Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_APP_0007000

Sequence Length

450 nt

GC Content

0.5089

UUAUGUUCUCUUAUUUUUUCCAUAGUGUCCCAAAGUUUACUCAAGACUACCCAGGAACCUCUUGCCCGAGAUCCUGUUAAACUUCCUACAACAGCAGCCAGUACCCCUGAUGCCGUUGACAAGUAUCUCGAGACACCUGGGGAUGAGAAUGAACAUGCCCAUUUCCAGAAAGCCAAAGAGAGGCUUGAGGCCAAGCACCGAGAGAGAAUGUCCCAGGUCAUGAGAGAAUGGGAAGAGGCAGAACGUCAAGCAAAGAACUUGCCUAAAGCUGAUAAGAAGGCAGUUAUCCAGCAUUUCCAGGAGAAAGUGGAAUCUUUGGAACAGGAAGCAGCCAACGAGAGACAGCAGCUGGUGGAGACACACAUGGCCAGAGUGGAAGCCAUGCUCAAUGACCGCCGCCGCCUGGCCCUGGAGAACUACAUCACCGCUCUGCAGGCUGUUCCUCCUCGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-122.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -132.19

Frequency: 0.0000

Diversity: 107.80

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((((((((((((((...((((..(((((.(..(((((.....)))))...(((((..(((......))).)))))....((((....((((.(((..(((.....))).))).))))..)))).....).))))).)))))))))))..))))))).((............((((((((..(((((....)))))..)...........(((((..((....))...)))))..((((((....((.......))..))))))...((((((((........)))).))))..(((((........))))))))))))...(((((.(((((.........(((.(((.(((((((.....((.((((((.((((..(((((.....)))...))..)))))))))).)).....))...)))))))))))..))))))))))....))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(,{((((((((({{,..,{({{..(((((....(((((.....)))))...(((((..,{|,,,..,|||{|}}||,...,,,,....((((.(((..(((.....))).))).)))),,}}),,,}},).))))).}}))}}}})}}..))))))||,|,,,,,,.,.{{{((.,,,,,.)||||{.,}.}},}})(((((.{,.....(((((..((....}},,.)))))..((((((....{{.......}}..))))))...((((((((........))))||)))..(((((..,,,...}}}},}}}))))),.{(({{((((((....,,,{.{{(.{(,{((((,,(.....((.((((((.((((..(((((.....)))...))..)))))))))).)).....},.},))))})))))),.))))))))))})))))