Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_APP_0005000

Sequence Length

266 nt

GC Content

0.4812

AUCAUGGAAUCAUAGUGUUCGCUUGUCUCACGUGUUUGGAAUCUGAUUUCCUACAUAAUGCUGUGCUCUCACUACGAGUCCAAGGCUUCCUGUGGCUACAAAUCCCGGGUUCCUAUCACUUUUCCCAAUGAUGAGCUUCUCCUUGUUGGCCAGAAUCAGCUCUGUGGUUAUGACACACCUCCGUGUGAUUUAUGAGCGCAUGAAUCAGUCUCUCUCCCUGCUCUACAACGUGCCUGCAGUGGCCGAGGAGAUUCAGGAUGAAGUUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-70.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -75.05

Frequency: 0.0012

Diversity: 37.44

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((((.....(((...........)))(((...((((((((((((.(((((....(((.((..(((.....)))..)).)))....)))))....)))))..)))))))...)))..))))..))))).((((((((((.(((((......)))))..((((.(((((((((((....)))))..)))))).)))).(((((..((((...((((((..............)))).))..)))).))))))))).)))))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((((((,.....(((...........)))(((...((((((((((((.(((((....(((.((..(((.....)))..)).)))....)))))....)))))..)))))))...)))..,}}),.})))).((((((((({.(((({......}))))..((((.(((((((((((....)))))..)))))).)))).{{{{{..(((({{.((((((..........,...)))).))..))))}))))))))).)))))).