Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ANKRD11_0012400

Sequence Length

2287 nt

GC Content

0.4456

AGUUCUGUUUCUGUGACUUCAGGGGACAUAUGACCAUCCCGAUUGUGGUGGGUUAUUAAGGCUGUGACAAGUCACAGGUGGCUUUAGGGAUGUCAAAGAUAGGCAAAGAUAGGUUCAUUUGAAUUUGAUUUCAUCUUUUGAGAAUGGGUUGGUAUACCUGAAAUUGGCUUUGUAGUUUUGGUAUUUUGAUGUGAGAAGGCAUUGGCUGAAUUUUUUUUGUUCUCAUAAUUUGCAUAUUUUCUGUGUUUUCUCCAUUGUUUGGCUCAGUUGUUUUCUUUUUCUUUUUUUUUUUUUUUGAGACACAGUCUCGCUCUAUCACUCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGUGAUCUUGGCUCCCUGCAACCUCCACCUCCCGGUUUCAAGCACUUCAUCUGCCUCAGCCUCCCAAGUAGCUGGGACUACAGGUGCCCACCACCACGCCUGGUUAAUUUUUAAAUUUUUUUAGUAGAGACAGGGUUUCACCAUGUUGGCCAGGCUGGUCUUGAACUCCUCACCUCAAUUGAUCCACCCACCUUGGCUUCCCAAAAUGCUGGGAUUCCAGGUGUGAGCCCCCGCACCUGGCCGGGGUCAGUUGUUUUCGUGUUCCUUAUCCCUCUUUAAACUUGGGAGAGCAUUUUGUGUUUCGUGGAGAUAUCACAGCAUAGAACAGAAUUUUGAUUGUAAUUGUUUGUUGUUGACUUGCUGUAGUACUGUUUUCAGACUUCCAGUGUGAACGAUAAAAGAUUAUCUUAAAAUUUUAGGAAAAAUUAUCUUUUGUGUGGGUAGUGAAUAAAUAAUUAGCAUUAAUGUUACCGAUGUCUUCUACCUAGUUCUUUAUCAAAAUUCUUUUCCUGACUGCAAUAUUUCAUUUUAAUAGAGAAUAAUUUUCAUGUGAAACUGCUUGCUUUAUAUUUUCUUUCUGGUUGCUAUAGAAACAGUGCAGCGUGGUGGGUUACGGGGCUUUCAUGAGGGAGCUCUCUGGGAGGCAGCAGUCACCUGGUGAUGAGGGAGGGGAAUGGAAUUGUCUUCUUUCACAUCCCAGCUUGGCCACGGAGCCUCAGGAGCUGCAUCAUCAGAAUGAUUGGAUUUUCUUGUCCCUCCAGCUUAAAUGCUGUGGGCUUUGUUCUCCAGUGGAGUGGUCAUUGCCUUUUUUCCUACCUGUGAGUUAGUCCAUCUCUCCAACCCACUGACGACCCAAGAGCUCCCCAGCCUUUCUCUGCCCGUCACAGUCAAGAGGGUCUGUUGGAAAAUUACUGACUGAACAACAGAUGCCAGAGAUUGCCCUGAAUUGUGGAAGUCCCGGCUGCCACCCCCUUACUUGAGGUCCUCAUCUCACUGCACCAGCAGGGGUGAGGAGAGGGCAGGGGUGGCCCUGCACAAAGCUGGGGAAGAAAGGAGGCAGCUCCCGGCCAGGCAGGGCCCAGCUUUCCUUCUAGAUCAUCAGCACAAAUUUGCGUUUGAAGAUUUAACUUACAUUUUAUUUUUUUAUUUGGAUGAUACAUGUGUAAGUUUUGGGAUGUUAUGCAGUGUUCUGAGGAUUGACGUUGGUGGCAUAUGUAACCUUGAAGGCAGCAUUUUGUUAAUUAUAAAAAACUUGGAAUAUAGUGAUUGAGUAUGAAAUAAUUGAAGCUGUGAGUUCAGUUAUGAAGAACUUGGUCUCGGAGUCUCUCUGAGCUUGGGAGGCUGCCUUGGUCUCAGUGGGGUUGGCAUCAUGUGUGUUGGUGGUAGGUUGGAAAGAGCAUUUGGAGUUCUGAAGAGUGACCUGUGCUGCCUUUCUGGCAACCAGUCAUUAUUUGUGCAUGGAAGGAAGUAGCAUGGAUGAAAGCUUUUCUUUCAAAUGGGAUGAUGUGUGGGGGUAUAUUUCUGGUCUUAAAUUUUUUUUUUUUUUUUUACAUAAGGUAGAGACAGGGUCUCACCAUGUUGCCCAGGCUGGUCUCAAGGUCCUGGGCUCAGUCAUUCCUUCCACCUUGGCCUCCCAUAGUGCUGGGAUUACAGGCAUGAGUCACCAUGCCAGGCCAGUGUAUUUAUUUUCUACUGCUGUGUAACAAAUUGACACACAACACAUUUAUUAUCUCACAGUUUCUGUGGGUUGGAAGUCUGGGCACAGCUUAGUGGGAUCCUCUGCUCAGGGUUUCAUCCGGUUGCAAUCUAGGUGUUGGGUGGGACUGUGAUCUUAUCAGAGGCUCGAGUGGGGGAUGGUGUGCUUUUGAGCUCUUUCAGGUUGUGGCAGAAGUUAUCUCUUGCUGAUUGUGGGACGCAAGUCUUUGUUUUCUUGUUGACUGUCCCUUGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-730.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -777.48

