Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_APP_0003200
Sequence Length
1684 nt
GC Content
0.5249
GUCUACCCUGAACUGCAGAUCACCAAUGUGGUAGAAGCCAACCAACCAGUGACCAUCCAGAACUGGUGCAAGCGGGGCCGCAAGCAGUGCAAGACCCAUCCCCACUUUGUGAUUCCCUACCGCUGCUUAGUUGGUGAGUUUGUAAGUGAUGCCCUUCUCGUUCCUGACAAGUGCAAAUUCUUACACCAGGAGAGGAUGGAUGUUUGCGAAACUCAUCUUCACUGGCACACCGUCGCCAAAGAGACAUGCAGUGAGAAGAGUACCAACUUGCAUGACUACGGCAUGUUGCUGCCCUGCGGAAUUGACAAGUUCCGAGGGGUAGAGUUUGUGUGUUGCCCACUGGCUGAAGAAAGUGACAAUGUGGAUUCUGCUGAUGCGGAGGAGGAUGACUCGGAUGUCUGGUGGGGCGGAGCAGACACAGACUAUGCAGAUGGGAGUGAAGACAAAGUAGUAGAAGUAGCAGAGGAGGAAGAAGUGGCUGAGGUGGAAGAAGAAGAAGCCGAUGAUGACGAGGACGAUGAGGAUGGUGAUGAGGUAGAGGAAGAGGCUGAGGAACCCUACGAAGAAGCCACAGAGAGAACCACCAGCAUUGCCACCACCACCACCACCACCACAGAGUCUGUGGAAGAGGUGGUUCGAGAGGUGUGCUCUGAACAAGCCGAGACGGGGCCGUGCCGAGCAAUGAUCUCCCGCUGGUACUUUGAUGUGACUGAAGGGAAGUGUGCCCCAUUCUUUUACGGCGGAUGUGGCGGCAACCGGAACAACUUUGACACAGAAGAGUACUGCAUGGCCGUGUGUGGCAGCGCCAUGUCCCAAAGUUUACUCAAGACUACCCAGGAACCUCUUGCCCGAGAUCCUGUUAAACUUCCUACAACAGCAGCCAGUACCCCUGAUGCCGUUGACAAGUAUCUCGAGACACCUGGGGAUGAGAAUGAACAUGCCCAUUUCCAGAAAGCCAAAGAGAGGCUUGAGGCCAAGCACCGAGAGAGAAUGUCCCAGGUCAUGAGAGAAUGGGAAGAGGCAGAACGUCAAGCAAAGAACUUGCCUAAAGCUGAUAAGAAGGCAGUUAUCCAGCAUUUCCAGGAGAAAGUGGAAUCUUUGGAACAGGAAGCAGCCAACGAGAGACAGCAGCUGGUGGAGACACACAUGGCCAGAGUGGAAGCCAUGCUCAAUGACCGCCGCCGCCUGGCCCUGGAGAACUACAUCACCGCUCUGCAGGCUGUUCCUCCUCGGCCUCGUCACGUGUUCAAUAUGCUAAAGAAGUAUGUCCGCGCAGAACAGAAGGACAGACAGCACACCCUAAAGCAUUUCGAGCAUGUGCGCAUGGUGGAUCCCAAGAAAGCCGCUCAGAUCCGGUCCCAGGUUAUGACACACCUCCGUGUGAUUUAUGAGCGCAUGAAUCAGUCUCUCUCCCUGCUCUACAACGUGCCUGCAGUGGCCGAGGAGAUUCAGGAUGAAGUUGAUGAGCUGCUUCAGAAAGAGCAAAACUAUUCAGAUGACGUCUUGGCCAACAUGAUUAGUGAACCAAGGAUCAGUUACGGAAACGAUGCUCUCAUGCCAUCUUUGACCGAAACGAAAACCACCGUGGAGCUCCUUCCCGUGAAUGGAGAGUUCAGCCUGGACGAUCUCCAGCCGUGGCAUUCUUUUGGGGCUGACUCUGUGCCAGCCAACACAGAAAACGAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-528.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -560.49
Frequency: 0.0000
Diversity: 542.64
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((..((((((((((((.........))))))((((((((....((((((...........))))))....((((((((((..((((.(((............(((((((..(((.((.(((((((...(..((((((((((((((..((.((.(((((..(((((....(((..........))))))))))))).)))).))))).)))))))))..)..((((........))))....((((((((((.(...((((....))))...).)))...))))))).(((((((.(((((((....))))))).)))))))(((((((((.(((((((((.(((......))).)....)))).((((((....))))))(((.....)))....((((....))))...)))))))))))))..)))).))).)).))).))))))).(((((....((((.(((((.((((((((((....(((...............(((.((((((((.(((.(((((.((((.(((((((.((((((.((((.................))))................((.((((((((((.((((((.(..((((((...))))))..).))))))((.((((.....)))))).....(((...)))((((((((..(((...........)))((((((((..((((.