Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ACTN4_0007600

Sequence Length

2284 nt

GC Content

0.5714

AAAACAGAGAAGCAGCUGGAGGCCAUCGACCAGCUGCACCUGGAAUACGCCAAGCGCGCGGCCCCCUUCAACAACUGGAUGGAGAGCGCCAUGGAGGACCUCCAGGACAUGUUCAUCGUCCAUACCAUCGAGGAGAUUGAGGGCCUGAUCUCAGCCCAUGACCAGUUCAAGUCCACCCUGCCGGACGCCGAUAGGGAGCGCGAGGCCAUCCUGGCCAUCCACAAGGAGGCCCAGAGGAUCGCUGAGAGCAACCACAUCAAGCUGUCGGGCAGCAACCCCUACACCACCGUCACCCCGCAAAUCAUCAACUCCAAGUGGGAGAAGGUGCAGCAGCUGGUGCCAAAACGGGACCAUGCCCUCCUGGAGGAGCAGAGCAAGCAGCAGUCCAACGAGCACCUGCGCCGCCAGUUCGCCAGCCAGGCCAAUGUUGUGGGGCCCUGGAUCCAGACCAAGAUGGAGGAGAUCGGGCGCAUCUCCAUUGAGAUGAACGGGACCCUGGAGGACCAGCUGAGCCACCUGAAGCAGUAUGAACGCAGCAUCGUGGACUACAAGCCCAACCUGGACCUGCUGGAGCAGCAGCACCAGCUCAUCCAGGAGGCCCUCAUCUUCGACAACAAGCACACCAACUAUACCAUGGAGCACAUCCGCGUGGGCUGGGAGCAGCUGCUCACCACCAUUGCCCGCACCAUCAACGAGGUGGAGAACCAGAUCCUCACCCGCGACGCCAAGGGCAUCAGCCAGGAGCAGAUGCAGGAGUUCCGGGCGUCCUUCAACCACUUCGACAAGGAUCAUGGCGGGGCGCUGGGGCCCGAGGAGUUCAAGGCCUGCCUCAUCAGCCUGGGCUACGACGUGGAGAACGACCGGCAGGGUGAGGCCGAGUUCAACCGCAUCAUGAGCCUGGUCGACCCCAACCAUAGCGGCCUUGUGACCUUCCAAGCCUUCAUCGACUUCAUGUCGCGGGAGACCACCGACACGGACACGGCUGACCAGGUCAUCGCUUCCUUCAAGGUCUUAGCAGGGGACAAGAACUUCAUCACAGCUGAGGAGCUGCGGAGAGAGCUGCCCCCCGACCAGGCCGAGUACUGCAUCGCCCGCAUGGCGCCAUACCAGGGCCCUGACGCCGUGCCCGGUGCCCUCGACUACAAGUCCUUCUCCACGGCCUUGUAUGGCGAGAGCGACCUGUGAGGCCCCAGAGACCUGACCCAACACCCCCGACGGCCUCCAGGAGGGGCCUGGGCAGCCCCACAGUCCCAUUCCUCCACUCUGUAUCUAUGCAAAGCACUCUCUGCAGUCCUCCGGGGUGGGUGGGUGGGCAGGGAGGGGCUGGGGCAGGCUCUCUCCUCUCUCUCUUUGUGGGUUGGCCAGGAGGUUCCCCCGACCAGGUUGGGGAGACUUGGGGCCAGCGCUUCUGGUCUGGUAAAUAUGUAUGAUGUGUUGUGCUUUUUUAACCAAGGAGGGGCCAGUGGAUUCCCACAGCACAACCGGUCCCUUCCAUGCCCUGGGAUGCCUCACCACACCCAGGUCUCUUCCUUUGCUCUGAGGUCCCUUCAAGGCCUCCCCAAUCCAGGCCAAAGCCCCAUGUGCCUUGUCCAGGAACUGCCUGGGCCAUGCGAGGGGCCAGCAGAGGGCGCCACCACCACCUGACGGCUGGGGACCCACCCAGCCCCUCUCCCCUCUCUGCUCCAGACUCACUUGCCAUUGCCAGGAGAUGGCCCCAACAAGCACCCCGCUUUUGCAGCAGAGGAGCUGAGUUGGCAGACCGGGCCCCCCUGAACCGCACCCCAUCCCACCAGCCCCGGCCUUGCUUUGUCUGGCCUCACGUGUCUCAGAUUUUCUAAGAACCAAAAAAAAAAAAGGAAAAAAAACACAAAACAACAAAAACCAAAAAAAAAAAAAAUCACAAAAACAAAAAAACUAUAAAAAAGAAAGAAUUAAAAACUUUCAGAGAAUUACUAUUUACUUUAUUAACUUACGGAUUUAUUAUAUAAAUAUAUAUUCACCUAGCAACAUAUCUCUGCCGUCUCUCCUGCUCUCAUAAUGAAGACAUAGCCGAUUCUCUGCCCGGGCCCCUUGCUGAUGCUCCUCCGGGUCUGCGUCGGGCGUGGGUCUCUGGGGACCCUCCAGAGGUGGAGGUGGGCUGAUGGCCUGGCUGCCUGGUGGUUGAUGGUUUUGCUCCCCCUACCUUUUUUUUUUGAGUUUAUUCUGAUUGAUUUUUUUUCUUGGUUUCUGGAUAAACCACCCUCUGGGGACAGGAUAAUAAAACAUGUAAUAUUUUUAAGAAGGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-839.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -876.14

