Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ATRNL1_0003300

Sequence Length

1055 nt

GC Content

0.3744

GUUAACAGAACCUUCUGGAUAUUUAACAGAUGGCCCAAUUAACUAUAAAUAUAAAACUAAAUGUACUUGGCUCAUUGAAGGCUAUCCAAAUGCAGUGUUAAGAUUAAGAUUCAAUCAUUUUGCUACAGAAUGUAGCUGGGAUCAUAUGUAUGUUUAUGAUGGAGAUUCAAUAUAUGCACCUUUAAUAGCUGUACUUAGUGGUUUGAUAGUCCCUGAAAUAAGGGGCAAUGAAACUGUGCCUGAAGUUGUUACUACAUCUGGCUAUGCACUGUUACAUUUUUUUAGUGAUGCUGCGUAUAAUCUAACUGGUUUCAACAUUUUCUAUUCAAUCAAUUCUUGUCCUAACAAUUGCUCUGGUCAUGGGAAGUGUACAACUAGUGUCUCUGUUCCAAGUCAAGUAUAUUGUGAAUGUGAUAAAUACUGGAAGGGUGAAGCUUGUGAUAUUCCUUACUGUAAAGCCAAUUGCGGCAGUCCAGAUCACGGUUACUGUGACCUGACUGGAGAAAAAUUAUGUGUCUGCAAUGAUAGUUGGCAAGGUCCUGAUUGUUCUUUGAAUGUUCCCUCUACUGAGUCUUACUGGAUUCUGCCAAACGUUAAACCCUUCAGUCCUUCUGUAGGUCGGGCUUCACAUAAAGCAGUUUUACACGGGAAAUUUAUGUGGGUGAUUGGUGGAUAUACUUUUAACUACAGUUCUUUUCAAAUGGUCCUAAAUUACAAUUUAGAAAGCAGUAUAUGGAAUGUAGGAACUCCAUCAAGGGGACCUCUCCAGAGAUAUGGACACUCUCUUGCUUUAUAUCAGGAAAACAUCUUUAUGUAUGGAGGCAGAAUUGAAACAAAUGAUGGCAAUGUCACAGAUGAAUUAUGGGUUUUUAACAUACAUAGUCAGUCAUGGAGUACAAAAACUCCUACUGUUCUUGGACAUGGUCAGCAGUAUGCUGUGGAGGGACAUUCAGCACAUAUUAUGGAGUUGGAUAGUAGAGAUGUUGUCAUGAUCAUAAUAUUUGGAUAUUCUGCAAUAUAUGGUUAUACAAGCAGCAUACAGGAAUACCAUAUCU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-261.00 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -283.53

Frequency: 0.0000

Diversity: 300.88

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((((....)))).....)))))(((((.......................(((((..((((..((((.((((((((.........(((((((((..((((.......)))).....((((((...))))))....((((((........))))))........))))).)))))))))))))))))))))))))(((((.((.((((((......)))))).)).)))))..(((.((.((.......)).)).)))....(((((...........)))))(((((((((((((((..(((((((...(((((((((((...((((....((((....))))......)))).)))))))))))..)))))))..................(((((((((((((((..((((((........((((...((((((((.((.(((((((...(((((((((((((((((((.(((.(((((...)))))))))))))..............))))..)).)))))))).((.((((((((((...((((((((.((((((((..(((..((((((((((((((.........((((.....((((..((((((....((((......))))...)))))).)))).........))))..((((((((...........(((((.((((.......((.(.((((((....))))))..).))......)))))))))....))))))))((((....))))(((((.........)))))..((.(((((.((((.....)))).))))).)).)))))))))...........((((.(((((.(((((..((((((.............))))))..)))..(((((......))))).........))))))).)))).))))).))))))))))))))))))).))).)))).))).))..))))))).))...))))))))))))..)))))).)))))).)))))))))))))))))..)))))))...((....)).)))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((((((....}))).....)))))((((({......................((((,..((((..((((.((((((((.........(({({({({..,{,|...||,,,,,}..,..((((({...})))))..}}||{{{{,,,,,,,.}}|||}......)})},)),)))))))))))))))))))),)))){((((.({.((((((......)))))).}).))))},,(({.(,{(,{{{....))},),}))...,|||{|,,.,,,.....}})}}(((((((,,,,,,,,..(((((((...((((((((((({({{,((,,,.((({...,}}))||}...}}}..}))))))))))..})))))){(({(({,(((({,({.,,((({{((({,|{{|,{|,,.{||||,||,||.,..,|}}}}},,,}))}},.|{||,..{{{.,||||}}|{{(((((.(((.(((({...))))))))))))}.....,,,,.|,,,}|}}||},.}})))))),||,,{{|||||{|,},{(((((({{((((((((..(((..((((((((((((((....,,....,(({.{((.,,..}}}.}))...}||{{((((((({...,({{{....,,}}..))))))))}},..{(((((((...........(((({.((((.......((.{.((((((....))))))..,.))......)))))))))....)))))))}((((,...,|||(,,{{,,,|||...}}}}}|,,{.{{{{{,{|||.....)))},))))},)),)))))))))...........((((.(((((.{(((,..((((((..,..........)))))){{{|,..(((((......))))).}}}}.,},,}))))).)))).))))).))))))))))))))))))),))),))}}.})).))))),,,})))))),|{({.((((((((,,(((({({{...}})},))))))))))))))),,))))))).,.||....)),,})))