Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ANKRD11_0011600

Sequence Length

2202 nt

GC Content

0.5050

GAGUGAGAACAGGUGGAAUGUGGACACUUAGGGUACGAGGCCAAGAGUGGAGCAUUGUUGUAGGAUUGUGGACCACAGCAGGGAGUGUGAGUGCACGGAUGGGGAUCACGAGGACCCUCUGAUUCGUAGGAUUGUGGACGACAGCCGGGAUGUGGGUGCAUGGAUGGGAUCAUGAGGACCCUCUGAUUUGGGUGUUAGCUGUGUGGUUGCUACACUCUAGAUCGUGCUAUGUGAUGUUUCUUUGGCACCUCAGGCCCCCUUGUUGAGGUUCAGUGAUAUCUGAUGGAGAGGAAAGGGUGUUGGGGUGUUUGUGAUAAGUCGCUGGAUAGGGAAGAGAGGGAGGCAUCUAGGGACCACUGUCUUUAGGAGUUUAAUGAGGGCAAGGAAUGGGGUAGUAGGAGACAGGGCAGCAAUAGUGAUUAAACUUUUGGUACUAAUGGGUUGCAAAUAUGCAUUGGGGGUGAGGAGGCCACUGGUGUUGGACGUGGAGCUUUGUAGUUGGAACGAUGGACGUGCCCUUUGUGUGGGGGUCAUGCAGUCACGUGCUCGGUGGCUUUCAUGCAGUGUCUUCGUAGGGUGGGGAGGGAUGGCAGGCAUUCAGUUGGUGGCAGGUUGUGUUGGGUCCUUUCCAAGCUUUGCUUCAUUCAGGCUUUAAGCAGGACCUGGCCCGUGAGGCACUUGGUGCAGAGUGAGAACACCUCGGCUGUCCCUGGAACUGCAGGGACAGAGGGUGUGUGGCAGGGUGACAAGCGGAGAAGCAGCUGUGGGGGCUGGCGAGAGCCUCUGUGCCCCAGAGUGGAGGAGGAGAGAAGCGGAUGCUCGAGGUUUGAGUGGGAGGCUGUGUGUGAGAAGGGCCCCUUGGUGCUCACUGGACAGGAAGCUGCUUGCUGGGCAUGGCUGUGGCUGGUGGCACUGUCAUUGUGUGUCCAGGGUCCUGCCACAAGGAUCUCAGGGCUUCACUUCACAGCCCUUGAUGGCCUGGCAGCCAGAAUUGAGUCUGUGGGUUUUUUUUGGUUUUUGUUUUUGUUUGAGACGGGGGCUCGCUCUGUCACCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCAUGAUCACAGCUCACUGCCACCUCUGCCUGUUGAGCUUAAGUGACCUUUCCUUCUUAGCCUCCCUGUCAGCUGGGAGUACAGAUGCUUGCCACCACACCCGGAUAAGUUUUGUGUUUUUUGUAGAGAUGGGGUUUUGCUAUGUUGACCAGGCUGGUCUCGAACUCCAGGGCUCAAGCGAUCUGCCUGUCUGGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUAGGGGCGUGAGCCACUGCGCCCGUCCACCUCAGUGUUAAACUGUUUAGAUGCAGCUGUCACAGAAGCUUUAGGAGAACCUCAUCUGUUUUCAUAUUAGAAGCUGUUUUCUUGUUCUCGACACUCUGUAUCCCAAUAGCUCAUUCAUGGAAAACACACCCAAUUAGGGACUGAUCAAGGAUUUUCUACCCACUGCCUUCAUGAAAUGCAAUUGGAAGUCCUUUUUAAACAGUUUUUUUUUUUUAAAGAUGGUGGUUCUAAGUGUGGAUCCAUCUGAAGAACAAAACAAAGCUUCAUAUUCUCUUAGGCAGGAACAUAUACUAGGCUGGUUUUUUUUUUUUUUUUUUUAACAAAAAAUUUUUUUUUUUGUUUUUGUUUUUGAGACGGAGUUUCGCUCUUGUUGCCCAGGCCAGAGUGCAAUGGCACGAUCUCCGCUCACCACAAUGUCUGCCUCUUGGGUUCAAGUGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCUGAGUAGCUGGGAUUACAGGCAUGCACCACCUGGCUAAUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUCUCCAUGUGGGUCAGGCUGGUCUCGAACUCCUGACCUCAGGUGAUCUGCCUGCCUCAGCCUCCCAAAGUGCUGGGACUAUAGGCGUGAGCCACAGUGCCCGGGCUCAAAAUCGUUUUUUUAAAAAAAUACAGUUAUUUCCUGAUUUUAUUGAAGAGGAUGUUGAGAUAUCAGAGUAAGAAUUCAGGUGUCAGGCAGGACAUUGUCCCUGUGCUUGUGGUUAUUGCUGUCUUUGUUUCCUGCUUCAGAGUAGCCUGAGCAUUUGGAGGACGGAUCAUCCUCAGCCUCUGUGGCUCCUUGGGGCUGGGGCACUGGUCCUAGGUAUGUUUGCAGGUUGGGGUGGAGGAUGAUAGUGACGUCCAUGAGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-795.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -834.90

