Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_AMOTL1_0003500

Sequence Length

1367 nt

GC Content

0.5457

CCGCCCAUGCCAACUUCCGUUCCCAUCAACCAUGCAGCAGCACAGCCCCAUGUCCUCCCAGACCUCUUCCGCCAGCGGGCCACUGCACUCUGUCUCCCUGCCGCUUCCACUCCCGAUGGCCCUGGGUGCUCCACAGCCCCCGCCUGCCGCCUCCCCCAGCCAGCAGCUUGGUCCAGAUGCCUUUGCGAUUGUGGAGCGAGCCCAGCAAAUGGUGGAGAUAUUAACAGAGGAGAACCGGGUGCUUCACCAGGAACUUCAGGGUUACUACGACAAUGCCGACAAGCUCCACAAGUUUGAAAAAGAACUUCAGAGAAUUUCGGAAGCCUAUGAAAGUCUGGUCAAGUCUACCACCAAGCGAGAAUCGCUGGACAAGGCCAUGAGAAACAAAUUGGAAGGCGAGAUUAGAAGACUUCAUGAUUUCAACAGAGACCUCCGAGAUCGACUAGAGACUGCUAACAGGCAACUAUCCAGCAGGGAAUACGAAGGGCAUGAAGACAAAGCUGCAGAGGGGCAUUAUGCUUCCCAGAACAAAGAAUUCUUGAAGGAAAAGGAGAAAUUAGAAAUGGAGUUAGCAGCAGUGCGGACUGCAAGUGAGGACCAUCGGAGACACAUCGAGAUCCUGGACCAGGCUUUGAGCAACGCCCAGGCCAGGGUCAUCAAGCUGGAAGAGGAGUUACGAGAGAAGCAAGCAUAUGUUGAGAAAGUUGAGAAGCUGCAGCAGGCCCUGACCCAGCUGCAGUCUGCAUGUGAGAAGCGAGAACAGAUGGAGCGGAGACUGCGGACUUGGCUGGAGAGAGAGCUGGAUGCACUGAGAACCCAGCAGAAACAUGGAAAUGGCCAGCCAGCCAACAUGCCGGAAUACAAUGCCCCAGCCCUCCUGGAACUUGUGCGGGAGAAGGAGGAGCGGAUCCUGGCCCUGGAGGCCGACAUGACAAAGUGGGAGCAGAAGUACCUGGAGGAGAGCACCAUCCGACACUUUGCCAUGAAUGCCGCAGCCACUGCAGCAGCUGAGAGGGACACCACGAUCAUCAACCACUCACGGAAUGGCAGCUACGGAGAGAGCUCGCUGGAGGCCCACAUCUGGCAAGAGGAGGAGGAGGUGGUGCAGGCCAACAGAAGGUGUCAGGACAUGGAAUACACUAUUAAAAAUCUCCAUGCCAAAAUCAUAGAGAAAGAUGCUAUGAUUAAGGUCCUGCAGCAGCGAUCUCGUAAAGAUGCCGGGAAGACAGACUCCUCCAGCCUACGUCCUGCCCGCUCCGUUCCAUCCAUAGCAGCAGCUACUGGGACACACUCUCGCCAGACCUCUCUUACCAGCAGCCAGCUGGCUGAGGAAAAGAAGGAAGAGAAGACCUGGAAGGGGAGCAUAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-453.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -476.87

Frequency: 0.0000

Diversity: 208.55

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(..(((.(.(((.((((..((((.......((((..((......))..))))............(((((.((((((.((((((((((.(((((....((((.(((...(((((....(((...(((.(((....)))))).)))((((.((((.........(((((((.(((...((((((((.((.(((((((((.......(((..(.((((......((((...((((..((.((((...)))).))..))))...)))))))).)...)))......))))))))).((((((.......))))))..((((((((....((((((..(((((((..((((.((((((.((((...))))))).....................))).))))..)))))))....)))))).((((....))))..))))))))..........(((((...((....))....)))))......))))))))))...))).))))))).))))))))...(.((((..((((.......)))).)))).)..................))))).))).)))).))))).))).)))).......((((.(...).))))((((((((.((.(((..........)))..)))))))))).....(((((((((((.(((.((((((..((...(((((((.(.............((((((((.((.......)).))))))))).)))))))....))........(((((((((((...((((((..((((((((.(((.(((((.............))))).....((((....((((......)))).))))............(((((((((((((.((.((((.((((((...((((........))))..)))......((.((........)).)).))).)))).)).))))).((((.(..((((.....(((((((...(((.((((...)))).))).(((.(((((................)).))).))).)))))))...))))..).))))))))).)))......((((((.....(.((((.(.((.((((((((.(((.....)))..((.((((((.................))))))))..((((((((.........))))))))..)).)))))).)).)..)))).).....)))))).........)))))))))))...)))).))...)))))))))))(((((((....)))).)))......))))))...))).)))))).))))).))).)))))).)))))......))))..))))...)))).)))..)(...)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(..(((.{.(((.((((..((((..,,...((((..((......))..)))),,......,...(((((.((((((.((((((((((.(((((,...((((.(((,..(((((....(((...(((.(((....)))})),)}}{{{{.((((,........(((((({.(((...((((((((.((.{((((((((..,..,.(((..,.((((......((((...((((..((.((((...)))).))..))))...)))))))).,...))).}.,..))))))))|{(((......}}}}}||||.{.{(((((((.,..((((((,{(((((((..((((.(((((,{((((...)))))))......,,.............))).))))..))))}}},,,})))))).{{((....)))}..))))))))}..}}.},..{((((...,|,,..}}.,,,}}}}),.....))))))))))...))).})))))).)}))))}}...{.{(((,.((({.......}))).},,).}...)))}..........,))))}.))).)))).))))).))),,))).......{{|{,,.....})||((((((((.((.(((.,......,.)))..)))))))))).,,..(((((((((((.(((.((((((..((...(((((((.,.............{(((((((.((......,)}.)))))))))})))))))....)).......{(((((((((((...((((((..((((((((.(((.(((((...,.....,...))))).....,,{(,...((((......)))}.,,}}|,{,........(((((((((((((.((.((((.((((((...{(((........)))),,||}....,,||.{(.,......)).}}.))).)))).)).))))).((((.{..((((.....(((((((...(((.((((...)))).))).{(({(,(({................)).))).,)}.)))))))...))))..).))))))))).))).....|((((((.....(.((((.(.((.((((((((.{({.....)))..((.((((((.................))))))))..((((((((.......,.))))))))..)).)))))).)).)..)))).).....)))))),........))))))))))).,.)))).))...)))))))))))|((((((....)))).))}......))))))...))).)))))).))))).))).)))))).)))))...,,.))))..))))...))),.))),.)(...)