Frequency: 0.0000

Diversity: 673.99

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((.....((((((((((((.((.....((((((..(((....).))..)))))).....)).)))..))))))))).))))((((((((((((((((.((((((((((((((((....))))))..(((((.....)))))..((((......))))((((((((((.(((..((((.((((....)))).)))).)))..)))).))))))..((((((((((((((.(((((.(((((((.......((..((...(((((((............................((((((...)))))).......(((.(((.((((((((((.((.((.......)).)))))))..))))))))...)))...((((((.((((((.(((((((((((((......)))((.(((((...((((((.(.((((((((.......(((((....))))).(((((.(((.(((((((((((((((((((.((.(((((((((((....(((..((.(.((..(((((.(((..(((((......)))))..)))(((((.((((((.((....(((((((((..(((((((((((((((....((((...........))))))))))((((((((..((((.....))))))))))))..((((((((((..((((((.(((((((((.((..((((.(((.(((....))))))..)))))).))))))))).)))))).)))))))))).......(((((((.......))))))).............((((..((((((((((((((.....................(((((((......((((((((((((((.......((((((((.....((.((......)).)).....)))))))).....(((((............)))))..(((((....(((((((((((((((((((((((.((((..((((((((((.(((((((((.((((...(((.(((......))).)))...))))((((((((......)))....))))).)))))))))..))))))(((......)))....((((......))))((((((.....((((((.((((.(((....)))....))))...))).)))..)))))).............))).)..)))))))))))))(((.(..(((((((((.((........)))))(((((((.................)))))))...))))))..)..)))..))))))))))))))....))))).((((....))))((((((((.(.((((....)))))))))))))(((((.((((.(((((((((.....(((((((...............)))))))...)))))).))).)))))))))((((((.(((((.((....)).).)))).))))))((((((((..((((.(((.....))).))))...))))))))..))))))))..)))))).....)))))))))))))))))))))))))......))))))))).((((((.....)))))).(((........)))((((((((.....(((((((((........))))))))).....))))))))....((((((((.......)))))))))))))))))...)))))))).))))).........)))))..)).).))..))).....)))))))..)))).)).)))).))).((((((..(((..(((.......))))))..))))))....))))))).))))).))).)))))..(((.((((((((.(((((((.((((..(((((((.....................((((..(((.(((((...)))))))))))).(((((((((........)).)))))))...((.(((((...(((..(((....)))..)))..))))).)).((((((......))))))))))))).)))).....((((((((((((((..((....(((...((((............((((((...))))))))))...))))).)))))))..))))))).))))))).)).....)))))).))).....)))))))).))))))).))))).))......)))))).))..)).)))))).)))))))))))))....)))).....))))))).)).....))).)))))))))).)))))))))))))))))