Frequency: 0.0000

Diversity: 491.58

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((.....((((((((((((...(((((..(((.....)))..)))))..)))))..((((...((((((.((.((((.(((((..((((.(((.(((...(((((((..((((((...((...((((((((((((..((((.(((((..(.((((.((((........))))...)))).)...))))).))))....((((((...))))))...(((((((((((((((((...((...(((((((((.((((.(((.((.(...((((......))))).)).)))...))))..)))))))))...))...)))))(((...(((..(((((.(((((..((.(((((((((((((((((((((((((.((((((((((....((((((.((((..(..((((((((.(((......))).)))...((((((.((.......)).)))))).(((......)))....(((((...(((((((((.....(((((...(((.(.(((((((((.....))))).))))).)))(((.((.(((((((..((((((...(((((.(((.....((((((.....((((((..........((((((((((.(((((((((..(((((...((((((((((((((((.....))).)))))...)))))))))))))((((((....((((((.....(((((((((......))))))))).((((((((((((((.(((((.(.((((..((.(((.(((((((.(((....)))...)).))))).))).(((((((((((..((....(((((((((..(((((((.((((.(........).)))))).....((((((.((((..((..(((.(((((((((..((((((((..((((((((.......))))((((.(((((((......)))))))..))))..)))))))))))).......))))))))).)))..))..)))))))))).......((((((((((((.....)))))))))))))))))....)))(((((.((((.((((((((.((....)))).))))))...)))))))))))))))....))...))))))))))).)))))))))))).(((......)))...))))))).)))))))...........)))))))))))).....(((((((.((((.(((.....)))))))...))))))))))))))))))))))))))))))))..))))))....))).))))).....))))))))))))).)).)))......((((.....))))....(((((((.((((..((((....(((((((((..(.((((.........)))).)..))))))))))))).))))..)))))))))))))))))...))))...))))).(((.....))).))).))..)..))))))))))....))))..................)))))).))))))..........))))))))))))))))))).))......(((.(((.(((((((((....(((((.((((..((((....))))..))))...))))).....................(((((((((.....)))))))))))))))))).))).)))))))).)))))....)))...))).......)))))))))))).......))))))).))))).))..))))))..)))))))))))))))))..))))).....)))))).))))))...)))))))))))(((((..........))))).(((((.((.((..(((....)))..)).)).)))))..))))(((((.(((.((.((((.((.((((((((((..((((((((((((((....(((....))).((((((((.(((((...........(((((.(((((.(((.......)))))))).)))))(((((((....((((((.((((....)))).))))))(((((((((...))))...)))))..........((((((((......((((.(((......)))))))....))))))))..)))))))((((.....)))).....))))).)))))))))))))).)))).)))).)))))))))))).)))).))..))).)))......))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((.....((((((((((((...(((((..(((.....)))..)))))..)))))..((((.,.((((((.((.((((.(((((..((((.(((.(({..,(((((((..((((((...((...((((((((((((..{{{(,((((,.,,.({{{.({{{,......|)}}}.|.)))).},,,}}}||{||||(({.,,,,,,..})))))),).(((((((((((((((((...((...(((((((((,(((({(((.{(.,...((((......))))..,,})))...)))).))))))))))...))...)))}|(((...(((..(((((.(((((.,((,(((((((((((((((((((((((((.((((((,....,{{(((((({.(((((((..(((.(((.(((......))).))).,.((((((.((.......)).))))))......((((((((((((....{.((((({{(((....}}}}...,,,...,.(((((((((.....))))).))))}..}))))),))))))))))))).)))..))))))),,,(((({((((({{{({,{{(,{{{,.{,(((,.{.|||{{{}||||{{|||||,,,,{{||,,,))},....,||||||..,},)})})))),,(((((((((..(((((((((((((((((((......(((((((((......))))))))).((((((((((((((.{{((,,(,(({{..||.(((.((((({(.(((....)))...}}.))))).))}.(((((((((((..((..,.(((((((((..((((((.{(((((((.,,.,...((((((({....((((((.((((..((..(((.((((((((({{((((((((..((((((((.......))))((((.(((((((......))))))},.))))..))))))))))))....}},))))))))).)))..))..))))))))))........,,,,,,(((((.....))))))))))))){||||{.||||({{,{,||,||||||,|||.|,..},)))).,,)),))),})).)))),,))))).,..))...))))))))))).,}))))))}))}.{{|,,.,..)))...))))))),,))))))(((..((((((..{{.......(.((((((((((((.(((,({{(((..{(((({(({.{{{{....{((((((.(({.......})).))))))|((({......}))),..,.((((((,......})))))).}...,..||||,....}}})}},}))}.))))})))},,..,}}..))).)))))))))))).)......},..))))))..,})}.))))))}..,))))))))..))))..)))...))))))......,,|||,,,,.))}.})).}},....))))))))))}))))))}}}}......,...,,...}})))).))))))..........))))))))))))))))))).,,..,,,.(((.(((.(((((((((({..(((((.((((..((({....})))..))))...))))).}},.................{((((((((.....)))))))))})))))))).))).)))))))).)))))....)))...)))}...,}.)))))))))))),,},,..))))))).))))).))..))))))..)))))))))))))))))..))))).....)))))).)))))).,.)))})))))))(((((..........))))).(((((.((.{{.,{((....})}..}}.)).)))))..))))(((((.(((.((.((((.{(,((((((((((..(((,((((((((((....(((....))).((((((((.(((((.,.,.,.,{{{(((((.(((((.(((.......)))))))).)))))||||||{,{,.((((((.((((....)))).)))))).{{{{(({{..,||||||||(((({.(((((((.(((.....{,.....||..)))))))))))))))),..}}|}|}}},..}})))))((((.....)))).....))))).))))))))))))))},))).}))).)))))))))))).)))).))..))).)))......))