACAGCAUGAGCUACUUGCCGCAGGUGGACGUCAUCAUCGUCAUGAGUGGCGGCAAGAUCUCUGAGAUGGGCUCCUACCAGGAGCUGCUGGCUCGAGACGGCGCCUUCGCUGAGUUCCUGCGUACCUAUGCCAGCACAGAGCAGGAGCAGGAUGCAGAGGAGAACGGGGUCACGGGCGUCAGCGGUCCAGGGAAGGAAGCAAAGCAAAUGGAGAAUGGCAUGCUGGUGACGGACAGUGCAGGGAAGCAACUGCAGAGACAGCUCAGCAGCUCCUCCUCCUAUAGUGGGGACAUCAGCAGGCACCACAACAGCACCGCAGAACUGCAGAAAGCUGAGGCCAAGAAGGAGGAGACCUGGAAGCUGAUGGAGGCUGACAAGGCGCAGACAGGGCAGGUCAAGCUUUCCGUGUACUGGGACUACAUGAAGGCCAUCGGACUCUUCAUCUCCUUCCUCAGCAUCUUCCUUUUCAUGUGUAACCAUGUGUCCGCGCUGGCUUCCAACUAUUGGCUCAGCCUCUGGACUGAUGACCCCAUCGUCAACGGGACUCAGGAGCACACGAAAGUCCGGCUGAGCGUCUAUGGAGCCCUGGGCAUUUCACAAGGGAUCGCCGUGUUUGGCUACUCCAUGGCCGUGUCCAUCGGGGGGAUCUUGGCUUCCCGCUGUCUGCACGUGGACCUGCUGCACAGCAUCCUGCGGUCACCCAUGAGCUUCUUUGAGCGGACCCCCAGUGGGAACCUGGUGAACCGCUUCUCCAAGGAGCUGGACACAGUGGACUCCAUGAUCCCGGAGGUCAUCAAGAUGUUCAUGGGCUCCCUGUUCAACGUCAUUGGUGCCUGCAUCGUUAUCCUGCUGGCCACGCCCAUCGCCGCCAUCAUCAUCCCGCCCCUUGGCCUCAUCUACUUCUUCGUCCAGAGGUUCUACGUGGCUUCCUCCCGGCAGCUGAAGCGCCUCGAGUCGGUCAGCCGCUCCCCGGUCUAUUCCCAUUUCAACGAGACCUUGCUGGGGGUCAGCGUCAUUCGAGCCUUCGAGGAGCAGGAGCGCUUCAUCCACCAGAGUGACCUGAAGGUGGACGAGAACCAGAAGGCCUAUUACCCCAGCAUCGUGGCCAACAGGUGGCUGGCCGUGCGGCUGGAGUGUGUGGGCAACUGCAUCGUUCUGUUUGCUGCCCUGUUUGCGGUGAUCUCCAGGCACAGCCUCAGUGCUGGCUUGGUGGGCCUCUCAGUGUCUUACUCAUUGCAGGUCACCACGUACUUGAACUGGCUGGUUCGGAUGUCAUCUGAAAUGGAAACCAACAUCGUGGCCGUGGAGAGGCUCAAGGAGUAUUCAGAGACUGAGAAGGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-526.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -550.65

Frequency: 0.0000

Diversity: 337.31

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((.(((((((.(((.((...)).))).).....(((((..(((.(((.......))))))..)))))((((((.(((((((((((((.....(((.(((((.((((((.(((((.(((((.(((((((.((((((((...................)))))))).(((((.((((((((..(((((((.(((((...(((((...(((......((..((((...(((.(((((((.((((((((((......(((((((....(((((((.((..(((((((((.((((((.((......)))))..((.((.(((.........)).).)).))((((((((.(((.((((((((((.((((((((...(((..(((((...((((..((.(((.((((((.((.((((...)))).)).))).))).).))...))..)))))))))..)))...))))))))((((((.......(((((.(((((..((.((.((((.((..((((.((((...))))...))))....(((.((((....)))))))..)))))).)))).))))).)))))....))))))((.((((((((((((.(........).))))...((((....))))..)))))))).))(.(((....))).).))))))))))..))).)))))).))))).))))))...))).)))))))))..(((((((((.((((.((...((((.((...((((.(.(((....(((((..((((......))))...)))))...))).).)))))).)))).)))))).))))))))).)))))))....))))))))))...)))..)))).))))))).))....)))...)))))...........)))))..))))))).))).))))).))))).((((((......)))))).......)))).))))))))))...))))))))).)))))..))).....)))))))))..)))).)))))).)))))).))))(..((((....))))(((((......))))).(((((((..(((.((((.((((((((((....(((...(((((((((.(((((..((((((((.(.....).))))))))..))))).))).))))))..)))..)))))).....(((((.......))))).)))).)))))))((((........)))))))))))(((((((((.((((((((.(((..((((.(((((..(.(((..((((((.(((((((...))))))).)))...)))...))).)..)))))...))))))).)))))...))).)))))).))).)

Thermodynamic Ensemble Prediction

{(((.(((({{(,(((.((..,||.}}},),....(((((..(({{(((.......))))))..))))){(((((.(((((((((((((.....(((.(((((.((((((.(((,..(((({,(((((((.((((((((...................)))))))).(((((.((((((((..(((((((.(((((...(((((...(((..,{..((..{(({...(({.,{(((({.((((((((((....,.((((((,.{,.{(((({(.({..((({{{{||.{(({{({((......))))}..,,.((,(((.,,,.....|}.|,||.|.{{((((((.(((.((((((((((,((((((({...(((,{{{(((((,{{((,,,,.(((.((((((.((.((((...)))).)).))).))).}.}}...,}..}}))})))).,))),,,))}}))))|{{{{{.,,,,}||{{{(.(((({..({.{(.((((,{(,,((({.(((.....,}|{,|||||....(((.((((....)))))))..,})))}.}})}.))}}}.}}})),,,,))))))|{.{{{{{{{{{({(|{,,....,.),})))...((((....})))..})))}))).})|,{||...}}}}}},))))))))))..))).)))))).))))}.}}))))...))).)))))))))..{((((((((.(((({((...((((.((...((((.(.(((.,..(((((..((((......))))...))))).,.))).).)))))).)))).)))))).))))))))),))))))).,..)))))))))))},)))..)))).))))))).)),...)))...)))))...........)))))..))))))).))).))))).))))).((((,,,.....}),,,)}}}....)))).))))))))}},..))))))))).)))))..))).....)))))))))..)))).)))))},||||||,}||}(..((((....))))|((((,{{.{,||}}|.{(((((,..{,,..}},..)}}|||{|((({{(((...(((((((((.(((((..((((((((.(.....,.))))))))..))))).))).))))))..)))....))))}..,|||{||,,,,,,,)))})))}|}|||(((.{(((,.....)))))))))),)}.(((((((((.((((((((.(((.,({((.(((((..(.(((..((({({,(((((((...))))))).,})...)))...))).)..))))).,,}}))))).)))))...))).))))))},)).}