Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ASTN1_0004500

Sequence Length

728 nt

GC Content

0.4245

GCAGUAUUUUGCAAUUGCCUUUUUUGAUCACUACCCACAGUUAGAAUACAUUUUGUAUCGUGACCUUGCGCGUACACAUACUCCCACAUGCACACAACAGAAGUUUCAUGAAGCGAUACUUAUCUUCACGAUGUGAAAUGUUCUCGGCUGGUAUUUGUGUUUCUGUUUUAGACUAUGCUAAUUGUUUCUGCUUUUUUCAAAUGCUAUUAUUUGAACUCACUAAAUUGAUUUAAUGUCAUGACCUGUGAUUUAAAAAAAAAAAAACACAUUGAUUUAAAGGGGACAGGAGUAGAGGUUUGGCAAUGUUUUGCUUAACUUGGCACAAAGUUAAUACAACCAACUGGCUUAAAAGAUACUCACUUAGGAACUGAAAUGUCUCAUUUAGCUAAAUGGAAACAUUCACCAGACACUUCUAGCUAGCUCUCCCACAUCACUUUGAGCCACACAGGCACUUCCAUGUUUGGGACUGAAUUGCCUGGGAAUCCGUAUACCCAAAAUCUGAGCCCUCAUUCUUACCCUUGGGUGAUGCCUCUCCAUAGCCCUCAGCAAUGCUCUCCACUCGCUGGAUGGGGCUACAUCUCGUGCAGAUUUUGUGGCGCUGUUGGACCAGUUCGGCAACCAUUACAUCCAGGAAGCUAUCUACGGCUUUGAGGAGUCCUGUUCUAUCUGGUACCCAAACAAGCAGGUCCAGCGGCGACUCUGGCUGGAGUAUGAAGACAUCAGUAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-181.00 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -196.04

Frequency: 0.0000

Diversity: 212.82

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((........)))))((((.(((((((.(((.(.((((((((........((((.((((......)))))))).......((((((((((.......((((.((.......)).))))...(((((...))))).(((((((....(((...(((((((...(((((((....((...........))....((((((((....)))))))).((((.....((((.....))))......)))))))))))......)))))))...)))....)))))))((((.(((((((.(((((....))))).)))))(((.((((((............((((((....(((.........((...(((.(((((.((((((....))))))..)))))...)))...)))))))))))............)))))).)))...((((((.(((((....)))))......))))))((...))((((((((((....((((........))))...)))))).)))))))))).(((((((((((..............))))...)))))))......))))).....)))))((((((((((((.(((.((..((((..((((((..((((((......))))))..)))....)))......))))..)).))).....))))))))))))..))))))))).)))))).....)))).))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((........)))))((((.(((((,,,({{.,.((((({((..{(((((((((((((({...{{|{||{............|||||}||.....,,((((.((.....,.}}.}}}}..,.))))))))}))))))),,},|||||{{...{((((((,{,({{{{({{..,{{,,{..,|{{,,||,,..{(((((((....)))))))}.(({{.....((((.....)))}......))))}||,,,.......,}}}}}},,,,}},,..|||||.||}|||||||{{{|{(,{({{{{{{{.(((((((......))))))}.....{{{..(((((.{{,(((((.{{{.,,......)))..)))))..}},))))).,)))))))))}..))))}}.}}}}}}|}}.{||,}}}}.,,,.,,,,,}|||{,..((((((.(((((....}))))..}...))))))((,...,{,,,,((((({{{{((((,...,,,{|,,,...,,))))}}}},...,,}.{((((((((((...,.....,....)))),..))))))}......}},))))}}})),))((((((((((((.(((.((..((((..{{,(((..((((((......))))))..))).,..)),......))))..)).}}}..,,.))))))))))))..}})))))))}))}}),.,..})))).))))