Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_AF001548.5_0000400

Sequence Length

427 nt

GC Content

0.6183

GAACGCAACUAGAGGAAAGGACUUGCCUUGCAGCAAGAGAGACCUCAGCGAGCCGGGAAGAGGCUCCUCCCCACAGAACUGGGCACCACCCAGCACUGCCCACCACACCACCGCGCCACCUCCUCACCUGCAGCUUGUGGACUUUGUCAUUGAGCUCCGCCCGGGCCCGCUCCCCAUCGCUGCACUUGGACUGCAGCUCCUGCACCUGCGCCUCCAGCUUCUUCUUCUUAUGUUCCACCUCCUGCUUGGCCUGGCCCAGGACCCGCAGCUCCCCGGCCAGAUGGAGUCUCACUCACUGUGUCACCCAGGCUGGAGUGCGAUGGUGCGAUCUCAGCUCACUGCAACCUCUGCCUCCCAGAUUCAAGUGACUCUACUGCCUCAGCCUCCUGAGUAGCUGGGAUUUACAGGCAUGCGCCACCACGCCCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-131.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -139.21

Frequency: 0.0000

Diversity: 115.88

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((.((..(((((((.(((..(((..(((((...(((....)))((((.((((((..(((.(((.......(((..(((((.....)))))..))).........((((.((((.............)).))..))))...........))))))..))).))).)))).......((((((.......))))))..)))))...)))..)))...)))))))..)).)))))(..((((.((((((.((((((..(((........)))..)))))).....((..(((.....)))..)))))))).)))).(((.((((((((((((((((((((......((((.....))))....))))..........(((((....))))).)))))))))).........))))))...)))...)

Thermodynamic Ensemble Prediction

({,{(.,,..{(((({,.((,,,(((..{{{{|},,|{(....)))((((.((((((..({{{(((......,(((..(((((.....)))))..}))....,,{{,,,,{.(({,............,)).)}.,))))....,},....))))))..)))})}).)))).......((((((.......))))))..}||||{{.}||{{|||{{{|},,,,,.....,},,}{.,(,,{.{,,,||.((((((..(((......,.)))..)))))).,((.((..(((.....)))..))))))))})))).|||.,|||||{{((((((((((((,.....((((.....))))....))))}......,{.(((((....))))),})))))))),....{{{..,,))),.,.,}),,,)