Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_APP_0011500

Sequence Length

1949 nt

GC Content

0.3930

UUGGUGAGUUUGUAAGUGAUGCCCUUCUCGUUCCUGACAAGUGCAAAUUCUUACACCAGGAGAGGAUGGAUGUUUGCGAAACUCAUCUUCACUGGCACACCGUCGCCAAAGAGACAUGCAGUGAGAAGAGUACCAACUUGCAUGACUACGGCAUGUUGCUGCCCUGCGGAAUUGACAAGUUCCGAGGGGUAGAGUUUGUGUGUUGCCCACUGGCUGAAGAAAGUGACAAUGUGGAUUCUGCUGAUGCGGAGGAGGAUGACUCGGAUGUCUGGUGGGGCGGAGCAGACACAGACUAUGCAGAUGGGAGGUAAGGUGGCCUUUGUGUUCAGCCUCAGAGAUGCUGAAACAUCUUGUAUGGAGUAUUUGUAUCCUGUAAAUUAAUCUUUCUGUUUAUCACUGAAAAGGUCUCUGCCCACUCCCAUCAGAGUCUGCUGUUAUGCAAAAAUCUGAACUAUGAAUUUUUAUGGCAUCCUGUUGAAUUAAUAAUAUCAGUCACCCAUCACAGAGUUAAUUUUAACUAUUUAAUAUUAAACUUGGGAUCAAAAUCCCACUGAUAACUAUCAUAGGUUACUGGUAGUUCUAACAGGGAGUUGAAAUAAUAAUGGCGUUCUGUUUUGGUCAUUAAUUUAAAAAUAUUUUUAAAUGCUCUCUGGGAUUGUCAGUCAUUAGUUUAAGGUGAAUUUUCGUUAAAGGUUUGGUUUGAGAUUUUGGGCGUUCUCUGUGUGGAUGUGUAAGGGUUUUUUUUUGGCCUUUUAUCAUUUCUUUUCCUUCAUAGUGGAAGUCAAAGGCAUUAAUAAAUGCUUGUUAAUUUUUUUUAACUACCUUUGAUUUGUUGAUUGUAAAGAAACCUAUUUUCGCCUCUUUUUCUUAGGGAGCUUAGUCCCGUUACUUCUUACCUGAUUCUCAUUCUUAACUGAAGGCAAACAUCUAUAUUCAAAUCAUAAAAUUAUAAAAUGAGAAUCUUUGGGUUGGAAAUGCCAUCUGGUUCAGGCAUUGAUUUUAUGCUGUCUCAUCCCCCGAAGGGUGAUGAUUGUAUCACUUAUCUUAUUCCUUCAGUAUUCUCUUAGAUGUUCCCUAGAGCUACAGAUUUCCAAACAGCACAUUCAAUAGGAGUUGUAAGUUUAUAAUCGGCAAACUACAGGAUGCUUGUUUUUUUUUCUUUUAAUUUCUGGUGUAAUCUGCUACUAGGGCCCCCAUAGAGUUUAUUGUCUAUAUCAGCUAGAACACUGGGACCACAGUCAUAAACUGAAGGAUCCAGGCAAACUGGGUCAUAUGGUUACCCCCACCAAUUACAGUCUUCAGUGAUGAUGUCACUAUCCAGGUUGAUAUUCAGUUGAAAUGCUAGCCAGCUCCUUCCUAGUUACCUUCAUUUACAUCCCAUUUCAGUACCUGAACACAGUCAUGCUUUAGACUCUGAAAUUCCUUAGAAAUAGUACCAUAAGGUUUAUAGCUUUGAUAUUCCUCUCUGAUCAUGAUCUUCCCUCAUAAUCACCUCCCCAGUUCAGGCUUUUAGUCCAUUAUCCUCUUUUUCCCUGCCUGCCUUUCUAAUCAGGAUGGAAUCAAUGGAUAACCAUUCUUACCUAUUCCAUUGAACAUCCUUGACUUGGCUGAAACCCUUCACAUUUUCUAAACAUAUUUUUGUCAAUUCUCCAUAGCUAGGAAAAAUUAAUUUCUUUCUUUAGUUGCUUCUGGGAUUUCUAAAGUAUCAAGUCAUGUAACCUUACCACUUAAUUCCAUUUCUUAUUCAUGCUGUAACAUCAGCUGGGAUCUUAAUGUUACUAGAUGCACCUAAUUAUCUCUGUCUUGAUGACCUAUCAUCUUCCCCAUAGCAGUUGAUCCAGCCCAACUUCAUUCUCCUUGGUUCCCAGCGUAACUCUCUCUCAUGCUCUACAGAUGACCCCUCCACCGUCAUCCAUUGUGAAUUUCUGCAACAUGGUACCUGACAUUUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-488.19 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -525.63

