Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ANKS1A_0007100

Sequence Length

938 nt

GC Content

0.3742

AGCUGUGGCAGUAGAGUCAUGGCGGGACCAGCAUUUAGAAAGUUUCUUUCACUCUUUGACUGAAUAUUGGUUGAAAGGAGUGCAGCUGAAACUGUAACCAAAGGAGGCAUUAUGCCUCCAGGAAAAUCUCAGGGAGAAGUAUCACAAGCAGCAGUGGUAGCUGUUGGAUCAGGCUCUAAAGGAAAGGGUAGAGAGAUUCGACCAAUUAGCGUGGAAGUUGGAGACAAAUUUCUUCUCCCAGAAUAUAGAGGCACCAAAGUAGUUCUAGGUGACAGGAUUAUUUCUUAUUUAGAGAUGGUGACAUUCUUGGAAAGAAUGCAGACAGAAAUAAAUCACUAUUGAAAUGGCAUCACGUGAAGCUGCUCCUUCCACUGAAGUCCUAAAAUAUUUCAUAAUAUAAUUUCCAUGUCUUUCUUUAUAAUAAACUAAAUUUCUAAAUUUUAUUUUAAACUUUCUUUAUAAUAAACUAAUGAUAUAUAAAGUAAUGGCAUCCAGUGUCUCUAAAACUUUGUUUUUCUGCACUGAUAUAGACAUCUCCAAAUAAAAAUAUGUAAAUUUAACAAAAUUAAAAAUCCAAAACUUUAAGCCUUUCCCACUUCCUACUAUAAGAAAGAAACCUGUUCUCCCUUCAUCAAGCUGGCAGUGUCCUCAGCAUCUCAGCUGUGUGUUCCUGCGGCAGAGUCUCCUUUUGGUAUGUCUUUAUCCUCUGUCUCUUGCACAGUGUGAUGUACCCACAGCACACACACACAGCACCAAUUAACAUCUGAGAUAAAUACCUUGUAGGAAUAACAAAAAUGGCUUUCUGGUCAUAUUGUGGUUUGAAUGGAUAAAAAGUUUGUGAUGACCAGAUUAGCCUCUCACCUGCCUUUGAAUGGGAUUAAAGUUUAUGAAAGAGAAAACCACAGAAGGCUGUUUGUCUACUUAGCAUAAACAUUGGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-217.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -236.02

Frequency: 0.0000

Diversity: 273.36

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.(((((((((..((((.((.((.(((((............((((((...((((((((((((((...))))))..)))))))).....))))))...((((((((((((....((((..((((((......((((((((...............(((((((..((.(((..(((((.(((((....((((...(((((((.....(((((.(((((((..(((((.........)))))((((...(((((((((...(((((((.((.((((...(.(((((((.........(((((((((((((((...)))))))..............)))))))))))))))).)))).)).))))))).((((....)))).......(((((....))))).......(((((.(((((((((............((.....((((((.((((.....)))).)))))).....))..))))))).)).)))))...)))))))))....))))..))))))).)))))...)).)))))................(((((....)))))....))))....)))))))))).))).))...)))))))..............)))))))).(((..((((((..((((.....)))).))))))..))))))))).))))..)))))).))))))..)))))...))..)).)))))))...(((((.(((....))).)))))...)))))).(((((...((..(((((......(((...)))............((((.(((((((((.....(.(((..........))).).....)))))))))..)))))))))..))(((......)))......(((((((.((((((.....((((....))))...))).)))..)))))))))))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

.(((((((({..{(((.{{.((.((({(.,,.........((((((.{{((((((((((((({...}))))),.}))))))).}}..))))))...{(((((((((((....((((..((((({......((((((((..........,,,,.{{{{{{|,,||,(((..(((((.(((((....((((.{.(((((((.....(((((.((((({|,,(((((......,,,)))))|{{,...(((((((((..,(((((((((.{....}})))))))}}.,.{((({(((((({{{.(((((({...|)))))),{{{{{{{{{,...,,..,,.{(({{{(((.(((.((((((......)))},))))).)))......,}))))}.,..,,.,}}}}.,||||},,||{{,,,....,,,..,}}|}}}}},,{{{{{.{{{,....,||||.|}}},,.....}}..}}))))).},,||,,.,}})))))))))....,,,),,})))))).)))))...}}.))))),...........,,,..,{{{.,...,,}}....))))....)))))))))).))).}}...}}}}}}}..,..,,.......)))))))).{{{..((((((..((((.....)))}.}))))),,}}}}))))).)))),,))))))}}}}))),.)}}},..,)),,)).)))})))...(((((.(((....})}.))))),}.)))))).(((({......,{((((|..,,.{{{,,,}}}............((((.(((((((((.....{.(((..........))).}.....)))))))))..))))}}}},..,|{(({{...,||,.,,...{(({{{{.{{{{{|...},|{{|,,}}))))}}|))).}}},,}))))))})))).