Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ASTN1_0005000

Sequence Length

959 nt

GC Content

0.5433

GCCAUGGCCUUACACAAUAUUUCAGCGAGGCUUUGACCUGGUUUUGGGAGAGCAGCCCUCUGAUAAAAUAUUUAGAUUCACCUACACUCUUGGGGAGGGCAUGUGGUUGCCCCUCAGCAAGAGCUUUGUGAUUCCACCAGCCGAACUGGCCAUCAAUCCAUCAGCAAAGUGCAAGACGGACAUGACUGUGAUGGAGGAUGCUGUGGAGGUCAGAGAGGAGCUGAUGACUUCAUCCUCCUUCGACAGCCUGGAGGUUCUCUUAGAUUCCUUUGGGCCGGUGCGCGACUGCAGCAAAGAUAACGGGGGCUGCAGUAAGAAUUUCCGCUGUAUUUCAGAUCGCAAGCUGGACUCCACUGGUUGCGUGUGCCCAUCUGGACUCAGUCCCAUGAAGGACAGCUCUGGCUGCUAUGACCGCCACAUCGGGGUGGACUGUUCCGACGGCUUCAACGGCGGCUGUGAGCAGCUGUGCCUCCAGCAGAUGGCGCCCUUCCCGGACGACCCCACCUUGUAUAACAUCCUCAUGUUCUGUGGGUGCAUCGAGGACUACAAGCUUGGUGUGGAUGGACGCUCUUGCCAACUCAUCACGGAGACCUGUCCAGAGGGAAGUGACUGUGGGGAAAGCAGGGAGCUUCCCAUGAACCAGACCCUCUUUGGGGAGAUGUUCUUUGGUUACAACAACCAUUCCAAGGAAGUGGCUGCCGGACAGGUGCUGAAAGGAACAUUCAGGCAAAACAACUUUGCUCGUGGUUUAGACCAGCAACUGCCAGAUGGUCUUGUGGUGGCCACUGUGCCCCUGGAGAAUCAAUGCCUAGAGGAGAUCUCGGAGCCCACCCCUGACCCUGACUUCCUGACUGGGAUGGUGAACUUCAGUGAAGUGUCUGGGUACCCUGUGCUGCAGCACUGGAAGGUCCGGUCUGUGAUGUACCACAUCAAACUCAACCAAGUGGCCAUCUCUCAGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-337.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -353.62

Frequency: 0.0000

Diversity: 318.52

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((((((.(...........).)))))).....((((((((((((.(((..((((((((........))))...........((((((..(((((((......)).)))))..))))))..((((((((....((((.(((((((((.....((((.(((((...(.((..((((......))))..)).)...))))))))))))))).((((((..((((....))))))))))((((.(((((((((.(((...)))..)))))))))..)).))..((((((((.............))))))))......))).)))).......))))))))(((...((((((.((((((.....(((.(((((((...(((((.(((.((.((((....))))))....(((((((((((((((.(.((((((..((((((........))))))))))))..(((((((.....)).)))))((.....)).).)))))..((((((.....(((((((((.((...)).)))).))))).))))))...))))))).)))..((....)).......))).)).)))..))))))))))..))))))))))))..))))))).)))))))).)))))))..........((.((...((((((((..............))))))))....)).))((.(((.(((((....((((.....((((((.....))))))....))))....))))).)))))..)))))((((.((((((((((((((((((((((..(((...((((((((((.((..((..(........)..)).)).)))))..)))))....))).))))))..........))))))((.((((....)))).))..(((..(((...((((((...)))))).)))..))).))))))))))...))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((((((({.,...........}.)))))}.....(((((((((((({(((..((((((((........)))}|.{{{{.....((((((..(((((((......))))))))..))))))..,,||||,||..{(((({{,.{{|||(,,,..(((({(((((..,(,(,..{{{|.,.,..}))),,)),).,,))}})}))}||||}|.((((((..((((....))))))))))||||.(((((((((.(((...)))..))))))))),{||,,,|,((((((((...,....,....))))))))......,}}}}|||.....}}),}))},,|||}}.((((((.((((((.....(((.(((((((...(((({.{({,{{||{(({{{((({{{{.{{{,,(((,,.(((((({,,...{|||}}|.|||,}},..}}}))))}.}))}}}}}||{|||,,,||.|..|||||{{,{{{.||||.,|{|{{{({{((,.....(((((((((.({...)).)))).))))).}}}}})}..))))})).|||.|||,.,,)),,..,|.}}}.}),)}}..))))))))))..))))))))))))..})}}))).)))))))).))))))).(((,....))}|{{{,||{|{{((({{.....,||||,||||||}}||,||,.,}}((.(((.(((((....((((...,.((((((.....)))))).}..))))....))))).)))))..}}|||({{(.(((((({{({({{((((((({{..{{{...|||||,||{|.,|||||.|,,}},},,.)}}}},})|}))))..})))),},,),,.||})}}.,,,,,..,.)))}}|{{.((({..,,)))),))..{{|,,|||,,,((((((...)))))).}}}..))).))))))))))}},))))