Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_AMOTL1_0002200

Sequence Length

1724 nt

GC Content

0.5110

UUGAAGAUCCUCUUUGUAACUUCCACUCCCCAAACUUCCUGAGGAUCUCAGAGGUGGAAAUGAGAGGUUCCGAGGAUGCGGCAGCUGGAACAGUAUUGCAGCGGCUGAUCCAGGAACAACUGCGGUAUGGCACCCCAACCGAGAACAUGAACUUGCUGGCCAUUCAGCACCAGGCCACAGGGAGUGCAGGACCAGCCCAUCCUACAAACAACUUUUCUUCCACGGAAAACCUCACUCAAGAAGACCCACAAAUGGUCUACCAGUCAGCACGCCAAGAACCGCAGGGUCAAGAACACCAGGUGGACAAUACGGUGAUGGAGAAACAGGUCCGGUCCACGCAGCCUCAGCAGAACAACGAGGAACUGCCCACUUACGAGGAGGCCAAAGCACAGUCGCAGUUCUUCAGGGGGCAGCAGCAGCAGCAACAGCAGCAGGGGGCGGUGGGCCAUGGUUACUACAUGGCAGGGGGCACCAGUCAGAAGUCCCGAACUGAGGGGAGGCCCACUGUGAACCGUGCCAACAGUGGACAGGCGCAUAAGGACGAGGCGCUGAAGGAACUGAAGCAGGGCCACGUCCGCUCGCUCAGCGAGAGAAUCAUGCAGCUGUCCCUGGAGAGGAAUGGGGCCAAGCAACACCUUCCCGGCUCGGGGAAUGGAAAGGGCUUCAAAGUAGGAGGGGGGCCCUCCCCUGCCCAGCCUGCAGGUAAAGUGCUGGACCCUCGGGGUCCUCCACCUGAGUACCCCUUCAAGACCAAGCAAAUGAUGUCCCCAGUCAGCAAGACCCAGGAGCACGGACUUUUUUAUGGUGACCAGCACCCCGGGAUGCUCCACGAGAUGGUCAAGCCCUACCCUGCUCCUCAGCCUGUGAGAACAGAUGUGGCCGUCCUGCGGUACCAGCCACCCCCUGAGUAUGGGGUAACGAGGUGAUUAUCAACUGCAGACGUUUCGUGCGGCUUUUCAAAAUUCAAUAGUCAUGUUAUUAGCAUUUAUUAUUUUCAGAGCAGAUUAGGUUUUUGUCAUCAGGCUUUUUUCCUUAUGCAUGAUAUUUAAUAAACCACUUUGUGGCCAGAAUAUAUAGGGUGAAAUAGAGUAGAGGGCAACUGAGGGAUUUUCUCCAAACAUAGCAGCAGGCAGUUGGGGAUUUAUGAGUUUAGGGGAGGGACCUCACUUGUUAGCUGUCCUUGGGAGCUCUGCCUAGUGGCCUGGCAAAGUAGCAAUUUUCCAAUGGCUUUGUGGAGACCGUCCAAACUCCUGGAACAUAUUAUUACCAGAGGGUUUUAUAGUCUUUUUUCAUUGUAGAUUUUAAAGGAAAAUGUAGUCUGAAUGCUAGAAUGGAGGAGUUAAAGGGACUGUAGAAAUCACAUAGUCCCAUCCCUCACUCAACAGAUGAGAAACUAAAGCCUGGAGAGAUUAAUGAAUUUCAUAGACACAACUCUGAGGCAGCUGGGGGCUACACUCAAGUAUCCUGACUGCCAAAAUCUAUUCACUCCCUUGCCCUAAUUCUUCCUACAGCCUUCACUUGUAUUCUUCCAGUUGAUUGAUGGAUUCAGCAGCACCUACUGAGUGUAUGCUGUACUCUGAAGCCCUGUUCCUGGUUCAGAGAUGGGGUCCCUGCCCUUCAGGACCCUAUAGCAUUGUCUUGGAGGAAACCAGCAUCUGAACAGAUCAUUGCCAUUCAAUGUGCUGUUCUAGGAGAGAAAUGGGCCGAGGAUGCUAGGGUAACAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-573.00 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -602.45

