Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ATRNL1_0000200

Sequence Length

1899 nt

GC Content

0.3318

CUUUUGUGCGGGAACAUCGCUUUGGCUUGUUUGAAGCUCAAGGAGCCUAAGAAGUUUGCUUGCUAAGGUGAAGGUACUUUCUUCGUACUGGUUGGUGUUUAUUACAUUCUUGCCUGAUAUAAAAAGCAAUGGGUCACAGUGUAGGGGAGUAGCAAAAGUCACUUAAUAUUGGGGCAGGCUUCUAACAACAUGCAGGUAACAGUCAUUAAGAAAGUCAGCUUCUUAGUCUUCUAGAUACUUAAUAUGAAGUUUGCUGGCUGGUUUGUGGCUCUUGAAUAUUGUAGAUUACUGAUAUUGUUAGGCUGAUAGCCAAAAUCUAGGUGAAAUUUCUCUUGGGCUCUAAGGCAAAGGUAAGACUGGUUCACCUUAUUAAUGUAUUCUAGGACAAUUUCCUGGAAUUUUAAACACAGCAUACUUUCCUUUUUUUUUUUUUUUAAAAAAAAACUUACUAUUACUGAUUAAAAUAAAUGUCCCUUAAAACUCAAUGUAAAAAUGUAUAUUUUUAAAAUGGCACUUUAAAAUUUUAGGUAGAGUCUAUGAUUUAAAUUAACUAGUAGGUUUUGGAAGUGAAAUCUUAAAGUGAAGUUUUAUGAAACUUAUGCAAUAGGUUGAAAUUUUUCUAGGGUUUAUACUUUAAAGGUAGUAUAGUAAUGUAGUUUUAAAAAUACUUUUUAAAAAAAUUAGGAGAGAUGCUGAUUAAAAGUUUAAAAAGUGUUUCAAGAUGAGGAAAGAGAUCUUAAUGAAUUCUGCUUGUUAGUUGUUUUUUUUUGCUUGUGUUCUUAAACGUUUGCUAUGACAGUAGAAUUCAGCGUCUUUACCUAGCAAGAGAGAAUUUUGAACAUGUAAACUGGUAGUCAGCAGUGAAAAAGCCUCAUCCAUUUUUUACAUUUUUUUUACAUAAAUAGGGAGAGUGCCUGAUUUAUAUGUAGGGAUAUUGGCUUUUGUGUGGGUGGGUUUGCUCCGUUUGUCUAAAGAGGACAAAAUUUGCUGCAGUCCUGAGAAGCUUCAUUUUAAAGUAGCGGAACUUGUUAAUCAGCUGGAUCAGCAGCCUGUGACCUCACUAGCAGAUGUUGUCCCAGUUAAAAAGAUCACAGAUCAAGUUAAAACUAGCUUAAAUAACAUUGAGAGGUGGUGUUCAUAAACAAAAUACAUUAGUGAGUAGAAGAAGAAUAGAUAUUUGAUGUAGAUAUUGUUAAAUAACAAUAAAUCCUGAGCUAAUCACUGAGUAUUCAUCUUUUCCUUGGAAGCUAUUAUUUCCUAGGACUCAUUGUACUCUAUUGGGUAAAUGCUUUUGCAUUUCUCUGUGGAAUACAAGCUAUUAAUUAGAGUAAAUAUAACUGGUGUAACGAUCUGUGUUUUUAUUAUGUAUACUCUUGGGGAUAAAGAACACAUUGGUAUUUAAUGUUAAAGAGAAGGAUUAUGUAUAGUAGAAAAGAAUUCUUCUUGGUAAAGUACAUGCAAAUAAACCUAUGAAAGGUUUAUUUGAAGAUAGUAGCUUGUUUUACCUGGCAUUUGAAGUAAUAACACAGUGGGAAAGGCUUUAACUAGAAAAUCUCACUUCACUAACUAUCUUGAAAAUCUUUUUCUAAACUGAAGGAUAGCAACCUUACAAACAGACAUUAAAAAUGAUUGAUCAAUCUUGGUAAGCAGGUGUCAAAAUUAAUUGGUUGGCUCCAUGGUAACUUAGCUUUUUUUCUACUAUAGGGAUUUCGCCAGGGAAUAAAAAUGUUCUUCAAAUGUUUCUUGAGGAUAGAAGAUUGAUAGUUGGGGGAAGAAAUGCAGAAGCAAAUAUAGUAUCAAAAGUGGUACUUCAGUUCUCUUAGCAUUGAUUCCAGUCUUCUGUUUCCAUUUGAAAAGAAUAAAGCACUCAGAAUAACAAGCCAUUCCUUCCUUACACAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-465.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -503.71

Frequency: 0.0000

Diversity: 506.14

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

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Thermodynamic Ensemble Prediction

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