(.((((.....(((((((((((((........))).)))).))))..))......))))).))))..))))))))))))))))))).))))))).))..........(((((.....)))))...(((((..(((......))).))))).....)))))).((((.(((..(((.....))).))).)))).....)))))))...))))((((.(((........))).)))).((((......((((((((..(((((....)))))..)...........(((((..((....))...)))))..((((((....((.......))..))))))...((((((((........)))).))))..(((((........))))))))))))....))))((((((.........(((.(((.(((((((.....((.((((((.((((..(((((.....)))...))..)))))))))).)).....))...)))))))))))..))))))))))).))).)))))))))))(((((.(((((.......((.(((((.............))))).)).(((((..((...........))..)))))))))).))))).)))....)))))))((...((.......))...))((((......))))((((((((....))))))))..))).))))))))))))))....))))))).))))))((((((.((((.(.((...((((..((.(((((......)))))...))..)))).(((..((((((...((.......))...)))))).)))(((.(((.((.(((((......).)))).))..))).)))......)).).)))).)))))).))))(..(((((((((((...)))))..))))))..).)))).)))).))))))..)))((((((........))))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((..((((((((((((,.,(((({{{,{(((.,..|||,,,,.((((((...........)))))){{..((((((.((({{,,(({(,..{,....,}..}||||||}}.,,|}|,.|}}||||...}}}||||{((((((((({,.({(,{(((((..(((((....({{.,.....}}.}}})))))|||||{||..{|||,,.}))))))))}}).{(({(,....{{{}|},....|||,||||||}|},,|,||,.,.))))}}},}))}..,||||||{{(((((((.(((((((....))))))).)))))))(((((((((.(((((((((.(((......))).|....}}}}.{(((((....)))))}(((.....)))....{||{|,,.))})),.)))})))))))))..|||}.,||{{|.|||{{|...,,.,,,{..{{(((,{.((((({.{{{((((((....(((...........{{{.,{{.{(((((((.(({.(((((,(((({((((((,,{(({,{.((((,,(,...,,,.,.....}})).,,,,{.,..({({{{((.{(((((((((.{(((((.{..((((((...))))))..,.)))))|{{,((((.....))))}},,...(((...}))((((((((..(((...........)))((((((((..((((.,,((((,...,,,(((((((((((........))).)))).)))).,},......)))),.))))..))))))))))))))))))).))))))}.||{.,.{{{{,..{(((.{{{{.||||...{{(((..(((,,...,|||,|}}||,....||},,,.((((.(((..(((.....))).))).)))),,,.},))))))...,,,|(((({(((.,......,}}.)}))}}|||}}.,,,((,,,,,,.}||||{..,,}},))..),.}},,,....|||{,}}||.}}})})).)))))..,|||{{....,{..,,,..,,..))))}}...(((({{{{...,,,.,||}|||}|}..(((((..,,,...}}}},))))))),,,.)))}||,|||..,....,.|||}.|}||||||.,.....((.((((((.((((..(((((.....)))...))..)))))))))).)).....}}.}})))))}))))}..))))}}))))).))),)))))))||||{|||,..(((((...,..({.(((((.,........,..))))).}).||,{,..||..}|}}}.,.}))}})))}},}}})})},.},)))....)))))))|...}||..}}}..,)}}}).,{((,,....)))|((((((((....)))))))),})))},)))))))),,,.)}})})))))))})|||{{((((,(.,(((,,.(({{,((,,..{(,({(((.....,))))}...)}..)))..}}}}.)))))}}}..{.{{{{{.,||..,}},,)}))}{((.(((.((.(((((......),,))).}}..))).}}){|{..{{{{,||||||}||,||{|,}|||,{||||,|||||...}))),,,,))))},},)))),.))),,))))))..)))((((((........)))))}.......,
Back