Frequency: 0.0000

Diversity: 627.21

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((...((.(..(.(((..((((((((((((((.(.(((..........((((.((...((((((((((((.(..(((((.(((..((.((((((.((.((((((((...((((((((..........((((((((((...(.((((((((((...((((.....(((...(((((..(((((.(((((.(((.((..((.(..(((.(((((((((.(((....)))))))...))))).)))..).))..))..)))..)).))).)))))....(((((((.((((.((..(((((................))))).)).)))).....((((((.((.....)).)))).))...(((((..(.((.((((..((.((((............))))...))..)))))))..))))).......)))))))...)))))...)))....))))..)))))))))).))))))).))))))))))))....)))))))).)).((((...((.(((...)))..))....)))).(((.(((......(((...((((((...(((((.((....)).)))))...)))))).))).....))).)))....................)))))).))...)))..(((((((((((((....)))).))).....)))))).(((((.....)))))....(((((..(((((((.((((((...((((.((.(..(((((((...(((((.(.(((((((((((((.............))))))......((((((((((((((.((.(((..(((((((.(((.((......)))))...((.((((.((((...((((........)))).))))..)))).))....((((((((((((........((((.....(((((((....((((....(((......(((((..((...))..))))))))....))))....)))))))))))........))))......((((...((..((.(.((.(((((....))))).)).)))..))...)))))))))))).(((.((((((..(((.....)))(((((((.((((((.((.(((((....))))).....((((...))))......)).)))))))))))))(((((.(.((((.((((((.(((....)))................)))))))))).(((((.((((....))))..))))).........((.((((....)))).))).))))))))))).))).(((((.(((((((((((((((.(((.((((.((.(((((.(((((((((......(((((.(((((....)))(((((((((...))))))).)).(((((((((...((((((((.((((((.......((.((.((.((((............(((((((((.((((....)))).........))))))))).....((((((.((........))))))))......((((((((.(((((...))))).(((((.........)))))...(((((...(((...(((((((.....)))))))...))).))))).)))))))))))).)))).))......(((((((......)))))))...........((((...)))).....))))))..)))))))).)))))))))....)).)))))......)).)))))))..))))).))...)))).))))))))........)))).)))))).)))))))))))).))).)).))))))).)))))))...((((((...................))))))...............................................................(((((.........)))))((((((((.((((.(.((((((((......((((.(((.........))).))))....((((.....................))))....))))))))).))))..))))))))))))))).).)))))...)))))))).)))))))))))))).)))))..)))))......)))))..))))))).))))))...)).)))))))..).))))))))))))))))))..)))...))(((((((((((..((((.....((.(((.((.(((((.((((((((..........))))))))))))).)).))).))...))))..)))))))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((...{{.(..(,(((..((((((((((((((.(.(((...,......((((.((.,,(((((((((((,,(..(((((,(({,.((.((((((.((.((((((((...((((((((..........((((((((((...(.((((((((((..,({((.....({{...(((({..(((((.(((((.(((.((..((.(..(((.(((((((((.(((....)))))))...))))).)))..).))..))..)))..)).))).)))))....{{{{{{,.{{{{.{{.,(((((................)}))).)}.)))|,.{,.{{((((.((.....)).))))|||,{{({{((.|(.((,({((..({.{{,{,,......},..)))),},}},.}}}}|||..}}}))}....,,}))))))...}))}}...}}}....))))..)))))))))).))))))).))))))))))))....)))))))).)).{{(({(((((.{(,.((.{{......}).)).}|)))).}}.,..(((...((((((...(((((.((....)).)))))...)))))).))).....,,,..},.....,,.............)))))).))...})},.(((((((((((((....)))).))).....)))))).(((((.....)))))....{{{{{.,((((({(,((((((...((((,{{.{{{{((((({...{{{((.{,{(({(((((((({...,......,..,})))}..,||.({((((((((((((.((,(((..(((((((,((({{{{{.{{{|{|||{.,,..{{{{.{,,|,.,||||..}}}}}}))||.||,,..,}}}.,,..{.((((((((({{{........,({({{{{{(((((((....((((....,{(....,.(((((.,({...))..)))))})),...))))....))))))},}}}.....,,,))))...,..((((.{.{(..({((.((.(((((....))))).)).)))..))},)))}}))))))))}(((.{{{(({.,(((.....)))(((((({,((((((.{{.(((({....))))).....((((...})))......}}.)))))))))))))|{{{|,|.((((.((((((.,,(.{..,||......,,..,,|,..)))))))))).(((((,((((,...}}}}..}}}}}.........{{.(({,....||||.||}.}}))})))))}.}}},(((((.(((((((((((((((.(((.((((.((.{((((.(((((((((,.....(((((.{{{{|...,|||(,(((((((...))))))).))}|((((((((...((((((((.((((((....{{.{{.,{,({{(|||.....,..,|,.(((((((((.((((....)))).........))})))}})}.,|.((((((.((........)))))))).,....{{{{{{,{.,|{||,|,}}}},.(((((.........)))))...(((((.,,{{{.,.(((((((.....))))))).,.))),))))).|||||||||,|,.,.,,......|,.(((((((......)))))))..,,....},}||||},.}},},....))))))..)))))))).)))))))},...|},.}}}))....,.)).)))))))..))))}.))...)))).))))))))........)))).)))))).)))))))})})),))).)).))))})).))))})).,.{{{{{{..................,)))}}................................................................(((((.........)))))((((((((.((((.,.((((((((......(({,.,,,,{{{,...,})),},,.....,(((.........}}}.,......,,},.....)))))))),.))))..)))))))))))))))}}}))}))...)))))))..}})))})))))))).))))),,)))))},..,,)))))..))))))).)))))).,})).)))))))..).))))))))))))))))),,..))...))(((((((((((..((((.....((.(((.{{.(((({{((((((((..........))))))))))))).}}.))),))...))))..)))))))))))