Frequency: 0.0000

Diversity: 496.56

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((((((((((((..((.((.(((((..(((((....(((..........))))))))))))).)))).))))).)))))))))(((((((.((....(((........))).))))))))).((.((((((..(((((.((...(((((...)))))((((.(((((((....)))))))))))(((((((.((...(((((...((((..(((..(((.((.((((((((((((((((.((.((((((((((((...(((((((((((((((.((.(((((((((((((.....((((((((....((.((((((((((..(((...(((.(((((.((.((.(((.....))))).)).)))))))).............))).....)))...))))))).)).....))))))))..)))))).)))).)))....(((.((.(((((((((((.(((((.(((((((((((......(((((((.(((........(((((....)))))...............((((((....)))))).((((....))))..))).))))))))))).))))))).).........(((((((...........)))))))((((((((....))))))))..(((..((((((.((((.....(((((((((((((........(((((((......(((((((((.((((((.......)))))).))).)))))).....))))))).....(((((((.(..(((....(.((((((((((((((....)))))..(((((......)))))...))))))))).))))..).)))))))......)))))))..........((((......)))).....((((.((((((((((((((............................................))))))))))...)))).))))..((...((((((((((.(((((....((((.(((((((((......)))))).))).)))).................(((((..((((........(((((((((...(((((........((((......(((((((((.(((.....(((.((((..(....)..)))).))).......))).))))))))))))))))))))).)))))).......))))..)))))...((((((((.......(((((......(((((..((((((((((((((.....)))))))...((((.......))))........))))))).))))).......))))))))))))).....((((..(((((..((...))..)))))....)))).............))))).))))))).)))....))..))))))))))))))))..))).......))))))))))))))).)).))).........((((.((((.......)))).)))))).)))))..)))))).....)))).))))))))(((((((..((..(((.......((((((((...((((((((.................)))))))).))))).)))...)))((((....))))..........(((......)))............))..))))))).............((((.(((.((((((((.........)))((((...(((....))).)))).....((((....((((..((((......))))..))))...))))...))))).))).)))).............(((((....))))))))).))))))))..)))))).........)))).)))))..))))))).))))).......)).))))))).((((((.........))))))...........)))))))..))))))))))(....)

Thermodynamic Ensemble Prediction

({((((((((((((((..{(.((.(((((..(((((....({{.,.....}}.)}})))))))))).))}}.)))))}))))))))){((((({{((....(((......,.))).))))))))}.((.((((((..(((((.({...(((((...}))))((((.(((((((....)))))))))))(((((((.{(.{.(((((...(((({((({(({(({((.,,{((((((((((({,.{|,{({(((((((((.,.(((((((((((((((.((.(((((((((((((.....((((((((,...((.((((((({{{{(((({.,(,,.||{||,||,||,|{,.....|||,,.,,.}}})))}}{{,,,..........}},,,.,,}.,,))))))).)).....))))))))..)))))).)))).)))....(((.{(.((((((({{{{{(((({.{((((((((((,.....{((((((.(((.......,(((((({.{{{|....}}}}.}}}}},}}|(((((....)))))}.((((....})))..))).))))))))))).))))))}.|.........(((((((...........)))))))((((((((....)))))))){{({({{((((,{.{(((,,,..(((((((((((,,.....{{,,((((({,,,...{{{{||{{{,(({{((.,,{,{.||||||,}||{{{||,......))))))}...,,,,,,,{{{{|.,||..,.}}|||{{{{(((((((....)))))},(((((......))))).,}))))))))}..)))}}}.}}|||||......,,}},,,.....,}}}}||||},....}}}}.....{(((.((((((((((((((.,,...,{{{,.........,...,,,............,,,,.))))))))))...)))).)))},,||,..{(((((((((.(((((....((((.(({((((((,.....)))})),))}.)))}.................(((((..((((.....,..(((((((((...(((((........{(((......(((((((((.(((.....(((.((((..(....)..)))).))).......))).))))))))))))))))))))).)))))).......))))..)))))...{{{((((({.,,...(((((,.....(((((..((((((((((((((.....)))))))...((((.......)))}........))))))).)))))},.....}))))))))})}}..}|,|||{..(((((..{{...}}..)))))....}}}}..,.,........))))).))))))).)))....))}}))))}}}}}},,,}}},,)))...,,,.))))))))))))))).)}.))).........((((.((((.......)))).)))))).)))))..)))))).....)))}.}}))))))},,,{{,..{{,.{,,.......{{((((((...((((((((.................)))))))).)))))}|||.,,}}}{(({....}))}..........{{{......)))......,,,.,,||,,|||||,,........}}}},}|||}||{.,,|||||,......,}}||}||||},.{{{....}},.,,,,.....{{{{....{{{(..((((......)))).,)))}...}}})..,},|||{|,,.,,,..||||,..,....|||||....})))),}}).}})))))}..))))))...,,,..})})}.}},))}).,,)))).))))).,.....)).))))))).((((((.........))))))...........}})))))..))))))))}}{....)