Frequency: 0.0000

Diversity: 361.28

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(.((((((((((............................)))))))(((((((((...((((((.(((((..((((.((((.((((.((.....)).)))).)))))))).)))))..((.((((.(((....)))))))))..........(((((......)))))((((((((((((.((.((((((........)))).........((((((.....)))))).....((((((.(((((.......)))))....(.((((....((((.(((....)))............((((((....(((...((......))...)))))))))((((((((...........))))..))))((.(((((...((((((...((...(((.((.((((((.(((((((((.(((((.((....)).)).((..(((((((((((((.......)))(((.((.....)).))).....((((........))))))))))))))...))(((((...........)))))....(((((.(((.(((............))).))).))))).(((((...))))).......))).)))))))))...)))))))).)))...))....(((((((......))))).))....))))))...))))).))((((((((((((((((((((((((.(.((..((..(((((((((((.((((((.(((((..(((((............(((...((((((..((((............(((((((((..........((((.....)))))))...))))))....(((((((..((((((((((....(((((.((((....))))..(((((.((((...)).))..)))))...)))))...))))))..).)))))))))).))))..))))))...)))((((..............))))(((((...)))))((((((...(((..(((....(((.....(((....)))......)))..))).)))....)))))).((((...))))............)))))...))).)).))))))..)))))))......)))).)).)).).))))))...))))............)))))))))).)))).))))...)))).))))))).)).)).))).)))))))))............((((((..(((((((((((.....))))(((((((((............)))).)))))........((((((((((.(((..(((...(((........))))))..))).)))))))))).....((((((((.(......)))))))))....((((.((....))))))....)))))))))))))..........))))))...)))..))))))(((((.(.((((.(((......))))))).))))))........))))((...((((((((...(.((((.(.((((((.(((.(((((((((((..(((.((((....((((((((((....).)))).)))))..(((((((.((........)))))))))(((((((((.((.....)))))))))))..))))))))))))))))..........((((((..(((((.....)))))..)))))))).))).))...)))).))))).).)))))))).))

Thermodynamic Ensemble Prediction

,{((((((((((............................)))))))(((((((((...((((((.(((((..((((.((((.((((.((.....)).)))).)))))))).)))))..{{.((((.(((....)))))))}}..........((((({....,)))))((((((((((((.((.((((((,,((({(.((((((.......{(((((.....))))),{{({.{{{..,.{((((,.....,|||||.,,.{{...,,|,,,.,|.,|||,.}}}}}........,..((((((....(((...((......))...)))))))))((((((((.,.........))))..)))),,.{{,.,}}}||||{,...((...,{,}|,.{((((({(((((((((.(((((.((....)).)).{{,,(({((({(((.,{...,{{.,.((((,.((..,,}},||},....((((........))))}}}}}))))),..)){||||,..,,.,..,,)))}),,..(((((.(((.(((............))).))).))))).(((((...))))).......))).))))))))))))))),..||{|||{..,,....({(((((......))))).))....)))))),..))))))))((((((((((((((((((((((((.,{(...((,.((((((((((((((.(((.....))).))))).....{{(({.{{,..,{{{{{,..,,{{|.....}}}...(((((((((..........((((.....)))))))...))))))......}))))..(((((...((((((.(((.{(((({...||||..{(((((((,{{{{((({{{.|,,{{(((,.......)))))..,..)))|.......})))}})}}|,..,,}}}|{{{,,.........,|,||},{((({...,)))}{{||{|.,,{{{,,||{....(((.....(((....)))......)))..))).))).,..}})})},||||,,,)))),,,.....}})))),))}....)))))))))))..,,)))))......)))).}).},}).))))))...))))............)))))))))).))))........)))))))).....)).)).))).)))))))))...........{((((((..(((((((,((({{{..|,,{(((((((((..........,.)))).)))))}..,.}}}||{(((((((.(((..(((,..{({........))))))..))).)))))))}}|.....((((((((.{......,))))))))....(((({((....),))))...,}))))))))))))}.,,......))))))...)))..))))))(((((.(.((((.(((......))))))).))))))........})))((...((((((((...(.((((.(.(((({{.{({{{.(((((((({..(({,((((....((((((((((....).)))).)))))..((((((({((........)))))))))((((((((({((.....)))))))))))..)))})))}))))))))...,,..,{{((((((..(((((.....)))))..)))))).))),).}}...)))).))))).).)))))))).))