Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_AMOTL1_0001200

Sequence Length

1831 nt

GC Content

0.5549

GGUCCCCUUCUGCUUGUUAUAGCCCCAGUAGUCCUGUCCAGGUUCUAGAAGACUCCACCUACUUUUCCCCAGACUUUCAGCUCUAUUCUGGGAGGCAUGAAACAUCUGCUUUGACGGUGGAGGCAACCAGUAGCAUCAGGGAAAAAGUUGUUGAAGAUCCUCUUUGUAACUUCCACUCCCCAAACUUCCUGAGGAUCUCAGAGGUGGAAAUGAGAGGUUCCGAGGAUGCGGCAGCUGGAACAGUAUUGCAGCGGCUGAUCCAGGAACAACUGCGGUAUGGCACCCCAACCGAGAACAUGAACUUGCUGGCCAUUCAGCACCAGGCCACAGGGAGUGCAGGACCAGCCCAUCCUACAAACAACUUUUCUUCCACGGAAAACCUCACUCAAGAAGACCCACAAAUGGUCUACCAGUCAGCACGCCAAGAACCGCAGGGUCAAGAACACCAGGUGGACAAUACGGUGAUGGAGAAACAGGUCCGGUCCACGCAGCCUCAGCAGAACAACGAGGAACUGCCCACUUACGAGGAGGCCAAAGCACAGUCGCAGUUCUUCAGGGGGCAGCAGCAGCAGCAACAGCAGCAGGGGGCGGUGGGCCAUGGUUACUACAUGGCAGGGGGCACCAGUCAGAAGUCCCGAACUGAGGGGAGGCCCACUGUGAACCGUGCCAACAGUGGACAGGCGCAUAAGGACGAGGCGCUGAAGGAACUGAAGCAGGGCCACGUCCGCUCGCUCAGCGAGAGAAUCAUGCAGCUGUCCCUGGAGAGGAAUGGGGCCAAGCAACACCUUCCCGGCUCGGGGAAUGGAAAGGGCUUCAAAGUAGGAGGGGGGCCCUCCCCUGCCCAGCCUGCAGGUAAAGUGCUGGACCCUCGGGGUCCUCCACCUGAGUACCCCUUCAAGACCAAGCAAAUGAUGUCCCCAGUCAGCAAGACCCAGGAGCACGGACUUUUUUAUGGUGACCAGCACCCCGGGAUGCUCCACGAGAUGGUCAAGCCCUACCCUGCUCCUCAGCCUGUGAGAACAGAUGUGGCCGUCCUGCGGUACCAGCCACCCCCUGAGUAUGGGGUAACGAGCCGCCCAUGCCAACUUCCGUUCCCAUCAACCAUGCAGCAGCACAGCCCCAUGAACUUCAGGACCUCUCUUACCAGCAGCCAGCUGGCUGAGGAAAAGAAGGAAGAGAAGACCUGGAAGGGGAGCAUAGGAUUGCUGCUGGGGAAGGAGCACCAUGAGCAUGCCUCUGCCCCACUGCUGCCACCCCCACCCACCUCAGCACUGUCCUCCAUAGCCUCCACUACGGCAGCCAGCAGUGCCCACGCCAAGACAGGCAGCAAGGACAGCAGCACACAGACUGACAAGAGUGCCGAGCUCUUCUGGCCCAGCAUGGCCUCCCUUCCCAGCCGCGGCCGGCUGAGCACGACCCCUGCUCACAGCCCCGUCCUGAAACACCCAGCGGCCAAAGGGACCGCAGAGAAACUGGAGAACUCUCCUGGCCAUGGGAAGUCGCCUGACCACAGAGGCCGGGUCAGCAGCUUGCUGCACAAGCCCGAGUUCCCUGAUGGAGAGAUGAUGGAAGUCCUCAUCUAACUGCCAUCCCUGUGGAAUUUCAGUACAGAACACUGACAAACAAGGAAAGCGGCAGAGAAAGAAGAAAGACCUAGAAGGUUGUAGAUGGGAAAUCAGGAAUGAUUUGAACUGAUAAAGAUUUCAGACUCAUAAGAACACAUUUUAUAAAUGUUAAACACAAAAACUACAUGACUGAAGAUAGAAGAGAAUGCGAUGGAUUUUAUUACACAUGGUGGAAGAGAGAAGAGGCGUGUAGGUUUGCAAACAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-621.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -649.93