..))))).))))))..))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((,.....((((((((((((.((.....((((((..(((....,.))..)))))).....)).)))..))))))))).))))({((((((((((((((.((((((((((,{((((....}}}}}},.{((({.....})))}.{((({{((,(((((.(((((((......)))))))))))}...{|,,.(((((((((((((((((((.......{....{{{{,...{{{,{.....}))),..........))))))).))),,)))))))}..,,..............{(((((...)))))}...,}}}}}}}|((.((((((((((.((.((.,...,.)).)))))))..)))))))|((((...(({{(((,,.,.((((((.((((((((((......))))|...((((((.......,,.}||||}{{,..,..,{({{....}}}}}.,},|{{{{(|,...,)).,}}|(((((((((((...,{{,((((((.(((((..(((((((((((((((((..(((((......)))))..}||||{|{(.,,,,,}||}}}}})),))))),|{{{{{{{{{((((((....((((...........)))))))))}..,,((({..,,.(((((((..(((((..(((.(((((((((((.{(((((.{((((((((.((..((((.(((.(((....))))))..)))))).))))))))}.)))))|(((({....)))))}.,,.......,,,...(((((((.{,.....,...(((({....}))))...,}.},..))))))).......))))))))))).))).}}.)))..))))))).....}}}}})))}}}}}|{{{{,,{||}.({{{{{{,{{{{{|....{,..,,|{{,{{,,,}}},..}}.)}))}|.))))))))}.(((((((((....)))))))))(((((.(((....))).))))}.,.}))))))))}},..{{{{...,,}}}})))},,,.)))))))))))}.(((({{((((((((.((((((((.....,,,.((({......)))},..((((......)))).|||{..{{..((((,.,}|||.,{,}}..))),....((((((...((((({.(((((.{{.((((((((((.((.((((((((.((((.(((((((.,{,{{((({.,(,{,.....}},}|(((((((.................)))))))}(((.(.((({.(((......}.)).})))},)))((((({((((,.,{,,||||{((((((({(.((((....))))))))))))|(((((.((((.{((((((((.....(((((({..,........,..||))))))..,))))))))}).)))})))))|{((((.(((({{({....||{|||}}}.}}}}}|((((((((.,((((,{{{.....))).))}}...))))))))}...}|||||,,,,||{|||,||||,},||.,,,,,{|{|{||.,{||.,||,..{|||{{||,|{{|||,....)}}})}.{|||.||.....,.((((((((.,...(((((((((.,,...,,))))))))).....))))))))||{|||}{{|||,,.....))))))))))))),})))))))))))}))))}||.}}}}}},,))))),)))))))...)))).))))).)}},,{{{,{{{,||{(({({(((({{{{,}|||.}|||,.,...,}})})}..}})))|,,})))}}}}}.,,,|,)})))))}}},,..{((((((((({((({{(({({(,..(((((((..,,.................{{{{..(((.(((((...)))))))),}}}.(((((((((........)).)))))))...{{.{,((({..(((..(((....)))..)))..)))),.}}.((((((......))))))))))))).}})}.,,,.,}},,.||.{((((.......},,)))))},)))),..})))))))}..},,,).))))))))))))..)))))..)))))))))))},(((((({((,{((((((((((({{{,(,.,{,,,.,.,))))))}))))}}))}.....,,)))))))})}))))))))))))))))))))))))))...}))))).))))))}}........})))))...))))).}}..))))))))))))),.,)))).))))))..))