Frequency: 0.0000

Diversity: 467.00

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((..((((((((......))).....(((.(((....)))..))).....(((((((........((((((.............))))))(((((.((....)))))))....)))))))...........((((((((((...(((((((.((((((((............................))))))))..(((((((.........(((((..((((.((((.((((.((.....)).)))).)))))))).)))))..(((((((.((((....................((((.(((((...........)))))))))(((((.(((......................((((((.....))))))))))))))....(((((.......)))))............))))...)))))))(((.......)))..((((((....(((...((......))...)))))))))((.......))........((((((((((((........))..((....))......)))))))))).(((((..(((((((..((....))..(((((((.(((((((((((.......)))))).(((((((.((.......(((..(((..((((((((((((.((((...(((.(((..(((.((((((..((((..(((((.(((.(((............))).))).))))).(((((...)))))......))))..)))))))))....((((((..((...))..))..)))).))).)))...))))...)))))))...(((((.((((....)))))))))(((((((........)).))))).)))))(((((.(((.....))).))))))))..)))........)).))))))).(((.....)))..(((((((.((.......((.((((((((......(((((...))).))...)))))..))).)))).)))))))....((((....)))).....(((((...))))).))).)).)))))))....(((((((..(.((.((.((((.....((((.((((((........(((((((..(.(((((......((((((.(.((((((.((..(((((....)))))..........)))))))).).))))))..))).))...)..))))))))))))).))))...)))).))..)))..))))))))))))))..)))))..))))))).(((((((.((((.(((......))).)).))...)))))))....(((......)))........)))))))............((((((.....))))))..((((......))))...((((((((((((((..(((((((((.......)))))..)))))))).............((((((....)).)))).........((((....)))).)))..)))))))..((((........))))((((((((((...))))).....)))))..))))))))))...((((((.((....))))))))..(((((.(((.(((......(((((.......)))))...))).)))....)))))....)))))...))))(......((((((((...((((((....))))))...((((........))))............((((((...))))))............(((((((.((...............(((.(((............))).)))............)))))))))))))))))....)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(({({.{(((({(({,....,{|{,..{{,{{{{{{{,{{|{({({....,.(((((((........((((((.............)))))){((((.((....))))))}....))))))){{......,.,|{{{{((({,.,,((({,{({((({{{||,,,.,,,,,,....,,,,...,,,,..,|||}}})))}|||||||.....{{..(((((..((((.((((.((((.((.....)).)))).)))))))).)))))..||,((((.(((,...}}}}}}},,........{{((.(((((...........)))))))))|||||,||||},.,,....{{{{{{..,..,(((((({{{{{||,,..}|||,||,..,.(((((.......))))).,..,|...,,||||,...}||||,}(((.......)))..||||{{....{{{,..((......))...)))||||||{{{,,{{{.,,........((((((((((,,.,,...,.}}.|{{....}}...,|,)))))))))).(((((..(((((((..((....))..(((((((.(((((((((((.......)))))).(((((((.((.......(((..{{,..((((((((((((.((((...(((.(((..(((.((((((..((((..(((((.(((.(((............))).))).))))).(((((...)))))......))))..)))))))))..{,((,,{(,.{{...}}..}}|}})}}|))).)))...))))...)))))))...(((((.((((....)))))))))(((((((........)).))))).)))))(((((.(((.....))).))))),}}..)))........)).))))))).(((.....)))..{((((((.((..........(((({{{{.,,,|.{((({.,.}}}.}}...))))}..,}).,,}).))))))),,..((((....))))..,,,(((((...))))).))},)).)))))))....(((((((..({({.((.((((.....{(((.(((((,.....,,.(((((((,.{.(((((.....,((((((.(.((((((.((..(((((....)))))..........)))))))).).)))))),}))).))...),.))))))))))))),))))...)))).))..)})))))))))})))))))..))))).,|||}|||.(((((((.(({(.(((......))}.)),))...)))))))....(((......))).,..,||,},|{{{{,....,.|||..,{{{((,,...)))})}{|((((......)))),,.((((((((((((((..(((((((((.{....,))))),.}))))))}...........,.((((((....)).)))).,.......((((....)))).)))..))))))},,((((........))))||||||||{{|..}))))}....))))}..))}))}}}})|.,((((((.((....))))))))..((({{.{|(,({{,,....(((((.......)))))...,)},))}..},)))}).....,.,,...||||(...})))}||||,|}}}{(((((....)))))},,.((((........))))..}},...,...{(((({...,))))}............{{{|||,.||,......,..}}}..}||,,||},},........,,,.)))}},}},,,}}}.,),,)))))),,,)}...,..}